77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1259 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1259  DNA polymerase III, delta subunit  100 
 
 		 334 aa  628  1e-179  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.098932 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2104  DNA polymerase III, delta subunit  79.05 
 
 		 333 aa  411  1e-114  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3265  DNA polymerase III, delta subunit  53.53 
 
 		 319 aa  291  1e-77  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.544926  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3467  DNA polymerase III, delta subunit  50.63 
 
 		 326 aa  286  5e-76  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.83441  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3846  DNA polymerase III, delta subunit  50.31 
 
 		 326 aa  279  5e-74  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00271711 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12630  hypothetical protein  46.98 
 
 		 326 aa  259  5.0000000000000005e-68  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.793346  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1551  DNA polymerase III, delta subunit  49.06 
 
 		 329 aa  258  7e-68  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.166595  normal  0.216039 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1144  DNA polymerase III subunit delta  45.73 
 
 		 325 aa  248  1e-64  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2278  DNA polymerase III delta subunit-like protein  48.15 
 
 		 327 aa  242  7.999999999999999e-63  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00793945  normal  0.210784 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1613  DNA polymerase III, delta subunit  46.46 
 
 		 330 aa  234  1.0000000000000001e-60  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1206  hypothetical protein  47.68 
 
 		 322 aa  230  3e-59  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7073  DNA polymerase III, delta subunit  48.33 
 
 		 335 aa  227  2e-58  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0686  DNA polymerase III, delta subunit  45.34 
 
 		 320 aa  224  1e-57  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0871952  normal  0.189562 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5468  DNA polymerase III subunit delta  44.48 
 
 		 319 aa  223  4e-57  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.934031  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0823  DNA polymerase III, delta subunit  46.44 
 
 		 346 aa  222  7e-57  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.00704203  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3913  hypothetical protein  48.08 
 
 		 316 aa  220  1.9999999999999999e-56  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3511  hypothetical protein  44.76 
 
 		 320 aa  210  3e-53  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3583  hypothetical protein  44.76 
 
 		 320 aa  210  3e-53  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0994569  normal  0.0173863 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3523  hypothetical protein  44.44 
 
 		 320 aa  209  5e-53  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.360312  normal  0.150751 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2664  hypothetical protein  46.79 
 
 		 319 aa  206  3e-52  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.147487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1560  DNA polymerase III, delta subunit  40.24 
 
 		 330 aa  206  5e-52  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12441  hypothetical protein  44.55 
 
 		 322 aa  198  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13290  DNA polymerase III, delta subunit  42.95 
 
 		 334 aa  194  1e-48  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.76161  normal  0.250015 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2243  DNA polymerase III, delta subunit  40.13 
 
 		 317 aa  193  3e-48  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.143868  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17390  DNA polymerase III, delta subunit  39.1 
 
 		 317 aa  193  4e-48  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.0161852 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1888  DNA polymerase III, delta subunit  42.63 
 
 		 330 aa  190  2.9999999999999997e-47  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.879444  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1980  DNA polymerase III, delta subunit  38.51 
 
 		 317 aa  189  8e-47  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000479491 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3422  DNA polymerase III, delta subunit  39.63 
 
 		 343 aa  184  1.0000000000000001e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.515323  normal  0.040318 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0775  DNA polymerase III, delta subunit  42.68 
 
 		 342 aa  179  7e-44  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.168506 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1739  DNA polymerase III, delta subunit  39.24 
 
 		 334 aa  175  9.999999999999999e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.390785  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2208  DNA polymerase III, delta subunit  40.97 
 
 		 339 aa  174  1.9999999999999998e-42  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2801  DNA polymerase III delta  40.88 
 
 		 301 aa  173  2.9999999999999996e-42  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.050478  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3186  DNA polymerase III delta  37.74 
 
 		 324 aa  163  3e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2228  DNA polymerase III, delta subunit  41.29 
 
 		 310 aa  157  3e-37  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.175818  hitchhiker  0.00239676 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17400  DNA polymerase III, delta subunit  38.39 
 
 		 328 aa  150  2e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.919832  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12440  DNA polymerase III, delta subunit  35.78 
 
 		 339 aa  145  9e-34  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.203264  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0332  DNA polymerase III subunit delta  29.47 
 
 		 323 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0941  putative DNA polymerase III, delta subunit  25.75 
 
 		 348 aa  87.4  3e-16  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0770  DNA polymerase III, delta subunit  27.03 
 
