173 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3184 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3184  hypothetical protein  100 
 
 		 1131 aa  2329    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2001  multicopper oxidase, type 2  74.24 
 
 		 936 aa  1433    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.330016 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2532  multicopper oxidase, type 2  97.35 
 
 		 1131 aa  2251    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4297  Bilirubin oxidase  59.69 
 
 		 877 aa  989    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.15703 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2665  multicopper oxidase type 2  91.6 
 
 		 1131 aa  2138    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.717674 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0649  multicopper oxidase type 2  59 
 
 		 945 aa  1113    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2591  multicopper oxidase type 2  62 
 
 		 895 aa  1174    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0400357 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6341  Bilirubin oxidase  26.9 
 
 		 760 aa  179  3e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0069  Bilirubin oxidase  28.15 
 
 		 603 aa  174  7.999999999999999e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1998  hypothetical protein  49.74 
 
 		 744 aa  144  7e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.160392  normal  0.0317231 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2863  Bilirubin oxidase  25.17 
 
 		 536 aa  138  6.0000000000000005e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2366  hypothetical protein  55.56 
 
 		 743 aa  125  3e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2552  hypothetical protein  55.56 
 
 		 743 aa  125  4e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0439698 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0532  Bilirubin oxidase  23.83 
 
 		 536 aa  122  3e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2953  hypothetical protein  48.48 
 
 		 743 aa  122  3e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.143577  normal  0.387035 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1405  Bilirubin oxidase  24.96 
 
 		 677 aa  114  1.0000000000000001e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000104359 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3397  hypothetical protein  54.32 
 
 		 755 aa  112  3e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.748182 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1652  bilirubin oxidase  26.48 
 
 		 631 aa  112  5e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.089114  normal  0.959426 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4819  Bilirubin oxidase  22.54 
 
 		 625 aa  100  1e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4294  Bilirubin oxidase  25.82 
 
 		 625 aa  99.8  3e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4816  Bilirubin oxidase  21.66 
 
 		 512 aa  94.4  1e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.237697  normal  0.101949 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0156  Bilirubin oxidase  26.21 
 
 		 528 aa  93.6  2e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1113  Bilirubin oxidase  26.63 
 
 		 679 aa  92.4  5e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0773118  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0501  Bilirubin oxidase  26.04 
 
 		 647 aa  89.7  3e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.111584  normal  0.879523 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2658  Bilirubin oxidase  29.36 
 
 		 676 aa  88.6  7e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.42805  normal  0.0908171 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3891  Bilirubin oxidase  24.42 
 
 		 698 aa  87.8  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.362142  normal  0.172229 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0275  Bilirubin oxidase  25.99 
 
 		 569 aa  87.8  0.000000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.140932  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2680  Bilirubin oxidase  24.02 
 
 		 647 aa  84  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2248  multicopper oxidase, type 2  24.82 
 
 		 872 aa  84  0.00000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0492  multicopper oxidase type 2  28.02 
 
 		 645 aa  79  0.0000000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000100889 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2155  multicopper oxidase, type 2  23.26 
 
 		 708 aa  75.5  0.000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00869514  normal  0.117402 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4659  Bilirubin oxidase  27.04 
 
 		 515 aa  73.6  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.010266  hitchhiker  0.00471634 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1049  multicopper oxidase type 2  29.41 
 
 		 523 aa  73.9  0.00000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.541627  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1946  multicopper oxidase type 2  23.65 
 
 		 661 aa  72.8  0.00000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2277  multicopper oxidase  23.96 
 
 		 519 aa  72.4  0.00000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.849465 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0818  Bilirubin oxidase  32.26 
 
 		 487 aa  72.4  0.00000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4207  Bilirubin oxidase  25.55 
 
 		 508 aa  68.9  0.0000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.954402  hitchhiker  0.00146599 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3480  multicopper oxidase  23.89 
 
 		 533 aa  68.6  0.0000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3352  multicopper oxidase  23.56 
 
 		 533 aa  68.2  0.0000000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00135406  n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4517  Bilirubin oxidase  28.8 
 
 		 547 aa  67.8  0.000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3440  multicopper oxidase type 2  24.51 
 
 		 799 aa  67.8  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.912192  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3299  multicopper oxidase, type 2  24.85 
 
 		 798 aa  66.6  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3376  multicopper oxidase type 2  22.13 
 
 		 798 aa  67  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.407133  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0671  multicopper oxidase  22.64 
 
 		 524 aa  66.2  0.000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0397341  normal  0.139544 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1072  hypothetical protein  23.95 
 
 		 706 aa  65.9  0.000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1924  Bilirubin oxidase  28.66 
 
 		 528 aa  66.2  0.000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0105  VCBS  37.93 
 
 		 1597 aa  65.5  0.000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.00289742  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1679  Bilirubin oxidase  24.29 
 
 		 542 aa  65.5  0.000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1021  multicopper oxidase  23.23 
 
 		 533 aa  64.3  0.00000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4907  Bilirubin oxidase  34.53 
 
 		 499 aa  63.9  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.244692  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0139  multicopper oxidase type 3  33.91 
 
