More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1496 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_1496  response regulator and cylclic diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 
413 aa  837    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3853  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  73.43 
 
 
417 aa  614  1e-175  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.548821 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1876  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  67.2 
 
 
416 aa  512  1e-144  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.296132  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3799  response regulator receiver/diguanylate phosphodiesterase  56.93 
 
 
415 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3494  diguanylate phosphodiesterase  42.26 
 
 
393 aa  266  5.999999999999999e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1940  response regulator  35.24 
 
 
397 aa  261  2e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.249901  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2025  cyclic-di-GMP regulatory protein  35.82 
 
 
390 aa  260  3e-68  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.100945  normal  0.0489408 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2469  response regulator receiver/diguanylate phosphodiesterase  37.1 
 
 
407 aa  229  8e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.456711  normal  0.0660939 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0483  cyclic-di-GMP regulatory protein  33.33 
 
 
406 aa  226  7e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1555  response regulator receiver/diguanylate phosphodiesterase  33.84 
 
 
412 aa  215  9.999999999999999e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04753  Response regulator with EAL domain  35.07 
 
 
417 aa  214  1.9999999999999998e-54  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.736071  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3179  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.46 
 
 
768 aa  209  7e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1161  two-component response regulator  31.98 
 
 
392 aa  203  4e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.079041  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1258  response regulator VieA  31.81 
 
 
584 aa  201  1.9999999999999998e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.204001  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0214  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.56 
 
 
816 aa  200  3e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.419682 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2138  cyclic-di-GMP regulatory protein  41.46 
 
 
247 aa  200  3.9999999999999996e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.106581  normal  0.507005 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12810  two-component response regulator  31.73 
 
 
392 aa  199  6e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0434149  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3322  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.29 
 
 
775 aa  197  4.0000000000000005e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3178  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.57 
 
 
768 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3115  putative diguanylate phosphodiesterase  41.15 
 
 
768 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0443843 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0375  GGDEF domain-containing protein  37.05 
 
 
762 aa  196  7e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.93912  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01278  Putative signal protein with HAMP, GGDEF and EAL domains  40.77 
 
 
785 aa  195  1e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0804794  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1192  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  42.57 
 
 
768 aa  195  1e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3360  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.64 
 
 
785 aa  193  6e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.400189  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1077  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.92 
 
 
765 aa  192  6e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4493  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.28 
 
 
555 aa  191  2e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3143  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  42.04 
 
 
786 aa  191  2.9999999999999997e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.661256  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6649  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  40.42 
 
 
871 aa  190  2.9999999999999997e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.829365  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4600  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.83 
 
 
670 aa  189  5e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0221313  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3696  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.61 
 
 
747 aa  190  5e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.031791  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4466  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.83 
 
 
670 aa  189  5e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00396259  normal  0.48891 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6367  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  41.22 
 
 
840 aa  189  5e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3544  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.99 
 
 
774 aa  189  7e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.119443  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3545  diguanylate phosphodiesterase  40.23 
 
 
298 aa  189  8e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.18455  normal  0.882443 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0370  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  42.45 
 
 
981 aa  189  1e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.687258 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0349  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.99 
 
 
433 aa  188  2e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3909  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.84 
 
 
776 aa  187  2e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3579  hypothetical protein  43.46 
 
 
685 aa  187  4e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0227937  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2269  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.31 
 
 
659 aa  186  5e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4335  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  40.33 
 
 
842 aa  186  5e-46  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2853  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.43 
 
 
584 aa  186  6e-46  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8076  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain-like protein  40.64 
 
 
693 aa  186  8e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0411962  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.87 
 
 
947 aa  185  1.0000000000000001e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01894  hypothetical protein  40.66 
 
 
663 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00344016  normal  0.44222 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2525  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.98 
 
 
693 aa  184  3e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42220  membrane sensor domain-containing protein  43.46 
 
 
685 aa  184  3e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4922  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.96 
 
 
617 aa  184  4.0000000000000006e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.051397 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0401  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  42.98 
 
