More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3494 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A3494  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 
393 aa  789    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1496  response regulator and cylclic diguanylate phosphodiesterase  42.26 
 
 
413 aa  259  4e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1940  response regulator  35.14 
 
 
397 aa  258  1e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.249901  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2025  cyclic-di-GMP regulatory protein  37.08 
 
 
390 aa  254  1.0000000000000001e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.100945  normal  0.0489408 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3853  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  39.11 
 
 
417 aa  249  8e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.548821 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1876  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  38.9 
 
 
416 aa  238  1e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.296132  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1555  response regulator receiver/diguanylate phosphodiesterase  36.97 
 
 
412 aa  232  8.000000000000001e-60  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3799  response regulator receiver/diguanylate phosphodiesterase  36.6 
 
 
415 aa  231  2e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1490  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.61 
 
 
724 aa  223  4e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.261971  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0483  cyclic-di-GMP regulatory protein  34.67 
 
 
406 aa  221  1.9999999999999999e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3544  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.13 
 
 
774 aa  214  1.9999999999999998e-54  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.119443  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2469  response regulator receiver/diguanylate phosphodiesterase  32.29 
 
 
407 aa  212  1e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.456711  normal  0.0660939 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3143  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  44.31 
 
 
786 aa  207  3e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.661256  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1418  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.63 
 
 
777 aa  207  3e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49140  GGDEF domain protein  46.06 
 
 
689 aa  204  2e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3016  two component response regulator  34.61 
 
 
399 aa  204  3e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1434  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.14 
 
 
716 aa  203  4e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.486546  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1110  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.74 
 
 
826 aa  201  9.999999999999999e-51  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.396242  hitchhiker  0.0036434 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1227  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.64 
 
 
779 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.148378 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1218  diguanylate cyclase  41.74 
 
 
803 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.705324 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  43.35 
 
 
947 aa  201  1.9999999999999998e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4292  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.12 
 
 
772 aa  200  3.9999999999999996e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.832066  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2379  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.03 
 
 
573 aa  199  5e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42220  membrane sensor domain-containing protein  43.92 
 
 
685 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2486  GGDEF  43.21 
 
 
703 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.140313 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0256  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.52 
 
 
778 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8076  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain-like protein  43.35 
 
 
693 aa  198  1.0000000000000001e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0411962  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3194  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.92 
 
 
726 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.178802  normal  0.0329837 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1976  PAS:GGDEF  43.36 
 
 
963 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.616763 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2525  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.43 
 
 
693 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1562  diguanylate phosphodiesterase  44.03 
 
 
326 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2227  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.17 
 
 
1275 aa  197  3e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.209837 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1871  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.83 
 
 
721 aa  197  3e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.616361 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4922  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.44 
 
 
617 aa  197  3e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.051397 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3039  diguanylate phosphodiesterase  33.33 
 
 
395 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0303288  normal  0.300283 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3579  hypothetical protein  43.53 
 
 
685 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0227937  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0391  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.27 
 
 
1040 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.519884  normal  0.119604 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2664  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.98 
 
 
1063 aa  197  4.0000000000000005e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.180042  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0887  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.08 
 
 
577 aa  196  4.0000000000000005e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.178537  normal  0.435541 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1685  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.53 
 
 
585 aa  197  4.0000000000000005e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3179  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.65 
 
 
768 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1163  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.45 
 
 
731 aa  196  8.000000000000001e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1673  sensory box protein  44.67 
 
 
1346 aa  196  8.000000000000001e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.338574  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6267  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.03 
 
 
693 aa  196  8.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.57074  normal  0.863761 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0927  diguanylate cyclase  43.41 
 
 
841 aa  195  1e-48  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.216017 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6743  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.03 
 
 
693 aa  195  1e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4552  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.07 
 
 
624 aa  195  1e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01278  Putative signal protein with HAMP, GGDEF and EAL domains  46.12 
 
 
785 aa  195  1e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0804794  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3424  GGDEF domain-containing protein  43.27 
 
 
1502 aa  195  1e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3581  GGDEF domain-containing protein  43.9 
 
 
695 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2757  GGDEF domain/EAL domain protein  42.25 
 
 
703 aa  194  2e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.203015  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4208  HAMP domain/GGDEF domain/EAL domain protein  42.74 
 
 
784 aa  194  2e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1740  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.07 
 
 
821 aa  194  2e-48  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3696  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.05 
 
 
747 aa  194  2e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.031791  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0870  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.8 
 
 
842 aa  194  2e-48  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.141816 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0401  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  45.96 
 
 
687 aa  194  2e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.465852 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3740  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.63 
 
 
793 aa  194  2e-48  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0386  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.38 
 
 
685 aa  194  2e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2190  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.9 
 
 
695 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59790  two component response regulator  32.56 
 
 
399 aa  194  2e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000119799  hitchhiker  4.43105e-18 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0679  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.77 
 
 
576 aa  194  3e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.874871 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0408  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.68 
 
 
862 aa  193  3e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4297  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.46 
 
 
734 aa  193  4e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.92876  hitchhiker  0.00384983 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1456  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.75 
 
 
1212 aa  193  4e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.4231 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2511  sensory box/GGDEF family protein  42.8 
 
 
873 aa  193  5e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.064044  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3545  diguanylate phosphodiesterase  36.62 
 
 
298 aa  192  6e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.18455  normal  0.882443 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  42.11 
 
 
1508 aa  192  6e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  42.11 
 
 
1508 aa  192  6e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  42.11 
 
 
1508 aa  192  6e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1106  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.67 
 
 
730 aa  192  6e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.148996 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.11 
 
 
1508 aa  192  7e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3848  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.8 
 
 
703 aa  192  7e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.343403  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2262  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.04 
 
 
853 aa  192  8e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7110  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.97 
 
 
694 aa  192  9e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0633557 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3909  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.82 
 
 
776 aa  192  9e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.11 
 
 
1505 aa  192  9e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2044  sensory box/GGDEF family protein  43.8 
 
 
762 aa  192  1e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1533  sensory box protein  43.82 
 
 
965 aa  192  1e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.76081  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04753  Response regulator with EAL domain  33.43 
 
 
417 aa  192  1e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.736071  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2427  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.46 
 
 
683 aa  191  1e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.587287 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3750  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  32.39 
 
 
397 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1007  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  41.94 
 
 
853 aa  191  1e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2945  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.89 
 
 
778 aa  192  1e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0510  hypothetical protein  45.65 
 
 
701 aa  191  2e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0522945 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2620  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.03 
 
 
743 aa  191  2e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.116694  normal  0.658047 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0341  sensory box protein  42.11 
 
 
1515 aa  191  2e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.2 
 
 
925 aa  191  2e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6026  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.03 
 
 
1109 aa  191  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.178921  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2024  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.7 
 
 
665 aa  191  2e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2450  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41 
 
 
951 aa  190  2.9999999999999997e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.065238  normal  0.870771 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2798  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.62 
 
 
695 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4938  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.92 
 
 
1027 aa  191  2.9999999999999997e-47  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.393519 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2016  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.39 
 
 
874 aa  191  2.9999999999999997e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0913  sensory box protein  42.37 
 
 
782 aa  190  4e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2593  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.16 
 
 
1436 aa  190  4e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2261  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.9 
 
 
775 aa  190  5e-47  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.29 
 
 
951 aa  190  5e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2215  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.9 
 
 
775 aa  190  5e-47  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2204  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.9 
 
 
775 aa  189  5e-47  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0312555  normal  0.679079 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3022  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.16 
 
 
1441 aa  190  5e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.161295  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>