More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0375 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_3909  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  60.86 
 
 
776 aa  936    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3178  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  67.32 
 
 
768 aa  1009    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3322  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  67.85 
 
 
775 aa  1016    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3179  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  67.06 
 
 
768 aa  1027    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1192  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  67.45 
 
 
768 aa  1014    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0375  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 
762 aa  1536    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.93912  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3115  putative diguanylate phosphodiesterase  65.57 
 
 
768 aa  989    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0443843 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1077  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  67.54 
 
 
765 aa  1025    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4061  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.19 
 
 
768 aa  581  1e-164  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.948422  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01278  Putative signal protein with HAMP, GGDEF and EAL domains  34.46 
 
 
785 aa  434  1e-120  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0804794  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4208  HAMP domain/GGDEF domain/EAL domain protein  33.64 
 
 
784 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1227  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.3 
 
 
779 aa  398  1e-109  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.148378 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1240  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.07 
 
 
777 aa  394  1e-108  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3942  GGDEF  32.94 
 
 
784 aa  386  1e-106  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0583241  hitchhiker  0.00556538 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0256  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.32 
 
 
778 aa  373  1e-102  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0214  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.96 
 
 
816 aa  369  1e-100  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.419682 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1066  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.15 
 
 
508 aa  350  7e-95  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1138  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.9 
 
 
508 aa  349  1e-94  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4292  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.91 
 
 
772 aa  348  2e-94  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.832066  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1255  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  43.31 
 
 
509 aa  347  5e-94  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1418  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.04 
 
 
777 aa  347  5e-94  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3190  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.9 
 
 
497 aa  347  5e-94  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3196  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.66 
 
 
497 aa  345  1e-93  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1177  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.66 
 
 
497 aa  346  1e-93  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.651177  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2800  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.41 
 
 
498 aa  345  1e-93  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3334  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.41 
 
 
497 aa  345  2e-93  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3009  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.06 
 
 
492 aa  344  2.9999999999999997e-93  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.606625  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1070  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.79 
 
 
508 aa  342  1e-92  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1024  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.24 
 
 
500 aa  340  5.9999999999999996e-92  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1047  GGDEF domain-containing protein  42.24 
 
 
500 aa  334  5e-90  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1006  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  38.11 
 
 
494 aa  332  2e-89  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2945  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.94 
 
 
778 aa  331  3e-89  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2781  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.58 
 
 
498 aa  329  9e-89  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0913  sensory box protein  30.23 
 
 
782 aa  329  1.0000000000000001e-88  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01685  predicted signal transduction protein containing a membrane domain, an EAL and a GGDEF domain  30.48 
 
 
729 aa  313  7.999999999999999e-84  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3340  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.56 
 
 
500 aa  312  2e-83  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3360  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.07 
 
 
785 aa  310  6.999999999999999e-83  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.400189  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3510  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.75 
 
 
504 aa  305  2.0000000000000002e-81  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1106  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.44 
 
 
730 aa  298  2e-79  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.148996 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.53 
 
 
925 aa  286  1.0000000000000001e-75  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0247  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.34 
 
 
890 aa  275  2.0000000000000002e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3932  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.56 
 
 
1135 aa  275  2.0000000000000002e-72  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1456  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.35 
 
 
1212 aa  274  4.0000000000000004e-72  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.4231 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3143  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  32.26 
 
 
786 aa  274  5.000000000000001e-72  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.661256  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0341  sensory box protein  37.14 
 
 
1515 aa  272  2e-71  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03500  diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein  34.12 
 
 
893 aa  271  2e-71  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1499  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  34.52 
 
 
854 aa  272  2e-71  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0164548  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  37.01 
 
 
1228 aa  268  2e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.69 
 
 
1505 aa  268  2.9999999999999995e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  36.57 
 
 
1209 aa  268  2.9999999999999995e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3633  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.69 
 
 
1504 aa  268  2.9999999999999995e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2728  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.55 
 
 
858 aa  267  5e-70  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3821  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  36.78 
 
 
1209 aa  267  5e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0235394 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1602  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.28 
 
 
805 aa  267  5.999999999999999e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00432386  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0311  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.47 
 
 
1504 aa  266  8e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2577  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.27 
 
 
722 aa  266  1e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1007  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  33.33 
 
 
853 aa  266  2e-69  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0990  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.14 
 
 
826 aa  265  2e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0409  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor  34.16 
 
 
925 aa  265  2e-69  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.231334  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1343  EAL and GGDEF domain-containing protein  35.96 
 
 
1274 aa  265  3e-69  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3516  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.77 
 
 
906 aa  265  3e-69  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.80269  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4512  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.33 
 
 
960 aa  264  4e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3740  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.52 
 
 
793 aa  263  6e-69  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1982  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.81 
 
 
1355 aa  264  6e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3424  GGDEF domain-containing protein  35.91 
 
 
1502 aa  263  6.999999999999999e-69  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1271  hybrid signal transduction histidine kinase and diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.94 
 
 
1499 aa  263  8e-69  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.422796  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3856  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  36.09 
 
 
1216 aa  263  8e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.67 
 
 
1486 aa  263  1e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.48 
 
 
766 aa  263  1e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2716  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.84 
 
 
629 aa  263  1e-68  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1708  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.08 
 
 
869 aa  262  2e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3506  sensory box/GGDEF family protein  34.47 
 
 
911 aa  261  2e-68  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.143738  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2514  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.61 
 
 
869 aa  262  2e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2997  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.51 
 
 
876 aa  261  3e-68  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2664  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.86 
 
 
1063 aa  261  3e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.180042  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1451  sensory box/ggdef family  35 
 
 
914 aa  261  3e-68  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000257716 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3370  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.79 
 
 
860 aa  261  3e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.742202  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8076  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain-like protein  34.68 
 
 
693 aa  261  4e-68  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0411962  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0979  GGDEF domain-containing protein  34.6 
 
 
765 aa  261  4e-68  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4493  PAS:GGDEF  35.21 
 
 
972 aa  261  4e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.267938  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3761  sensory box/GGDEF family protein  34.47 
 
 
908 aa  261  4e-68  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000038986 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4348  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  35.65 
 
 
1215 aa  261  4e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1532  GGDEF domain-containing protein  34.87 
 
 
1450 aa  261  4e-68  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3594  sensory box/GGDEF family protein  34.47 
 
 
911 aa  260  5.0000000000000005e-68  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3494  sensory box/GGDEF family protein  34.47 
 
 
911 aa  260  5.0000000000000005e-68  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0435317  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3879  sensory box/GGDEF family protein  34.47 
 
 
911 aa  260  5.0000000000000005e-68  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4216  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  35.65 
 
 
1215 aa  260  7e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6026  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.79 
 
 
1109 aa  260  8e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.178921  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4349  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.42 
 
 
1514 aa  260  8e-68  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4144  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  35.65 
 
 
1215 aa  260  8e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56790  GGDEF domain/EAL domain-containing protein  37.41 
 
 
687 aa  259  9e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3781  sensory box/GGDEF family protein  34.69 
 
 
910 aa  259  1e-67  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.424975  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0536  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  35.76 
 
 
829 aa  259  1e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0041  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.87 
 
 
1094 aa  259  1e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.93 
 
 
1093 aa  259  1e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.260436  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.49 
 
 
1508 aa  259  1e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3722  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.89 
 
 
727 aa  259  1e-67  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3847  sensory box/ggdef family  34.69 
 
 
906 aa  259  1e-67  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1091  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.55 
 
 
768 aa  259  1e-67  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.107307  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0917  GGDEF domain-containing protein  34.38 
 
 
765 aa  259  1e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.394246  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>