256 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_2086 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008554  Sfum_2086  DNA polymerase III, delta subunit  100 
 
 
332 aa  674    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.11707  normal  0.37357 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3132  DNA polymerase III, delta subunit  32.73 
 
 
331 aa  194  2e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000219361  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2207  DNA polymerase III, delta subunit, putative  31.82 
 
 
337 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0770  DNA polymerase III, delta subunit  33.33 
 
 
329 aa  180  2.9999999999999997e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2298  DNA polymerase III, delta subunit  33.13 
 
 
334 aa  177  3e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0132973  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0755  DNA polymerase III, delta subunit  32.42 
 
 
329 aa  176  5e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00516911  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1415  DNA polymerase III, delta subunit  30.91 
 
 
330 aa  169  6e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.31648e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2110  DNA polymerase III, delta subunit  29.48 
 
 
336 aa  154  1e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1733  DNA polymerase III, delta subunit  30.74 
 
 
338 aa  150  4e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3265  DNA polymerase III, delta subunit  27.76 
 
 
378 aa  142  5e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12890  DNA polymerase III, delta subunit  28.52 
 
 
337 aa  140  3e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  6.02263e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2068  DNA polymerase III, delta subunit  31.38 
 
 
335 aa  134  1.9999999999999998e-30  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0203  DNA polymerase III, delta subunit  29.39 
 
 
334 aa  129  6e-29  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2328  DNA polymerase III, delta subunit  30.91 
 
 
338 aa  125  1e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.101165  normal  0.188166 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2447  DNA polymerase III subunit delta  27.63 
 
 
344 aa  125  1e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000860217  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1175  DNA polymerase III, delta subunit  28.22 
 
 
334 aa  125  1e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.261121  hitchhiker  0.00030796 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0576  DNA polymerase III, delta subunit  31.31 
 
 
330 aa  122  9.999999999999999e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1518  DNA polymerase III, delta subunit  33.09 
 
 
306 aa  120  3e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.215  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1962  DNA polymerase III, delta subunit  24.46 
 
 
325 aa  110  4.0000000000000004e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1004  DNA polymerase III subunit delta  27.04 
 
 
348 aa  108  1e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2629  DNA polymerase III, delta subunit  26.27 
 
 
350 aa  106  6e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.000921184  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3192  DNA polymerase III, delta subunit  30.42 
 
 
354 aa  106  6e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000207223  normal  0.0841532 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1655  DNA polymerase III, delta subunit  29.11 
 
 
328 aa  105  8e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.61853  hitchhiker  0.00217926 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2091  DNA polymerase III, delta subunit  25 
 
 
338 aa  105  2e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000184511  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2973  DNA polymerase III, delta subunit  28.8 
 
 
324 aa  104  3e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000221359 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2506  DNA polymerase III, delta subunit  27.52 
 
 
346 aa  103  4e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0794  DNA polymerase III subunit delta  22.98 
 
 
336 aa  102  7e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.307001  hitchhiker  0.0000000000929908 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4442  DNA polymerase III subunit delta  22.98 
 
 
336 aa  102  8e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000347151  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1040  DNA polymerase III, delta subunit  24.55 
 
 
342 aa  102  1e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000902231  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4404  DNA polymerase III subunit delta  22.98 
 
 
336 aa  101  2e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4456  DNA polymerase III subunit delta  22.98 
 
 
336 aa  100  2e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000585392  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3075  DNA polymerase III, delta subunit  28.12 
 
 
315 aa  100  3e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000036033  hitchhiker  0.00284668 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4222  DNA polymerase III subunit delta  22.67 
 
 
336 aa  100  5e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00283981  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4070  DNA polymerase III subunit delta  22.67 
 
 
336 aa  99.8  5e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.091796  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4548  DNA polymerase III subunit delta  22.67 
 
 
336 aa  100  5e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4345  DNA polymerase III subunit delta  22.67 
 
 
336 aa  100  5e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000369985 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4060  DNA polymerase III subunit delta  22.67 
 
 
336 aa  97.8  2e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3050  DNA polymerase III subunit delta  22.67 
 
 
336 aa  98.2  2e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.132953  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1105  DNA polymerase III, delta subunit  21.85 
 
 
328 aa  96.7  5e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00460832  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1537  hypothetical protein  26.79 
 
 
344 aa  96.7  5e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.466776  normal  0.951584 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4174  DNA polymerase III subunit delta  22.05 
 
 
336 aa  96.7  5e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0277234  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07750  DNA polymerase III, delta subunit  27.1 
 
 
330 aa  96.3  7e-19  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.648586 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4260  DNA polymerase III, delta subunit  29.89 
 
 
323 aa  95.1  1e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0047  DNA polymerase III delta subunit-related protein  25.87 
 
 
399 aa  94.7  2e-18  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00913059  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1577  DNA polymerase III, delta subunit  29.94 
 
 
336 aa  94.4  2e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.475992  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3591  DNA polymerase III, delta subunit  28.26 
 
 
328 aa  93.2  5e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.490351  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2356  DNA polymerase III, delta subunit  23.58 
 
 
374 aa  93.2  6e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.855853 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1251  DNA polymerase III, delta subunit  24.56 
 
 
341 aa  92.4  1e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.604271  normal  0.540946 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1644  DNA polymerase III subunit delta  21.14 
 
 
324 aa  91.7  2e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.240012  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1679  DNA polymerase III subunit delta  21.14 
 
