269 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2312 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2312  lytic transglycosylase family protein  100 
 
 		 468 aa  944    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000348067 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1754  lytic transglycosylase catalytic  87.31 
 
 		 468 aa  807    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000408908 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3457  lytic transglycosylase, catalytic  98.29 
 
 		 480 aa  929    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.593202  hitchhiker  0.000121257 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1914  lytic transglycosylase catalytic  95.94 
 
 		 468 aa  910    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.260626  hitchhiker  0.00000000157074 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4020  lytic transglycosylase, catalytic  66.44 
 
 		 473 aa  606  9.999999999999999e-173  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.553883 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2256  transglycosylase, SLT family  58.12 
 
 		 473 aa  558  1e-158  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.52446  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2442  lytic transglycosylase, catalytic  63.23 
 
 		 471 aa  555  1e-157  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.207678  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2061  SLT  57.76 
 
 		 473 aa  546  1e-154  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.546802 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23020  Lytic transglycosylase protein  58.28 
 
 		 475 aa  530  1e-149  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27050  Slt family transglycosylase  58.39 
 
 		 476 aa  521  1e-146  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2289  putative glycosylase  58.71 
 
 		 475 aa  503  1e-141  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0524  periplasmic binding transport protein/transglycosylase  32.7 
 
 		 497 aa  245  9.999999999999999e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.60685  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1506  Lytic transglycosylase catalytic  29.62 
 
 		 485 aa  226  5.0000000000000005e-58  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0243609 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1492  lytic transglycosylase, catalytic  30.55 
 
 		 500 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.928362  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4438  lytic transglycosylase catalytic  28.36 
 
 		 516 aa  203  7e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.662285  normal  0.867031 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004396  transglycosylase Slt family  28.73 
 
 		 502 aa  193  6e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2659  lytic transglycosylase, catalytic  29.27 
 
 		 508 aa  192  1e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0787  putative transglycosylase protein  26.19 
 
 		 472 aa  191  2e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1034  extracellular solute-binding protein  32.01 
 
 		 505 aa  190  5e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.121119  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0786  transglycosylase protein  26.53 
 
 		 433 aa  187  3e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6050  lytic transglycosylase catalytic  27.67 
 
 		 505 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.656585  hitchhiker  0.00000979429 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01003  hypothetical protein  27 
 
 		 489 aa  184  2.0000000000000003e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01772  hypothetical protein  25.85 
 
 		 461 aa  176  8e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0335  lytic transglycosylase, catalytic  27.21 
 
 		 499 aa  172  1e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.825805 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2520  lytic transglycosylase, catalytic  28.45 
 
 		 481 aa  168  2e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.985512 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2552  transglycosylase SLT domain/extracellular solute-binding domain-containing protein  28.94 
 
 		 517 aa  158  2e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3415  putative transglycosylase  29.49 
 
 		 488 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1077  putative transglycosylase  27.63 
 
 		 485 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0564532  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4190  putative transglycosylase  26.25 
 
 		 485 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0675173  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1033  putative transglycosylase  26.88 
 
 		 485 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.336568  normal  0.533813 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1036  putative transglycosylase  27.59 
 
 		 449 aa  118  3e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.377036  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0998  putative transglycosylase  26.24 
 
 		 486 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.144242 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1004  extracellular solute-binding protein  27.48 
 
 		 464 aa  113  7.000000000000001e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0784761 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1268  putative transglycosylase  26.61 
 
 		 498 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15720  putative transglycosylase  26.81 
 
 		 451 aa  110  8.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000412492 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3239  Slt family transglycosylase  24.18 
 
 		 714 aa  108  2e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.538668  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2596  putative transglycosylase  25.31 
 
 		 456 aa  108  3e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1353  putative transglycosylase  26.03 
 
 		 490 aa  107  5e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1563  putative transglycosylase  25.94 
 
 		 480 aa  105  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.158828  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1458  periplasmic binding domain/transglycosylase SLT domain fusion protein  26.62 
 
 		 456 aa  104  3e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.999918  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1316  putative transglycosylase  27.53 
 
 		 479 aa  103  6e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.237496  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0497  putative transglycosylase  28.4 
 
 		 457 aa  101  3e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39670  putative transglycosylase  27.08 
 
 		 444 aa  100  5e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.403858  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1230  extracellular solute-binding protein  28.43 
 
 		 470 aa  98.6  2e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3120  putative transglycosylase  27.88 
 
 		 480 aa  98.6  2e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3674  putative transglycosylase  24.58 
 
 		 518 aa  97.4  5e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2351  putative transglycosylase  26.73 
 
 		 502 aa  97.1  6e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0115829  normal  0.881072 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1239  putative transglycosylase  26.21 
 
 		 478 aa  97.1  6e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1237  putative transglycosylase  26.21 
 
