More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_5027 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_5027  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 224 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0495  transcriptional regulator GntR  91.32 
 
 		 249 aa  410  1e-114  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5376  transcriptional regulator, GntR family  80.73 
 
 		 221 aa  372  1e-102  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0423654  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3295  transcriptional regulator, GntR family  64.59 
 
 		 232 aa  276  2e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2447  GntR family transcriptional regulator  61.72 
 
 		 222 aa  274  7e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0874  GntR family transcriptional regulator  58.48 
 
 		 226 aa  270  9e-72  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.366821  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5735  GntR family transcriptional regulator  62.8 
 
 		 224 aa  270  1e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.419462 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3515  GntR family transcriptional regulator  60.1 
 
 		 226 aa  269  2.9999999999999997e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.715745  normal  0.6161 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2173  hypothetical protein  58.37 
 
 		 222 aa  268  5e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0421026  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0318  GntR family transcriptional regulator  62.32 
 
 		 218 aa  252  3e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5853  transcriptional regulator GntR family  59.9 
 
 		 221 aa  247  1e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.110749  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3518  transcriptional regulator, GntR family  50.97 
 
 		 219 aa  189  2e-47  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0537  transcriptional regulator, GntR family  53.09 
 
 		 245 aa  181  6e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0745569  normal  0.0258493 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2681  transcriptional regulator, GntR family  46.57 
 
 		 231 aa  170  2e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3560  transcriptional regulator, GntR family  42.92 
 
 		 236 aa  158  5e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.798269  normal  0.770006 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0048  GntR family transcriptional regulator  43.27 
 
 		 194 aa  149  3e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6353  transcriptional regulator, GntR family  39.81 
 
 		 232 aa  146  2.0000000000000003e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6997  transcriptional regulator, GntR family  42.5 
 
 		 232 aa  146  3e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0178  transcriptional regulator, GntR family  44.61 
 
 		 225 aa  141  8e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4799  transcriptional regulator, GntR family  40.28 
 
 		 233 aa  133  1.9999999999999998e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.197176 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4225  transcriptional regulator, GntR family  39.09 
 
 		 215 aa  130  1.0000000000000001e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.625874  normal  0.700845 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00430  transcriptional regulator  35.19 
 
 		 227 aa  123  2e-27  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.298541 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0092  GntR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 236 aa  123  2e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19230  transcriptional regulator  36.92 
 
 		 235 aa  113  3e-24  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2798  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 216 aa  111  8.000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3314  transcriptional regulator, GntR family  34.17 
 
 		 236 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3986  GntR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 224 aa  107  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.963053  normal  0.126753 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4450  GntR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 224 aa  107  1e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4086  GntR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 224 aa  107  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.297751  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6333  transcriptional regulator, GntR family  29.86 
 
 		 245 aa  100  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1124  transcriptional regulator, GntR family  34.93 
 
 		 223 aa  92  7e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1752  GntR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 217 aa  91.3  1e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1313  regulatory protein GntR, HTH  32.27 
 
 		 227 aa  89.7  3e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.568761  hitchhiker  0.00841206 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5069  GntR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 247 aa  87.8  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.046054  normal  0.249885 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  29.52 
 
 		 238 aa  86.3  3e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4693  GntR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 267 aa  85.9  4e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  28.57 
 
 		 226 aa  84.3  0.000000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30150  transcriptional regulator, GntR family  35.67 
 
 		 233 aa  84.3  0.000000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.132781  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2535  transcriptional regulator, GntR family  32 
 
 		 222 aa  83.6  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  29.82 
 
 		 227 aa  82.8  0.000000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4755  transcriptional regulator, GntR family  30.88 
 
 		 227 aa  82  0.000000000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1871  GntR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 265 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283642  normal  0.395033 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0665  transcriptional regulator, GntR family  34.87 
 
 		 249 aa  80.1  0.00000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0305272 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5625  transcriptional regulator, GntR family  35.93 
 
 		 240 aa  80.5  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.489538  decreased coverage  0.00304331 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4793  transcriptional regulator, GntR family  35.33 
 
