163 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mboo_2079 on replicon NC_009712
Organism: Candidatus Methanoregula boonei 6A8



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009712  Mboo_2079  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
309 aa  638    Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0052  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.36 
 
 
1080 aa  106  4e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3327  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.07 
 
 
693 aa  82.8  0.000000000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.166514  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3595  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.63 
 
 
744 aa  79.3  0.00000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2876  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.14 
 
 
930 aa  73.9  0.000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3328  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.51 
 
 
965 aa  72.4  0.000000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.928447  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3043  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.21 
 
 
1122 aa  70.1  0.00000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.000641159  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2714  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.85 
 
 
1168 aa  69.7  0.00000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1493  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.4 
 
 
761 aa  69.7  0.00000000006  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0819  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.53 
 
 
844 aa  69.3  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0848  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.53 
 
 
844 aa  69.3  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3243  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.91 
 
 
784 aa  67.8  0.0000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1335  putative PAS/PAC sensor protein  25.17 
 
 
1113 aa  67  0.0000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1447  multi-sensor signal transduction histidine kinase  21.21 
 
 
1028 aa  67  0.0000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.722583  unclonable  0.0000177894 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1820  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.66 
 
 
780 aa  67  0.0000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00145182  normal  0.723891 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0181  two component signal transduction histidine kinase/response regulator hybrid  28.05 
 
 
749 aa  65.9  0.0000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0596  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  21.91 
 
 
1471 aa  65.9  0.0000000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  24.02 
 
 
843 aa  64.7  0.000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1776  signal transduction histidine kinase  27.94 
 
 
535 aa  64.7  0.000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2737  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.31 
 
 
951 aa  63.5  0.000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000925868 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1360  signal transduction histidine kinase  28.68 
 
 
524 aa  63.2  0.000000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.0984724 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2477  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.11 
 
 
1439 aa  60.1  0.00000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.131363  normal  0.44536 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0622  putative PAS/PAC sensor protein  26.79 
 
 
440 aa  59.7  0.00000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4301  signal transduction histidine kinase  22.08 
 
 
2693 aa  59.3  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0274  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.69 
 
 
472 aa  59.3  0.00000009  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.836728  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1622  putative PAS/PAC sensor protein  30.56 
 
 
565 aa  58.5  0.0000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.0238251 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3113  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.94 
 
 
962 aa  57.8  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0730498  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0266  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.09 
 
 
736 aa  57.4  0.0000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0139  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.81 
 
 
745 aa  57.8  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.233978  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0315  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.17 
 
 
757 aa  57  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4512  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.35 
 
 
1276 aa  57  0.0000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.292373  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0640  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.21 
 
 
890 aa  56.6  0.0000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.0271774 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0463  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.27 
 
 
642 aa  56.2  0.0000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.683271 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2366  two component sensor histidine kinase  24.05 
 
 
1154 aa  55.5  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0469089  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2741  putative PAS/PAC sensor protein  22.16 
 
 
490 aa  55.5  0.000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1033  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.51 
 
 
1040 aa  55.5  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0704  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.89 
 
 
1276 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.116377  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1520  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.25 
 
 
1325 aa  53.9  0.000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.120961 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2336  signal transduction histidine kinase  24.47 
 
 
3706 aa  53.1  0.000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1173  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.53 
 
 
795 aa  52.8  0.000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.524225  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1755  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.82 
 
 
781 aa  52.8  0.000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1101  putative PAS/PAC sensor protein  26.79 
 
 
690 aa  52.8  0.000007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.770779  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2435  PAS/PAC domain-containing protein  29.31 
 
 
322 aa  52  0.00001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000625428  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0270  putative PAS/PAC sensor protein  27.69 
 
 
630 aa  52.4  0.00001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.525809  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0776  multi-sensor hybrid histidine kinase  22.75 
 
 
1559 aa  52  0.00001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2783  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.91 
 
 
513 aa  52.4  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0295  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  20.35 
 
 
655 aa  52  0.00001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0117  serine/threonine protein kinase and signal transduction histidine kinase with GAF and PAS/PAC sensor  21.59 
 
 
2361 aa  51.6  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5176  MCP methyltransferase/methylesterase, CheR/CheB with PAS/PAC sensor  27.14 
 
 
1404 aa  51.6  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.190634 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3853  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.5 
 
 
591 aa  51.2  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1463  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.55 
 
