More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3659 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3659  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 219 aa  442  1e-123  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.712935  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1816  regulatory protein, GntR  87.21 
 
 		 219 aa  395  1e-109  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0697893  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1798  GntR family transcriptional regulator  80.56 
 
 		 219 aa  358  4e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0578188  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3603  GntR family transcriptional regulator  73.15 
 
 		 219 aa  322  2e-87  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.487486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3841  GntR family transcriptional regulator  71.76 
 
 		 219 aa  317  1e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.849545 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4277  GntR family transcriptional regulator  71.3 
 
 		 219 aa  315  3e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.995152  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1591  GntR family transcriptional regulator  71.3 
 
 		 219 aa  315  3e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.355818 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2749  GntR family transcriptional regulator  69.91 
 
 		 219 aa  301  5.000000000000001e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0481832  normal  0.715519 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3807  putative transcriptional regulator  69.91 
 
 		 219 aa  296  2e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44690  GntR family transcriptional regulator  70.37 
 
 		 219 aa  296  2e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0330789 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1164  regulatory protein GntR, HTH  42.79 
 
 		 234 aa  166  2e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3006  regulatory protein GntR, HTH  39.55 
 
 		 218 aa  156  2e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.15362  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0504  regulatory protein GntR, HTH  34.53 
 
 		 219 aa  115  3.9999999999999997e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2767  GntR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 261 aa  97.4  2e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00604327  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 219 aa  78.6  0.00000000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  31.16 
 
 		 223 aa  78.2  0.00000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2403  GntR family transcriptional regulator  42.22 
 
 		 96 aa  77.8  0.0000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4995  GntR family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 254 aa  75.5  0.0000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.349641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0235  GntR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 267 aa  75.1  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  29.69 
 
 		 226 aa  74.3  0.000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0786  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 253 aa  73.9  0.000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.000452632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1628  transcriptional regulator, GntR family  33.99 
 
 		 271 aa  72.4  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 256 aa  72  0.000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 211 aa  71.6  0.000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2509  GntR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 211 aa  70.1  0.00000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0825913 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 225 aa  69.7  0.00000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1848  transcriptional regulator, GntR family  32.45 
 
 		 211 aa  69.3  0.00000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3422  GntR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 214 aa  69.7  0.00000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1538  transcriptional regulator, GntR family  45.16 
 
 		 242 aa  68.9  0.00000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0494418 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 229 aa  68.6  0.00000000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5631  GntR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 229 aa  68.6  0.00000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5730  GntR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 251 aa  68.6  0.00000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.645386  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2039  GntR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 211 aa  68.2  0.00000000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 233 aa  68.2  0.0000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22960  transcriptional regulator  32.1 
 
 		 235 aa  67.8  0.0000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.483405  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1582  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 223 aa  66.6  0.0000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  37.67 
 
 		 237 aa  67  0.0000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3139  GntR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 284 aa  67.4  0.0000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00307264  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5836  GntR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 230 aa  67  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  26.32 
 
 		 228 aa  67  0.0000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6280  transcriptional regulator, GntR family  32.37 
 
 		 233 aa  67.4  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.00000068764  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 224 aa  67.4  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3134  regulatory protein GntR HTH  31.08 
 
 		 238 aa  66.2  0.0000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.998254  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3096  GntR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 255 aa  66.2  0.0000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2579  GntR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 346 aa  66.2  0.0000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.252259  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 240 aa  65.9  0.0000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 233 aa  65.9  0.0000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 239 aa  65.1  0.0000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 262 aa  65.1  0.0000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1630  GntR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 223 aa  65.1  0.0000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1608  GntR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 223 aa  65.1  0.0000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0385519  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1808  transcriptional regulator, GntR family  27.92 
 
 		 223 aa  65.1  0.0000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1758  GntR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 223 aa  65.1  0.0000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0256376  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1834  GntR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 223 aa  64.7  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4222  GntR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 254 aa  63.9  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.993949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2754  GntR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 231 aa  63.9  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.287594 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2126  transcriptional regulator, GntR family  33.96 
 
 		 215 aa  63.5  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.199216  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2698  GntR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 232 aa  63.9  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.132882 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 230 aa  63.5  0.000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0430  transcriptional regulator, GntR family  37.76 
 
 		 235 aa  63.5  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0615592  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2747  GntR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 223 aa  63.2  0.000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00299596  normal  0.0681091 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2668  GntR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 223 aa  63.2  0.000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000195924  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1716  transcriptional regulator, GntR family  35.06 
 
 		 223 aa  63.2  0.000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000127588  hitchhiker  0.0000108879 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2633  GntR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 223 aa  63.2  0.000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0189782  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2458  GntR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 235 aa  63.2  0.000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3577  GntR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 236 aa  62.4  0.000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.0000218035  normal  0.39883 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3127  GntR family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 228 aa  62  0.000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 255 aa  62.4  0.000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2354  GntR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 233 aa  62  0.000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000394326  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3643  GntR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 255 aa  62.4  0.000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4142  GntR family transcriptional regulator  49.38 
 
 		 222 aa  62  0.000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.209682  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4082  transcriptional regulator, GntR family  40.86 
 
 		 223 aa  62  0.000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.833771  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2905  transcriptional regulator, GntR family  26.21 
 
 		 231 aa  62  0.000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 223 aa  61.6  0.000000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3944  transcriptional regulator, GntR family  32.24 
 
 		 258 aa  61.6  0.000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3081  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 240 aa  61.6  0.000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4046  GntR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 255 aa  61.6  0.000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4020  GntR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 255 aa  61.6  0.000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2514  GntR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 234 aa  61.6  0.000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2023  transcriptional regulator, GntR family  29.07 
 
 		 251 aa  61.6  0.000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0346  GntR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 238 aa  60.8  0.00000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2852  GntR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 223 aa  60.8  0.00000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2384  GntR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 211 aa  61.2  0.00000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1891  transcriptional regulator, GntR family  24.75 
 
 		 223 aa  60.8  0.00000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0316867  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1081  transcriptional regulator GntR family  35.87 
 
 		 222 aa  60.8  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1773  transcriptional regulator, GntR family  26.35 
 
 		 223 aa  61.2  0.00000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.851704  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1632  GntR family transcriptional regulator  25.75 
 
 		 223 aa  61.2  0.00000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.592132  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4803  transcriptional regulator, GntR family  32.67 
 
 		 225 aa  61.2  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3628  GntR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 262 aa  61.2  0.00000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0316  GntR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 262 aa  61.2  0.00000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31340  transcriptional regulator  30.29 
 
 		 223 aa  61.2  0.00000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2641  GntR family transcriptional regulator  43.37 
 
 		 219 aa  60.1  0.00000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2286  transcriptional regulator, GntR family  32.52 
 
 		 232 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.28962  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0450  GntR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 224 aa  60.1  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.256428  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0383  GntR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 224 aa  60.1  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000295575  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2260  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 232 aa  60.5  0.00000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0845736  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0790  GntR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 229 aa  60.8  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1521  GntR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 223 aa  60.1  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000831441  normal  0.527855 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1582  GntR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 223 aa  60.1  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00672922  normal  0.129388 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  29.49 
 
 		 239 aa  60.8  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>