More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_2403 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_2403  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 96 aa  191  4e-48  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3603  GntR family transcriptional regulator  46.39 
 
 		 219 aa  86.7  9e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.487486  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4277  GntR family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 219 aa  85.1  3e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.995152  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3841  GntR family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 219 aa  84.7  4e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.849545 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1591  GntR family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 219 aa  84.7  4e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.355818 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2767  GntR family transcriptional regulator  51.22 
 
 		 261 aa  80.1  0.000000000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00604327  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3659  transcriptional regulator, GntR family  42.22 
 
 		 219 aa  77.8  0.00000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.712935  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1798  GntR family transcriptional regulator  42.22 
 
 		 219 aa  77.8  0.00000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0578188  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1816  regulatory protein, GntR  42.22 
 
 		 219 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0697893  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4995  GntR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 254 aa  75.5  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.349641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3006  regulatory protein GntR, HTH  41.67 
 
 		 218 aa  75.5  0.0000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.15362  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1164  regulatory protein GntR, HTH  41.67 
 
 		 234 aa  74.7  0.0000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 230 aa  73.2  0.000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  45.05 
 
 		 228 aa  71.2  0.000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 219 aa  70.1  0.00000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3096  GntR family transcriptional regulator  40.24 
 
 		 255 aa  68.9  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4602  GntR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 229 aa  68.6  0.00000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.933486 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44690  GntR family transcriptional regulator  39 
 
 		 219 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0330789 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3807  putative transcriptional regulator  38.89 
 
 		 219 aa  67.8  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2509  GntR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 211 aa  67.4  0.00000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0825913 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1030  GntR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 237 aa  67  0.00000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.48599  normal  0.150605 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2025  transcriptional regulator, GntR family  37.78 
 
 		 232 aa  67  0.00000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00234923  hitchhiker  0.0065159 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1848  transcriptional regulator, GntR family  45.12 
 
 		 211 aa  67  0.00000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2039  GntR family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 211 aa  66.6  0.00000000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0095  GntR family transcriptional regulator  51.47 
 
 		 230 aa  66.2  0.0000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0109  transcriptional regulator, GntR family  40.45 
 
 		 229 aa  66.2  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.140287 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 233 aa  66.2  0.0000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1979  transcriptional regulator, GntR family  38.96 
 
 		 220 aa  66.6  0.0000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.053401  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0180  transcriptional regulator, GntR family  40.22 
 
 		 217 aa  66.6  0.0000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 256 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0235  GntR family transcriptional regulator  41.77 
 
 		 267 aa  65.5  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  41.18 
 
 		 231 aa  65.9  0.0000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1073  transcriptional regulator, GntR family  39.76 
 
 		 239 aa  65.5  0.0000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  39.76 
 
 		 241 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 233 aa  65.5  0.0000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3183  Transcriptional regulators-like protein  40.51 
 
 		 242 aa  65.1  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.138815  normal  0.149663 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2641  GntR family transcriptional regulator  47.89 
 
 		 219 aa  65.1  0.0000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3199  GntR family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 222 aa  65.1  0.0000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.405937  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1174  GntR family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 241 aa  65.1  0.0000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2904  transcriptional regulator, GntR family  40.48 
 
 		 216 aa  65.5  0.0000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2702  transcriptional regulator, GntR family  43.42 
 
 		 232 aa  65.5  0.0000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 235 aa  65.5  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4571  transcriptional regulator, GntR family  36.05 
 
 		 263 aa  64.3  0.0000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0294362 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5730  GntR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 251 aa  64.3  0.0000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.645386  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  38.64 
 
 		 226 aa  64.3  0.0000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4201  regulatory protein GntR HTH  36.05 
 
 		 263 aa  63.9  0.0000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316316 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 234 aa  64.3  0.0000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4222  GntR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 254 aa  64.3  0.0000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.993949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2749  GntR family transcriptional regulator  40.24 
 
 		 219 aa  64.3  0.0000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0481832  normal  0.715519 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4456  GntR family transcriptional regulator  44 
 
