85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_1998 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3397  hypothetical protein  69.89 
 
 
755 aa  909    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.748182 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2552  hypothetical protein  70.2 
 
 
743 aa  931    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0439698 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1998  hypothetical protein  100 
 
 
744 aa  1465    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.160392  normal  0.0317231 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2366  hypothetical protein  69.35 
 
 
743 aa  931    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2953  hypothetical protein  68.55 
 
 
743 aa  950    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.143577  normal  0.387035 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1999  hypothetical protein  50 
 
 
448 aa  385  1e-105  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.71064  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2952  hypothetical protein  45.82 
 
 
442 aa  324  4e-87  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.302716  normal  0.304759 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3396  hypothetical protein  45.25 
 
 
442 aa  323  8e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.378832  normal  0.49969 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2367  hypothetical protein  45.25 
 
 
442 aa  323  8e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.390039  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2553  hypothetical protein  44.67 
 
 
442 aa  311  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0475341 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1844  IPT/TIG domain-containing protein  39.87 
 
 
720 aa  231  2e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.138622  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2665  multicopper oxidase type 2  51.79 
 
 
1131 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.717674 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3184  hypothetical protein  50.77 
 
 
1131 aa  167  9e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2532  multicopper oxidase, type 2  50.26 
 
 
1131 aa  163  1e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2630  fibronectin type III domain-containing protein  34.59 
 
 
825 aa  155  2.9999999999999998e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3668  fibronectin type III domain-containing protein  32.71 
 
 
836 aa  115  4.0000000000000004e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2202  fibronectin type III domain-containing protein  33.87 
 
 
841 aa  110  1e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.536559 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3667  IPT/TIG domain-containing protein  31.41 
 
 
448 aa  108  3e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0105  VCBS  41 
 
 
1597 aa  98.2  5e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.00289742  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2201  hypothetical protein  30.71 
 
 
467 aa  92.4  2e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.283056 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2629  hypothetical protein  27.65 
 
 
470 aa  93.2  2e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20050  hypothetical protein  38.73 
 
 
721 aa  86.3  0.000000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.127306  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0798  hypothetical protein  36.73 
 
 
3474 aa  84.3  0.000000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3323  hypothetical protein  37.93 
 
 
3477 aa  83.2  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00195201 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0949  fibronectin, type III domain-containing protein  40.12 
 
 
892 aa  77  0.000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.687248  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0506  putative outer membrane adhesin like protein  38.64 
 
 
2816 aa  76.6  0.000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3623  outer membrane adhesin like protein  41.32 
 
 
5745 aa  75.5  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000322965 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2357  putative outer membrane adhesin like proteiin  35.94 
 
 
850 aa  74.3  0.000000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4855  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  36.22 
 
 
2114 aa  73.6  0.00000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.656621  normal  0.707732 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2362  putative outer membrane adhesin like proteiin  35.42 
 
 
994 aa  71.6  0.00000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.112717  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2359  putative outer membrane adhesin like proteiin  37.69 
 
 
761 aa  71.6  0.00000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.658251  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3622  conserved repeat domain protein  38.42 
 
 
4978 aa  71.2  0.00000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000013093 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3063  VCBS  36.92 
 
 
1269 aa  70.5  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3933  PKD domain containing protein  33.91 
 
 
1502 aa  68.6  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.114839  normal  0.527223 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3470  hemolysin-type calcium-binding region  29.03 
 
 
9867 aa  68.2  0.0000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0560  putative outer membrane adhesin like protein  30.34 
 
 
1215 aa  67.8  0.0000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3393  putative outer membrane adhesin like protein  30.34 
 
 
1215 aa  67.8  0.0000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0139307 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3256  outer membrane adhesin like proteiin  37.5 
 
 
1268 aa  67.8  0.0000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000465  fibronectin type III domain protein  33.98 
 
 
2839 aa  67.4  0.0000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1752  proprotein convertase, P  31.06 
 
 
1367 aa  66.2  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3161  outer membrane adhesin-like protein  36.82 
 
 
1269 aa  66.6  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3594  outer membrane adhesin like proteiin  32.71 
 
 
1215 aa  63.9  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3182  hypothetical protein  30.72 
 
