More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3081 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_3081  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 240 aa  488  1e-137  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0498  GntR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 231 aa  95.9  5e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 226 aa  87.8  1e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 234 aa  85.1  8e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  24.51 
 
 		 235 aa  84.7  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  25 
 
 		 235 aa  83.6  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  29.67 
 
 		 238 aa  83.2  0.000000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  30 
 
 		 223 aa  83.6  0.000000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 240 aa  82  0.000000000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7238  transcriptional regulator GntR family  29.13 
 
 		 224 aa  82  0.000000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178912  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2122  GntR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 241 aa  82  0.000000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.154991  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4803  transcriptional regulator, GntR family  31.91 
 
 		 225 aa  81.3  0.00000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  28.22 
 
 		 226 aa  80.5  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3496  GntR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 237 aa  80.5  0.00000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7582  GntR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 234 aa  80.1  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 219 aa  80.1  0.00000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2188  GntR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 224 aa  79.7  0.00000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.927637 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  25.24 
 
 		 226 aa  80.1  0.00000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5097  GntR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 216 aa  78.6  0.00000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1861  GntR family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 264 aa  78.6  0.00000000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  25.6 
 
 		 231 aa  78.2  0.0000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 233 aa  78.2  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1439  transcriptional regulator, GntR family  26.19 
 
 		 238 aa  78.2  0.0000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3523  GntR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 275 aa  77  0.0000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.33471  normal  0.169398 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 223 aa  77  0.0000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5228  transcriptional regulator, GntR family  31.03 
 
 		 262 aa  76.6  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.860524  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3062  GntR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 228 aa  76.3  0.0000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0583263  normal  0.817477 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5191  transcriptional regulator, GntR family  27.5 
 
 		 225 aa  76.3  0.0000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.000155009  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3396  GntR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 233 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.296167  normal  0.56362 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 245 aa  75.9  0.0000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 223 aa  75.9  0.0000000000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3094  transcriptional regulator, GntR family  30.39 
 
 		 233 aa  75.9  0.0000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00936803  normal  0.247599 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3891  transcriptional regulator, GntR family  29.38 
 
 		 263 aa  75.5  0.0000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.354634 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1292  GntR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 221 aa  75.5  0.0000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.284438 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 229 aa  75.5  0.0000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  24.88 
 
 		 229 aa  75.1  0.0000000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1392  GntR family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 224 aa  75.1  0.0000000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0675425  normal  0.0999005 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 235 aa  74.7  0.000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0584  transcriptional regulator, GntR family  32.58 
 
 		 231 aa  74.7  0.000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.525368  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 230 aa  74.7  0.000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0051  GntR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 227 aa  73.9  0.000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331225 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  24.88 
 
 		 229 aa  74.3  0.000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3782  GntR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 233 aa  73.9  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0416767  normal  0.193335 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5730  GntR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 251 aa  74.3  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.645386  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2752  GntR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 240 aa  74.3  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.868488 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2570  transcriptional regulator  39.64 
 
 		 213 aa  73.6  0.000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.565298  hitchhiker  0.000000111966 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4643  transcriptional regulator, GntR family  36.76 
 
 		 221 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.215636  normal  0.668191 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  28 
 
 		 231 aa  73.6  0.000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2045  GntR family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 258 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.612828 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0233  GntR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 219 aa  73.2  0.000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5113  transcriptional regulator, GntR family  28.36 
 
 		 230 aa  73.6  0.000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0844169  normal  0.823532 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2862  GntR domain protein  33.5 
 
 		 229 aa  73.2  0.000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.417277  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5017  GntR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 231 aa  73.2  0.000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.488746  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4650  regulatory protein GntR HTH  34.4 
 
 		 230 aa  72.8  0.000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.272173  normal  0.380465 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7930  transcriptional regulator, GntR family  28.57 
 
 		 221 aa  73.2  0.000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5170  transcriptional regulator, GntR family  36.57 
 
 		 269 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  33.67 
 
 		 228 aa  72  0.000000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3571  hypothetical protein  30.1 
 
 		 230 aa  72  0.000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.792294 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  29.05 
 
 		 219 aa  72  0.000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 224 aa  72  0.000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5631  GntR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 229 aa  72  0.000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4571  transcriptional regulator, GntR family  38.95 
 
 		 263 aa  72  0.000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0294362 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 251 aa  72  0.000000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  28.18 
 
 		 241 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4718  transcriptional regulator, GntR family  36.11 
 
 		 274 aa  71.6  0.00000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0061626 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4252  GntR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 241 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4456  GntR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 213 aa  71.2  0.00000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4046  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 235 aa  71.2  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3048  GntR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 225 aa  70.9  0.00000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  24.37 
 
 		 229 aa  70.9  0.00000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1839  GntR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 220 aa  70.9  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00000090483  n/a   
 
 
 
NC_013946  Mrub_2680  GntR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 229 aa  70.5  0.00000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.224385  normal  0.117444 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6237  GntR family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 233 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.223321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3199  GntR family transcriptional regulator  46.48 
 
 		 222 aa  70.9  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.405937  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2226  transcriptional regulator, GntR family  36.3 
 
 		 245 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.113996  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6406  GntR family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 233 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.507804  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0942  GntR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 214 aa  70.9  0.00000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  24.87 
 
 		 225 aa  70.5  0.00000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4201  regulatory protein GntR HTH  37.89 
 
 		 263 aa  70.5  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316316 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2126  transcriptional regulator, GntR family  34.9 
 
 		 215 aa  70.5  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.199216  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6639  GntR family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 233 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.497673  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2906  GntR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 226 aa  70.5  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.359044  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  24.5 
 
 		 226 aa  70.1  0.00000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4801  GntR family transcriptional regulator  28 
 
 		 254 aa  70.1  0.00000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0205444  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4183  regulatory protein GntR HTH  32.84 
 
 		 222 aa  70.1  0.00000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  24.88 
 
 		 232 aa  70.5  0.00000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3021  GntR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 234 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.222763 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 232 aa  70.1  0.00000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4656  transcriptional regulator, GntR family  28.5 
 
 		 237 aa  70.1  0.00000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.741615 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4602  GntR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 229 aa  70.1  0.00000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.933486 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3567  GntR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 228 aa  70.1  0.00000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1630  GntR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 223 aa  69.7  0.00000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1608  GntR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 223 aa  69.7  0.00000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0385519  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1495  regulatory protein GntR HTH  29.81 
 
 		 231 aa  69.7  0.00000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.635233  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1758  GntR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 223 aa  69.7  0.00000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0256376  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1808  transcriptional regulator, GntR family  28.08 
 
 		 223 aa  69.7  0.00000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0933  transcriptional regulator, GntR family  25.76 
 
 		 212 aa  69.3  0.00000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0601  GntR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 227 aa  69.3  0.00000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5836  GntR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 230 aa  69.3  0.00000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6280  transcriptional regulator, GntR family  30.16 
 
 		 233 aa  69.3  0.00000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.00000068764  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>