More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_3518 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014158  Tpau_3518  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 219 aa  425  1e-118  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2447  GntR family transcriptional regulator  51.5 
 
 		 222 aa  204  7e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2173  hypothetical protein  46.23 
 
 		 222 aa  204  1e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0421026  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0874  GntR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 226 aa  203  2e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.366821  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5735  GntR family transcriptional regulator  50 
 
 		 224 aa  201  6e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.419462 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5027  transcriptional regulator, GntR family  50.97 
 
 		 224 aa  199  3e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3515  GntR family transcriptional regulator  49.51 
 
 		 226 aa  196  3e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.715745  normal  0.6161 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0495  transcriptional regulator GntR  50 
 
 		 249 aa  192  4e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5376  transcriptional regulator, GntR family  49.27 
 
 		 221 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0423654  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3295  transcriptional regulator, GntR family  46.53 
 
 		 232 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0318  GntR family transcriptional regulator  50.79 
 
 		 218 aa  183  2.0000000000000003e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5853  transcriptional regulator GntR family  49.49 
 
 		 221 aa  177  2e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.110749  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3560  transcriptional regulator, GntR family  45.81 
 
 		 236 aa  165  5e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.798269  normal  0.770006 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2681  transcriptional regulator, GntR family  46.63 
 
 		 231 aa  162  4.0000000000000004e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0537  transcriptional regulator, GntR family  50.71 
 
 		 245 aa  160  2e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0745569  normal  0.0258493 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0048  GntR family transcriptional regulator  46.78 
 
 		 194 aa  153  2e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6997  transcriptional regulator, GntR family  46.04 
 
 		 232 aa  145  4.0000000000000006e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6353  transcriptional regulator, GntR family  42.93 
 
 		 232 aa  144  1e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4086  GntR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 224 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.297751  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3986  GntR family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 224 aa  131  9e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.963053  normal  0.126753 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4450  GntR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 224 aa  129  3e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4225  transcriptional regulator, GntR family  39.71 
 
 		 215 aa  129  5.0000000000000004e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.625874  normal  0.700845 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0092  GntR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 236 aa  128  7.000000000000001e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00430  transcriptional regulator  39.25 
 
 		 227 aa  127  1.0000000000000001e-28  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.298541 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4799  transcriptional regulator, GntR family  43.88 
 
 		 233 aa  126  3e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.197176 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2798  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 216 aa  125  4.0000000000000003e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0178  transcriptional regulator, GntR family  45.15 
 
 		 225 aa  125  6e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3314  transcriptional regulator, GntR family  37.31 
 
 		 236 aa  117  9e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19230  transcriptional regulator  37.31 
 
 		 235 aa  108  4.0000000000000004e-23  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6333  transcriptional regulator, GntR family  35.29 
 
 		 245 aa  105  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1313  regulatory protein GntR, HTH  37.75 
 
 		 227 aa  99.8  3e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.568761  hitchhiker  0.00841206 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4755  transcriptional regulator, GntR family  39.11 
 
 		 227 aa  92.8  4e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1752  GntR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 217 aa  85.9  5e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5625  transcriptional regulator, GntR family  36.32 
 
 		 240 aa  84.3  0.000000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.489538  decreased coverage  0.00304331 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4083  GntR domain protein  35.5 
 
 		 222 aa  82.4  0.000000000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0665  transcriptional regulator, GntR family  37.84 
 
 		 249 aa  81.6  0.000000000000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0305272 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3051  GntR family transcriptional regulator  38 
 
 		 231 aa  81.3  0.00000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.487001  normal  0.14634 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4119  GntR family transcriptional regulator  33.95 
 
 		 258 aa  80.9  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.260522  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5069  GntR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 247 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.046054  normal  0.249885 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2466  GntR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 213 aa  79.7  0.00000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0233  GntR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 219 aa  79.3  0.00000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1124  transcriptional regulator, GntR family  36.24 
 
 		 223 aa  78.6  0.00000000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30150  transcriptional regulator, GntR family  37.25 
 
 		 233 aa  77.8  0.0000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.132781  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1010  transcriptional regulator, GntR family  32.8 
 