 
1416 aa  62.8  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1152  putative outer membrane adhesin like proteiin  33.76 
 
 
3363 aa  62.4  0.00000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1286  fibronectin, type III domain-containing protein  32.49 
 
 
2051 aa  62.4  0.00000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3869  putative outer membrane adhesin like proteiin  30.32 
 
 
3816 aa  62.4  0.00000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1702  hypothetical protein  33.58 
 
 
1512 aa  62  0.00000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2554  proprotein convertase, P  34.03 
 
 
1363 aa  62  0.00000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4189  Ig family protein  31.18 
 
 
2503 aa  62  0.00000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3686  parallel beta-helix repeat-containing protein  32.58 
 
 
1066 aa  62  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.346515 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3660  putative outer membrane adhesin like proteiin  31.55 
 
 
1215 aa  61.6  0.00000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3783  outer membrane adhesin like proteiin  31.97 
 
 
1215 aa  61.6  0.00000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3550  fibronectin, type III domain-containing protein  32.45 
 
 
2476 aa  60.8  0.00000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3952  hypothetical protein  32.99 
 
 
3191 aa  58.9  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.627694  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3369  hypothetical protein  34.97 
 
 
722 aa  58.5  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0223  fibronectin, type III  29.57 
 
 
1911 aa  58.2  0.0000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0170  outer membrane adhesin like proteiin  30.65 
 
 
3699 aa  57.4  0.0000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.388732 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2319  FG-GAP repeat-containing protein  33.48 
 
 
2807 aa  57.4  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1330  Fibronectin type III domain protein  32.68 
 
 
2056 aa  56.2  0.000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000696723 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0166  putative outer membrane adhesin like proteiin  30.11 
 
 
3699 aa  56.6  0.000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2198  Fibronectin type III domain protein  29.77 
 
 
2047 aa  55.8  0.000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0185742 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0189  fibronectin type III domain-containing protein  32.98 
 
 
2522 aa  55.5  0.000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3728  cadherin  30.2 
 
 
3089 aa  54.7  0.000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5754  conserved repeat domain protein  40.38 
 
 
3471 aa  53.5  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.350912 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1291  outer membrane adhesin like proteiin  29.15 
 
 
2555 aa  53.5  0.00001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.983971 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2796  fibronectin type III domain-containing protein  36.25 
 
 
2153 aa  53.5  0.00001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0168  Ig family protein  31.38 
 
 
3544 aa  52.8  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2038  FG-GAP  35.71 
 
 
690 aa  52  0.00004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0466844 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21610  fibronectin type III domain-containing protein  34.57 
 
 
2084 aa  51.6  0.00006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1759  Fibronectin type III domain protein  30.18 
 
 
2067 aa  51.2  0.00008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.77836  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1287  fibronectin, type III domain-containing protein  29.95 
 
 
2011 aa  49.7  0.0002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.111865  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3199  VCBS  35.56 
 
 
4854 aa  49.7  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003404  putative RTX toxin  29.39 
 
 
4848 aa  48.9  0.0003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1367  putative outer membrane adhesin like proteiin  32.27 
 
 
3396 aa  48.5  0.0004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.410312 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1331  Fibronectin type III domain protein  28.04 
 
 
2040 aa  48.5  0.0005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000211706 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6214  hypothetical protein  37.04 
 
 
1752 aa  48.1  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0213789 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1048  hypothetical protein  32.08 
 
 
1126 aa  48.5  0.0005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.00227105  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3051  hypothetical protein  31.58 
 
 
1744 aa  47  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0477  outer membrane adhesin like proteiin  30.2 
 
 
16322 aa  45.4  0.004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2591  cadherin  28.64 
 
 
2145 aa  45.1  0.005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.213456 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2716  hypothetical protein  32.48 
 
 
516 aa  45.1  0.005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4728  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.89 
 
 
2346 aa  44.7  0.006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1018  hypothetical protein  32.07 
 
 
2767 aa  44.7  0.006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.556407 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02378  hypothetical protein  31.47 
 
 
814 aa  44.7  0.006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3885  RTX cytolytic toxin protein A  35 
 
 
1394 aa  44.3  0.008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>