More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_000286 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013457  VEA_000286  response regulator VieA  100 
 
 
384 aa  792    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.926031  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1258  response regulator VieA  35.24 
 
 
584 aa  225  1e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.204001  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06170  sensory transduction protein kinase  32.02 
 
 
380 aa  223  3e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0483  cyclic-di-GMP regulatory protein  30.99 
 
 
406 aa  207  2e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1555  response regulator receiver/diguanylate phosphodiesterase  30.89 
 
 
412 aa  207  2e-52  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2469  response regulator receiver/diguanylate phosphodiesterase  28.53 
 
 
407 aa  187  2e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.456711  normal  0.0660939 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0908  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  31.74 
 
 
405 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0737  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  29.02 
 
 
406 aa  182  8.000000000000001e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04753  Response regulator with EAL domain  29.97 
 
 
417 aa  181  2.9999999999999997e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.736071  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1293  EAL:response regulator receiver  29.16 
 
 
453 aa  179  7e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.532656  normal  0.518355 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1483  response regulator/EAL domain protein  28.93 
 
 
429 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1161  two-component response regulator  29.74 
 
 
392 aa  176  5e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.079041  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0175  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  29.82 
 
 
412 aa  176  6e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12810  two-component response regulator  30 
 
 
392 aa  176  8e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0434149  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2025  cyclic-di-GMP regulatory protein  31.96 
 
 
390 aa  173  5e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.100945  normal  0.0489408 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3016  two component response regulator  29.21 
 
 
399 aa  172  1e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1496  response regulator and cylclic diguanylate phosphodiesterase  28.53 
 
 
413 aa  167  2e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2171  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  28.35 
 
 
408 aa  167  2e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.189433  normal  0.293545 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59790  two component response regulator  28.95 
 
 
399 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000119799  hitchhiker  4.43105e-18 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1534  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.85 
 
 
642 aa  166  5.9999999999999996e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.376143  normal  0.346331 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3545  diguanylate phosphodiesterase  35.04 
 
 
298 aa  165  1.0000000000000001e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.18455  normal  0.882443 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3799  response regulator receiver/diguanylate phosphodiesterase  27.47 
 
 
415 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0809  putative diguanylate phosphodiesterase  28.03 
 
 
411 aa  163  6e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0305  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  27.43 
 
 
412 aa  162  7e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3750  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  26.91 
 
 
397 aa  162  1e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1218  diguanylate cyclase  33.62 
 
 
803 aa  162  1e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.705324 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1110  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.19 
 
 
826 aa  161  2e-38  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.396242  hitchhiker  0.0036434 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1940  response regulator  27.19 
 
 
397 aa  160  3e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.249901  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2788  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.49 
 
 
715 aa  158  2e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.941936  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2296  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.63 
 
 
784 aa  157  4e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0227  response regulator receiver/diguanylate phosphodiesterase  27.86 
 
 
843 aa  155  9e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1297  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.71 
 
 
891 aa  155  1e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.112988  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3853  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  28.16 
 
 
417 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.548821 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5143  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.96 
 
 
884 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.663755  normal  0.026538 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03720  sensory box GGDEF domain-containing protein  34.38 
 
 
760 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000164821 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0363  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.08 
 
 
677 aa  154  2.9999999999999998e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.327078  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.29 
 
 
862 aa  153  4e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3079  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  25.84 
 
 
403 aa  153  5e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.713986  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2138  cyclic-di-GMP regulatory protein  35.27 
 
 
247 aa  153  5e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.106581  normal  0.507005 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3544  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.89 
 
 
774 aa  153  5.9999999999999996e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.119443  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3494  diguanylate phosphodiesterase  28.18 
 
 
393 aa  152  8e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1007  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  36.55 
 
 
853 aa  152  8.999999999999999e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3039  diguanylate phosphodiesterase  26.49 
 
 
395 aa  152  1e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0303288  normal  0.300283 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0343  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.53 
 
 
819 aa  152  1e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0947891  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3594  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  27.18 
 