 		 244 aa  79.7  0.00000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00330899  hitchhiker  0.000000951338 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1510  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 		 222 aa  80.1  0.00000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535687  normal  0.154359 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3719  GntR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 232 aa  78.6  0.00000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.329499  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1076  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 223 aa  78.6  0.00000000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0992  transcriptional regulator, GntR family  33.18 
 
 		 223 aa  78.6  0.00000000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4083  GntR domain protein  33.77 
 
 		 222 aa  78.6  0.00000000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3051  GntR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 231 aa  78.6  0.00000000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.487001  normal  0.14634 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2755  GntR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 222 aa  78.2  0.00000000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 233 aa  78.2  0.00000000000009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0417  GntR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 254 aa  77.4  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4119  GntR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 258 aa  76.6  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.260522  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8462  transcriptional regulator, GntR family  35.26 
 
 		 218 aa  76.6  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0634777 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1010  transcriptional regulator, GntR family  29.47 
 
 		 227 aa  76.6  0.0000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.691368  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0233  GntR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 219 aa  76.6  0.0000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1352  transcriptional regulator, GntR family  26.83 
 
 		 228 aa  76.3  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1511  GntR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 231 aa  75.9  0.0000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3300  GntR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 231 aa  75.9  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2536  GntR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 231 aa  75.9  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.184129  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5092  GntR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 217 aa  76.3  0.0000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00344916 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2010  GntR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 231 aa  75.9  0.0000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1282  GntR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 231 aa  75.9  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.932176  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0311  GntR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 202 aa  75.9  0.0000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2435  GntR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 231 aa  75.9  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.303116  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2392  GntR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 231 aa  75.9  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  35.66 
 
 		 231 aa  75.5  0.0000000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1517  transcriptional regulator, GntR family  29.15 
 
 		 225 aa  75.1  0.0000000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.156852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2090  GntR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 222 aa  75.1  0.0000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.047228  normal  0.700914 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2188  GntR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 224 aa  74.7  0.000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.927637 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2064  GntR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 231 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0150  transcriptional regulator, GntR family  32.69 
 
 		 209 aa  74.7  0.000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.80263  normal  0.258829 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0988  transcriptional regulator, GntR family  37.32 
 
 		 227 aa  74.7  0.000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6111  GntR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 234 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0628  transcriptional regulator protein  33.93 
 
 		 207 aa  74.3  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0568  GntR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 396 aa  74.7  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4322  GntR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 252 aa  74.7  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1966  GntR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 234 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2922  GntR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 221 aa  74.7  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0278565  normal  0.64241 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2852  GntR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 223 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0957  GntR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 228 aa  73.6  0.000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0013  GntR domain protein  31.91 
 
 		 218 aa  73.6  0.000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.913161  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0405  transcriptional regulator, GntR family  27.75 
 
 		 219 aa  73.6  0.000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1988  GntR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 221 aa  73.9  0.000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0497005  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1015  GntR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 228 aa  73.2  0.000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.354271  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1161  transcriptional regulator GntR  26.83 
 
 		 228 aa  73.2  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.480758  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5281  GntR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 234 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0412197 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  31.03 
 
 		 232 aa  73.2  0.000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0946  transcriptional regulator, GntR family  29.86 
 
 		 239 aa  73.2  0.000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.961128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1081  transcriptional regulator GntR family  34.75 
 
 		 222 aa  73.2  0.000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1990  GntR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 234 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.964349 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1669  transcriptional regulator, GntR family  34.84 
 
 		 225 aa  72.8  0.000000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.072531  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1913  transcriptional regulator, GntR family  26.7 
 
 		 223 aa  72.8  0.000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6398  transcriptional regulator, GntR family  37.9 
 
 		 215 aa  72.8  0.000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2509  GntR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 211 aa  72.8  0.000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0825913 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0673  GntR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 233 aa  72.4  0.000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.990367 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2045  GntR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 258 aa  72.4  0.000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.612828 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 232 aa  72.4  0.000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>