More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1628 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1628  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 271 aa  534  1e-151  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0235  GntR family transcriptional regulator  80.24 
 
 		 267 aa  402  1e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  37.73 
 
 		 237 aa  99.8  5e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4995  GntR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 254 aa  88.6  9e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.349641  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  36.59 
 
 		 239 aa  88.2  1e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  36.48 
 
 		 229 aa  87  3e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 245 aa  82  0.000000000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  37.11 
 
 		 233 aa  82  0.00000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 225 aa  80.9  0.00000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1164  regulatory protein GntR, HTH  47.47 
 
 		 234 aa  81.3  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  29.35 
 
 		 226 aa  80.1  0.00000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2422  GntR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 253 aa  79.7  0.00000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 230 aa  79  0.00000000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0095  GntR family transcriptional regulator  36.31 
 
 		 230 aa  79  0.00000000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3667  transcriptional regulator  29.06 
 
 		 214 aa  79.3  0.00000000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.808717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 235 aa  79  0.00000000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2314  transcriptional regulator, GntR family  29.94 
 
 		 252 aa  78.6  0.0000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0065  GntR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 235 aa  78.2  0.0000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0261299  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4803  transcriptional regulator, GntR family  31.84 
 
 		 225 aa  77.8  0.0000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  30.6 
 
 		 228 aa  77.8  0.0000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 256 aa  77  0.0000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2767  GntR family transcriptional regulator  46.74 
 
 		 261 aa  76.6  0.0000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00604327  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3604  GntR family transcriptional regulator  34 
 
 		 214 aa  76.6  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.463907 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0073  GntR family transcriptional regulator  46.99 
 
 		 232 aa  76.6  0.0000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3720  GntR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 222 aa  76.6  0.0000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0081  transcriptional regulator, GntR family  30.98 
 
 		 231 aa  73.9  0.000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4064  GntR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 227 aa  74.3  0.000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.916339  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4617  GntR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 239 aa  74.3  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1303  GntR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 238 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.153269  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4793  transcriptional regulator, GntR family  32.93 
 
 		 244 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00330899  hitchhiker  0.000000951338 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2064  GntR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 231 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2079  GntR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 240 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.70187  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2514  GntR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 234 aa  73.9  0.000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 223 aa  73.6  0.000000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4133  GntR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 231 aa  73.2  0.000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0568  GntR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 396 aa  73.2  0.000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1304  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 234 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0497792 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0208  GntR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 229 aa  72.8  0.000000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00667385  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0794  transcriptional regulator, GntR family  35.54 
 
 		 230 aa  72.8  0.000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3659  transcriptional regulator, GntR family  33.99 
 
 		 219 aa  72.4  0.000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.712935  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1990  GntR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 234 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.964349 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2435  GntR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 231 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.303116  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1511  GntR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 231 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3048  GntR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 225 aa  71.2  0.00000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2010  GntR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 231 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2536  GntR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 231 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.184129  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0430  transcriptional regulator, GntR family  30.73 
 
 		 235 aa  71.6  0.00000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0615592  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3893  GntR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 243 aa  71.6  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.000000224678  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0926  GntR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 229 aa  72  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4146  GntR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 243 aa  71.6  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.10084  normal  0.977946 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2937  GntR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 242 aa  72  0.00000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0279772  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1282  GntR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 231 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.932176  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30150  transcriptional regulator, GntR family  31.36 
 
 		 233 aa  71.6  0.00000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.132781  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5067  GntR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 226 aa  71.6  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.722709 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3300  GntR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 231 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2392  GntR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 231 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3484  GntR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 224 aa  71.6  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.294371  normal  0.809242 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0346  GntR family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 238 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4020  GntR family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 255 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1653  GntR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 238 aa  70.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 211 aa  70.9  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6133  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  31.86 
 
 		 251 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4046  GntR family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 255 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4101  GntR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 247 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1871  GntR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 265 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283642  normal  0.395033 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4175  GntR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 241 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0584  transcriptional regulator, GntR family  35.71 
 
 		 231 aa  71.2  0.00000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.525368  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6111  GntR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 234 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3643  GntR family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 255 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0841  transcriptional regulator, GntR family  34.71 
 
 		 231 aa  71.2  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3628  GntR family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 262 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0316  GntR family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 262 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 255 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1966  GntR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 234 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3944  transcriptional regulator, GntR family  40.22 
 
 		 258 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1711  GntR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 226 aa  70.5  0.00000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.968918  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23200  transcriptional regulator, GntR  32.93 
 
 		 240 aa  70.1  0.00000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1967  GntR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 239 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0532674  normal  0.202649 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70710  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  31.86 
 
 		 251 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.996223  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  32.45 
 
 		 229 aa  70.5  0.00000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1214  GntR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 220 aa  70.5  0.00000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000309103  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1713  transcriptional regulator, GntR family  32.02 
 
 		 219 aa  70.1  0.00000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.725183  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2332  transcriptional regulator, GntR family  25.94 
 
 		 246 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.738063 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0417  GntR family transcriptional regulator  47.3 
 
 		 254 aa  69.7  0.00000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3350  transcriptional regulator, GntR family  33.52 
 
 		 234 aa  69.7  0.00000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.398966  normal  0.021988 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6216  transcriptional regulator, GntR family  36.94 
 
 		 249 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.468686  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 235 aa  69.7  0.00000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 234 aa  69.7  0.00000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1922  GntR family transcriptional regulator  25.12 
 
 		 245 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.430018 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0783  transcriptional regulator, GntR family  26.9 
 
 		 219 aa  69.3  0.00000000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3335  GntR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 221 aa  69.3  0.00000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.222517  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 262 aa  69.3  0.00000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1881  GntR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 234 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.249163 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  33.55 
 
 		 238 aa  68.9  0.00000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0293  GntR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 230 aa  68.9  0.00000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.972725  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1798  GntR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 219 aa  68.9  0.00000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0578188  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0551  transcriptional regulator, GntR family  42.11 
 
 		 219 aa  68.9  0.00000000009  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 232 aa  68.6  0.00000000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  37.62 
 
 		 226 aa  68.9  0.00000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 231 aa  68.6  0.0000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>