226 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4849 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_4796  DNA polymerase III subunit delta  98.84 
 
 
345 aa  673    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.306681 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4849  DNA polymerase III subunit delta  100 
 
 
351 aa  694    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0625  DNA polymerase III subunit delta  95.73 
 
 
351 aa  668    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4671  DNA polymerase III subunit delta  99.13 
 
 
345 aa  675    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4959  DNA polymerase III subunit delta  85.51 
 
 
345 aa  597  1e-169  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.67916 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4814  DNA polymerase III, delta subunit  86.67 
 
 
345 aa  585  1e-166  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.664461  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4354  DNA polymerase III subunit delta  86.09 
 
 
345 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3788  DNA polymerase III subunit delta  79.24 
 
 
342 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.350473  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12200  DNA polymerase III subunit delta  77.84 
 
 
345 aa  520  1e-146  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.754313  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1119  DNA polymerase III subunit delta  77.26 
 
 
345 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.774232  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08980  DNA polymerase III subunit delta  76.23 
 
 
346 aa  510  1e-143  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0881789  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3310  DNA polymerase III subunit delta  49.55 
 
 
348 aa  310  2e-83  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0143934 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2277  DNA-directed DNA polymerase  50.88 
 
 
344 aa  295  6e-79  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2346  DNA polymerase III subunit delta  47.51 
 
 
352 aa  286  4e-76  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.21014  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1451  DNA polymerase III subunit delta  44.05 
 
 
334 aa  270  2.9999999999999997e-71  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0184698  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2663  DNA polymerase III, delta subunit  44.06 
 
 
344 aa  268  1e-70  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.193878  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0513  DNA polymerase III, delta subunit  43.99 
 
 
338 aa  267  2e-70  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2143  DNA polymerase III, delta subunit  46.78 
 
 
334 aa  264  1e-69  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0542  DNA polymerase III subunit delta  43.84 
 
 
335 aa  260  2e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0402  DNA polymerase III, delta subunit  46.53 
 
 
338 aa  254  2.0000000000000002e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.745977  normal  0.62254 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2917  DNA polymerase III, delta subunit  40.64 
 
 
342 aa  253  3e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0173  DNA polymerase III subunit delta  43.21 
 
 
364 aa  249  3e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0656  DNA polymerase III subunit delta  43.21 
 
 
364 aa  249  3e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.121282  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3742  DNA polymerase III subunit delta  43.49 
 
 
364 aa  249  5e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0768215 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1213  DNA polymerase III subunit delta  43.18 
 
 
362 aa  249  5e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.797197  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0623  DNA polymerase III subunit delta  43.21 
 
 
364 aa  249  6e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2451  DNA polymerase III subunit delta  43.47 
 
 
362 aa  248  8e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3449  DNA polymerase III subunit delta  43.47 
 
 
362 aa  248  8e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.785603  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0368  DNA polymerase III subunit delta  43.47 
 
 
362 aa  248  8e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1227  DNA polymerase III subunit delta  43.47 
 
 
362 aa  248  8e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.859093  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3413  DNA polymerase III subunit delta  43.47 
 
 
362 aa  248  8e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3448  DNA polymerase III subunit delta  43.47 
 
 
362 aa  248  8e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2638  DNA polymerase III subunit delta  43.47 
 
 
362 aa  248  8e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2742  DNA polymerase III subunit delta  44.92 
 
 
358 aa  248  1e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2832  DNA polymerase III subunit delta  42.25 
 
 
352 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2981  DNA polymerase III subunit delta  44.19 
 
 
358 aa  243  3.9999999999999997e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2571  DNA polymerase III subunit delta  44.19 
 
 
358 aa  243  5e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.225423  normal  0.952873 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0551  DNA polymerase III subunit delta  42.66 
 
 
364 aa  242  6e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0556298  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0577  DNA polymerase III subunit delta  42.66 
 
 
364 aa  242  7.999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.89546 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2586  DNA polymerase III subunit delta  42.9 
 
 
375 aa  242  9e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000748546 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0578  DNA polymerase III subunit delta  42.38 
 
 
372 aa  241  1e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2971  DNA polymerase III subunit delta  42.5 
 
 
356 aa  241  1e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2746  DNA polymerase III, delta subunit  42.48 
 
 
337 aa  241  1e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0671  DNA polymerase III, delta subunit  41.89 
 
 
339 aa  239  4e-62  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00374825  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1508  DNA polymerase III, delta subunit  41.89 
 
 
339 aa  239  5e-62  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0182978  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1564  DNA polymerase III, delta subunit  39.1 
 
 
340 aa  236  6e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0481  DNA polymerase III subunit delta  43.48 
 
 
362 aa  235  1.0000000000000001e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4600  DNA polymerase III subunit delta  41.14 
 
 
374 aa  234  2.0000000000000002e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2730  DNA polymerase III subunit delta  42.94 
 
 
364 aa  232  7.000000000000001e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.969457  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3378  DNA polymerase III subunit delta  41.83 
 
 
372 aa  229  6e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.930897  hitchhiker  0.00000000672182 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0424  DNA polymerase III subunit delta  40.57 
 
 
361 aa  227  2e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.813345  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0760  DNA polymerase III subunit delta  42.03 
 