 		 329 aa  79.7  0.00000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0755  DNA polymerase III, delta subunit  26.67 
 
 		 329 aa  78.6  0.0000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00516911  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2328  DNA polymerase III, delta subunit  29.55 
 
 		 338 aa  72.8  0.000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.101165  normal  0.188166 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1004  DNA polymerase III subunit delta  25.91 
 
 		 348 aa  72.8  0.000000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2086  DNA polymerase III, delta subunit  25.23 
 
 		 332 aa  68.2  0.0000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.11707  normal  0.37357 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0576  DNA polymerase III, delta subunit  29.85 
 
 		 330 aa  67  0.0000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2298  DNA polymerase III, delta subunit  25.3 
 
 		 334 aa  66.6  0.0000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0132973  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3132  DNA polymerase III, delta subunit  23.46 
 
 		 331 aa  66.2  0.0000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000219361  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2207  DNA polymerase III, delta subunit, putative  26.28 
 
 		 337 aa  64.7  0.000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1415  DNA polymerase III, delta subunit  24.62 
 
 		 330 aa  64.3  0.000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.31648e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0203  DNA polymerase III, delta subunit  23.03 
 
 		 334 aa  61.2  0.00000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1537  hypothetical protein  26.07 
 
 		 344 aa  59.3  0.00000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.466776  normal  0.951584 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10260  DNA polymerase III, delta subunit  28.21 
 
 		 327 aa  57  0.0000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00535946  hitchhiker  0.0000000366409 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1587  DNA polymerase III, delta subunit  22.19 
 
 		 333 aa  57  0.0000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1733  DNA polymerase III, delta subunit  24.92 
 
 		 338 aa  57  0.0000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0794  DNA polymerase III subunit delta  22.09 
 
 		 336 aa  55.8  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.307001  hitchhiker  0.0000000000929908 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4442  DNA polymerase III subunit delta  22.09 
 
 		 336 aa  55.8  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000347151  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4316  DNA polymerase III, delta subunit  21.95 
 
 		 332 aa  55.5  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00186458  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4456  DNA polymerase III subunit delta  22.87 
 
 		 336 aa  55.5  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000585392  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4404  DNA polymerase III subunit delta  22.87 
 
 		 336 aa  54.7  0.000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2506  DNA polymerase III, delta subunit  24.85 
 
 		 346 aa  54.7  0.000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2110  DNA polymerase III, delta subunit  24.3 
 
 		 336 aa  55.1  0.000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4070  DNA polymerase III subunit delta  22.56 
 
 		 336 aa  53.9  0.000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.091796  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4548  DNA polymerase III subunit delta  22.56 
 
 		 336 aa  53.5  0.000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6524  DNA polymerase III, delta subunit  24.71 
 
 		 331 aa  53.5  0.000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.164301 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4222  DNA polymerase III subunit delta  22.56 
 
 		 336 aa  53.5  0.000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00283981  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4345  DNA polymerase III subunit delta  22.56 
 
 		 336 aa  53.5  0.000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000369985 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4060  DNA polymerase III subunit delta  23.05 
 
 		 336 aa  53.1  0.000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07750  DNA polymerase III, delta subunit  25.57 
 
 		 330 aa  51.2  0.00002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.648586 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3265  DNA polymerase III, delta subunit  23.97 
 
 		 378 aa  50.4  0.00004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3310  DNA polymerase III subunit delta  25.71 
 
 		 348 aa  49.7  0.00008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0143934 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1065  DNA polymerase III, delta subunit  25.1 
 
 		 339 aa  48.9  0.0001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.251286 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0803  DNA polymerase III, delta subunit  24.11 
 
 		 323 aa  49.3  0.0001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.549808  normal  0.681105 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12890  DNA polymerase III, delta subunit  23.68 
 
 		 337 aa  48.1  0.0002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  6.02263e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1655  DNA polymerase III, delta subunit  25.25 
 
 		 328 aa  45.8  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.61853  hitchhiker  0.00217926 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1175  DNA polymerase III, delta subunit  22.98 
 
 		 334 aa  45.1  0.002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.261121  hitchhiker  0.00030796 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4959  DNA polymerase III subunit delta  24.53 
 
 		 345 aa  44.3  0.003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.67916 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12200  DNA polymerase III subunit delta  25.81 
 
 		 345 aa  44.3  0.003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.754313  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3469  DNA polymerase III subunit delta  23.08 
 
 		 329 aa  43.9  0.004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.206269  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>