More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_0483 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008709  Ping_0483  cyclic-di-GMP regulatory protein  100 
 
 
406 aa  830    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1555  response regulator receiver/diguanylate phosphodiesterase  56.97 
 
 
412 aa  488  1e-136  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1940  response regulator  39.69 
 
 
397 aa  291  2e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.249901  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2469  response regulator receiver/diguanylate phosphodiesterase  37.12 
 
 
407 aa  278  1e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.456711  normal  0.0660939 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2025  cyclic-di-GMP regulatory protein  37.15 
 
 
390 aa  276  6e-73  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.100945  normal  0.0489408 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04753  Response regulator with EAL domain  37.82 
 
 
417 aa  251  2e-65  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.736071  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1496  response regulator and cylclic diguanylate phosphodiesterase  33.33 
 
 
413 aa  225  1e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3494  diguanylate phosphodiesterase  34.67 
 
 
393 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3853  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  32.5 
 
 
417 aa  220  3e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.548821 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3545  diguanylate phosphodiesterase  39.79 
 
 
298 aa  215  9e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.18455  normal  0.882443 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1258  response regulator VieA  32.31 
 
 
584 aa  215  9.999999999999999e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.204001  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3016  two component response regulator  32.28 
 
 
399 aa  210  3e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0951  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  29.74 
 
 
399 aa  210  4e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2580  putative diguanylate phosphodiesterase  32.65 
 
 
413 aa  209  5e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.465232 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3079  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  30.93 
 
 
403 aa  208  1e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.713986  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000286  response regulator VieA  30.99 
 
 
384 aa  207  2e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.926031  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2945  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.18 
 
 
778 aa  206  8e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1293  EAL:response regulator receiver  31.97 
 
 
453 aa  205  1e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.532656  normal  0.518355 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1876  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  32.99 
 
 
416 aa  204  2e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.296132  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59790  two component response regulator  31.44 
 
 
399 aa  204  3e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000119799  hitchhiker  4.43105e-18 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1483  response regulator/EAL domain protein  33.58 
 
 
429 aa  203  5e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1110  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.93 
 
 
826 aa  202  8e-51  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.396242  hitchhiker  0.0036434 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1418  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.82 
 
 
777 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0809  putative diguanylate phosphodiesterase  31.22 
 
 
411 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0908  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  32.08 
 
 
405 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1161  two-component response regulator  31.11 
 
 
392 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.079041  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1218  diguanylate cyclase  40.51 
 
 
803 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.705324 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0175  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  29.79 
 
 
412 aa  199  5e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2138  cyclic-di-GMP regulatory protein  40 
 
 
247 aa  199  6e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.106581  normal  0.507005 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3799  response regulator receiver/diguanylate phosphodiesterase  30 
 
 
415 aa  199  7e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3750  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  30.83 
 
 
397 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.43 
 
 
739 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.498595 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3932  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.93 
 
 
1135 aa  196  6e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1023  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  29.77 
 
 
399 aa  194  2e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0438319 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12810  two-component response regulator  29.82 
 
 
392 aa  193  4e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0434149  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3579  hypothetical protein  40.62 
 
 
685 aa  192  7e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0227937  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0227  response regulator receiver/diguanylate phosphodiesterase  30.5 
 
 
843 aa  192  7e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03720  sensory box GGDEF domain-containing protein  41.67 
 
 
760 aa  192  8e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000164821 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0913  sensory box protein  37.31 
 
 
782 aa  192  1e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.43 
 
 
766 aa  192  1e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3039  diguanylate phosphodiesterase  29.2 
 
 
395 aa  192  1e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0303288  normal  0.300283 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3544  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.25 
 
 
774 aa  190  2.9999999999999997e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.119443  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42220  membrane sensor domain-containing protein  39.84 
 
 
685 aa  191  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1271  hybrid signal transduction histidine kinase and diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.96 
 
 
1499 aa  190  4e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.422796  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0247  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.68 
 