 
354 aa  227  2e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0964  DNA polymerase III subunit delta  43.79 
 
 
351 aa  228  2e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0100805  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3769  DNA polymerase III subunit delta  41.53 
 
 
367 aa  227  3e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3264  DNA polymerase III subunit delta  44.54 
 
 
348 aa  224  1e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1172  DNA polymerase III, delta subunit  38.81 
 
 
343 aa  224  2e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2157  DNA polymerase III, delta subunit  41.07 
 
 
338 aa  224  2e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3915  DNA polymerase III subunit delta  44.54 
 
 
348 aa  224  2e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1060  DNA polymerase III, delta subunit  39.1 
 
 
343 aa  223  3e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0315108  hitchhiker  0.00717458 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0999  DNA polymerase III, delta subunit  38.81 
 
 
343 aa  223  3e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000304897  normal  0.119076 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3271  DNA polymerase III, delta subunit  38.21 
 
 
343 aa  223  3e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00947649  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3449  DNA polymerase III, delta subunit  38.21 
 
 
343 aa  223  3e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0222652  hitchhiker  0.000721711 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1096  DNA polymerase III, delta subunit  38.21 
 
 
343 aa  223  3e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00712318  hitchhiker  0.000000000697762 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0216  DNA polymerase III subunit delta  42 
 
 
363 aa  223  4.9999999999999996e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.533896  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0995  DNA polymerase III, delta subunit  38.81 
 
 
343 aa  223  6e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0109002  normal  0.117484 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2910  DNA polymerase III subunit delta  43.77 
 
 
345 aa  222  6e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3313  DNA polymerase III, delta subunit  37.91 
 
 
343 aa  222  7e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000619829  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1378  DNA polymerase III subunit delta  39 
 
 
343 aa  220  1.9999999999999999e-56  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.212433  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1311  DNA polymerase III subunit delta  39 
 
 
343 aa  221  1.9999999999999999e-56  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1200  DNA polymerase III subunit delta  43.03 
 
 
336 aa  218  1e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.972787  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0703  DNA polymerase III, delta subunit  37.31 
 
 
344 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000446236  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01876  DNA polymerase III subunit delta  41.06 
 
 
342 aa  213  2.9999999999999995e-54  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.84431  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4546  DNA polymerase III subunit delta  43.55 
 
 
348 aa  213  5.999999999999999e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0234  DNA polymerase III, delta subunit  38.66 
 
 
353 aa  212  7e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0256  DNA polymerase III, delta subunit  38.66 
 
 
353 aa  212  9e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6001  DNA polymerase III subunit delta  42.69 
 
 
350 aa  211  2e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.107235 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2931  DNA polymerase III, delta subunit  38.21 
 
 
343 aa  211  2e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.118412  decreased coverage  0.00725914 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0481  DNA polymerase III, delta subunit  38.24 
 
 
338 aa  209  6e-53  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2865  DNA polymerase III, delta subunit  37.61 
 
 
343 aa  208  1e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00085099  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2130  DNA polymerase III, delta subunit  42.9 
 
 
358 aa  202  6e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0903224 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2443  DNA polymerase III, delta subunit  41.06 
 
 
344 aa  199  7e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3704  DNA polymerase III, delta subunit  36.72 
 
 
346 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000203003  decreased coverage  0.000000325428 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1742  DNA polymerase III, delta subunit  43.7 
 
 
335 aa  196  5.000000000000001e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.260854  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01220  DNA polymerase III subunit delta  33.33 
 
 
339 aa  191  2e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004219  DNA polymerase III delta subunit  33.33 
 
 
339 aa  190  2.9999999999999997e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00302346  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01661  putative DNA polymerase III, delta subunit, probably ATP hydrolase  35.4 
 
 
320 aa  190  4e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000516884  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1189  DNA polymerase III, delta subunit  31.93 
 
 
331 aa  189  4e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.725755  normal  0.332691 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3481  DNA-directed DNA polymerase  34.63 
 
 
346 aa  187  2e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000216936  unclonable  0.0000000000757173 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1720  DNA polymerase III, delta subunit  32.09 
 
 
354 aa  186  4e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0988  DNA polymerase III subunit delta  33.14 
 
 
345 aa  186  8e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0795  DNA polymerase III, delta subunit  35.82 
 
 
343 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.239391  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2960  DNA polymerase III subunit delta  35.19 
 
 
343 aa  183  4.0000000000000006e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0457  DNA polymerase III, delta subunit  37.8 
 
 
330 aa  183  5.0000000000000004e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.199837  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0617  DNA polymerase III, delta subunit  37.8 
 
 
330 aa  183  5.0000000000000004e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.733396  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3145  DNA polymerase III, delta subunit  35.82 
 
 
343 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000700325  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2584  DNA-directed DNA polymerase  37.31 
 
 
342 aa  178  1e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000509755  normal  0.168307 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0476  DNA polymerase III subunit delta  34.4 
 
 
342 aa  175  9.999999999999999e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.159232  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1205  DNA polymerase III subunit delta  35.29 
 
 
344 aa  173  2.9999999999999996e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.634211  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0689  DNA polymerase III subunit delta  38.81 
 
 
343 aa  172  5.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00596065  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0762  DNA polymerase III subunit delta  38.81 
 
 
343 aa  172  5.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>