More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2256 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2256  transglycosylase, SLT family  100 
 
 		 473 aa  971    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.52446  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2061  SLT  91.75 
 
 		 473 aa  883    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.546802 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4020  lytic transglycosylase, catalytic  61.52 
 
 		 473 aa  613  9.999999999999999e-175  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.553883 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2442  lytic transglycosylase, catalytic  64.29 
 
 		 471 aa  590  1e-167  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.207678  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1914  lytic transglycosylase catalytic  59.19 
 
 		 468 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.260626  hitchhiker  0.00000000157074 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3457  lytic transglycosylase, catalytic  58.55 
 
 		 480 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.593202  hitchhiker  0.000121257 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2312  lytic transglycosylase family protein  58.12 
 
 		 468 aa  558  1e-158  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000348067 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1754  lytic transglycosylase catalytic  61.52 
 
 		 468 aa  560  1e-158  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000408908 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23020  Lytic transglycosylase protein  60.36 
 
 		 475 aa  556  1e-157  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27050  Slt family transglycosylase  57.68 
 
 		 476 aa  534  1e-150  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2289  putative glycosylase  57.83 
 
 		 475 aa  530  1e-149  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0524  periplasmic binding transport protein/transglycosylase  30.91 
 
 		 497 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.60685  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1492  lytic transglycosylase, catalytic  30.66 
 
 		 500 aa  242  1e-62  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.928362  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1506  Lytic transglycosylase catalytic  29.82 
 
 		 485 aa  235  1.0000000000000001e-60  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0243609 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2659  lytic transglycosylase, catalytic  31.41 
 
 		 508 aa  214  2.9999999999999995e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004396  transglycosylase Slt family  28.05 
 
 		 502 aa  213  9e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0787  putative transglycosylase protein  25.66 
 
 		 472 aa  203  4e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4438  lytic transglycosylase catalytic  27.46 
 
 		 516 aa  200  3.9999999999999996e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.662285  normal  0.867031 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01003  hypothetical protein  27.27 
 
 		 489 aa  193  6e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1034  extracellular solute-binding protein  30.52 
 
 		 505 aa  192  9e-48  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.121119  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6050  lytic transglycosylase catalytic  28.64 
 
 		 505 aa  192  1e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.656585  hitchhiker  0.00000979429 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0786  transglycosylase protein  28.19 
 
 		 433 aa  188  1e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2520  lytic transglycosylase, catalytic  28.42 
 
 		 481 aa  187  3e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.985512 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01772  hypothetical protein  25.77 
 
 		 461 aa  181  4e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0335  lytic transglycosylase, catalytic  28.74 
 
 		 499 aa  178  2e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.825805 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2552  transglycosylase SLT domain/extracellular solute-binding domain-containing protein  27.63 
 
 		 517 aa  172  1e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2596  putative transglycosylase  24.56 
 
 		 456 aa  120  6e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1316  putative transglycosylase  25.67 
 
 		 479 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.237496  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1004  extracellular solute-binding protein  24.06 
 
 		 464 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0784761 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3114  lytic transglycosylase, catalytic  26.29 
 
 		 523 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2729  putative transglycosylase  23.79 
 
 		 514 aa  109  9.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2833  putative transglycosylase  24.87 
 
 		 514 aa  109  9.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.459911 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2770  putative transglycosylase  24.87 
 
 		 514 aa  109  9.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2945  putative transglycosylase  24.62 
 
 		 514 aa  109  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2351  putative transglycosylase  24.84 
 
 		 502 aa  106  1e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0115829  normal  0.881072 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1563  putative transglycosylase  24.09 
 
 		 480 aa  105  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.158828  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3794  putative transglycosylase  23.92 
 
 		 518 aa  105  2e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1646  lytic transglycosylase, catalytic  24.94 
 
 		 528 aa  103  5e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.991201  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15720  putative transglycosylase  26.27 
 
 		 451 aa  103  5e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000412492 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3415  putative transglycosylase  26.13 
 
 		 488 aa  103  6e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3120  putative transglycosylase  24.2 
 
 		 480 aa  102  1e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1110  Lytic transglycosylase catalytic  23.66 
 
 		 518 aa  102  2e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2712  putative transglycosylase  23.66 
 
 		 518 aa  102  2e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2924  putative transglycosylase  23.66 
 
 		 518 aa  102  2e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2711  putative transglycosylase  23.66 
 
 		 518 aa  102  2e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1239  putative transglycosylase  23.89 
 
 		 478 aa  102  2e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1119  putative transglycosylase  23.66 
 
 		 518 aa  102  2e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1237  putative transglycosylase  23.89 
 
 		 478 aa  101  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02414  hypothetical protein  24.06 
 
 		 458 aa  101  2e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2844  putative transglycosylase  24.06 
 
