More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3750 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_3750  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 
397 aa  815    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3039  diguanylate phosphodiesterase  73.05 
 
 
395 aa  587  1e-166  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0303288  normal  0.300283 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59790  two component response regulator  53.32 
 
 
399 aa  427  1e-118  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000119799  hitchhiker  4.43105e-18 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3016  two component response regulator  53.94 
 
 
399 aa  427  1e-118  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0737  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  51.52 
 
 
406 aa  388  1e-107  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3079  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  44.42 
 
 
403 aa  314  1.9999999999999998e-84  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.713986  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2469  response regulator receiver/diguanylate phosphodiesterase  33.84 
 
 
407 aa  238  1e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.456711  normal  0.0660939 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1555  response regulator receiver/diguanylate phosphodiesterase  31.4 
 
 
412 aa  202  9.999999999999999e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0483  cyclic-di-GMP regulatory protein  31.01 
 
 
406 aa  201  9.999999999999999e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3494  diguanylate phosphodiesterase  33.16 
 
 
393 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1161  two-component response regulator  30.05 
 
 
392 aa  195  1e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.079041  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12810  two-component response regulator  30.05 
 
 
392 aa  192  9e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0434149  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2025  cyclic-di-GMP regulatory protein  32.17 
 
 
390 aa  189  5e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.100945  normal  0.0489408 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0175  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  29.04 
 
 
412 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04753  Response regulator with EAL domain  33.85 
 
 
417 aa  183  4.0000000000000006e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.736071  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1483  response regulator/EAL domain protein  32.01 
 
 
429 aa  181  2e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3594  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  31.63 
 
 
404 aa  180  4.999999999999999e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0242855  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3272  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  30.51 
 
 
404 aa  176  8e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00166163  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1293  EAL:response regulator receiver  30.92 
 
 
453 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.532656  normal  0.518355 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1940  response regulator  29.26 
 
 
397 aa  172  7.999999999999999e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.249901  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0908  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  30.08 
 
 
405 aa  171  2e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1258  response regulator VieA  31.11 
 
 
584 aa  170  5e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.204001  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3853  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  29.79 
 
 
417 aa  167  2e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.548821 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0809  putative diguanylate phosphodiesterase  31.51 
 
 
411 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000286  response regulator VieA  27.11 
 
 
384 aa  166  6.9999999999999995e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.926031  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3799  response regulator receiver/diguanylate phosphodiesterase  31.75 
 
 
415 aa  166  8e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06170  sensory transduction protein kinase  27.34 
 
 
380 aa  164  3e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0305  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  27.92 
 
 
412 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1023  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  30.2 
 
 
399 aa  163  5.0000000000000005e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0438319 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.95 
 
 
508 aa  162  9e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3545  diguanylate phosphodiesterase  35.23 
 
 
298 aa  161  2e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.18455  normal  0.882443 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.45 
 
 
508 aa  160  4e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.06884 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.55 
 
 
778 aa  160  5e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.479414  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1020  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  30.71 
 
 
399 aa  157  2e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4002  putative two-component response regulator  30.1 
 
 
404 aa  157  3e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.490249  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02180  hypothetical protein  28.61 
 
 
421 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2580  putative diguanylate phosphodiesterase  31.84 
 
 
413 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.465232 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2164  sensory box protein  36.59 
 
 
1431 aa  156  6e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.357073  normal  0.611751 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0553  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.23 
 
 
699 aa  156  8e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2138  cyclic-di-GMP regulatory protein  34.48 
 
 
247 aa  154  2e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.106581  normal  0.507005 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002619  C-di-GMP phosphodiesterase A-related protein  36.96 
 
 
679 aa  154  2.9999999999999998e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2870  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.71 
 
 
504 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1496  response regulator and cylclic diguanylate phosphodiesterase  28.64 
 
 
413 aa  153  5e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2022  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.21 
 
 
589 aa  153  5.9999999999999996e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1876  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  30.9 
 
 
416 aa  152  7e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.296132  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0184  PAS/GGDEF domain-containing protein  38.1 
 
 
684 aa  152  8e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1633  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.96 
 
