More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_1992 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007484  Noc_1992  secretion protein HlyD  100 
 
 		 374 aa  736    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.121396  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3538  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.67 
 
 		 353 aa  173  5e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0309  RND family efflux transporter MFP subunit  33.33 
 
 		 376 aa  152  8.999999999999999e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.56 
 
 		 377 aa  84.3  0.000000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00317162  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2316  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.29 
 
 		 379 aa  80.5  0.00000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.144925 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0454  secretion protein HlyD  23.41 
 
 		 373 aa  77  0.0000000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.63564  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5381  RND family efflux transporter MFP subunit  26.03 
 
 		 364 aa  75.9  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.996751  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000105  membrane-fusion protein  24.18 
 
 		 351 aa  75.1  0.000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.860226  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1962  RND family efflux transporter MFP subunit  26.73 
 
 		 393 aa  73.9  0.000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0139  secretion protein HlyD  29.35 
 
 		 356 aa  73.6  0.000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4768  RND family efflux transporter MFP subunit  24.71 
 
 		 362 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000176985 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1924  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.88 
 
 		 352 aa  69.3  0.00000000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.896235 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4365  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.7 
 
 		 402 aa  69.7  0.00000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4428  RND family efflux transporter MFP subunit  25.47 
 
 		 349 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03415  hypothetical protein  28.74 
 
 		 371 aa  68.2  0.0000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3894  RND family efflux transporter MFP subunit  27.33 
 
 		 425 aa  68.2  0.0000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.366041 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1968  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.7 
 
 		 379 aa  68.2  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000000223491  normal  0.235934 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4262  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.33 
 
 		 401 aa  67.4  0.0000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.396806  normal  0.668996 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0112  RND family efflux transporter MFP subunit  25.17 
 
 		 349 aa  66.6  0.0000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.5 
 
 		 360 aa  66.6  0.0000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2000  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.5 
 
 		 360 aa  66.6  0.0000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461729  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0764  RND family efflux transporter MFP subunit  27.36 
 
 		 385 aa  66.6  0.0000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0321  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.13 
 
 		 386 aa  65.9  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  27.75 
 
 		 365 aa  65.5  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0618  RND family efflux transporter MFP subunit  25.51 
 
 		 387 aa  65.5  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002593  membrane-fusion protein  27.59 
 
 		 372 aa  64.7  0.000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00429247  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  27.27 
 
 		 349 aa  64.7  0.000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4288  RND family efflux transporter MFP subunit  24.83 
 
 		 349 aa  64.7  0.000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0062  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.39 
 
 		 358 aa  64.3  0.000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0123174  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  27.13 
 
 		 418 aa  64.3  0.000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148727  normal  0.199065 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0753  secretion protein HlyD  24.57 
 
 		 370 aa  63.5  0.000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2639  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.6 
 
 		 436 aa  63.5  0.000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1474  RND family efflux transporter MFP subunit  26.72 
 
 		 354 aa  63.5  0.000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0567853  normal  0.0481881 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2473  RND family efflux transporter MFP subunit  28.77 
 
 		 340 aa  63.2  0.000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000483953  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1584  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.36 
 
 		 337 aa  62.8  0.000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000223326  hitchhiker  0.000000000135699 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  28.93 
 
 		 363 aa  62.4  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  25.4 
 
 		 380 aa  62.8  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.96 
 
 		 383 aa  62.4  0.00000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2074  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.84 
 
 		 353 aa  62.4  0.00000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.104068  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3333  RND family efflux transporter MFP subunit  30.25 
 
 		 377 aa  62.4  0.00000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2794  RND family efflux transporter MFP subunit  27.36 
 
 		 337 aa  62.4  0.00000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000190782  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2666  RND family efflux transporter MFP subunit  27.75 
 
 		 387 aa  61.2  0.00000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0237  RND family efflux transporter MFP subunit  27.32 
 
 		 397 aa  61.2  0.00000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3102  AcrA/AcrE family protein  27.27 
 
 		 337 aa  60.8  0.00000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4376  RND family efflux transporter MFP subunit  24.32 
 
 		 370 aa  60.8  0.00000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.349604 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0142  RND family efflux transporter MFP subunit  25.41 
 
 		 389 aa  60.8  0.00000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.285006 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1803  secretion protein HlyD family protein  25.32 
 
 		 286 aa  60.1  0.00000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0117208 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3508  secretion protein HlyD  25.35 
 
 		 424 aa  60.5  0.00000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1976  secretion protein HlyD family protein  26.5 
 
 		 387 aa  60.1  0.00000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.339437  hitchhiker  0.00926098 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3784  secretion protein HlyD family protein  26.5 
 
 		 387 aa  60.1  0.00000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.52274  normal  0.687731 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0035  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.11 
 
 		 404 aa  60.1  0.00000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.792697 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1281  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.22 
 