 
404 aa  151  2e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0242855  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0648  diguanylate phosphodiesterase  28.3 
 
 
403 aa  151  2e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.215101 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2853  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.02 
 
 
584 aa  150  3e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1622  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.95 
 
 
692 aa  150  3e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1491  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.48 
 
 
641 aa  150  3e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1876  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  28.61 
 
 
416 aa  150  4e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.296132  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.7 
 
 
1260 aa  150  5e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0616256  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1994  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.44 
 
 
578 aa  150  5e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.213065  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2366  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.21 
 
 
693 aa  148  1.0000000000000001e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.309228 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03500  diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein  34.04 
 
 
893 aa  148  1.0000000000000001e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0341  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.6 
 
 
775 aa  148  2.0000000000000003e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0680  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  29.36 
 
 
651 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1469  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.38 
 
 
806 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0948188  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1451  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.89 
 
 
578 aa  147  2.0000000000000003e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6207  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.79 
 
 
1117 aa  147  2.0000000000000003e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.238259  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1535  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.02 
 
 
724 aa  148  2.0000000000000003e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.444509  normal  0.45543 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6367  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  34.63 
 
 
840 aa  147  2.0000000000000003e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4532  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.61 
 
 
846 aa  147  3e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.946946  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4193  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.68 
 
 
703 aa  147  3e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.950963  normal  0.519215 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1403  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.76 
 
 
567 aa  147  3e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0679086  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3272  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  26.92 
 
 
404 aa  147  3e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00166163  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3395  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.83 
 
 
834 aa  147  3e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1344  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.22 
 
 
836 aa  147  4.0000000000000006e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.492796  normal  0.0418259 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5750  hypothetical protein  35.02 
 
 
581 aa  147  4.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1418  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 
777 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1662  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.05 
 
 
450 aa  147  4.0000000000000006e-34  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.235348 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1490  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.32 
 
 
724 aa  146  5e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.261971  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3132  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.76 
 
 
677 aa  146  5e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3579  hypothetical protein  34.33 
 
 
685 aa  146  6e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0227937  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5973  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.89 
 
 
776 aa  146  6e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.177831 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2322  GGDEF family protein  34.02 
 
 
849 aa  146  6e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0951  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  28.74 
 
 
399 aa  146  7.0000000000000006e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2667  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.91 
 
 
775 aa  146  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.472335  normal  0.953332 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2044  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  36.44 
 
 
1186 aa  145  8.000000000000001e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.864126 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7376  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.19 
 
 
736 aa  145  9e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2712  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.21 
 
 
793 aa  145  1e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.109908 
 
 
-
 
NC_003296  RS02180  hypothetical protein  29.27 
 
 
421 aa  145  1e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2057  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.5 
 
 
699 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7582  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.36 
 
 
690 aa  145  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.961635 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0613  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.2 
 
 
1036 aa  145  1e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147117  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2204  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.93 
 
 
775 aa  144  2e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0312555  normal  0.679079 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4640  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.32 
 
 
772 aa  145  2e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.288371  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1311  hypothetical protein  38.84 
 
 
792 aa  144  2e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3959  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.05 
 
 
855 aa  144  2e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0388  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.23 
 
 
801 aa  144  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3864  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 
655 aa  145  2e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0549958 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2261  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.93 
 
 
775 aa  144  2e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1654  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.79 
 
 
398 aa  144  2e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.949528  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2215  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.93 
 
 
775 aa  144  2e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8068  GGDEF family protein  35.14 
 
 
542 aa  144  2e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00678  Putative signal protein with GAF, GGDEF and EAL domains  32.03 
 
 
595 aa  145  2e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0927231  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3562  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.32 
 
 
687 aa  144  2e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.6333  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.94 
 
 
830 aa  145  2e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.153099 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2534  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.97 
 
 
775 aa  144  3e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2326  diguanylate phosphodiesterase  33.91 
 
 
760 aa  144  3e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.868867  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1996  GGDEF domain-containing protein  33.76 
 
 
855 aa  144  3e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.473093  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>