97 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3668 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_3668  fibronectin type III domain-containing protein  100 
 
 
836 aa  1648    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2630  fibronectin type III domain-containing protein  43.16 
 
 
825 aa  560  1e-158  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2202  fibronectin type III domain-containing protein  41.72 
 
 
841 aa  496  1e-139  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.536559 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3667  IPT/TIG domain-containing protein  40.18 
 
 
448 aa  219  2e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2201  hypothetical protein  35.18 
 
 
467 aa  202  3e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.283056 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2629  hypothetical protein  38.59 
 
 
470 aa  195  3e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2953  hypothetical protein  30.73 
 
 
743 aa  155  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.143577  normal  0.387035 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2366  hypothetical protein  31.56 
 
 
743 aa  154  7e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2552  hypothetical protein  30.1 
 
 
743 aa  146  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0439698 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3397  hypothetical protein  30.16 
 
 
755 aa  145  3e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.748182 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1844  IPT/TIG domain-containing protein  29.03 
 
 
720 aa  142  3.9999999999999997e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.138622  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1999  hypothetical protein  29.8 
 
 
448 aa  139  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.71064  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1998  hypothetical protein  32.15 
 
 
744 aa  131  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.160392  normal  0.0317231 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3396  hypothetical protein  31.93 
 
 
442 aa  131  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.378832  normal  0.49969 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2367  hypothetical protein  31.93 
 
 
442 aa  131  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.390039  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0264  Fibronectin type III domain protein  35.67 
 
 
480 aa  130  2.0000000000000002e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.375315  normal  0.632573 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2952  hypothetical protein  30.72 
 
 
442 aa  125  3e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.302716  normal  0.304759 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2553  hypothetical protein  32.28 
 
 
442 aa  118  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0475341 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0962  Fibronectin type III domain protein  36.09 
 
 
1363 aa  114  7.000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0965  Fibronectin type III domain protein  35.8 
 
 
1363 aa  112  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0912  fibronectin, type III/multicopper oxidase, type 2  34.02 
 
 
1380 aa  108  5e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3794  fibronectin type III domain-containing protein  34.25 
 
 
1973 aa  95.5  3e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3673  fibronectin type III domain-containing protein  30.63 
 
 
2170 aa  85.9  0.000000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.20402 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1101  Fibronectin type III domain protein  31.65 
 
 
1462 aa  83.6  0.00000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0088  multicopper oxidase type 2  36.46 
 
 
1299 aa  79.7  0.0000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.516794  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2469  fibronectin, type III  29.97 
 
 
3507 aa  79.7  0.0000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2454  fibronectin, type III  27.8 
 
 
1042 aa  79  0.0000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1235  cellulose 1,4-beta-cellobiosidase  27.21 
 
 
6885 aa  79  0.0000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0134  Fibronectin type III domain protein  36.31 
 
 
1628 aa  77  0.000000000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.504623  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0071  multicopper oxidase type 2  34.72 
 
 
1299 aa  76.3  0.000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.3532599999999997e-27 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0274  S-layer domain protein  27.51 
 
 
779 aa  75.1  0.000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.430281  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4253  fibronectin type III domain-containing protein  31.05 
 
 
680 aa  71.6  0.00000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2036  fibronectin, type III domain-containing protein  27.56 
 
 
2068 aa  70.5  0.0000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.573808  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2824  chitin binding protein, putative  29.79 
 
 
455 aa  69.3  0.0000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00573769  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2793  chitin binding protein  29.79 
 
 
455 aa  68.6  0.0000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2604  chitin binding protein  29.79 
 
 
455 aa  68.6  0.0000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.314994  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2535  hypothetical protein  26.58 
 
 
670 aa  67  0.000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.406731  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2845  putative chitinase  29.26 
 
 
455 aa  67.4  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00670529  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0431  Pectate lyase/Amb allergen  29.7 
 
 
527 aa  67.4  0.000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.471187  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4482  putative cell wall binding repeat 2-containing protein  30.19 
 
 
795 aa  66.2  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000203992  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2803  putative chitinase  33.7 
 
 
455 aa  66.2  0.000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2487  putative chitinase  30.69 
 
 
455 aa  65.9  0.000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.676693 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2523  chitin-binding protein  29.41 
 
 
455 aa  65.1  0.000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0574  fibronectin, type III domain-containing protein  26.69 
 
 
4433 aa  64.7  0.000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2169  chitin-binding domain-containing protein  29.26 
 
 
455 aa  64.3  0.000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.102093  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1040  fibronectin type III domain-containing protein  25.24 
 
 
771 aa  63.9  0.00000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2556  chitin-binding protein  29.26 
 
 
455 aa  63.2  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.840991  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1047  fibronectin type III domain-containing protein  26.79 
 
 
903 aa  63.2  0.00000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2800  putative chitinase  29.26 
 
 
455 aa  63.2  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000304413 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2628  fibronectin, type III domain-containing protein  30.35 
 
 
999 aa  62  0.00000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.627323  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0610  fibronectin type III domain-containing protein/ chitin binding domain-containing protein  27.75 
 
