More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0235 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0235  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 267 aa  528  1e-149  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1628  transcriptional regulator, GntR family  80.24 
 
 		 271 aa  402  1e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  42.94 
 
 		 237 aa  101  2e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  39.47 
 
 		 233 aa  91.7  1e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 229 aa  91.7  1e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  36.84 
 
 		 239 aa  90.5  2e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 225 aa  87.4  2e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2422  GntR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 253 aa  87.8  2e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 245 aa  87.4  2e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4995  GntR family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 254 aa  87  3e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.349641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0095  GntR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 230 aa  87  3e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 235 aa  86.7  4e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 230 aa  85.9  7e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1164  regulatory protein GntR, HTH  46.15 
 
 		 234 aa  84.3  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  33.52 
 
 		 226 aa  83.2  0.000000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0065  GntR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 235 aa  83.2  0.000000000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0261299  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2767  GntR family transcriptional regulator  44.21 
 
 		 261 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00604327  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  32.37 
 
 		 228 aa  80.1  0.00000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0073  GntR family transcriptional regulator  49.37 
 
 		 232 aa  78.2  0.0000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 211 aa  77.4  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3667  transcriptional regulator  30.14 
 
 		 214 aa  77.4  0.0000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.808717  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2514  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 234 aa  76.6  0.0000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2314  transcriptional regulator, GntR family  27.51 
 
 		 252 aa  76.6  0.0000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1303  GntR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 238 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.153269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 256 aa  76.3  0.0000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3659  transcriptional regulator, GntR family  32.05 
 
 		 219 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.712935  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1214  GntR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 220 aa  75.1  0.000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000309103  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4133  GntR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 231 aa  74.7  0.000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3484  GntR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 224 aa  75.1  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.294371  normal  0.809242 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4064  GntR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 227 aa  74.7  0.000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.916339  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 232 aa  73.9  0.000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5802  GntR family transcriptional regulator  32 
 
 		 227 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.154475  normal  0.167902 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0450  GntR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 224 aa  73.6  0.000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.256428  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0383  GntR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 224 aa  73.6  0.000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000295575  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0926  GntR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 229 aa  73.6  0.000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1967  GntR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 239 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0532674  normal  0.202649 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0568  GntR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 396 aa  73.6  0.000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  33.99 
 
 		 223 aa  72.8  0.000000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2332  transcriptional regulator, GntR family  26.9 
 
 		 246 aa  72.4  0.000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.738063 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1816  regulatory protein, GntR  32.05 
 
 		 219 aa  72.4  0.000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0697893  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5213  GntR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 221 aa  72.4  0.000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.380021  normal  0.310032 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 235 aa  72  0.000000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2079  GntR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 240 aa  72  0.000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.70187  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1922  GntR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 245 aa  72  0.000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.430018 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0208  GntR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 229 aa  72  0.000000000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00667385  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4803  transcriptional regulator, GntR family  29.17 
 
 		 225 aa  72  0.000000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0081  transcriptional regulator, GntR family  32.64 
 
 		 231 aa  72  0.000000000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3004  transcriptional regulator  35.51 
 
 		 218 aa  72  0.000000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.729807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3048  GntR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 225 aa  72  0.00000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1774  GntR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 234 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253131  hitchhiker  0.0000230253 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1798  GntR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 219 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0578188  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  31.08 
 
 		 229 aa  72  0.00000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3401  transcriptional regulator, GntR family  29.89 
 
 		 256 aa  71.6  0.00000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4175  GntR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 241 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3720  GntR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 222 aa  71.6  0.00000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1934  GntR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 238 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.168362  hitchhiker  0.000000002523 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2333  GntR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 238 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.527944  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1015  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 228 aa  70.9  0.00000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.354271  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  30.46 
 
 		 231 aa  71.2  0.00000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2937  GntR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 242 aa  70.9  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0279772  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0584  transcriptional regulator, GntR family  35 
 
 		 231 aa  71.2  0.00000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.525368  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0957  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 228 aa  70.9  0.00000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44690  GntR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 219 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0330789 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3437  GntR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 238 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00721447  normal  0.10278 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2749  GntR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 219 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0481832  normal  0.715519 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2286  transcriptional regulator, GntR family  32.53 
 
 		 232 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.28962  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0417  GntR family transcriptional regulator  43.02 
 
 		 254 aa  70.5  0.00000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3893  GntR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 243 aa  70.5  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.000000224678  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30150  transcriptional regulator, GntR family  34.29 
 
 		 233 aa  70.1  0.00000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.132781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4146  GntR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 243 aa  70.5  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.10084  normal  0.977946 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0498  GntR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 231 aa  70.5  0.00000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 223 aa  69.7  0.00000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1711  GntR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 226 aa  69.7  0.00000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.968918  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5170  transcriptional regulator, GntR family  37.96 
 
 		 269 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3807  putative transcriptional regulator  39.36 
 
 		 219 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  30.41 
 
 		 229 aa  69.7  0.00000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3577  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 236 aa  69.7  0.00000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.0000218035  normal  0.39883 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23200  transcriptional regulator, GntR  32.32 
 
 		 240 aa  70.1  0.00000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1990  GntR family transcriptional regulator  29 
 
 		 234 aa  69.3  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.964349 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4101  GntR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 247 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0551  transcriptional regulator, GntR family  41.05 
 
 		 219 aa  69.7  0.00000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 229 aa  69.7  0.00000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2064  GntR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 231 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6280  transcriptional regulator, GntR family  32.62 
 
 		 233 aa  69.3  0.00000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.00000068764  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2045  GntR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 258 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.612828 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6111  GntR family transcriptional regulator  29 
 
 		 234 aa  68.9  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1966  GntR family transcriptional regulator  29 
 
 		 234 aa  68.9  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2509  GntR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 211 aa  68.9  0.00000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0825913 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 234 aa  68.9  0.00000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0855  transcriptional regulator, GntR family  32.19 
 
 		 238 aa  68.9  0.00000000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.894475  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 255 aa  68.9  0.00000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 233 aa  68.6  0.00000000009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6216  transcriptional regulator, GntR family  37.84 
 
 		 249 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.468686  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1881  GntR family transcriptional regulator  29 
 
 		 234 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.249163 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2084  transcriptional regulator GntR  32.32 
 
 		 239 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.853758  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 233 aa  68.6  0.0000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5281  GntR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 234 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0412197 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0982  GntR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 222 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.84517 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3643  GntR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 255 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2769  transcriptional regulator, GntR family  34.3 
 
 		 223 aa  68.2  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>