95 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2552 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3397  hypothetical protein  90.71 
 
 		 755 aa  1211    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.748182 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2552  hypothetical protein  100 
 
 		 743 aa  1470    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0439698 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1998  hypothetical protein  70.34 
 
 		 744 aa  978    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.160392  normal  0.0317231 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2366  hypothetical protein  90.71 
 
 		 743 aa  1247    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2953  hypothetical protein  85.2 
 
 		 743 aa  1221    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.143577  normal  0.387035 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1999  hypothetical protein  49.66 
 
 		 448 aa  372  1e-101  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.71064  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3396  hypothetical protein  44.84 
 
 		 442 aa  328  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.378832  normal  0.49969 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2367  hypothetical protein  44.84 
 
 		 442 aa  328  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.390039  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2553  hypothetical protein  45.78 
 
 		 442 aa  321  3e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0475341 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2952  hypothetical protein  43.54 
 
 		 442 aa  317  4e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.302716  normal  0.304759 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1844  IPT/TIG domain-containing protein  37.34 
 
 		 720 aa  204  6e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.138622  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2665  multicopper oxidase type 2  57.76 
 
 		 1131 aa  171  6e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.717674 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3184  hypothetical protein  50 
 
 		 1131 aa  164  8.000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2630  fibronectin type III domain-containing protein  35.85 
 
 		 825 aa  161  5e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2532  multicopper oxidase, type 2  48.44 
 
 		 1131 aa  154  8e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3668  fibronectin type III domain-containing protein  30.1 
 
 		 836 aa  137  7.000000000000001e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2202  fibronectin type III domain-containing protein  36.19 
 
 		 841 aa  126  1e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.536559 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3667  IPT/TIG domain-containing protein  32.81 
 
 		 448 aa  124  8e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2201  hypothetical protein  33.16 
 
 		 467 aa  123  9.999999999999999e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.283056 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2629  hypothetical protein  29.72 
 
 		 470 aa  107  8e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0105  VCBS  33.02 
 
 		 1597 aa  91.3  5e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.00289742  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20050  hypothetical protein  36.28 
 
 		 721 aa  89.7  2e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.127306  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1752  proprotein convertase, P  31.4 
 
 		 1367 aa  87.4  8e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0506  putative outer membrane adhesin like protein  36.55 
 
 		 2816 aa  82.8  0.00000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0798  hypothetical protein  37.17 
 
 		 3474 aa  81.3  0.00000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3323  hypothetical protein  33.01 
 
 		 3477 aa  78.6  0.0000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00195201 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3369  hypothetical protein  34.23 
 
 		 722 aa  76.3  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1152  putative outer membrane adhesin like proteiin  36.71 
 
 		 3363 aa  75.5  0.000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3470  hemolysin-type calcium-binding region  32.27 
 
 		 9867 aa  75.5  0.000000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4855  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  35.08 
 
 		 2114 aa  75.1  0.000000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.656621  normal  0.707732 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3623  outer membrane adhesin like protein  35.59 
 
 		 5745 aa  74.7  0.000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000322965 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0949  fibronectin, type III domain-containing protein  38.79 
 
 		 892 aa  74.3  0.000000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.687248  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3256  outer membrane adhesin like proteiin  39.47 
 
 		 1268 aa  72.8  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3622  conserved repeat domain protein  37.09 
 
 		 4978 aa  73.2  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000013093 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3933  PKD domain containing protein  37.02 
 
 		 1502 aa  72  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.114839  normal  0.527223 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3161  outer membrane adhesin-like protein  38.5 
 
 		 1269 aa  71.2  0.00000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3686  parallel beta-helix repeat-containing protein  34.53 
 
 		 1066 aa  70.1  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.346515 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000465  fibronectin type III domain protein  31.25 
 
 		 2839 aa  69.7  0.0000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3051  hypothetical protein  34.91 
 
 		 1744 aa  68.6  0.0000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3063  VCBS  38.31 
 
 		 1269 aa  68.6  0.0000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1291  outer membrane adhesin like proteiin  28.36 
 
 		 2555 aa  62  0.00000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.983971 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5274  outer membrane adhesin like protein  33.62 
 
 		 2377 aa  60.8  0.00000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.941453  normal  0.210055 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0170  outer membrane adhesin like proteiin  31.79 
 
 		 3699 aa  60.5  0.0000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.388732 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4189  Ig family protein  31.55 
 
 		 2503 aa  59.7  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0166  putative outer membrane adhesin like proteiin  30.77 
 
 		 3699 aa  60.1  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3952  hypothetical protein  34.7 
 
 		 3191 aa  60.1  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.627694  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1702  hypothetical protein  31.76 
 
 		 1512 aa  58.9  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0560  putative outer membrane adhesin like protein  32.02 
 