 		 492 aa  63.2  0.00000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3885  RTX cytolytic toxin protein A  37.24 
 
 		 1394 aa  62.8  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4099  multicopper oxidase type 2  23.69 
 
 		 779 aa  62  0.00000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4007  multicopper oxidase type 2  22.36 
 
 		 779 aa  60.8  0.0000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.916825  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0660  multicopper oxidase  23.11 
 
 		 534 aa  60.8  0.0000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.374522  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3999  multicopper oxidase  22.75 
 
 		 539 aa  60.8  0.0000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0304  multicopper oxidase type 3  37.5 
 
 		 499 aa  60.5  0.0000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3381  multicopper oxidase type 2  25.23 
 
 		 628 aa  60.5  0.0000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2359  putative outer membrane adhesin like proteiin  39.29 
 
 		 761 aa  59.7  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.658251  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0948  multicopper oxidase type 3  30.26 
 
 		 490 aa  59.7  0.0000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000126918 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0704  multicopper oxidase  22.9 
 
 		 534 aa  59.3  0.0000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0431  Bilirubin oxidase  31.17 
 
 		 527 aa  59.3  0.0000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3828  multicopper oxidase  22.93 
 
 		 533 aa  58.9  0.0000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0506  putative outer membrane adhesin like protein  45.92 
 
 		 2816 aa  58.9  0.0000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4880  Bilirubin oxidase  28.49 
 
 		 502 aa  58.9  0.0000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.297239 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2270  Bilirubin oxidase  28.49 
 
 		 502 aa  58.9  0.0000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.432018  normal  0.115126 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2154  twin-arginine translocation pathway signal  26.74 
 
 		 515 aa  58.2  0.0000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000232298  normal  0.28588 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6410  hypothetical protein  36.17 
 
 		 1781 aa  58.2  0.0000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.885103  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2657  spore coat protein A  23.78 
 
 		 840 aa  58.2  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1438  cell division protein SufI  33.94 
 
 		 486 aa  57.8  0.000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.458618 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1752  proprotein convertase, P  34.62 
 
 		 1367 aa  57  0.000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4005  Bilirubin oxidase  34.26 
 
 		 505 aa  56.6  0.000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6214  hypothetical protein  44.83 
 
 		 1752 aa  56.6  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0213789 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2357  putative outer membrane adhesin like proteiin  37.5 
 
 		 850 aa  56.2  0.000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0949  fibronectin, type III domain-containing protein  38.76 
 
 		 892 aa  55.8  0.000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.687248  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2296  multicopper oxidase  33.7 
 
 		 551 aa  55.8  0.000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2362  putative outer membrane adhesin like proteiin  37.72 
 
 		 994 aa  55.5  0.000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.112717  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4343  multicopper oxidase type 3  34.09 
 
 		 493 aa  54.7  0.000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.40342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0798  hypothetical protein  36.75 
 
 		 3474 aa  54.7  0.00001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0359  multicopper oxidase, type 3  32.17 
 
 		 464 aa  54.7  0.00001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.205664 
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A31  putative multicopper oxidase  32.41 
 
 		 510 aa  54.3  0.00001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.517552  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4283  multicopper oxidase type 3  34.09 
 
 		 493 aa  54.7  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2196  multicopper oxidase  33.7 
 
 		 556 aa  54.7  0.00001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6866  Bilirubin oxidase  27.63 
 
 		 496 aa  53.9  0.00001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.8651 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2011  multicopper oxidase family protein  30.47 
 
 		 570 aa  53.9  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20050  hypothetical protein  31.16 
 
 		 721 aa  53.9  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.127306  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0009  putative multicopper oxidase  34.41 
 
 		 488 aa  53.9  0.00002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00619677  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2259  multicopper oxidase type 2  22.75 
 
 		 620 aa  53.9  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000216941 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4855  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  38.24 
 
 		 2114 aa  52.8  0.00003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.656621  normal  0.707732 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2898  Bilirubin oxidase  27.64 
 
 		 506 aa  53.1  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0126  multicopper oxidase  34.74 
 
 		 529 aa  53.1  0.00003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0105298  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0125  multicopper oxidase  34.74 
 
 		 529 aa  53.1  0.00003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.781012  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02889  repressor protein for FtsI  30.57 
 
 		 470 aa  52.8  0.00004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3479  multicopper oxidase type 3  34.74 
 
 		 516 aa  52.8  0.00004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0863682  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3454  repressor protein for FtsI  30.57 
 
 		 470 aa  52.8  0.00004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4328  repressor protein for FtsI  30.57 
 
 		 470 aa  52.8  0.00004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0680  repressor protein for FtsI  30.57 
 
 		 470 aa  52.8  0.00004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3536  multicopper oxidase  34.74 
 
 		 516 aa  52.8  0.00004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.013115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0133  multicopper oxidase  34.74 
 
 		 516 aa  52.8  0.00004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0240845  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3308  repressor protein for FtsI  30.57 
 
 		 470 aa  52.8  0.00004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.468939  normal  0.0130524 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>