 
464 aa  61.6  0.00000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0036  chitin-binding domain protein  29.02 
 
 
456 aa  60.8  0.0000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0067572  normal  0.0435633 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1569  helix-turn-helix, AraC type  31.55 
 
 
1113 aa  60.5  0.0000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4777  glycoside hydrolase family 18 protein  27.49 
 
 
803 aa  60.1  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.202282  normal  0.127676 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0692  fibronectin type III domain-containing protein  29.02 
 
 
465 aa  60.1  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3723  fibronectin, type III domain-containing protein  29.6 
 
 
2286 aa  59.7  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2212  chitin-binding domain-containing protein  28.04 
 
 
459 aa  60.1  0.0000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000239148  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1683  serine/threonine protein kinase  42.05 
 
 
776 aa  58.9  0.0000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0400  chitinase  30.6 
 
 
598 aa  59.3  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  unclonable  0.0000106126  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0276  chitin-binding protein  27.46 
 
 
456 aa  59.3  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.281673  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2598  chitin-binding domain-containing protein  28.19 
 
 
455 aa  56.6  0.000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0071458  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3704  PA14 domain protein  32.09 
 
 
2334 aa  56.2  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.205023 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3395  coagulation factor 5/8 type domain protein  32.42 
 
 
1448 aa  55.8  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.392146  normal  0.950176 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0682  Fibronectin type III domain protein  28.75 
 
 
1735 aa  55.5  0.000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3050  fibronectin, type III  23.29 
 
 
667 aa  55.1  0.000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000157497  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2155  putative cell wall binding repeat 2-containing protein  29.03 
 
 
649 aa  55.1  0.000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000475992  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3156  Fibronectin type III domain protein  28.82 
 
 
741 aa  53.9  0.00001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4881  glycoside hydrolase family 6  30.81 
 
 
743 aa  53.9  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.106483  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0432  Fibronectin type III domain protein  38.64 
 
 
340 aa  53.5  0.00001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1073  fibronectin type III domain-containing protein  24.83 
 
 
9585 aa  54.3  0.00001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0334  Fibronectin type III domain protein  36.79 
 
 
861 aa  53.1  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.00000091275  normal  0.913538 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04370  hypothetical protein  30.48 
 
 
445 aa  53.1  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.302884 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3465  coagulation factor 5/8 type domain protein  33.88 
 
 
729 aa  53.1  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.552807  hitchhiker  0.00639075 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1360  fibronectin type III domain-containing protein  34.44 
 
 
1247 aa  52.8  0.00003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.858944  decreased coverage  0.000129137 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1712  chitin-binding domain protein  27.13 
 
 
458 aa  52.8  0.00003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000111699 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5064  conserved repeat domain protein  31.82 
 
 
853 aa  52.8  0.00003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7155  Glucodextranase N  32.11 
 
 
1160 aa  52.4  0.00004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0849564  normal  0.457795 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2346  chitin-binding domain-containing protein  27.27 
 
 
458 aa  51.2  0.00008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.179071  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5990  Carbohydrate-binding CenC domain protein  35.91 
 
 
648 aa  51.2  0.00008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.793128  normal  0.422272 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1378  glycoside hydrolase family 18  32.72 
 
 
647 aa  50.4  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.112456  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1219  fibronectin type III domain-containing protein  26.03 
 
 
388 aa  50.1  0.0002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2395  glycoside hydrolase family 5  27.56 
 
 
1221 aa  50.1  0.0002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.740563  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2403  PA14 domain protein  25.45 
 
 
1172 aa  49.3  0.0003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0370  Galactose oxidase  28.73 
 
 
918 aa  48.5  0.0005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0740  fibronectin, type III domain-containing protein  35.65 
 
 
409 aa  47.8  0.0009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.128234  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0640  Fibronectin type III domain protein  25.55 
 
 
404 aa  47.4  0.001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3604  glycoside hydrolase family 48  30.99 
 
 
973 aa  47.8  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0774  hypothetical protein  39.73 
 
 
922 aa  47.4  0.001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.891032 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0957  PA14 domain protein  28.95 
 
 
3802 aa  46.2  0.002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.168147 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3540  hypothetical protein  44 
 
 
1289 aa  45.4  0.004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1503  ATPase  27 
 
 
674 aa  45.1  0.005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000259399  hitchhiker  0.000359173 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1684  serine/threonine protein kinase  30.77 
 
 
673 aa  45.1  0.006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1402  fibronectin, type III domain-containing protein  28.64 
 
 
1248 aa  45.1  0.006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.215037 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4160  glycoside hydrolase family 18  29.52 
 
 
762 aa  44.7  0.006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.299546 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4308  Fibronectin type III domain protein  35.06 
 
 
1377 aa  44.7  0.007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0936224  hitchhiker  0.00620072 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1486  multicopper oxidase type 2  36.63 
 
 
1601 aa  44.3  0.009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.131565  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2285  glycoside hydrolase family 16  27.55 
 
 
539 aa  44.3  0.01  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0517847  hitchhiker  0.00991437 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>