 
768 aa  51.2  0.00002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.103172  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1808  putative PAS/PAC sensor protein  26.32 
 
 
603 aa  51.2  0.00002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.268482 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0672  sensory box protein  21.45 
 
 
1276 aa  50.8  0.00003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.321974  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0429  signal transduction histidine kinase  21.75 
 
 
1093 aa  50.1  0.00005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3300  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.76 
 
 
745 aa  50.1  0.00005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.705901 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0440  signal transduction histidine kinase  21.75 
 
 
1093 aa  50.1  0.00005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.790224  normal  0.127185 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1141  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.85 
 
 
1055 aa  49.7  0.00006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2962  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.91 
 
 
869 aa  49.7  0.00006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0288  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.79 
 
 
884 aa  49.7  0.00006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0260  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.18 
 
 
1287 aa  49.3  0.00007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.579693  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0703  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  21.45 
 
 
1276 aa  49.3  0.00007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.26462  normal  0.0640291 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3536  putative PAS/PAC sensor protein  21.93 
 
 
653 aa  49.3  0.00007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0821285  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0981  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.84 
 
 
1791 aa  49.3  0.00008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1642  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.91 
 
 
1131 aa  48.9  0.00009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0330659  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3357  sensory box histidine kinase  26.51 
 
 
794 aa  48.9  0.0001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1400  PAS sensor signal transduction histidine kinase  22.18 
 
 
938 aa  48.5  0.0001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2875  putative PAS/PAC sensor protein  27.56 
 
 
707 aa  48.9  0.0001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.510483  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0933  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.47 
 
 
760 aa  48.5  0.0001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.964864  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1348  putative PAS/PAC sensor protein  22.99 
 
 
888 aa  48.9  0.0001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0120  multi-sensor signal transduction histidine kinase  22.88 
 
 
1568 aa  48.1  0.0002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1950  PAS sensor protein  22.09 
 
 
1179 aa  48.1  0.0002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.488377  hitchhiker  0.000911769 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3250  sensory transduction histidine kinase  24.46 
 
 
1019 aa  47.4  0.0003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.145129 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3038  signal transduction histidine kinase  30 
 
 
878 aa  47.4  0.0003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2396  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.26 
 
 
761 aa  47.4  0.0003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.170014  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0884  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.98 
 
 
807 aa  47  0.0004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.00331872  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1496  signal transduction histidine kinase  22.76 
 
 
1253 aa  47  0.0004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.172842 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1285  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  29.68 
 
 
772 aa  46.6  0.0005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2854  putative two component signal transduction protein  22.05 
 
 
917 aa  46.6  0.0005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1818  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.6 
 
 
976 aa  46.6  0.0005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1350  multi-sensor signal transduction histidine kinase  18.04 
 
 
1758 aa  46.6  0.0005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.669381 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3247  sensory transduction histidine kinase  22.6 
 
 
746 aa  46.2  0.0006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0645212 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2725  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.37 
 
 
568 aa  46.6  0.0006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0119  Signal transduction histidine kinase  29.27 
 
 
754 aa  46.2  0.0007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.959467  normal  0.1561 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1263  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.13 
 
 
869 aa  46.2  0.0007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1619  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  24.47 
 
 
632 aa  46.2  0.0007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.702165  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0231  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.6 
 
 
836 aa  46.2  0.0007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0172365  normal  0.333041 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2020  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.87 
 
 
800 aa  46.2  0.0007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2672  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  21.23 
 
 
619 aa  46.2  0.0008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2663  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.97 
 
 
1369 aa  45.8  0.0008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1797  multi-sensor hybrid histidine kinase  20.3 
 
 
1419 aa  46.2  0.0008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2016  sensory box/GGDEF family protein  26.21 
 
 
799 aa  45.8  0.0009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.334987  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2837  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.21 
 
 
716 aa  45.8  0.0009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.48 
 
 
832 aa  45.8  0.0009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.425647  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1016  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  24.16 
 
 
1258 aa  45.4  0.001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1939  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  22.42 
 
 
1328 aa  45.1  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.282055  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1456  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.46 
 
 
1212 aa  45.8  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.4231 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0810  multi-PAS sensor  26.06 
 
 
1116 aa  45.4  0.001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.915221  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0129  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.82 
 
 
752 aa  45.4  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2483  putative PAS/PAC sensor protein  26.79 
 
 
619 aa  45.4  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2127  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.54 
 
 
815 aa  45.1  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.11522 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>