89 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3397 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3397  hypothetical protein  100 
 
 		 755 aa  1497    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.748182 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2552  hypothetical protein  90.71 
 
 		 743 aa  1236    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0439698 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1998  hypothetical protein  70.03 
 
 		 744 aa  979    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.160392  normal  0.0317231 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2366  hypothetical protein  97.98 
 
 		 743 aa  1342    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2953  hypothetical protein  86.54 
 
 		 743 aa  1239    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.143577  normal  0.387035 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1999  hypothetical protein  49.66 
 
 		 448 aa  377  1e-103  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.71064  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3396  hypothetical protein  44.71 
 
 		 442 aa  332  2e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.378832  normal  0.49969 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2367  hypothetical protein  44.71 
 
 		 442 aa  332  2e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.390039  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2952  hypothetical protein  44.08 
 
 		 442 aa  324  5e-87  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.302716  normal  0.304759 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2553  hypothetical protein  44.71 
 
 		 442 aa  323  7e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0475341 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1844  IPT/TIG domain-containing protein  37.17 
 
 		 720 aa  213  9e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.138622  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2665  multicopper oxidase type 2  57.76 
 
 		 1131 aa  168  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.717674 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3184  hypothetical protein  48.44 
 
 		 1131 aa  162  2e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2630  fibronectin type III domain-containing protein  34.5 
 
 		 825 aa  155  2e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2532  multicopper oxidase, type 2  46.88 
 
 		 1131 aa  152  3e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3668  fibronectin type III domain-containing protein  30.57 
 
 		 836 aa  137  6.0000000000000005e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2202  fibronectin type III domain-containing protein  33.75 
 
 		 841 aa  129  3e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.536559 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3667  IPT/TIG domain-containing protein  32.48 
 
 		 448 aa  123  9.999999999999999e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2201  hypothetical protein  32.99 
 
 		 467 aa  122  1.9999999999999998e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.283056 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2629  hypothetical protein  27.65 
 
 		 470 aa  97.4  9e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0105  VCBS  38.67 
 
 		 1597 aa  92  3e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.00289742  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20050  hypothetical protein  36.76 
 
 		 721 aa  86.3  0.000000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.127306  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1752  proprotein convertase, P  29.84 
 
 		 1367 aa  85.5  0.000000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0506  putative outer membrane adhesin like protein  36.04 
 
 		 2816 aa  80.9  0.00000000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3323  hypothetical protein  34.47 
 
 		 3477 aa  79  0.0000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00195201 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0798  hypothetical protein  35.48 
 
 		 3474 aa  77.4  0.0000000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1152  putative outer membrane adhesin like proteiin  37.2 
 
 		 3363 aa  76.3  0.000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3933  PKD domain containing protein  39.6 
 
 		 1502 aa  75.9  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.114839  normal  0.527223 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3470  hemolysin-type calcium-binding region  26.26 
 
 		 9867 aa  75.1  0.000000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4855  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  35.79 
 
 		 2114 aa  74.3  0.000000000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.656621  normal  0.707732 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3369  hypothetical protein  33.78 
 
 		 722 aa  73.6  0.00000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3063  VCBS  36.15 
 
 		 1269 aa  72  0.00000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3256  outer membrane adhesin like proteiin  39.27 
 
 		 1268 aa  70.9  0.00000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3623  outer membrane adhesin like protein  39.57 
 
 		 5745 aa  70.5  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000322965 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3686  parallel beta-helix repeat-containing protein  34.08 
 
 		 1066 aa  69.7  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.346515 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3161  outer membrane adhesin-like protein  37.96 
 
 		 1269 aa  68.6  0.0000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3622  conserved repeat domain protein  38.71 
 
 		 4978 aa  68.2  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000013093 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3051  hypothetical protein  34.91 
 
 		 1744 aa  65.9  0.000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000465  fibronectin type III domain protein  30.6 
 
 		 2839 aa  64.7  0.000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0170  outer membrane adhesin like proteiin  33.16 
 
 		 3699 aa  64.3  0.000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.388732 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4189  Ig family protein  33.16 
 
 		 2503 aa  63.5  0.00000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5274  outer membrane adhesin like protein  33.62 
 
 		 2377 aa  62.4  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.941453  normal  0.210055 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0166  putative outer membrane adhesin like proteiin  31.55 
 
 		 3699 aa  62  0.00000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1890  integrin, beta chain-like  28.1 
 
 		 663 aa  61.6  0.00000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3952  hypothetical protein  33.33 
 
 		 3191 aa  60.5  0.0000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.627694  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0949  fibronectin, type III domain-containing protein  30.82 
 
