More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2749 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2749  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 219 aa  442  1e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0481832  normal  0.715519 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44690  GntR family transcriptional regulator  78.08 
 
 		 219 aa  352  2e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0330789 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3807  putative transcriptional regulator  77.63 
 
 		 219 aa  350  8e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1816  regulatory protein, GntR  70.97 
 
 		 219 aa  311  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0697893  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1798  GntR family transcriptional regulator  70.37 
 
 		 219 aa  304  8.000000000000001e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0578188  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3659  transcriptional regulator, GntR family  69.91 
 
 		 219 aa  301  5.000000000000001e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.712935  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3603  GntR family transcriptional regulator  68.66 
 
 		 219 aa  295  3e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.487486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3841  GntR family transcriptional regulator  67.74 
 
 		 219 aa  293  2e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.849545 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1591  GntR family transcriptional regulator  67.28 
 
 		 219 aa  291  4e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.355818 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4277  GntR family transcriptional regulator  66.82 
 
 		 219 aa  290  8e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.995152  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1164  regulatory protein GntR, HTH  45.18 
 
 		 234 aa  179  4e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3006  regulatory protein GntR, HTH  40.93 
 
 		 218 aa  164  1.0000000000000001e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.15362  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0504  regulatory protein GntR, HTH  31.65 
 
 		 219 aa  107  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2767  GntR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 261 aa  96.7  3e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00604327  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  30.5 
 
 		 223 aa  79.3  0.00000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 219 aa  72  0.000000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 233 aa  71.2  0.00000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0235  GntR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 267 aa  70.5  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3628  GntR family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 262 aa  69.7  0.00000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0316  GntR family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 262 aa  69.7  0.00000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 256 aa  69.7  0.00000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3643  GntR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 255 aa  69.3  0.00000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 255 aa  68.9  0.00000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 262 aa  68.9  0.00000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0346  GntR family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 238 aa  68.9  0.00000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4046  GntR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 255 aa  68.6  0.00000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4020  GntR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 255 aa  68.6  0.00000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3944  transcriptional regulator, GntR family  33.54 
 
 		 258 aa  68.6  0.00000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  24.27 
 
 		 234 aa  68.2  0.0000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5170  transcriptional regulator, GntR family  30.11 
 
 		 269 aa  67  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4995  GntR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 254 aa  67  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.349641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3577  GntR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 236 aa  66.6  0.0000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.0000218035  normal  0.39883 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003675  predicted regulator PutR for proline utilization GntR family  30.26 
 
 		 224 aa  65.5  0.0000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 229 aa  65.5  0.0000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1628  transcriptional regulator, GntR family  40.66 
 
 		 271 aa  64.3  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2403  GntR family transcriptional regulator  40.24 
 
 		 96 aa  64.3  0.000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2579  GntR family transcriptional regulator  39.76 
 
 		 346 aa  63.9  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.252259  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1517  transcriptional regulator, GntR family  27.5 
 
 		 225 aa  62.4  0.000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.156852  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  23.86 
 
 		 223 aa  62.4  0.000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2707  GntR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 223 aa  62.4  0.000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.755904  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3134  regulatory protein GntR HTH  31.03 
 
 		 238 aa  62.4  0.000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.998254  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22960  transcriptional regulator  42.31 
 
 		 235 aa  62.4  0.000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.483405  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3389  GntR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 223 aa  62.4  0.000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2509  GntR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 211 aa  62.4  0.000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0825913 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1124  transcriptional regulator, GntR family  27.14 
 
 		 223 aa  62  0.000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3422  GntR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 214 aa  62  0.000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  25.25 
 
 		 226 aa  62  0.000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3148  GntR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 250 aa  62  0.000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.275687  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2372  transcriptional regulator, GntR family  29.15 
 
 		 225 aa  61.6  0.000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000612735  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2286  transcriptional regulator, GntR family  28.72 
 
 		 232 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.28962  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1076  GntR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 223 aa  60.8  0.00000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0783  transcriptional regulator, GntR family  29.37 
 
 		 219 aa  61.2  0.00000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0992  transcriptional regulator, GntR family  28.26 
 
 		 223 aa  60.8  0.00000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1979  transcriptional regulator, GntR family  25.39 
 
 		 220 aa  61.2  0.00000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.053401  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4175  GntR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 241 aa  61.6  0.00000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2517  transcriptional regulator, GntR family  32.5 
 
 		 235 aa  60.8  0.00000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0375758  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 224 aa  61.2  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 251 aa  60.5  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1619  transcriptional regulator, GntR family  29.47 
 
 		 221 aa  60.5  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00167189  hitchhiker  0.000000109727 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0572  transcriptional regulator, GntR family  27.4 
 
 		 216 aa  60.1  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.666259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 233 aa  60.8  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  25.38 
 
 		 227 aa  59.7  0.00000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0786  GntR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 253 aa  60.1  0.00000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.000452632  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1582  GntR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 223 aa  59.3  0.00000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2458  GntR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 235 aa  59.7  0.00000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 239 aa  58.9  0.00000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3081  GntR family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 240 aa  59.3  0.00000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  23.81 
 
 		 226 aa  59.3  0.00000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3062  GntR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 228 aa  58.9  0.00000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0583263  normal  0.817477 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  22.82 
 
 		 235 aa  58.5  0.00000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0040  GntR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 227 aa  58.5  0.00000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1538  transcriptional regulator, GntR family  41.94 
 
 		 242 aa  58.5  0.00000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0494418 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 211 aa  58.5  0.00000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5213  GntR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 221 aa  58.5  0.00000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.380021  normal  0.310032 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5730  GntR family transcriptional regulator  25 
 
 		 251 aa  58.5  0.00000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.645386  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1564  transcriptional regulator, GntR family  32.93 
 
 		 238 aa  58.2  0.00000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000123193  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1630  GntR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 223 aa  57.8  0.0000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1608  GntR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 223 aa  57.8  0.0000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0385519  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1808  transcriptional regulator, GntR family  27.78 
 
 		 223 aa  57.8  0.0000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1758  GntR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 223 aa  57.8  0.0000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0256376  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3523  GntR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 275 aa  58.2  0.0000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.33471  normal  0.169398 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1174  GntR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 241 aa  57.8  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3051  GntR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 231 aa  57.8  0.0000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.487001  normal  0.14634 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6280  transcriptional regulator, GntR family  26.52 
 
 		 233 aa  57  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.00000068764  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2084  transcriptional regulator GntR  28.42 
 
 		 239 aa  57  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.853758  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 225 aa  56.6  0.0000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0614  transcriptional regulator, GntR family  26 
 
 		 216 aa  57  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.22125  normal  0.431633 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5188  GntR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 216 aa  57  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.948488  normal  0.0144297 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  28.37 
 
 		 238 aa  57  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2090  GntR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 222 aa  57.4  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.047228  normal  0.700914 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0790  GntR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 229 aa  57.4  0.0000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4283  GntR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 222 aa  57.4  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0724479  normal  0.899409 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 240 aa  56.6  0.0000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4142  GntR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 222 aa  56.6  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.209682  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5379  transcriptional regulator, GntR family  28.57 
 
 		 252 aa  56.2  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  21.15 
 
 		 235 aa  56.6  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2698  GntR family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 232 aa  56.2  0.0000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.132882 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5097  GntR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 216 aa  55.8  0.0000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 230 aa  56.2  0.0000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1848  transcriptional regulator, GntR family  27.1 
 
 		 211 aa  56.2  0.0000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>