 		 1215 aa  58.5  0.0000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3393  putative outer membrane adhesin like protein  32.02 
 
 		 1215 aa  58.5  0.0000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0139307 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3182  hypothetical protein  31.09 
 
 		 1416 aa  57.8  0.0000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2554  proprotein convertase, P  35.55 
 
 		 1363 aa  57.8  0.0000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2319  FG-GAP repeat-containing protein  32.92 
 
 		 2807 aa  56.6  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3594  outer membrane adhesin like proteiin  30.88 
 
 		 1215 aa  56.2  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0189  fibronectin type III domain-containing protein  33.86 
 
 		 2522 aa  54.7  0.000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3869  putative outer membrane adhesin like proteiin  31.9 
 
 		 3816 aa  54.7  0.000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3660  putative outer membrane adhesin like proteiin  31.25 
 
 		 1215 aa  54.7  0.000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3783  outer membrane adhesin like proteiin  31.25 
 
 		 1215 aa  54.7  0.000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1287  fibronectin, type III domain-containing protein  32.42 
 
 		 2011 aa  54.3  0.000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.111865  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3550  fibronectin, type III domain-containing protein  32.2 
 
 		 2476 aa  53.9  0.00001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1331  Fibronectin type III domain protein  30.41 
 
 		 2040 aa  52.8  0.00003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000211706 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3728  cadherin  32.52 
 
 		 3089 aa  52  0.00004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5754  conserved repeat domain protein  35.92 
 
 		 3471 aa  51.6  0.00005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.350912 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0223  fibronectin, type III  30.96 
 
 		 1911 aa  51.6  0.00005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1330  Fibronectin type III domain protein  32.61 
 
 		 2056 aa  51.2  0.00007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000696723 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2716  hypothetical protein  34.48 
 
 		 516 aa  50.8  0.00008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0783  outer membrane adhesin like proteiin  39.18 
 
 		 4748 aa  50.8  0.00008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0168  Ig family protein  31.47 
 
 		 3544 aa  50.8  0.00009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1286  fibronectin, type III domain-containing protein  31.29 
 
 		 2051 aa  50.1  0.0001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1018  hypothetical protein  33.33 
 
 		 2767 aa  50.4  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.556407 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2359  putative outer membrane adhesin like proteiin  48.15 
 
 		 761 aa  50.1  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.658251  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2357  putative outer membrane adhesin like proteiin  35.85 
 
 		 850 aa  49.7  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003404  putative RTX toxin  32.08 
 
 		 4848 aa  49.7  0.0002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2362  putative outer membrane adhesin like proteiin  33.96 
 
 		 994 aa  48.9  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.112717  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6214  hypothetical protein  42.11 
 
 		 1752 aa  48.5  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0213789 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1759  Fibronectin type III domain protein  29.89 
 
 		 2067 aa  48.1  0.0005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.77836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3885  RTX cytolytic toxin protein A  39.09 
 
 		 1394 aa  48.5  0.0005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2796  fibronectin type III domain-containing protein  36.3 
 
 		 2153 aa  48.1  0.0005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2198  Fibronectin type III domain protein  30.69 
 
 		 2047 aa  48.1  0.0006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0185742 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4139  putative outer membrane adhesin like proteiin  31.66 
 
 		 4122 aa  48.1  0.0006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1063  hypothetical protein  30.73 
 
 		 800 aa  48.1  0.0006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.417069  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0477  outer membrane adhesin like proteiin  29.49 
 
 		 16322 aa  48.1  0.0006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3199  VCBS  35.84 
 
 		 4854 aa  47.8  0.0007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1102  ATPase  35 
 
 		 2848 aa  47.4  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.456945 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0832  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  32.88 
 
 		 1292 aa  47.4  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0563  type 1 secretion C-terminal target domain protein  32.86 
 
 		 1706 aa  46.2  0.002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6118  hypothetical protein  33.05 
 
 		 393 aa  46.2  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0368  cadherin  29.41 
 
 		 5444 aa  46.6  0.002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2653  hypothetical protein  28.63 
 
 		 676 aa  45.4  0.003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.135557  normal  0.0988839 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1294  polyhydroxyalkanoate synthesis repressor PhaR  25.35 
 
 		 8321 aa  45.4  0.004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.359322 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6119  hypothetical protein  35.19 
 
 		 390 aa  45.4  0.004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2246  VCBS  31.4 
 
 		 5769 aa  45.4  0.004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21610  fibronectin type III domain-containing protein  32.18 
 
 		 2084 aa  45.1  0.005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0427  Fibronectin type III domain protein  29.65 
 
 		 2039 aa  44.7  0.006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2038  FG-GAP  30.14 
 
 		 690 aa  44.3  0.008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0466844 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2974  PKD domain-containing protein  30.84 
 
 		 833 aa  44.3  0.008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>