 
687 aa  183  4.0000000000000006e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.465852 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1982  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.57 
 
 
676 aa  183  4.0000000000000006e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0102834  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0386  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.39 
 
 
685 aa  183  4.0000000000000006e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1163  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.34 
 
 
731 aa  183  6e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1418  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.39 
 
 
777 aa  183  6e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1673  sensory box protein  41.18 
 
 
1346 aa  181  1e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.338574  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1110  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.42 
 
 
826 aa  182  1e-44  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.396242  hitchhiker  0.0036434 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0630  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.68 
 
 
699 aa  182  1e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2016  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.37 
 
 
874 aa  182  1e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2427  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.72 
 
 
683 aa  181  1e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.587287 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3943  diguanylate cyclase  39.51 
 
 
842 aa  181  2e-44  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49140  GGDEF domain protein  42.62 
 
 
689 aa  181  2e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2781  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.3 
 
 
498 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7110  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.49 
 
 
694 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0633557 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1218  diguanylate cyclase  41.42 
 
 
803 aa  181  2.9999999999999997e-44  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.705324 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.22 
 
 
720 aa  180  4e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.559949  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1483  response regulator/EAL domain protein  32 
 
 
429 aa  180  4e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0429  GGDEF domain-containing protein  41.56 
 
 
648 aa  180  4e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.81 
 
 
664 aa  179  5.999999999999999e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0613  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.83 
 
 
1036 aa  179  5.999999999999999e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147117  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1153  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.74 
 
 
936 aa  179  5.999999999999999e-44  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.90611  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1605  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.8 
 
 
688 aa  179  7e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0013251  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3016  two component response regulator  30.51 
 
 
399 aa  179  7e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3192  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.59 
 
 
736 aa  179  8e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.178268  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0680  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.53 
 
 
991 aa  179  9e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2729  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.3 
 
 
543 aa  179  9e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.544436  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1662  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.22 
 
 
450 aa  178  1e-43  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.235348 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59790  two component response regulator  29.74 
 
 
399 aa  179  1e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000119799  hitchhiker  4.43105e-18 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3079  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  30.23 
 
 
403 aa  179  1e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.713986  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.33 
 
 
951 aa  179  1e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3702  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.89 
 
 
692 aa  179  1e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.561666  normal  0.977889 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03500  diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein  39.26 
 
 
893 aa  179  1e-43  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56790  GGDEF domain/EAL domain-containing protein  39.63 
 
 
687 aa  179  1e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1091  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.08 
 
 
768 aa  178  1e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.107307  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0076  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.68 
 
 
898 aa  178  2e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.695831  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1434  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.47 
 
 
716 aa  178  2e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.486546  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3562  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.34 
 
 
687 aa  178  2e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.6333  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3273  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.45 
 
 
617 aa  178  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.773133 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1562  diguanylate phosphodiesterase  41.39 
 
 
326 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2783  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.37 
 
 
1101 aa  178  2e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3708  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.35 
 
 
737 aa  177  3e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.253417  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4208  HAMP domain/GGDEF domain/EAL domain protein  37.94 
 
 
784 aa  177  3e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1106  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.84 
 
 
730 aa  177  3e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.148996 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0979  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.51 
 
 
816 aa  177  3e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6267  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.39 
 
 
693 aa  177  3e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.57074  normal  0.863761 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3868  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.66 
 
 
1021 aa  177  3e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00559  signal transduction protein  40.68 
 
 
815 aa  177  3e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03720  sensory box GGDEF domain-containing protein  42.06 
 
 
760 aa  177  3e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000164821 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0313  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.6 
 
 
576 aa  177  4e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3316  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.27 
 
 
581 aa  177  4e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0367023  hitchhiker  0.0000158702 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0723  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.51 
 
 
1238 aa  177  5e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.905647  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01685  predicted signal transduction protein containing a membrane domain, an EAL and a GGDEF domain  37.5 
 
 
729 aa  176  5e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4742  RNase II stability modulator  39.68 
 
 
664 aa  176  5e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.632651  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>