 		 227 aa  76.6  0.0000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.691368  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2707  GntR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 223 aa  76.6  0.0000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.755904  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0673  GntR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 233 aa  76.6  0.0000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.990367 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0150  transcriptional regulator, GntR family  31 
 
 		 209 aa  76.3  0.0000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.80263  normal  0.258829 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3324  GntR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 229 aa  75.9  0.0000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.106017 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0628  transcriptional regulator protein  33.51 
 
 		 207 aa  75.9  0.0000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4064  GntR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 227 aa  75.9  0.0000000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.916339  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1449  transcriptional regulator, GntR family  38.85 
 
 		 220 aa  75.9  0.0000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2549  GntR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 203 aa  75.5  0.0000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000803432  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0946  transcriptional regulator, GntR family  33.16 
 
 		 239 aa  75.1  0.0000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.961128  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2025  transcriptional regulator, GntR family  33.77 
 
 		 232 aa  74.3  0.000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00234923  hitchhiker  0.0065159 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3183  Transcriptional regulators-like protein  39.49 
 
 		 242 aa  73.6  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.138815  normal  0.149663 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1713  transcriptional regulator, GntR family  37.14 
 
 		 219 aa  73.9  0.000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.725183  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0300  GntR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 245 aa  73.2  0.000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.211588 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2579  GntR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 346 aa  72.4  0.000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.252259  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1661  GntR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 230 aa  71.6  0.000000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5088  GntR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 260 aa  71.6  0.000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.104666  normal  0.0604229 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3833  GntR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 242 aa  71.6  0.000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.644681  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3350  transcriptional regulator, GntR family  33.7 
 
 		 234 aa  71.2  0.00000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.398966  normal  0.021988 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0311  GntR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 202 aa  71.2  0.00000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1199  GntR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 226 aa  70.9  0.00000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3164  GntR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 242 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0161984 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5836  GntR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 230 aa  71.2  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3595  GntR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 222 aa  71.2  0.00000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4143  GntR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 230 aa  71.2  0.00000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1461  transcriptional regulator, GntR family  32.56 
 
 		 268 aa  70.1  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4146  GntR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 243 aa  70.5  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.10084  normal  0.977946 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3893  GntR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 243 aa  70.5  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.000000224678  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3671  GntR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 247 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.483393  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  31.43 
 
 		 226 aa  70.1  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 233 aa  70.1  0.00000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4903  transcriptional regulator, GntR family  33.02 
 
 		 243 aa  70.9  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3140  GntR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 241 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000117475 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2242  GntR family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 229 aa  69.3  0.00000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.638324  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2064  GntR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 231 aa  69.3  0.00000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1979  transcriptional regulator, GntR family  30.77 
 
 		 220 aa  69.3  0.00000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.053401  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1511  GntR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 231 aa  68.9  0.00000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2536  GntR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 231 aa  68.9  0.00000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.184129  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1282  GntR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 231 aa  68.9  0.00000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.932176  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2392  GntR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 231 aa  68.9  0.00000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1304  GntR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 234 aa  68.9  0.00000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0497792 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0405  transcriptional regulator, GntR family  36.36 
 
 		 219 aa  68.9  0.00000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3300  GntR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 231 aa  68.9  0.00000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1843  GntR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 257 aa  68.9  0.00000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0747919 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2010  GntR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 231 aa  68.9  0.00000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2435  GntR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 231 aa  68.9  0.00000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.303116  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2464  GntR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 219 aa  69.3  0.00000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5881  GntR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 226 aa  68.9  0.00000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.453374  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3215  GntR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 224 aa  68.9  0.00000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0551  transcriptional regulator, GntR family  32.37 
 
 		 219 aa  68.9  0.00000000006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1081  transcriptional regulator GntR family  33.33 
 
 		 222 aa  68.6  0.00000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1505  transcriptional regulator, GntR family  35.06 
 
 		 243 aa  68.2  0.00000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.160619  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3365  GntR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 247 aa  68.6  0.00000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2595  GntR domain protein  27.75 
 
 		 227 aa  68.2  0.00000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.709124  normal  0.171909 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6120  GntR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 226 aa  68.2  0.00000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.105627  normal  0.0219652 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003675  predicted regulator PutR for proline utilization GntR family  30.41 
 
 		 224 aa  68.2  0.00000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6499  GntR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 242 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.348019  normal  0.174024 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>