More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2458 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2458  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 235 aa  470  1e-132  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2937  GntR family transcriptional regulator  39.61 
 
 		 242 aa  134  9.999999999999999e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0279772  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1461  transcriptional regulator, GntR family  36.74 
 
 		 268 aa  133  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5097  GntR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 216 aa  130  1.0000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0790  GntR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 229 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1030  GntR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 237 aa  124  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.48599  normal  0.150605 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2382  GntR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 232 aa  116  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.672304  normal  0.779059 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2515  putative GntR family regulatory protein  31.46 
 
 		 294 aa  110  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.249401  normal  0.14976 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2619  putative GntR family regulatory protein  31.46 
 
 		 294 aa  110  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.390234  normal  0.158643 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2411  putative GntR family regulatory protein  31.46 
 
 		 294 aa  110  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0408929  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2460  putative GntR family regulatory protein  31.46 
 
 		 294 aa  111  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0419984 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1010  transcriptional regulator, GntR family  34.93 
 
 		 227 aa  103  2e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.691368  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3604  GntR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 214 aa  96.3  4e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.463907 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2464  GntR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 219 aa  94.4  1e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0109  transcriptional regulator, GntR family  35.61 
 
 		 229 aa  94  2e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.140287 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4082  transcriptional regulator, GntR family  33.01 
 
 		 223 aa  92  7e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.833771  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2044  transcriptional regulator, GntR family  28.3 
 
 		 221 aa  92  7e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000328211  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 239 aa  91.3  1e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 251 aa  90.9  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2260  GntR family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 232 aa  91.7  1e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0845736  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4142  GntR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 222 aa  90.5  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.209682  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3275  transcriptional regulator, GntR family  34.78 
 
 		 242 aa  90.9  2e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.906073 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1752  GntR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 217 aa  90.1  2e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7641  transcriptional regulator, GntR family  33.98 
 
 		 230 aa  90.1  3e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.587839 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 223 aa  89  6e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1001  transcriptional regulator, GntR family  41.26 
 
 		 241 aa  88.2  1e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0721326 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3720  GntR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 222 aa  85.9  4e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1831  transcriptional regulator, GntR family  29.68 
 
 		 239 aa  85.9  4e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.185738  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0208  GntR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 229 aa  85.9  5e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00667385  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0614  transcriptional regulator, GntR family  32.38 
 
 		 216 aa  85.5  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.22125  normal  0.431633 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1768  GntR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 227 aa  85.1  8e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000893003  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4693  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 267 aa  85.1  8e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1568  transcriptional regulator, GntR family  33.17 
 
 		 219 aa  85.1  9e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2825  GntR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 223 aa  84.3  0.000000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.687306  normal  0.544458 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2314  transcriptional regulator, GntR family  29.95 
 
 		 252 aa  85.1  0.000000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 223 aa  84.7  0.000000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3731  GntR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 229 aa  84  0.000000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2767  GntR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 231 aa  84  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3536  GntR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 247 aa  84.3  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1015  GntR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 228 aa  83.2  0.000000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.354271  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0957  GntR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 228 aa  83.2  0.000000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3629  GntR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 246 aa  83.6  0.000000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3706  GntR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 223 aa  83.2  0.000000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5836  GntR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 230 aa  83.2  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0694  transcriptional regulator, GntR family  26.42 
 
 		 215 aa  82.8  0.000000000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003675  predicted regulator PutR for proline utilization GntR family  29.63 
 
 		 224 aa  82.4  0.000000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  28.88 
 
 		 237 aa  82.4  0.000000000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2332  transcriptional regulator, GntR family  28.72 
 
 		 246 aa  82.4  0.000000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.738063 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 225 aa  82  0.000000000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2707  GntR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 223 aa  82  0.000000000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.755904  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3241  transcriptional regulator, GntR family  36.42 
 
 		 218 aa  82  0.000000000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1538  transcriptional regulator, GntR family  31.52 
 
 		 242 aa  81.3  0.00000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0494418 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4674  GntR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 230 aa  81.3  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  30.8 
 
 		 241 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1922  GntR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 245 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.430018 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3609  transcriptional regulator, GntR family  32.57 
 
 		 219 aa  81.6  0.00000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5170  transcriptional regulator, GntR family  34.53 
 
 		 269 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0278  GntR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 265 aa  80.9  0.00000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.31602  normal  0.331745 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3148  GntR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 250 aa  81.3  0.00000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.275687  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4252  GntR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 241 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2509  GntR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 211 aa  81.6  0.00000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0825913 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2127  transcriptional regulator, GntR family  33.16 
 
 		 257 aa  80.9  0.00000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4211  transcriptional regulator, GntR family  32.09 
 
 		 220 aa  80.5  0.00000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.349011  normal  0.243646 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2579  GntR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 346 aa  80.9  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.252259  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1375  GntR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 252 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.473972  normal  0.0210118 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5213  GntR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 221 aa  80.5  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.380021  normal  0.310032 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4222  GntR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 254 aa  80.9  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.993949  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3619  GntR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 239 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00335274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 229 aa  80.9  0.00000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 231 aa  80.1  0.00000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1871  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 265 aa  79.7  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283642  normal  0.395033 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3597  transcriptional regulator, GntR family  30.85 
 
 		 222 aa  80.1  0.00000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 256 aa  80.1  0.00000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1303  GntR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 238 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.153269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1759  GntR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 223 aa  79.7  0.00000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000431204  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3002  GntR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 241 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  2.78265e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4793  transcriptional regulator, GntR family  36.14 
 
 		 244 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00330899  hitchhiker  0.000000951338 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 224 aa  79.3  0.00000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3794  transcriptional regulator, GntR family  32.47 
 
 		 261 aa  79  0.00000000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.436096  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2211  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 222 aa  79  0.00000000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0153172  decreased coverage  0.00038585 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0535  GntR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 237 aa  78.6  0.00000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.150614  normal  0.571261 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4353  GntR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 290 aa  78.6  0.00000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2413  GntR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 238 aa  79  0.00000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.224265  normal  0.351453 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3764  GntR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 232 aa  78.6  0.00000000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.227003  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 233 aa  78.6  0.00000000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2422  GntR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 253 aa  78.6  0.00000000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4343  GntR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 218 aa  78.6  0.00000000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4617  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 239 aa  78.6  0.00000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2908  GntR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 217 aa  78.2  0.00000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0572  transcriptional regulator, GntR family  30.95 
 
 		 216 aa  78.6  0.00000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.666259  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1716  transcriptional regulator, GntR family  30.22 
 
 		 223 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000127588  hitchhiker  0.0000108879 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1711  GntR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 226 aa  77.8  0.0000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.968918  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2118  GntR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 233 aa  77.8  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.654279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5139  GntR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 242 aa  77.8  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.911419  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2633  GntR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 223 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0189782  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3096  GntR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 255 aa  78.2  0.0000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1285  GntR family transcriptional regulator  32 
 
 		 226 aa  78.2  0.0000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.262412  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 255 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3643  GntR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 255 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0606  GntR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 223 aa  77.8  0.0000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>