More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1483 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1483  response regulator/EAL domain protein  100 
 
 
429 aa  863    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1293  EAL:response regulator receiver  79.02 
 
 
453 aa  669    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.532656  normal  0.518355 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1161  two-component response regulator  34.89 
 
 
392 aa  216  7e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.079041  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12810  two-component response regulator  35.14 
 
 
392 aa  216  8e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0434149  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0483  cyclic-di-GMP regulatory protein  33.58 
 
 
406 aa  203  6e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2025  cyclic-di-GMP regulatory protein  31.53 
 
 
390 aa  200  3e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.100945  normal  0.0489408 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2469  response regulator receiver/diguanylate phosphodiesterase  33.58 
 
 
407 aa  197  3e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.456711  normal  0.0660939 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1940  response regulator  33.99 
 
 
397 aa  193  5e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.249901  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1555  response regulator receiver/diguanylate phosphodiesterase  31.74 
 
 
412 aa  187  3e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59790  two component response regulator  31.31 
 
 
399 aa  186  7e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000119799  hitchhiker  4.43105e-18 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3016  two component response regulator  32.69 
 
 
399 aa  184  3e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0175  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  30.96 
 
 
412 aa  184  4.0000000000000006e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1258  response regulator VieA  32.32 
 
 
584 aa  180  4.999999999999999e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.204001  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3039  diguanylate phosphodiesterase  32.17 
 
 
395 aa  179  7e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0303288  normal  0.300283 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1020  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  33.74 
 
 
399 aa  178  2e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000286  response regulator VieA  28.93 
 
 
384 aa  177  3e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.926031  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0908  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  31.62 
 
 
405 aa  177  3e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04753  Response regulator with EAL domain  34.38 
 
 
417 aa  177  4e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.736071  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0737  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  31.58 
 
 
406 aa  174  2.9999999999999996e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3750  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  32.02 
 
 
397 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1496  response regulator and cylclic diguanylate phosphodiesterase  32 
 
 
413 aa  171  2e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3079  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  32.43 
 
 
403 aa  170  4e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.713986  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0967  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.55 
 
 
1004 aa  165  1.0000000000000001e-39  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0305  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  29.78 
 
 
412 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3494  diguanylate phosphodiesterase  32.12 
 
 
393 aa  160  3e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3799  response regulator receiver/diguanylate phosphodiesterase  32 
 
 
415 aa  160  5e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2006  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.48 
 
 
724 aa  159  7e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.332381  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3853  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  29.83 
 
 
417 aa  159  8e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.548821 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0386  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.87 
 
 
685 aa  157  2e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1218  diguanylate cyclase  36.79 
 
 
803 aa  157  4e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.705324 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0510  hypothetical protein  41.99 
 
 
701 aa  157  5.0000000000000005e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0522945 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06170  sensory transduction protein kinase  28.28 
 
 
380 aa  156  6e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6367  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  38.49 
 
 
840 aa  156  7e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2138  cyclic-di-GMP regulatory protein  35.83 
 
 
247 aa  156  8e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.106581  normal  0.507005 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4292  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.24 
 
 
772 aa  155  9e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.832066  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3258  sensory box protein  39.34 
 
 
1206 aa  155  1e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0401  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  40 
 
 
687 aa  154  2.9999999999999998e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.465852 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3272  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  32.52 
 
 
404 aa  154  2.9999999999999998e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00166163  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2683  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.51 
 
 
1023 aa  154  2.9999999999999998e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000849371 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1876  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  31.56 
 
 
416 aa  153  4e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.296132  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2654  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.11 
 
 
714 aa  153  5e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6743  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.86 
 
 
693 aa  152  8e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3594  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  32.52 
 
 
404 aa  152  1e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0242855  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03500  diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein  40.59 
 
 
893 aa  152  1e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2525  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.45 
 
 
693 aa  152  1e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2366  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.15 
 
