More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_0341 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011883  Ddes_0341  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 217 aa  449  1e-125  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.220517  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0606  GntR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 223 aa  184  8e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2579  GntR family transcriptional regulator  44.66 
 
 		 346 aa  179  2.9999999999999997e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.252259  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  27.94 
 
 		 231 aa  92.8  3e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 230 aa  88.2  9e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  25.12 
 
 		 223 aa  87.4  1e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 225 aa  86.7  2e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  25.79 
 
 		 228 aa  85.9  4e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2090  GntR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 222 aa  83.2  0.000000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.047228  normal  0.700914 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4456  GntR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 213 aa  80.9  0.00000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 256 aa  81.3  0.00000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3711  GntR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 228 aa  80.5  0.00000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.572132  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23200  transcriptional regulator, GntR  26.57 
 
 		 240 aa  80.1  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4755  transcriptional regulator, GntR family  26.47 
 
 		 227 aa  80.5  0.00000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  25 
 
 		 223 aa  80.5  0.00000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 233 aa  79.3  0.00000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0845  GntR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 231 aa  78.6  0.00000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 235 aa  77.8  0.0000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5228  transcriptional regulator, GntR family  26.94 
 
 		 262 aa  77.4  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.860524  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3933  GntR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 282 aa  77  0.0000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.903638  decreased coverage  0.00636181 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2286  transcriptional regulator, GntR family  25.6 
 
 		 232 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.28962  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1619  transcriptional regulator, GntR family  27.5 
 
 		 221 aa  77  0.0000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00167189  hitchhiker  0.000000109727 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2333  GntR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 238 aa  76.6  0.0000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.527944  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7238  transcriptional regulator GntR family  28.57 
 
 		 224 aa  76.3  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178912  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3437  GntR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 238 aa  76.6  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00721447  normal  0.10278 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2084  transcriptional regulator GntR  25.6 
 
 		 239 aa  76.3  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.853758  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  24.04 
 
 		 234 aa  76.3  0.0000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1934  GntR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 238 aa  76.6  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.168362  hitchhiker  0.000000002523 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4674  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 230 aa  75.9  0.0000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1929  GntR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 249 aa  75.9  0.0000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1812  transcriptional regulator, GntR family  31.22 
 
 		 248 aa  76.3  0.0000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.515993  normal  0.0165675 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5836  GntR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 230 aa  75.9  0.0000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4353  GntR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 290 aa  75.5  0.0000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4793  transcriptional regulator, GntR family  28.42 
 
 		 244 aa  75.5  0.0000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00330899  hitchhiker  0.000000951338 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3132  GntR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 230 aa  75.5  0.0000000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.258152  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17540  transcriptional regulator, GntR family  28.64 
 
 		 224 aa  75.5  0.0000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.615531  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3589  GntR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 218 aa  75.1  0.0000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.144586 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4322  transcriptional regulator, GntR family  31.94 
 
 		 246 aa  75.1  0.0000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3667  transcriptional regulator  26.96 
 
 		 214 aa  75.5  0.0000000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.808717  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  27.27 
 
 		 238 aa  75.1  0.0000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 211 aa  75.1  0.0000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1871  GntR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 265 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283642  normal  0.395033 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6216  transcriptional regulator, GntR family  28.79 
 
 		 249 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.468686  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1774  GntR family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 234 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253131  hitchhiker  0.0000230253 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0694  transcriptional regulator, GntR family  24.52 
 
 		 215 aa  73.9  0.000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 262 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5559  transcriptional regulator GntR family  26.94 
 
 		 252 aa  73.6  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1124  transcriptional regulator, GntR family  28.35 
 
 		 223 aa  73.9  0.000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5069  GntR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 247 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.046054  normal  0.249885 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2125  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 230 aa  73.2  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3350  transcriptional regulator, GntR family  27.36 
 
 		 234 aa  73.2  0.000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.398966  normal  0.021988 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3422  GntR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 214 aa  73.2  0.000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1439  transcriptional regulator, GntR family  25.56 
 
 		 238 aa  73.2  0.000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  22.4 
 
 		 226 aa  72.8  0.000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2384  GntR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 211 aa  72.4  0.000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0417  GntR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 254 aa  72.8  0.000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 255 aa  72.4  0.000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4693  GntR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 267 aa  72.4  0.000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1979  transcriptional regulator, GntR family  27.64 
 
 		 220 aa  72.4  0.000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.053401  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3643  GntR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 255 aa  72.4  0.000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1174  GntR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 241 aa  72.4  0.000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2535  transcriptional regulator, GntR family  22.51 
 
 		 222 aa  72  0.000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1421  GntR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 217 aa  72  0.000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00674258  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  26.63 
 
 		 223 aa  72  0.000000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3944  transcriptional regulator, GntR family  28.29 
 
 		 258 aa  71.6  0.000000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4046  GntR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 255 aa  71.6  0.000000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4020  GntR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 255 aa  71.6  0.000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0181  GntR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 229 aa  71.6  0.000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.454577  normal  0.894817 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1632  GntR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 223 aa  71.2  0.00000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.592132  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5240  transcriptional regulator, GntR family  26 
 
 		 227 aa  70.9  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3096  GntR family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 255 aa  70.9  0.00000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0942  GntR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 214 aa  71.2  0.00000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3628  GntR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 262 aa  70.9  0.00000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0316  GntR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 262 aa  70.9  0.00000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  27.5 
 
 		 237 aa  71.2  0.00000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2025  transcriptional regulator, GntR family  28.87 
 
 		 232 aa  71.2  0.00000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00234923  hitchhiker  0.0065159 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0951  GntR family transcriptional regulator  24.26 
 
 		 235 aa  71.2  0.00000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0346  GntR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 238 aa  70.1  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  24.15 
 
 		 241 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3523  GntR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 239 aa  70.9  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0140617  normal  0.356265 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0073  GntR family transcriptional regulator  24.5 
 
 		 232 aa  70.5  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  23.83 
 
 		 232 aa  70.5  0.00000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3386  GntR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 264 aa  70.5  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.020999 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4101  GntR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 247 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1461  transcriptional regulator, GntR family  22.63 
 
 		 268 aa  70.1  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  25.51 
 
 		 241 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2536  GntR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 242 aa  70.1  0.00000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00251581  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1411  transcriptional regulator, GntR family  32.68 
 
 		 212 aa  70.1  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.732833  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0065  GntR family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 235 aa  70.1  0.00000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0261299  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0336  transcriptional regulator, GntR family  32.87 
 
 		 242 aa  70.1  0.00000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3536  GntR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 247 aa  70.1  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0946  transcriptional regulator, GntR family  26.21 
 
 		 239 aa  70.1  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.961128  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3123  transcriptional regulator, GntR family  32 
 
 		 219 aa  70.1  0.00000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.312088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3619  GntR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 239 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00335274  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2079  GntR family transcriptional regulator  23.67 
 
 		 240 aa  69.7  0.00000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.70187  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0795  GntR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 232 aa  70.1  0.00000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2641  GntR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 219 aa  69.7  0.00000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0293  GntR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 230 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.972725  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2875  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  24.02 
 
 		 231 aa  69.7  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0806  transcriptional regulator, GntR family  24.64 
 
 		 228 aa  69.7  0.00000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.459024  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>