 
324 aa  91.7  2e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00348184  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4316  DNA polymerase III, delta subunit  25.75 
 
 
332 aa  90.1  5e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00186458  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1954  DNA polymerase III, delta subunit  22.82 
 
 
339 aa  89.4  7e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1588  DNA polymerase III delta subunit-like protein  23.15 
 
 
325 aa  88.6  1e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0554592  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3379  DNA polymerase III, delta subunit  28.22 
 
 
346 aa  88.2  2e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.126679  normal  0.707778 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_47  DNA polymerase III, delta subunit  25.29 
 
 
419 aa  87.8  3e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.000000000202582  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0044  DNA polymerase III, delta subunit  24.34 
 
 
342 aa  87  4e-16  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000438472  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1920  DNA polymerase III, delta subunit  21 
 
 
335 aa  85.9  8e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000796281  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1154  DNA polymerase III subunit delta  19.88 
 
 
324 aa  85.9  0.000000000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.740114  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6524  DNA polymerase III, delta subunit  20.33 
 
 
331 aa  83.6  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.164301 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2015  DNA polymerase III subunit delta  21.24 
 
 
348 aa  83.6  0.000000000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1065  DNA polymerase III, delta subunit  26.13 
 
 
339 aa  82  0.00000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.251286 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2300  DNA polymerase III subunit delta  21.3 
 
 
348 aa  80.1  0.00000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0478534  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1937  DNA polymerase III, delta subunit  26.72 
 
 
344 aa  79.7  0.00000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.156014  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10260  DNA polymerase III, delta subunit  24.44 
 
 
327 aa  79  0.0000000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00535946  hitchhiker  0.0000000366409 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2277  DNA-directed DNA polymerase  28.57 
 
 
344 aa  79  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0946  DNA polymerase III, delta subunit  23.4 
 
 
331 aa  77.4  0.0000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3265  DNA polymerase III, delta subunit  27.22 
 
 
319 aa  76.6  0.0000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.544926  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1447  hypothetical protein  23.14 
 
 
341 aa  75.5  0.000000000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0043  DNA polymerase III, delta subunit  21.09 
 
 
323 aa  75.1  0.000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0736782  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1451  DNA polymerase III subunit delta  28.34 
 
 
334 aa  74.7  0.000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0184698  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0803  DNA polymerase III, delta subunit  21.56 
 
 
323 aa  74.7  0.000000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.549808  normal  0.681105 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0965  DNA polymerase III, delta subunit  21.52 
 
 
331 aa  74.7  0.000000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0901856  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1188  DNA polymerase III delta  33.33 
 
 
481 aa  74.3  0.000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1587  DNA polymerase III, delta subunit  23.03 
 
 
333 aa  74.3  0.000000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0646  DNA polymerase III, delta subunit  24.76 
 
 
343 aa  72.8  0.000000000009  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000921148  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12200  DNA polymerase III subunit delta  27.92 
 
 
345 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.754313  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2663  DNA polymerase III, delta subunit  27.31 
 
 
344 aa  70.9  0.00000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.193878  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3788  DNA polymerase III subunit delta  26.89 
 
 
342 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.350473  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1965  DNA polymerase III, delta subunit  23.62 
 
 
349 aa  70.5  0.00000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.025089  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08980  DNA polymerase III subunit delta  28.21 
 
 
346 aa  69.7  0.00000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0881789  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0460  DNA polymerase III, delta subunit  20.8 
 
 
338 aa  69.7  0.00000000007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2577  DNA polymerase III, delta subunit  25.38 
 
 
346 aa  69.3  0.00000000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1119  DNA polymerase III subunit delta  27.92 
 
 
345 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.774232  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0686  DNA polymerase III, delta subunit  26.19 
 
 
320 aa  68.6  0.0000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0871952  normal  0.189562 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11278  hypothetical protein  21.96 
 
 
336 aa  68.6  0.0000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2918  DNA polymerase III, delta subunit  22.75 
 
 
334 aa  68.2  0.0000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2001  DNA polymerase III, delta subunit  23.56 
 
 
341 aa  67.8  0.0000000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.152484  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4959  DNA polymerase III subunit delta  27.65 
 
 
345 aa  67.8  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.67916 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12630  hypothetical protein  25.85 
 
 
326 aa  67.8  0.0000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.793346  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4849  DNA polymerase III subunit delta  27.14 
 
 
351 aa  66.6  0.0000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4796  DNA polymerase III subunit delta  27.14 
 
 
345 aa  66.6  0.0000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.306681 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4671  DNA polymerase III subunit delta  27.14 
 
 
345 aa  66.6  0.0000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0949  hypothetical protein  25.11 
 
 
335 aa  66.2  0.0000000007  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.148514 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13290  DNA polymerase III, delta subunit  28.4 
 
 
334 aa  66.2  0.0000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.76161  normal  0.250015 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2143  DNA polymerase III, delta subunit  27.14 
 
 
334 aa  65.1  0.000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0260  DNA polymerase III, delta subunit  25.84 
 
 
346 aa  64.7  0.000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.389974  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3422  DNA polymerase III, delta subunit  25.81 
 
 
343 aa  65.1  0.000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.515323  normal  0.040318 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0481  DNA polymerase III, delta subunit  25 
 
 
338 aa  64.3  0.000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2304  DNA polymerase III, delta subunit  24.76 
 
 
357 aa  64.3  0.000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.477598  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0224  DNA polymerase III, delta subunit  25.08 
 
 
346 aa  63.2  0.000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>