 
693 aa  151  2e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.309228 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1110  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.76 
 
 
826 aa  151  2e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.396242  hitchhiker  0.0036434 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4460  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.35 
 
 
709 aa  152  2e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0200253  normal  0.0648745 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1562  diguanylate phosphodiesterase  37.23 
 
 
326 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6267  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.23 
 
 
693 aa  151  3e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.57074  normal  0.863761 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2587  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.55 
 
 
797 aa  150  3e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1931  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.77 
 
 
1289 aa  151  3e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0959119  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2798  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.89 
 
 
695 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1673  sensory box protein  35.74 
 
 
1346 aa  150  4e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.338574  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2333  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.46 
 
 
695 aa  150  5e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2140  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.14 
 
 
729 aa  150  5e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2427  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.6 
 
 
683 aa  150  5e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.587287 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6649  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  38.14 
 
 
871 aa  149  7e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.829365  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1023  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  27.52 
 
 
399 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0438319 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1994  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.09 
 
 
578 aa  149  1.0000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.213065  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3579  hypothetical protein  37.61 
 
 
685 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0227937  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49140  GGDEF domain protein  37.61 
 
 
689 aa  148  2.0000000000000003e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2061  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  39.56 
 
 
900 aa  148  2.0000000000000003e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.130432  normal  0.0846587 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1917  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.98 
 
 
1028 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0349  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.61 
 
 
433 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1884  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.56 
 
 
900 aa  148  2.0000000000000003e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.996671  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0214  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.82 
 
 
816 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.419682 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1355  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.8 
 
 
929 aa  147  4.0000000000000006e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.968718  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42220  membrane sensor domain-containing protein  37.61 
 
 
685 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7110  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.23 
 
 
694 aa  147  5e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0633557 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2667  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.36 
 
 
775 aa  146  6e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.472335  normal  0.953332 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1391  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.79 
 
 
523 aa  146  6e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.281383 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1007  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  37.5 
 
 
853 aa  146  8.000000000000001e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3581  GGDEF domain-containing protein  37.61 
 
 
695 aa  146  9e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4373  GGDEF/EAL domain-containing protein  33.33 
 
 
672 aa  145  1e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2486  GGDEF  36.75 
 
 
703 aa  145  1e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.140313 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1434  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.8 
 
 
716 aa  145  1e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.486546  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1288  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.49 
 
 
604 aa  145  1e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3140  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.67 
 
 
754 aa  145  1e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2190  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.61 
 
 
695 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.59 
 
 
1260 aa  145  1e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0616256  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2821  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.71 
 
 
523 aa  145  2e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3344  signal transduction protein  33.48 
 
 
1055 aa  144  2e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2580  putative diguanylate phosphodiesterase  29.73 
 
 
413 aa  145  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.465232 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2017  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.17 
 
 
1299 aa  145  2e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0450581  normal  0.783142 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3129  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.74 
 
 
777 aa  144  2e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.765489  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6199  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.34 
 
 
740 aa  144  2e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2654  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.51 
 
 
1251 aa  144  2e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.256644  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0094  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  34.75 
 
 
721 aa  144  2e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000375041 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3182  GGDEF domain-containing protein  35.98 
 
 
754 aa  144  3e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.17 
 
 
1294 aa  144  3e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2008  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.72 
 
 
491 aa  144  3e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.635303  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1679  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.08 
 
 
1050 aa  144  4e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.251418  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2534  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.95 
 
 
775 aa  143  5e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2757  GGDEF domain/EAL domain protein  36.32 
 
 
703 aa  143  6e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.203015  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0298  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.13 
 
 
709 aa  143  6e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2223  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.17 
 
 
725 aa  143  6e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.847933  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3821  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  35.93 
 
 
1209 aa  143  6e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0235394 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  35.93 
 
 
1209 aa  143  7e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2679  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.54 
 
 
775 aa  142  8e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>