More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3079 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_3079  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 
403 aa  831    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.713986  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3016  two component response regulator  44.44 
 
 
399 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59790  two component response regulator  43.26 
 
 
399 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000119799  hitchhiker  4.43105e-18 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3039  diguanylate phosphodiesterase  44.27 
 
 
395 aa  313  4.999999999999999e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0303288  normal  0.300283 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3750  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  44.16 
 
 
397 aa  308  9e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0737  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  42.98 
 
 
406 aa  282  1e-74  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2469  response regulator receiver/diguanylate phosphodiesterase  32.65 
 
 
407 aa  211  2e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.456711  normal  0.0660939 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0483  cyclic-di-GMP regulatory protein  30.93 
 
 
406 aa  208  1e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04753  Response regulator with EAL domain  34.38 
 
 
417 aa  201  1.9999999999999998e-50  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.736071  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2025  cyclic-di-GMP regulatory protein  30.24 
 
 
390 aa  194  2e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.100945  normal  0.0489408 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1555  response regulator receiver/diguanylate phosphodiesterase  30.63 
 
 
412 aa  189  1e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1940  response regulator  28.28 
 
 
397 aa  176  8e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.249901  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1293  EAL:response regulator receiver  30.54 
 
 
453 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.532656  normal  0.518355 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1496  response regulator and cylclic diguanylate phosphodiesterase  30.23 
 
 
413 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1876  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  31.56 
 
 
416 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.296132  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1020  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  32.05 
 
 
399 aa  172  1e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1483  response regulator/EAL domain protein  32.43 
 
 
429 aa  170  3e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3545  diguanylate phosphodiesterase  38.3 
 
 
298 aa  171  3e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.18455  normal  0.882443 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3272  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  30.81 
 
 
404 aa  169  6e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00166163  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3494  diguanylate phosphodiesterase  30.05 
 
 
393 aa  169  6e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3594  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  30.81 
 
 
404 aa  169  7e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0242855  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1258  response regulator VieA  28.03 
 
 
584 aa  167  4e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.204001  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3799  response regulator receiver/diguanylate phosphodiesterase  30.14 
 
 
415 aa  167  4e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3853  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  31.53 
 
 
417 aa  166  5e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.548821 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0175  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  29.67 
 
 
412 aa  164  3e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2580  putative diguanylate phosphodiesterase  30.39 
 
 
413 aa  164  3e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.465232 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1161  two-component response regulator  28.45 
 
 
392 aa  160  4e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.079041  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2073  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.99 
 
 
785 aa  158  2e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.194634 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12810  two-component response regulator  28.09 
 
 
392 aa  158  2e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0434149  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2138  cyclic-di-GMP regulatory protein  36.64 
 
 
247 aa  155  9e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.106581  normal  0.507005 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000286  response regulator VieA  25.84 
 
 
384 aa  153  5e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.926031  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0908  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  29.37 
 
 
405 aa  152  1e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1007  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  37.86 
 
 
853 aa  149  9e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0510  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  33.22 
 
 
1121 aa  147  3e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.294056  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0809  putative diguanylate phosphodiesterase  26.32 
 
 
411 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2044  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  35.29 
 
 
1186 aa  147  4.0000000000000006e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.864126 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1023  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  26.46 
 
 
399 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0438319 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03500  diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein  37.99 
 
 
893 aa  147  5e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.94 
 
 
951 aa  147  5e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1622  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.04 
 
 
692 aa  146  7.0000000000000006e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4002  putative two-component response regulator  27.89 
 
 
404 aa  146  7.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.490249  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2204  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.34 
 
 
775 aa  145  9e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0312555  normal  0.679079 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2215  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.34 
 
 
775 aa  145  9e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2261  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.34 
 
 
775 aa  145  9e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6649  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  36.44 
 
 
871 aa  145  1e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.829365  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0227  response regulator receiver/diguanylate phosphodiesterase  29.13 
 
 
843 aa  145  1e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1106  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.12 
 
 
730 aa  144  2e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.148996 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1218  diguanylate cyclase  33.2 
 
 
803 aa  144  4e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.705324 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3478  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.9 
 
