43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0941 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0941  putative DNA polymerase III, delta subunit  100 
 
 		 348 aa  709    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0332  DNA polymerase III subunit delta  55.36 
 
 		 323 aa  371  1e-101  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1144  DNA polymerase III subunit delta  34.22 
 
 		 325 aa  186  5e-46  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1560  DNA polymerase III, delta subunit  30.12 
 
 		 330 aa  163  4.0000000000000004e-39  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1739  DNA polymerase III, delta subunit  34.88 
 
 		 334 aa  162  1e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.390785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1980  DNA polymerase III, delta subunit  31.23 
 
 		 317 aa  156  4e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000479491 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2243  DNA polymerase III, delta subunit  31.14 
 
 		 317 aa  154  2.9999999999999998e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.143868  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3265  DNA polymerase III, delta subunit  32.35 
 
 		 319 aa  153  5e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.544926  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2278  DNA polymerase III delta subunit-like protein  32.74 
 
 		 327 aa  144  2e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00793945  normal  0.210784 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13290  DNA polymerase III, delta subunit  28.53 
 
 		 334 aa  130  3e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.76161  normal  0.250015 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5468  DNA polymerase III subunit delta  30.27 
 
 		 319 aa  130  4.0000000000000003e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.934031  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2208  DNA polymerase III, delta subunit  30.12 
 
 		 339 aa  129  8.000000000000001e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3422  DNA polymerase III, delta subunit  27.84 
 
 		 343 aa  129  1.0000000000000001e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.515323  normal  0.040318 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0823  DNA polymerase III, delta subunit  28.07 
 
 		 346 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.00704203  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0686  DNA polymerase III, delta subunit  29.41 
 
 		 320 aa  127  3e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0871952  normal  0.189562 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3467  DNA polymerase III, delta subunit  30.32 
 
 		 326 aa  125  1e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.83441  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7073  DNA polymerase III, delta subunit  28.27 
 
 		 335 aa  125  1e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17390  DNA polymerase III, delta subunit  26.97 
 
 		 317 aa  124  3e-27  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.0161852 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12440  DNA polymerase III, delta subunit  28.66 
 
 		 339 aa  124  3e-27  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.203264  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1206  hypothetical protein  29.25 
 
 		 322 aa  122  9.999999999999999e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12630  hypothetical protein  29.2 
 
 		 326 aa  117  3e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.793346  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3846  DNA polymerase III, delta subunit  29.25 
 
 		 326 aa  116  6.9999999999999995e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00271711 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1613  DNA polymerase III, delta subunit  27.36 
 
 		 330 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2801  DNA polymerase III delta  29.28 
 
 		 301 aa  112  7.000000000000001e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.050478  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1551  DNA polymerase III, delta subunit  26.89 
 
 		 329 aa  109  7.000000000000001e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.166595  normal  0.216039 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1888  DNA polymerase III, delta subunit  26.73 
 
 		 330 aa  103  5e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.879444  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17400  DNA polymerase III, delta subunit  26.11 
 
 		 328 aa  101  2e-20  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.919832  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3913  hypothetical protein  27.89 
 
 		 316 aa  100  3e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3523  hypothetical protein  26.76 
 
 		 320 aa  99  1e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.360312  normal  0.150751 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3583  hypothetical protein  26.76 
 
 		 320 aa  98.6  1e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0994569  normal  0.0173863 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2228  DNA polymerase III, delta subunit  28.18 
 
 		 310 aa  99  1e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.175818  hitchhiker  0.00239676 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0775  DNA polymerase III, delta subunit  27.41 
 
 		 342 aa  99  1e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.168506 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3511  hypothetical protein  26.76 
 
 		 320 aa  98.6  1e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3186  DNA polymerase III delta  26.61 
 
 		 324 aa  95.1  2e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2664  hypothetical protein  26.71 
 
 		 319 aa  88.2  2e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.147487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12441  hypothetical protein  26.15 
 
 		 322 aa  80.5  0.00000000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1259  DNA polymerase III, delta subunit  25.15 
 
 		 334 aa  80.1  0.00000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.098932 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2104  DNA polymerase III, delta subunit  24.14 
 
 		 333 aa  60.8  0.00000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2007  DNA polymerase III, delta subunit  32.33 
 
 		 336 aa  52.8  0.000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0773552  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0946  DNA polymerase III, delta subunit  21.86 
 
 		 331 aa  49.7  0.00007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2506  DNA polymerase III, delta subunit  23.41 
 
 		 346 aa  47.4  0.0004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2298  DNA polymerase III, delta subunit  24.86 
 
 		 334 aa  44.7  0.003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0132973  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3866  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  26.67 
 
 		 545 aa  42.7  0.009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>