 
890 aa  189  5e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0408  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.43 
 
 
862 aa  189  5e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0996  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.58 
 
 
829 aa  188  1e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.846195  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.19 
 
 
947 aa  188  1e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0086  PAS:GGDEF  41.11 
 
 
639 aa  188  1e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1533  sensory box protein  37.5 
 
 
965 aa  187  2e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.76081  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4552  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.08 
 
 
624 aa  187  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2048  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.8 
 
 
827 aa  187  3e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589876  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3341  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.58 
 
 
655 aa  187  4e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0053874 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0214  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.92 
 
 
816 aa  186  5e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.419682 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.98 
 
 
862 aa  186  6e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1456  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.54 
 
 
1212 aa  186  8e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.4231 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4208  HAMP domain/GGDEF domain/EAL domain protein  40.08 
 
 
784 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3942  GGDEF  40.4 
 
 
784 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0583241  hitchhiker  0.00556538 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1490  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.85 
 
 
724 aa  185  1.0000000000000001e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.261971  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0233  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  40.16 
 
 
513 aa  185  1.0000000000000001e-45  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0071  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.5 
 
 
697 aa  184  3e-45  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02697  sensory box protein  37.4 
 
 
1510 aa  184  3e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2242  diguanylate cyclase  39.26 
 
 
961 aa  184  3e-45  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.031286  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2514  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.08 
 
 
869 aa  183  5.0000000000000004e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0737  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  29.12 
 
 
406 aa  183  5.0000000000000004e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0679  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.57 
 
 
576 aa  183  6e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.874871 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03500  diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein  39.26 
 
 
893 aa  183  6e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1662  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.98 
 
 
450 aa  183  6e-45  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.235348 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3740  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.2 
 
 
793 aa  182  7e-45  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.31 
 
 
585 aa  182  9.000000000000001e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0386  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.91 
 
 
685 aa  182  9.000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00530  hypothetical protein with two C-terminal GGDEF motifs  43.22 
 
 
719 aa  182  9.000000000000001e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.409537  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0376  hypothetical protein  41.25 
 
 
760 aa  182  1e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.523743  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1542  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.22 
 
 
1006 aa  181  1e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.101137 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0630  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.73 
 
 
699 aa  182  1e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1106  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.75 
 
 
730 aa  182  1e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.148996 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3360  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.28 
 
 
785 aa  182  1e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.400189  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4335  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  36.76 
 
 
842 aa  181  2e-44  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1434  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.92 
 
 
716 aa  181  2e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.486546  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2269  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.57 
 
 
659 aa  181  2e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2682  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.08 
 
 
790 aa  181  2e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49140  GGDEF domain protein  38.98 
 
 
689 aa  181  2e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0401  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  41.49 
 
 
687 aa  181  2e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.465852 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3161  response regulator  40.08 
 
 
576 aa  181  2e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1622  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.67 
 
 
692 aa  181  2e-44  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3702  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.76 
 
 
863 aa  181  2e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.170309 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6649  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  35.51 
 
 
871 aa  181  2e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.829365  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3581  GGDEF domain-containing protein  41.88 
 
 
695 aa  180  4e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39 
 
 
1093 aa  180  4e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.260436  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4292  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.38 
 
 
772 aa  180  4e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.832066  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0192  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.62 
 
 
643 aa  180  4e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2525  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.16 
 
 
693 aa  180  4e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1297  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.55 
 
 
891 aa  180  4e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.112988  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4512  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.17 
 
 
960 aa  180  4.999999999999999e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0306  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  40.32 
 
 
643 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2190  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.88 
 
 
695 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1823  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.31 
 
 
1069 aa  179  5.999999999999999e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00515556 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0134  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.43 
 
 
1077 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0105152 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1562  diguanylate phosphodiesterase  39 
 
 
326 aa  179  7e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0820  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.24 
 
 
593 aa  179  7e-44  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>