More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_3603 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_3603  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 219 aa  441  1e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.487486  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4277  GntR family transcriptional regulator  92.24 
 
 		 219 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.995152  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3841  GntR family transcriptional regulator  92.69 
 
 		 219 aa  410  1e-113  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.849545 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1591  GntR family transcriptional regulator  92.24 
 
 		 219 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.355818 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1816  regulatory protein, GntR  75.34 
 
 		 219 aa  340  8e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0697893  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1798  GntR family transcriptional regulator  75.46 
 
 		 219 aa  334  5.999999999999999e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0578188  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3659  transcriptional regulator, GntR family  73.15 
 
 		 219 aa  322  2e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.712935  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2749  GntR family transcriptional regulator  68.66 
 
 		 219 aa  295  3e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0481832  normal  0.715519 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44690  GntR family transcriptional regulator  68.2 
 
 		 219 aa  287  7e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0330789 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3807  putative transcriptional regulator  67.74 
 
 		 219 aa  286  1e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1164  regulatory protein GntR, HTH  41.92 
 
 		 234 aa  156  2e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3006  regulatory protein GntR, HTH  38.71 
 
 		 218 aa  154  7e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.15362  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0504  regulatory protein GntR, HTH  31.8 
 
 		 219 aa  114  7.999999999999999e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2767  GntR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 261 aa  102  4e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00604327  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2403  GntR family transcriptional regulator  46.39 
 
 		 96 aa  86.7  2e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 219 aa  80.1  0.00000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 233 aa  77.4  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3422  GntR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 214 aa  77  0.0000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  24.39 
 
 		 226 aa  76.3  0.0000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  31.09 
 
 		 223 aa  75.9  0.0000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4995  GntR family transcriptional regulator  38.4 
 
 		 254 aa  75.5  0.0000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.349641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5631  GntR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 229 aa  75.1  0.0000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 230 aa  72  0.000000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3062  GntR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 228 aa  71.6  0.000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0583263  normal  0.817477 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3295  transcriptional regulator, GntR family  25.81 
 
 		 232 aa  71.2  0.00000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2509  GntR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 211 aa  70.9  0.00000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0825913 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 225 aa  69.7  0.00000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2090  GntR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 222 aa  70.1  0.00000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.047228  normal  0.700914 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2707  GntR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 223 aa  70.1  0.00000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.755904  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 235 aa  69.3  0.00000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3577  GntR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 236 aa  69.3  0.00000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.0000218035  normal  0.39883 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  26.54 
 
 		 228 aa  68.9  0.00000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 223 aa  68.9  0.00000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0786  GntR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 253 aa  68.9  0.00000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.000452632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0992  transcriptional regulator, GntR family  29.89 
 
 		 223 aa  68.6  0.00000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1076  GntR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 223 aa  68.6  0.00000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3096  GntR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 255 aa  68.6  0.00000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5836  GntR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 230 aa  68.2  0.00000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2458  GntR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 235 aa  68.2  0.00000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2755  GntR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 222 aa  68.2  0.00000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1632  GntR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 223 aa  68.2  0.0000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.592132  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 234 aa  67.4  0.0000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2579  GntR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 346 aa  67.4  0.0000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.252259  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0235  GntR family transcriptional regulator  44.87 
 
 		 267 aa  67.4  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0466  GntR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 239 aa  67.4  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0135262 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1582  GntR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 223 aa  66.6  0.0000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1773  transcriptional regulator, GntR family  28.14 
 
 		 223 aa  66.2  0.0000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.851704  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1848  transcriptional regulator, GntR family  29.76 
 
 		 211 aa  66.2  0.0000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0430  transcriptional regulator, GntR family  39.78 
 
 		 235 aa  65.5  0.0000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0615592  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1517  transcriptional regulator, GntR family  28.3 
 
 		 225 aa  65.5  0.0000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.156852  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  29.86 
 
 		 227 aa  65.5  0.0000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1834  GntR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 223 aa  65.1  0.0000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5027  transcriptional regulator, GntR family  27.23 
 
 		 224 aa  65.1  0.0000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1630  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 223 aa  65.1  0.0000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1608  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 223 aa  65.1  0.0000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0385519  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1758  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 223 aa  65.1  0.0000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0256376  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1808  transcriptional regulator, GntR family  28.57 
 
 		 223 aa  65.1  0.0000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5730  GntR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 251 aa  65.1  0.0000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.645386  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2039  GntR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 211 aa  65.1  0.0000000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  27.78 
 
 		 241 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3397  GntR family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 211 aa  64.7  0.000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00851285  normal  0.427162 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1891  transcriptional regulator, GntR family  29.22 
 
 		 223 aa  64.7  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0316867  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 256 aa  64.7  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 224 aa  64.3  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 226 aa  64.3  0.000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1929  GntR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 249 aa  63.5  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2517  transcriptional regulator, GntR family  46.25 
 
 		 235 aa  63.9  0.000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0375758  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1174  GntR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 241 aa  63.9  0.000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0495  transcriptional regulator GntR  27.23 
 
 		 249 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2372  transcriptional regulator, GntR family  30.5 
 
 		 225 aa  63.2  0.000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000612735  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2514  transcriptional regulator, GntR family  44.58 
 
 		 273 aa  63.2  0.000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00436634  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0341  transcriptional regulator, GntR family  28 
 
 		 217 aa  63.5  0.000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.220517  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2535  transcriptional regulator, GntR family  26.7 
 
 		 222 aa  63.2  0.000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1538  transcriptional regulator, GntR family  48.72 
 
 		 242 aa  63.2  0.000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0494418 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3629  GntR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 246 aa  63.2  0.000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 240 aa  62.4  0.000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1721  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.75 
 
 		 221 aa  62.4  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000356206 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4252  GntR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 241 aa  62.4  0.000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1628  transcriptional regulator, GntR family  46.67 
 
 		 271 aa  62.4  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0383  GntR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 224 aa  62.4  0.000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000295575  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2905  transcriptional regulator, GntR family  24.53 
 
 		 231 aa  62.4  0.000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3002  GntR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 241 aa  62  0.000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  2.78265e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1722  GntR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 218 aa  62  0.000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.622001 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0450  GntR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 224 aa  62.4  0.000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.256428  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1214  GntR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 220 aa  62.4  0.000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000309103  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3247  GntR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 230 aa  62  0.000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2906  GntR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 226 aa  62  0.000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.359044  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003675  predicted regulator PutR for proline utilization GntR family  30.82 
 
 		 224 aa  61.6  0.000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1030  GntR family transcriptional regulator  24.65 
 
 		 237 aa  61.6  0.000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.48599  normal  0.150605 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2698  GntR family transcriptional regulator  40.24 
 
 		 232 aa  61.6  0.000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.132882 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01407  predicted DNA-binding transcriptional regulator  26.73 
 
 		 221 aa  60.8  0.00000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01418  hypothetical protein  26.73 
 
 		 221 aa  60.8  0.00000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4082  transcriptional regulator, GntR family  32.03 
 
 		 223 aa  61.6  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.833771  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 229 aa  61.2  0.00000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3053  GntR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 229 aa  60.8  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.784851  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1073  transcriptional regulator, GntR family  30.77 
 
 		 239 aa  61.2  0.00000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0790  GntR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 229 aa  60.8  0.00000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 212 aa  61.2  0.00000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0783  transcriptional regulator, GntR family  35.14 
 
 		 219 aa  60.8  0.00000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4222  GntR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 254 aa  60.5  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.993949  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>