 		 213 aa  63.9  0.0000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0051  GntR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 227 aa  63.9  0.0000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331225 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  45.98 
 
 		 231 aa  63.9  0.0000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2126  transcriptional regulator, GntR family  41.46 
 
 		 215 aa  63.9  0.0000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.199216  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  42.17 
 
 		 225 aa  63.9  0.0000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4252  GntR family transcriptional regulator  39.76 
 
 		 241 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 232 aa  63.9  0.0000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3397  GntR family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 211 aa  63.5  0.0000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00851285  normal  0.427162 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 235 aa  63.5  0.0000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2579  GntR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 346 aa  63.5  0.0000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.252259  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1628  transcriptional regulator, GntR family  43.04 
 
 		 271 aa  63.5  0.0000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  44.93 
 
 		 226 aa  63.5  0.000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0394  transcriptional regulator, GntR family  49.3 
 
 		 250 aa  63.2  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.143272  normal  0.145673 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2160  GntR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 211 aa  63.2  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0507248  normal  0.384122 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  50 
 
 		 233 aa  62.8  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  50 
 
 		 239 aa  62.8  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  43.21 
 
 		 229 aa  63.2  0.000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  38.82 
 
 		 223 aa  62.8  0.000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  46.15 
 
 		 237 aa  63.2  0.000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 262 aa  63.5  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3051  GntR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 231 aa  63.2  0.000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.487001  normal  0.14634 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4718  transcriptional regulator, GntR family  36.05 
 
 		 274 aa  62.8  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0061626 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3094  transcriptional regulator, GntR family  37.65 
 
 		 233 aa  62.4  0.000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00936803  normal  0.247599 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6860  GntR family transcriptional regulator  45.21 
 
 		 242 aa  62.4  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0037  GntR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 213 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1768  GntR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 227 aa  62.4  0.000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000893003  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3002  GntR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 241 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  2.78265e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 211 aa  62  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3123  transcriptional regulator, GntR family  47.14 
 
 		 219 aa  62.4  0.000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.312088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4650  regulatory protein GntR HTH  38.27 
 
 		 230 aa  61.6  0.000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.272173  normal  0.380465 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5113  transcriptional regulator, GntR family  38.27 
 
 		 230 aa  61.6  0.000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0844169  normal  0.823532 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3081  GntR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 240 aa  61.6  0.000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  34.09 
 
 		 223 aa  61.6  0.000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4341  transcriptional regulator, GntR family  42.86 
 
 		 221 aa  62  0.000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.341994 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31340  transcriptional regulator  38.64 
 
 		 223 aa  61.2  0.000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0073  GntR family transcriptional regulator  47.14 
 
 		 232 aa  61.6  0.000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1164  GntR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 218 aa  61.2  0.000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.720866  normal  0.242245 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2514  transcriptional regulator, GntR family  44.12 
 
 		 273 aa  61.6  0.000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00436634  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3148  transcriptional regulator, GntR family  43.84 
 
 		 222 aa  61.2  0.000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3496  GntR family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 237 aa  61.6  0.000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1081  transcriptional regulator GntR family  38.2 
 
 		 222 aa  61.2  0.000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0023  transcriptional regulator, GntR family  45.21 
 
 		 230 aa  61.2  0.000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.697058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0022  GntR domain-containing protein  45.21 
 
 		 228 aa  61.2  0.000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  32.58 
 
 		 229 aa  60.8  0.000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  32.58 
 
 		 229 aa  61.2  0.000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 212 aa  60.8  0.000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  35.71 
 
 		 227 aa  60.8  0.000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5191  transcriptional regulator, GntR family  38.27 
 
 		 225 aa  60.8  0.000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.000155009  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3629  GntR family transcriptional regulator  41.77 
 
 		 246 aa  60.8  0.000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2906  GntR family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 226 aa  60.8  0.000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.359044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0293  GntR family transcriptional regulator  45.21 
 
 		 230 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.972725  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>