 		 478 aa  96.7  8e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3288  putative transglycosylase  26.2 
 
 		 457 aa  95.5  2e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3794  putative transglycosylase  25.44 
 
 		 518 aa  95.1  2e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1477  putative transglycosylase  24.02 
 
 		 501 aa  95.5  2e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1004  putative transglycosylase  25.82 
 
 		 462 aa  95.1  2e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00893953  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0840  lytic transglycosylase  24.78 
 
 		 484 aa  94  5e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.602235  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1308  putative transglycosylase  25.95 
 
 		 478 aa  94  5e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0643025  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1110  Lytic transglycosylase catalytic  25.19 
 
 		 518 aa  92  2e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1119  putative transglycosylase  25.19 
 
 		 518 aa  92  2e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2712  putative transglycosylase  25.19 
 
 		 518 aa  92  2e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1300  putative transglycosylase  26 
 
 		 476 aa  92.4  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000125661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2711  putative transglycosylase  25.19 
 
 		 518 aa  92  2e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2924  putative transglycosylase  25.19 
 
 		 518 aa  92.4  2e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1382  putative transglycosylase  26.02 
 
 		 476 aa  92  2e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.249867  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2729  putative transglycosylase  25.8 
 
 		 514 aa  91.3  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2995  putative transglycosylase  25.77 
 
 		 476 aa  91.7  3e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.049065  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2981  putative transglycosylase  25.77 
 
 		 476 aa  91.7  3e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2643  putative transglycosylase  24.88 
 
 		 477 aa  91.3  3e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2833  putative transglycosylase  25.8 
 
 		 514 aa  91.3  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.459911 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3139  putative transglycosylase  25.77 
 
 		 476 aa  91.7  3e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.448411 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2770  putative transglycosylase  25.8 
 
 		 514 aa  91.3  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1646  lytic transglycosylase, catalytic  23.44 
 
 		 528 aa  91.3  4e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.991201  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2945  putative transglycosylase  25.55 
 
 		 514 aa  90.9  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2844  putative transglycosylase  25.13 
 
 		 472 aa  89.4  1e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02414  hypothetical protein  25.13 
 
 		 458 aa  89  1e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1081  putative transglycosylase  25.54 
 
 		 485 aa  88.6  2e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0749  putative transglycosylase  23.61 
 
 		 494 aa  86.7  9e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2311  putative transglycosylase  24.49 
 
 		 478 aa  84.7  0.000000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.736491  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1252  putative transglycosylase  27.23 
 
 		 513 aa  84.3  0.000000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.831517  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3622  putative transglycosylase  27.23 
 
 		 486 aa  84  0.000000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1146  putative transglycosylase  27.23 
 
 		 486 aa  84  0.000000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2772  putative transglycosylase  24.81 
 
 		 486 aa  82.4  0.00000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1272  putative transglycosylase  23.35 
 
 		 494 aa  82.4  0.00000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000129454  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1327  Lytic transglycosylase catalytic  30.65 
 
 		 511 aa  82  0.00000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.566975  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1005  putative transglycosylase  26.75 
 
 		 467 aa  82.4  0.00000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1301  lytic transglycosylase, catalytic  24.12 
 
 		 511 aa  80.5  0.00000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.462957  normal  0.521043 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004281  transglycosylase Slt family  25.37 
 
 		 525 aa  79.3  0.0000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0392  putative transglycosylase  24.38 
 
 		 530 aa  79.7  0.0000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3114  lytic transglycosylase, catalytic  22.93 
 
 		 523 aa  79  0.0000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1140  putative transglycosylase  23.19 
 
 		 476 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2810  putative transglycosylase  25.55 
 
 		 514 aa  78.2  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.28375  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01149  putative transglycosylase  26.16 
 
 		 534 aa  77.4  0.0000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3655  putative transglycosylase  27.1 
 
 		 493 aa  76.6  0.0000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0695  Lytic transglycosylase catalytic  26.59 
 
 		 523 aa  76.6  0.0000000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.114922 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2792  peptidoglycan-binding lytic transglycosylase-related protein  23.51 
 
 		 477 aa  76.3  0.000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0340285 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1018  putative transglycosylase  24.11 
 
 		 494 aa  75.9  0.000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0598275  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1049  putative transglycosylase  22.43 
 
 		 472 aa  74.3  0.000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00903015  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3319  lytic transglycosylase, catalytic  24.2 
 
 		 718 aa  73.9  0.000000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0975  lytic transglycosylase catalytic  35.43 
 
 		 482 aa  73.6  0.000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.742746 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3053  putative transglycosylase  23.55 
 
 		 508 aa  73.2  0.000000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0288  transglycosylase SLT domain-containing protein  25.11 
 
 		 410 aa  72.4  0.00000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1131  putative transglycosylase  21.58 
 
 		 472 aa  71.6  0.00000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00229364  normal  0.195438 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>