 		 472 aa  101  3e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2643  putative transglycosylase  23.89 
 
 		 477 aa  101  3e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1308  putative transglycosylase  23.89 
 
 		 478 aa  101  3e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0643025  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39670  putative transglycosylase  25.35 
 
 		 444 aa  100  5e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.403858  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1077  putative transglycosylase  25.23 
 
 		 485 aa  100  8e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0564532  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1382  putative transglycosylase  23.7 
 
 		 476 aa  99.4  1e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.249867  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3139  putative transglycosylase  23.46 
 
 		 476 aa  99  2e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.448411 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3288  putative transglycosylase  23.33 
 
 		 457 aa  99  2e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2981  putative transglycosylase  23.46 
 
 		 476 aa  99  2e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2995  putative transglycosylase  23.46 
 
 		 476 aa  99  2e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.049065  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0497  putative transglycosylase  25.06 
 
 		 457 aa  98.6  2e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1033  putative transglycosylase  25.57 
 
 		 485 aa  99  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.336568  normal  0.533813 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1353  putative transglycosylase  27.94 
 
 		 490 aa  97.4  4e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2810  putative transglycosylase  25.13 
 
 		 514 aa  96.7  8e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.28375  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3239  Slt family transglycosylase  24.76 
 
 		 714 aa  96.3  1e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.538668  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3674  putative transglycosylase  22.86 
 
 		 518 aa  95.9  1e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004281  transglycosylase Slt family  26.84 
 
 		 525 aa  95.9  1e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1036  putative transglycosylase  24.71 
 
 		 449 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.377036  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0392  putative transglycosylase  25.59 
 
 		 530 aa  95.9  2e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2311  putative transglycosylase  23.08 
 
 		 478 aa  94.4  4e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.736491  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1004  putative transglycosylase  23.85 
 
 		 462 aa  94.4  4e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00893953  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0840  lytic transglycosylase  22.4 
 
 		 484 aa  94  5e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.602235  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1081  putative transglycosylase  23.94 
 
 		 485 aa  93.6  7e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4190  putative transglycosylase  25.51 
 
 		 485 aa  93.2  9e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0675173  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1477  putative transglycosylase  23.72 
 
 		 501 aa  93.2  9e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1230  extracellular solute-binding protein  24.34 
 
 		 470 aa  92.4  2e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1300  putative transglycosylase  23.55 
 
 		 476 aa  92  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000125661  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0749  putative transglycosylase  24.52 
 
 		 494 aa  91.3  3e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2772  putative transglycosylase  23.85 
 
 		 486 aa  91.7  3e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01149  putative transglycosylase  26.67 
 
 		 534 aa  90.9  4e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0998  putative transglycosylase  23.39 
 
 		 486 aa  90.9  5e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.144242 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1131  putative transglycosylase  25.31 
 
 		 472 aa  90.5  7e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00229364  normal  0.195438 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1458  periplasmic binding domain/transglycosylase SLT domain fusion protein  23.47 
 
 		 456 aa  89  2e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.999918  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1272  putative transglycosylase  22.66 
 
 		 494 aa  88.6  2e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000129454  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3043  putative transglycosylase  24.3 
 
 		 517 aa  87.8  3e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.775137  normal  0.0587061 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1140  putative transglycosylase  22.3 
 
 		 476 aa  87.4  5e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1049  putative transglycosylase  22.49 
 
 		 472 aa  86.3  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00903015  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2288  Lytic transglycosylase catalytic  23.88 
 
 		 482 aa  85.5  0.000000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1268  putative transglycosylase  23.45 
 
 		 498 aa  84.7  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3053  putative transglycosylase  23.95 
 
 		 508 aa  84.3  0.000000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2792  peptidoglycan-binding lytic transglycosylase-related protein  30.83 
 
 		 477 aa  81.6  0.00000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0340285 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3622  putative transglycosylase  24.47 
 
 		 486 aa  79.3  0.0000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1222  putative transglycosylase  23.3 
 
 		 508 aa  79.3  0.0000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1252  putative transglycosylase  24.47 
 
 		 513 aa  79.3  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.831517  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1146  putative transglycosylase  24.47 
 
 		 486 aa  79.3  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0288  transglycosylase SLT domain-containing protein  23.09 
 
 		 410 aa  78.6  0.0000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1005  putative transglycosylase  25.18 
 
 		 467 aa  78.6  0.0000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0975  lytic transglycosylase catalytic  25.94 
 
 		 482 aa  78.2  0.0000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.742746 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2485  lytic transglycosylase, catalytic  26.78 
 
 		 502 aa  77.8  0.0000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1582  lytic transglycosylase, catalytic  29.93 
 
 		 410 aa  77.4  0.0000000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0208694 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1018  putative transglycosylase  23.9 
 
 		 494 aa  74.7  0.000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0598275  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>