More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4995 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4995  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 254 aa  502  1e-141  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.349641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 225 aa  91.3  1e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0933  transcriptional regulator, GntR family  32.7 
 
 		 212 aa  89.4  5e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3643  GntR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 255 aa  89  6e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3629  GntR family transcriptional regulator  37.64 
 
 		 246 aa  89  6e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1628  transcriptional regulator, GntR family  34.67 
 
 		 271 aa  88.6  8e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3944  transcriptional regulator, GntR family  36.36 
 
 		 258 aa  87.8  1e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4020  GntR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 255 aa  87.8  1e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4046  GntR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 255 aa  87.4  2e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 248 aa  87.8  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0235  GntR family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 267 aa  87  2e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 212 aa  87.4  2e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2016  GntR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 230 aa  87.4  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0125173 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 262 aa  86.3  4e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3766  GntR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 234 aa  86.3  5e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 255 aa  86.3  5e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  32.73 
 
 		 219 aa  85.5  7e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2372  transcriptional regulator, GntR family  33.17 
 
 		 225 aa  85.1  9e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000612735  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2045  GntR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 258 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.612828 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3628  GntR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 262 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0316  GntR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 262 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0346  GntR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 238 aa  83.6  0.000000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5213  GntR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 221 aa  83.6  0.000000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.380021  normal  0.310032 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  30.5 
 
 		 226 aa  82.8  0.000000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1124  transcriptional regulator, GntR family  32.12 
 
 		 223 aa  83.2  0.000000000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 233 aa  82.4  0.000000000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5875  GntR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 229 aa  80.9  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2569  GntR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 227 aa  80.9  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.107235 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 223 aa  80.5  0.00000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 223 aa  79.3  0.00000000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3443  GntR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 266 aa  79.3  0.00000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2767  GntR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 261 aa  79  0.00000000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00604327  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  40.65 
 
 		 230 aa  79  0.00000000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2039  GntR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 211 aa  79  0.00000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3199  GntR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 222 aa  79  0.00000000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.405937  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4343  GntR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 218 aa  79  0.00000000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0051  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 227 aa  79  0.00000000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331225 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0300  GntR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 245 aa  79  0.00000000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.211588 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1848  transcriptional regulator, GntR family  35.03 
 
 		 211 aa  78.6  0.00000000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0180  transcriptional regulator, GntR family  31.94 
 
 		 217 aa  78.6  0.00000000000009  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  35.6 
 
 		 235 aa  78.2  0.0000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6082  transcriptional regulator GntR family  33.16 
 
 		 230 aa  77.8  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4345  GntR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 242 aa  77.8  0.0000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 238 aa  77.8  0.0000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5660  transcriptional regulator GntR family  32.98 
 
 		 227 aa  77.4  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.495941  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3893  GntR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 243 aa  77.4  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.000000224678  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0601  GntR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 227 aa  77.4  0.0000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4146  GntR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 243 aa  77.4  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.10084  normal  0.977946 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  43.56 
 
 		 239 aa  77.8  0.0000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  51.25 
 
 		 228 aa  77.4  0.0000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4056  GntR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 244 aa  76.6  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.153402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4693  GntR family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 267 aa  76.6  0.0000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 235 aa  77  0.0000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4617  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 239 aa  77  0.0000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 256 aa  76.6  0.0000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2226  transcriptional regulator, GntR family  33.09 
 
 		 245 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.113996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2081  GntR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 250 aa  76.3  0.0000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0430  transcriptional regulator, GntR family  31.94 
 
 		 235 aa  76.3  0.0000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0615592  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2671  transcriptional regulator, GntR family  30.89 
 
 		 250 aa  76.3  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0107111  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2405  transcriptional regulator GntR  30.89 
 
 		 250 aa  76.3  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.146644  normal  0.768585 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3096  GntR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 255 aa  75.9  0.0000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2259  GntR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 250 aa  75.9  0.0000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2862  GntR domain protein  32.64 
 
 		 229 aa  75.5  0.0000000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.417277  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2403  GntR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 96 aa  75.5  0.0000000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 224 aa  75.5  0.0000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5379  transcriptional regulator, GntR family  27.94 
 
 		 252 aa  75.5  0.0000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3659  transcriptional regulator, GntR family  33.13 
 
 		 219 aa  75.5  0.0000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.712935  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  43.27 
 
 		 229 aa  75.1  0.0000000000009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1013  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 232 aa  75.1  0.0000000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.475037  normal  0.972264 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3603  GntR family transcriptional regulator  38.4 
 
 		 219 aa  75.5  0.0000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.487486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 229 aa  75.5  0.0000000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1076  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 223 aa  74.7  0.000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2535  transcriptional regulator, GntR family  32.71 
 
 		 222 aa  74.7  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0992  transcriptional regulator, GntR family  33.5 
 
 		 223 aa  74.7  0.000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1164  GntR family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 218 aa  75.1  0.000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.720866  normal  0.242245 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0874  GntR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 226 aa  74.7  0.000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.366821  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1271  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 234 aa  74.7  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2126  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 215 aa  75.1  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.199216  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0723  GntR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 243 aa  74.7  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.214964  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  28.37 
 
 		 241 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0498  GntR family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 231 aa  75.1  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3959  GntR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 219 aa  74.7  0.000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.426708  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 235 aa  73.9  0.000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3649  GntR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 250 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.078478  normal  0.168934 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3604  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 214 aa  74.3  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.463907 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3006  regulatory protein GntR, HTH  40.86 
 
 		 218 aa  73.9  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.15362  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3021  GntR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 234 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.222763 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 234 aa  74.3  0.000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5113  transcriptional regulator, GntR family  32.51 
 
 		 230 aa  73.9  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0844169  normal  0.823532 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3025  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 225 aa  74.3  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.131059  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4473  transcriptional regulator, GntR family  37.41 
 
 		 224 aa  73.9  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.729614 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1722  GntR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 218 aa  73.9  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.622001 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6326  putative transcriptional regulator  28.57 
 
 		 226 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1510  GntR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 222 aa  73.6  0.000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535687  normal  0.154359 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 239 aa  73.9  0.000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3236  GntR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 250 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.686096  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  48.28 
 
 		 237 aa  73.2  0.000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4643  transcriptional regulator, GntR family  34.06 
 
 		 221 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.215636  normal  0.668191 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3844  GntR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 260 aa  73.6  0.000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0591762 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2798  GntR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 233 aa  73.2  0.000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.297778 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>