100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_1888 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_1888  DNA polymerase III, delta subunit  100 
 
 		 330 aa  651    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.879444  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3265  DNA polymerase III, delta subunit  48.57 
 
 		 319 aa  261  8.999999999999999e-69  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.544926  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1144  DNA polymerase III subunit delta  42.86 
 
 		 325 aa  243  1.9999999999999999e-63  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7073  DNA polymerase III, delta subunit  44.94 
 
 		 335 aa  228  9e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0686  DNA polymerase III, delta subunit  44.44 
 
 		 320 aa  228  1e-58  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0871952  normal  0.189562 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2278  DNA polymerase III delta subunit-like protein  43.49 
 
 		 327 aa  226  4e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00793945  normal  0.210784 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12630  hypothetical protein  43.04 
 
 		 326 aa  220  1.9999999999999999e-56  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.793346  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1551  DNA polymerase III, delta subunit  40 
 
 		 329 aa  197  2.0000000000000003e-49  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.166595  normal  0.216039 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0823  DNA polymerase III, delta subunit  42.54 
 
 		 346 aa  197  3e-49  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.00704203  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1206  hypothetical protein  41.46 
 
 		 322 aa  197  3e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1613  DNA polymerase III, delta subunit  39.3 
 
 		 330 aa  194  3e-48  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3467  DNA polymerase III, delta subunit  39.5 
 
 		 326 aa  190  2e-47  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.83441  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5468  DNA polymerase III subunit delta  39.68 
 
 		 319 aa  191  2e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.934031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3846  DNA polymerase III, delta subunit  39.62 
 
 		 326 aa  182  6e-45  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00271711 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1980  DNA polymerase III, delta subunit  36.89 
 
 		 317 aa  172  7.999999999999999e-42  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000479491 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1259  DNA polymerase III, delta subunit  41.38 
 
 		 334 aa  167  2e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.098932 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3422  DNA polymerase III, delta subunit  39.48 
 
 		 343 aa  164  2.0000000000000002e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.515323  normal  0.040318 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0775  DNA polymerase III, delta subunit  37.65 
 
 		 342 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.168506 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2104  DNA polymerase III, delta subunit  44.48 
 
 		 333 aa  162  7e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2243  DNA polymerase III, delta subunit  34.3 
 
 		 317 aa  159  5e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.143868  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3913  hypothetical protein  35.56 
 
 		 316 aa  157  2e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3523  hypothetical protein  35.99 
 
 		 320 aa  155  9e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.360312  normal  0.150751 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12440  DNA polymerase III, delta subunit  37.74 
 
 		 339 aa  155  9e-37  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.203264  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3583  hypothetical protein  35.99 
 
 		 320 aa  154  1e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0994569  normal  0.0173863 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3511  hypothetical protein  35.99 
 
 		 320 aa  154  1e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2801  DNA polymerase III delta  34.89 
 
 		 301 aa  155  1e-36  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.050478  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1560  DNA polymerase III, delta subunit  32.17 
 
 		 330 aa  153  4e-36  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17400  DNA polymerase III, delta subunit  37.04 
 
 		 328 aa  151  2e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.919832  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2664  hypothetical protein  35.37 
 
 		 319 aa  150  3e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.147487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17390  DNA polymerase III, delta subunit  34.59 
 
 		 317 aa  146  6e-34  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.0161852 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3186  DNA polymerase III delta  34.38 
 
 		 324 aa  145  7.0000000000000006e-34  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2208  DNA polymerase III, delta subunit  37.94 
 
 		 339 aa  145  8.000000000000001e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1739  DNA polymerase III, delta subunit  36.83 
 
 		 334 aa  144  2e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.390785  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13290  DNA polymerase III, delta subunit  37.18 
 
 		 334 aa  144  3e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.76161  normal  0.250015 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12441  hypothetical protein  32.8 
 
 		 322 aa  134  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0332  DNA polymerase III subunit delta  30.35 
 
 		 323 aa  132  9e-30  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2228  DNA polymerase III, delta subunit  36.27 
 
 		 310 aa  129  6e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.175818  hitchhiker  0.00239676 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0941  putative DNA polymerase III, delta subunit  26.73 
 
 		 348 aa  106  5e-22  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2207  DNA polymerase III, delta subunit, putative  27.91 
 
 		 337 aa  79  0.0000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3132  DNA polymerase III, delta subunit  22.22 
 
 		 331 aa  73.6  0.000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000219361  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2086  DNA polymerase III, delta subunit  28.41 
 
 		 332 aa  69.3  0.00000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.11707  normal  0.37357 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1415  DNA polymerase III, delta subunit  24.29 
 
 		 330 aa  67.8  0.0000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.31648e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2298  DNA polymerase III, delta subunit  23.97 
 
 		 334 aa  67.4  0.0000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0132973  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0755  DNA polymerase III, delta subunit  24.76 
 
 		 329 aa  65.5  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00516911  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2110  DNA polymerase III, delta subunit  24.92 
 
 		 336 aa  65.1  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0203  DNA polymerase III, delta subunit  23.27 
 
 		 334 aa  64.3  0.000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1588  DNA polymerase III delta subunit-like protein  22.42 
 
 		 325 aa  61.2  0.00000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0554592  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1733  DNA polymerase III, delta subunit  23.43 
 
 		 338 aa  59.7  0.00000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0770  DNA polymerase III, delta subunit  24.76 
 
 		 329 aa  58.2  0.0000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1537  hypothetical protein  21.54 
 
 		 344 aa  57.4  0.0000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.466776  normal  0.951584 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2091  DNA polymerase III, delta subunit  23.51 
 