 		 357 aa  60.1  0.00000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.036609  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1394  RND family efflux transporter MFP subunit  26.79 
 
 		 337 aa  60.1  0.00000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000175067  unclonable  0.0000000000192575 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.98 
 
 		 349 aa  59.7  0.00000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1855  MFP family transporter  26.58 
 
 		 285 aa  59.7  0.00000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0284898  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1836  auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  26.58 
 
 		 285 aa  59.7  0.00000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.182346  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6013  RND family efflux transporter MFP subunit  23.98 
 
 		 331 aa  60.1  0.00000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01614  undecaprenyl pyrophosphate phosphatase  26.58 
 
 		 285 aa  59.7  0.00000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.880107  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0161  RND family efflux transporter MFP subunit  27.68 
 
 		 380 aa  59.7  0.00000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1447  RND family efflux transporter MFP subunit  26.79 
 
 		 337 aa  59.7  0.00000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000819965  unclonable  0.000000000091848 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2356  auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  26.58 
 
 		 285 aa  59.7  0.00000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000721779  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01604  hypothetical protein  26.58 
 
 		 285 aa  59.7  0.00000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.787651  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1996  secretion protein HlyD family protein  26.58 
 
 		 285 aa  59.7  0.00000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000694745  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0045  RND family efflux transporter MFP subunit  26.71 
 
 		 356 aa  59.7  0.00000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0157  hypothetical protein  26.6 
 
 		 366 aa  59.7  0.00000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0105  RND family efflux transporter MFP subunit  24.91 
 
 		 348 aa  59.7  0.00000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6659  RND family efflux transporter MFP subunit  23.98 
 
 		 324 aa  59.7  0.00000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1985  secretion protein HlyD family protein  26.58 
 
 		 285 aa  59.7  0.00000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.172504  hitchhiker  0.00138161 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1459  RND family efflux transporter MFP subunit  26.79 
 
 		 337 aa  59.3  0.00000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000143957  unclonable  0.0000312687 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1721  MFP family transporter  26.58 
 
 		 285 aa  59.7  0.00000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.336288  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6179  RND family efflux transporter MFP subunit  23.98 
 
 		 324 aa  59.3  0.00000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.641102  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1507  secretion protein HlyD family protein  26.5 
 
 		 351 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.194742  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0173  secretion protein HlyD  22.75 
 
 		 295 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.992888  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1695  secretion protein HlyD  22 
 
 		 360 aa  59.3  0.0000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05965  hypothetical protein  33.07 
 
 		 357 aa  59.3  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6178  RND family efflux transporter MFP subunit  27 
 
 		 367 aa  59.3  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.19288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1554  MFP family transporter  26.58 
 
 		 285 aa  59.3  0.0000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.602347  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1234  RND family efflux transporter MFP subunit  25.33 
 
 		 359 aa  58.5  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.580475  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2774  RND family efflux transporter MFP subunit  26.89 
 
 		 337 aa  58.5  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000348854  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2455  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.37 
 
 		 391 aa  58.5  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.035635  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0583  HlyD family secretion protein  27.27 
 
 		 334 aa  58.5  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.34 
 
 		 380 aa  58.5  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3024  secretion protein HlyD  23.61 
 
 		 363 aa  58.5  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.756641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3583  major facilitator superfamily efflux pump membrane fusion protein  26.75 
 
 		 420 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0766049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00325  cation efflux system protein  24.34 
 
 		 244 aa  58.9  0.0000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.888841  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2778  RND family efflux transporter MFP subunit  30.43 
 
 		 359 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.223876 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2869  RND family efflux transporter MFP subunit  26.79 
 
 		 337 aa  58.2  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000418866  normal  0.697235 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4180  RND family efflux transporter MFP subunit  27.27 
 
 		 366 aa  58.2  0.0000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.249201  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0567  RND family efflux transporter MFP subunit  27.21 
 
 		 424 aa  57.8  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1455  RND family efflux transporter MFP subunit  28.49 
 
 		 345 aa  58.2  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5559  secretion protein HlyD  26.56 
 
 		 366 aa  58.2  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5769  RND family efflux transporter MFP subunit  23.53 
 
 		 322 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.322532  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2404  secretion protein HlyD  23.53 
 
 		 347 aa  57.8  0.0000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0203  secretion protein HlyD family protein  21.72 
 
 		 291 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25 
 
 		 363 aa  57.4  0.0000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0041  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.56 
 
 		 378 aa  57.4  0.0000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.89791  normal  0.261432 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0199  secretion protein HlyD family protein  21.72 
 
 		 291 aa  57.4  0.0000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.232672  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1943  secretion protein HlyD  25.68 
 
 		 523 aa  57.4  0.0000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.354822  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1554  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25 
 
 		 363 aa  57.4  0.0000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0484603  hitchhiker  0.00000015248 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1539  putative auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  25.81 
 
 		 286 aa  57  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.338335  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>