 
782 aa  143  6e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.20667  normal  0.271629 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0951  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  24.81 
 
 
399 aa  143  7e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0173  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.89 
 
 
823 aa  142  7e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.348272  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06170  sensory transduction protein kinase  27.51 
 
 
380 aa  142  9.999999999999999e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1314  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.21 
 
 
712 aa  141  1.9999999999999998e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1666  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.32 
 
 
823 aa  140  3e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0184  PAS/GGDEF domain-containing protein  31.78 
 
 
684 aa  140  3e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0823  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.27 
 
 
547 aa  140  3.9999999999999997e-32  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.941783  normal  0.0950033 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0907  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.34 
 
 
633 aa  140  6e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1051  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.34 
 
 
633 aa  140  6e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1110  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.78 
 
 
826 aa  139  6e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.396242  hitchhiker  0.0036434 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1202  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.32 
 
 
692 aa  139  7e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1870  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.44 
 
 
1092 aa  139  7e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.227053  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5672  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.97 
 
 
685 aa  139  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3942  GGDEF  34.21 
 
 
784 aa  138  2e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0583241  hitchhiker  0.00556538 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0363  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.61 
 
 
677 aa  138  2e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.327078  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1138  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.74 
 
 
827 aa  138  2e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  hitchhiker  0.0051075  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1994  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.21 
 
 
578 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.213065  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1678  cAMP phosphodiesterase  33.46 
 
 
807 aa  137  4e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0305  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  28.24 
 
 
412 aa  137  4e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1752  cAMP phosphodiesterase  33.46 
 
 
807 aa  137  4e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2059  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.3 
 
 
718 aa  136  6.0000000000000005e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0475762  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4208  HAMP domain/GGDEF domain/EAL domain protein  34.02 
 
 
784 aa  136  7.000000000000001e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4493  PAS:GGDEF  34.98 
 
 
972 aa  136  7.000000000000001e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.267938  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3856  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  34.73 
 
 
1216 aa  136  7.000000000000001e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.31 
 
 
925 aa  136  8e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01459  hypothetical protein  33.46 
 
 
685 aa  136  8e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01447  cAMP phosphodiesterase, heme-regulated  33.46 
 
 
799 aa  135  9e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2168  cAMP phosphodiesterase  33.46 
 
 
799 aa  135  9e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.300565  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01278  Putative signal protein with HAMP, GGDEF and EAL domains  36.36 
 
 
785 aa  135  9e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0804794  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0917  GGDEF domain-containing protein  34.54 
 
 
765 aa  135  9.999999999999999e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.394246  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0256  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.51 
 
 
778 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02180  hypothetical protein  28.61 
 
 
421 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3562  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.48 
 
 
687 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.6333  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3544  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.9 
 
 
774 aa  135  1.9999999999999998e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.119443  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002619  C-di-GMP phosphodiesterase A-related protein  30.89 
 
 
679 aa  135  1.9999999999999998e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2728  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.05 
 
 
858 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1240  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.98 
 
 
777 aa  134  1.9999999999999998e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2022  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 
589 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6367  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  32.94 
 
 
840 aa  134  1.9999999999999998e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1684  cAMP phosphodiesterase  33.07 
 
 
807 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2360  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.97 
 
 
603 aa  134  1.9999999999999998e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2171  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  28.76 
 
 
408 aa  134  1.9999999999999998e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.189433  normal  0.293545 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2158  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.07 
 
 
799 aa  134  3e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0139008  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0979  GGDEF domain-containing protein  34.36 
 
 
765 aa  134  3e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03387  hypothetical protein  30.89 
 
 
679 aa  134  3e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1159  PAS:GGDEF  36.91 
 
 
748 aa  134  3e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2232  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  27.39 
 
 
402 aa  134  3e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.168797  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6177  diguanylate phosphodiesterase  34.25 
 
 
333 aa  134  3e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000183664  normal 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6186  diguanylate phosphodiesterase  34.25 
 
 
329 aa  134  3e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0493195  hitchhiker  0.0000013471 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2348  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  27.39 
 
 
402 aa  134  3e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15435  hypothetical protein  34.25 
 
 
329 aa  134  3e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000348381  unclonable  1.07175e-21 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>