 
1447 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.15537 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2024  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.36 
 
 
665 aa  152  1e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03387  hypothetical protein  36.96 
 
 
679 aa  152  1e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0547  sensory box protein  35.77 
 
 
1214 aa  151  2e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.428302  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1752  cAMP phosphodiesterase  34.5 
 
 
807 aa  151  2e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1678  cAMP phosphodiesterase  34.5 
 
 
807 aa  151  2e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2053  putative diguanylate phosphodiesterase  31.99 
 
 
722 aa  151  2e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.172491  normal  0.176353 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1202  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.4 
 
 
692 aa  151  2e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1821  putative diguanylate phosphodiesterase  30.28 
 
 
725 aa  151  2e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.398823  normal  0.493253 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2534  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.68 
 
 
775 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5652  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.36 
 
 
1061 aa  150  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3387  two-component response regulator transcription regulator protein  28.97 
 
 
403 aa  150  4e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00386008  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02697  sensory box protein  35.63 
 
 
1510 aa  150  5e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2158  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.5 
 
 
799 aa  149  6e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0139008  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1392  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.42 
 
 
584 aa  149  6e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.623748  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0887  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.69 
 
 
577 aa  149  6e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.178537  normal  0.435541 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3182  GGDEF domain-containing protein  35.68 
 
 
754 aa  149  7e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1925  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.4 
 
 
728 aa  149  7e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0535292  normal  0.500981 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0648  diguanylate phosphodiesterase  30.39 
 
 
403 aa  148  1.0000000000000001e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.215101 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1055  two component signal transduction response regulator  33.46 
 
 
734 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0148851  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6649  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  35.68 
 
 
871 aa  148  2.0000000000000003e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.829365  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4358  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.89 
 
 
868 aa  148  2.0000000000000003e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0223815  normal  0.0668738 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1574  cAMP phosphodiesterase  34.5 
 
 
807 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3022  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.55 
 
 
1441 aa  147  3e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.161295  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2667  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.66 
 
 
775 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.472335  normal  0.953332 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1684  cAMP phosphodiesterase  34.11 
 
 
807 aa  147  5e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2679  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.12 
 
 
775 aa  146  5e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0510  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  37.07 
 
 
1121 aa  146  5e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.294056  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2044  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  36.97 
 
 
1186 aa  146  7.0000000000000006e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.864126 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2547  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.01 
 
 
722 aa  145  9e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.383488  normal  0.0994855 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01447  cAMP phosphodiesterase, heme-regulated  34.85 
 
 
799 aa  145  1e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01459  hypothetical protein  34.85 
 
 
685 aa  145  1e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1534  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36 
 
 
687 aa  145  1e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.25746  normal  0.789676 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1622  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.34 
 
 
692 aa  145  1e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0583  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.89 
 
 
743 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2593  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.96 
 
 
1436 aa  145  1e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2168  cAMP phosphodiesterase  34.85 
 
 
799 aa  145  1e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.300565  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2456  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.95 
 
 
1438 aa  144  2e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0395  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.1 
 
 
745 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4208  HAMP domain/GGDEF domain/EAL domain protein  37.28 
 
 
784 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2284  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.39 
 
 
749 aa  144  2e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00235544  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0050  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.25 
 
 
742 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0159  GGDEF domain-containing protein  37.7 
 
 
742 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.43432  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0247  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.02 
 
 
890 aa  145  2e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4292  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.89 
 
 
772 aa  144  3e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.832066  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.67 
 
 
1147 aa  144  3e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7376  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.18 
 
 
736 aa  144  3e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.56 
 
 
1430 aa  144  3e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.017718 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1476  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.56 
 
 
1430 aa  144  3e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.65929  normal  0.14467 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1877  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.34 
 
 
722 aa  144  4e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2786  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.3 
 
 
828 aa  143  4e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.532868  normal  0.92327 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2059  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.94 
 
 
718 aa  143  5e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0475762  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.59 
 
 
743 aa  143  5e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.766687  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1946  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  29.71 
 
 
722 aa  143  5e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.146362  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>