 		 338 aa  57.8  0.0000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000184511  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10260  DNA polymerase III, delta subunit  25.86 
 
 		 327 aa  57.4  0.0000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00535946  hitchhiker  0.0000000366409 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0745  DNA polymerase III, delta subunit  28.08 
 
 		 312 aa  57.4  0.0000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1518  DNA polymerase III, delta subunit  27.24 
 
 		 306 aa  57  0.0000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.215  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1175  DNA polymerase III, delta subunit  23.12 
 
 		 334 aa  56.2  0.0000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.261121  hitchhiker  0.00030796 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3192  DNA polymerase III, delta subunit  26.69 
 
 		 354 aa  55.5  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000207223  normal  0.0841532 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2910  DNA polymerase III subunit delta  27.86 
 
 		 345 aa  54.7  0.000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4959  DNA polymerase III subunit delta  24 
 
 		 345 aa  52  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.67916 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3075  DNA polymerase III, delta subunit  24.68 
 
 		 315 aa  50.4  0.00004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000036033  hitchhiker  0.00284668 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0617  DNA polymerase III, delta subunit  23.55 
 
 		 330 aa  50.1  0.00005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.733396  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0457  DNA polymerase III, delta subunit  23.55 
 
 		 330 aa  50.1  0.00005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.199837  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2328  DNA polymerase III, delta subunit  26.5 
 
 		 338 aa  50.1  0.00005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.101165  normal  0.188166 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2068  DNA polymerase III, delta subunit  24.44 
 
 		 335 aa  50.1  0.00005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2506  DNA polymerase III, delta subunit  24.24 
 
 		 346 aa  49.7  0.00007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1679  DNA polymerase III subunit delta  16.99 
 
 		 324 aa  49.3  0.00008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00348184  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4456  DNA polymerase III subunit delta  21.74 
 
 		 336 aa  49.3  0.00008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000585392  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0794  DNA polymerase III subunit delta  21.74 
 
 		 336 aa  49.3  0.00008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.307001  hitchhiker  0.0000000000929908 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1154  DNA polymerase III subunit delta  17.87 
 
 		 324 aa  49.3  0.00008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.740114  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1644  DNA polymerase III subunit delta  16.99 
 
 		 324 aa  49.3  0.00008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.240012  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4442  DNA polymerase III subunit delta  21.74 
 
 		 336 aa  49.3  0.00009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000347151  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0828  DNA polymerase III delta  20.21 
 
 		 323 aa  48.9  0.0001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2157  DNA polymerase III, delta subunit  27.64 
 
 		 338 aa  48.5  0.0001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4174  DNA polymerase III subunit delta  21.74 
 
 		 336 aa  48.5  0.0001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0277234  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4404  DNA polymerase III subunit delta  21.74 
 
 		 336 aa  49.3  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4849  DNA polymerase III subunit delta  24.31 
 
 		 351 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0576  DNA polymerase III, delta subunit  24.85 
 
 		 330 aa  48.1  0.0002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2629  DNA polymerase III, delta subunit  23.17 
 
 		 350 aa  48.1  0.0002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.000921184  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3050  DNA polymerase III subunit delta  20.65 
 
 		 336 aa  47.8  0.0003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.132953  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0625  DNA polymerase III subunit delta  24.62 
 
 		 351 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4316  DNA polymerase III, delta subunit  19.75 
 
 		 332 aa  47.8  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00186458  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2663  DNA polymerase III, delta subunit  24.24 
 
 		 344 aa  47.8  0.0003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.193878  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_47  DNA polymerase III, delta subunit  24.49 
 
 		 419 aa  47.4  0.0003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.000000000202582  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3310  DNA polymerase III subunit delta  25.39 
 
 		 348 aa  47  0.0004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0143934 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1065  DNA polymerase III, delta subunit  22.27 
 
 		 339 aa  47  0.0005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.251286 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4345  DNA polymerase III subunit delta  20.69 
 
 		 336 aa  46.6  0.0006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000369985 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0646  DNA polymerase III, delta subunit  19.44 
 
 		 343 aa  46.6  0.0006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000921148  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4222  DNA polymerase III subunit delta  20.69 
 
 		 336 aa  46.6  0.0006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00283981  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4548  DNA polymerase III subunit delta  20.69 
 
 		 336 aa  46.6  0.0006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4060  DNA polymerase III subunit delta  20.69 
 
 		 336 aa  46.2  0.0007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4070  DNA polymerase III subunit delta  20.69 
 
 		 336 aa  46.2  0.0009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.091796  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0047  DNA polymerase III delta subunit-related protein  24.49 
 
 		 399 aa  45.8  0.001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00913059  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3591  DNA polymerase III, delta subunit  25.09 
 
 		 328 aa  45.8  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.490351  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0946  DNA polymerase III, delta subunit  21.73 
 
 		 331 aa  45.4  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4671  DNA polymerase III subunit delta  23.67 
 
 		 345 aa  44.7  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4796  DNA polymerase III subunit delta  23.67 
 
 		 345 aa  44.7  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.306681 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2143  DNA polymerase III, delta subunit  27.93 
 
 		 334 aa  44.3  0.003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1937  DNA polymerase III, delta subunit  24.62 
 
 		 344 aa  43.9  0.004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.156014  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1655  DNA polymerase III, delta subunit  23.95 
 
 		 328 aa  43.9  0.004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.61853  hitchhiker  0.00217926 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0402  DNA polymerase III, delta subunit  25 
 
 		 338 aa  43.1  0.007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.745977  normal  0.62254 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1311  DNA polymerase III subunit delta  22.37 
 
 		 343 aa  42.4  0.01  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>