 		 892 aa  60.5  0.0000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.687248  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1702  hypothetical protein  32.31 
 
 		 1512 aa  60.5  0.0000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3182  hypothetical protein  31.62 
 
 		 1416 aa  58.9  0.0000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3594  outer membrane adhesin like proteiin  30.63 
 
 		 1215 aa  57.8  0.0000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3393  putative outer membrane adhesin like protein  30.18 
 
 		 1215 aa  57.4  0.0000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0139307 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0560  putative outer membrane adhesin like protein  33 
 
 		 1215 aa  57.4  0.0000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3550  fibronectin, type III domain-containing protein  33.5 
 
 		 2476 aa  57.4  0.0000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0189  fibronectin type III domain-containing protein  34.01 
 
 		 2522 aa  57.4  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1291  outer membrane adhesin like proteiin  26.09 
 
 		 2555 aa  56.6  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.983971 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2554  proprotein convertase, P  35.08 
 
 		 1363 aa  56.6  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3728  cadherin  33.65 
 
 		 3089 aa  56.6  0.000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0223  fibronectin, type III  32.67 
 
 		 1911 aa  55.8  0.000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3660  putative outer membrane adhesin like proteiin  30.63 
 
 		 1215 aa  55.1  0.000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3783  outer membrane adhesin like proteiin  30.63 
 
 		 1215 aa  55.1  0.000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3885  RTX cytolytic toxin protein A  43.88 
 
 		 1394 aa  52.8  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3869  putative outer membrane adhesin like proteiin  31.9 
 
 		 3816 aa  53.1  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0168  Ig family protein  31.47 
 
 		 3544 aa  52  0.00005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2357  putative outer membrane adhesin like proteiin  30.36 
 
 		 850 aa  52  0.00005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2716  hypothetical protein  35.34 
 
 		 516 aa  51.6  0.00005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1018  hypothetical protein  34.03 
 
 		 2767 aa  50.8  0.00009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.556407 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2359  putative outer membrane adhesin like proteiin  40.38 
 
 		 761 aa  50.4  0.0001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.658251  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1286  fibronectin, type III domain-containing protein  30.99 
 
 		 2051 aa  50.4  0.0001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2362  putative outer membrane adhesin like proteiin  34.59 
 
 		 994 aa  50.1  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.112717  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1330  Fibronectin type III domain protein  31.97 
 
 		 2056 aa  50.1  0.0002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000696723 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1294  polyhydroxyalkanoate synthesis repressor PhaR  25.33 
 
 		 8321 aa  49.7  0.0002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.359322 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0563  type 1 secretion C-terminal target domain protein  33.33 
 
 		 1706 aa  49.7  0.0002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2198  Fibronectin type III domain protein  31.68 
 
 		 2047 aa  49.7  0.0002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0185742 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2796  fibronectin type III domain-containing protein  36.36 
 
 		 2153 aa  49.3  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5754  conserved repeat domain protein  34.95 
 
 		 3471 aa  48.5  0.0004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.350912 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1759  Fibronectin type III domain protein  29.89 
 
 		 2067 aa  48.5  0.0005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.77836  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6214  hypothetical protein  42.11 
 
 		 1752 aa  48.1  0.0006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0213789 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0783  outer membrane adhesin like proteiin  38.14 
 
 		 4748 aa  48.1  0.0006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2094  outer membrane adhesin like proteiin  34.5 
 
 		 1428 aa  47  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1331  Fibronectin type III domain protein  28.57 
 
 		 2040 aa  46.6  0.002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000211706 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1287  fibronectin, type III domain-containing protein  31.97 
 
 		 2011 aa  46.2  0.002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.111865  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3199  VCBS  35.47 
 
 		 4854 aa  46.6  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2319  FG-GAP repeat-containing protein  32.71 
 
 		 2807 aa  46.6  0.002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0237  hypothetical protein  45 
 
 		 1006 aa  46.2  0.003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0211048 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3858  hypothetical protein  31.4 
 
 		 539 aa  45.4  0.004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.997252  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3174  dystroglycan-type cadherin domain-containing protein  32.85 
 
 		 2715 aa  45.4  0.004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1102  ATPase  35 
 
 		 2848 aa  45.1  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.456945 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0054  hypothetical protein  35.48 
 
 		 2353 aa  45.1  0.006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1566  outer membrane adhesin like proteiin  32.19 
 
 		 1712 aa  44.7  0.007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.6196  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0368  cadherin  28.1 
 
 		 5444 aa  44.3  0.008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>