99 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0088 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011832  Mpal_1394  Fibronectin type III domain protein  46.61 
 
 		 1272 aa  894    Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.905341 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1360  fibronectin type III domain-containing protein  37.15 
 
 		 1247 aa  650    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.858944  decreased coverage  0.000129137 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1394  spore coat protein-related protein  45.78 
 
 		 1303 aa  862    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.617881  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3108  multicopper oxidase type 2  51.85 
 
 		 1430 aa  1107    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  decreased coverage  0.00507653  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1486  multicopper oxidase type 2  44.56 
 
 		 1601 aa  838    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.131565  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0962  Fibronectin type III domain protein  56.63 
 
 		 1363 aa  1268    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1402  fibronectin, type III domain-containing protein  36.8 
 
 		 1248 aa  641    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.215037 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0088  multicopper oxidase type 2  100 
 
 		 1299 aa  2637    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.516794  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2066  multicopper oxidase type 2  47.33 
 
 		 1736 aa  852    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.697525  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0965  Fibronectin type III domain protein  56.58 
 
 		 1363 aa  1269    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0071  multicopper oxidase type 2  92.3 
 
 		 1299 aa  2392    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.3532599999999997e-27 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0912  fibronectin, type III/multicopper oxidase, type 2  56.87 
 
 		 1380 aa  1273    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2163  Integrins alpha chain:multicopper oxidase, type 2  42.39 
 
 		 1201 aa  658    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00120195 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3794  fibronectin type III domain-containing protein  36.49 
 
 		 1973 aa  414  1e-114  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3048  multicopper oxidase, type 2  47.84 
 
 		 1308 aa  386  1e-105  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2583  twin-arginine translocation pathway signal  33.14 
 
 		 734 aa  134  1.0000000000000001e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.574228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0264  Fibronectin type III domain protein  36.18 
 
 		 480 aa  123  1.9999999999999998e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.375315  normal  0.632573 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4294  Bilirubin oxidase  33.73 
 
 		 625 aa  100  2e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3668  fibronectin type III domain-containing protein  38.28 
 
 		 836 aa  98.2  1e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1946  multicopper oxidase type 2  32.02 
 
 		 661 aa  91.7  8e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2469  fibronectin, type III  33.8 
 
 		 3507 aa  89.4  4e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3376  multicopper oxidase type 2  29.89 
 
 		 798 aa  87.8  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.407133  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3299  multicopper oxidase, type 2  31.76 
 
 		 798 aa  87  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2680  Bilirubin oxidase  31.84 
 
 		 647 aa  85.1  0.000000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2155  multicopper oxidase, type 2  37.5 
 
 		 708 aa  84.3  0.00000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00869514  normal  0.117402 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2259  multicopper oxidase type 2  32.74 
 
 		 620 aa  83.2  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000216941 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3440  multicopper oxidase type 2  30.47 
 
 		 799 aa  82.8  0.00000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.912192  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0574  fibronectin, type III domain-containing protein  30.5 
 
 		 4433 aa  77  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4819  Bilirubin oxidase  29.1 
 
 		 625 aa  77  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1652  bilirubin oxidase  30.92 
 
 		 631 aa  77.4  0.000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.089114  normal  0.959426 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0501  Bilirubin oxidase  32.55 
 
 		 647 aa  75.9  0.000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.111584  normal  0.879523 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1049  multicopper oxidase type 2  31.82 
 
 		 523 aa  74.7  0.00000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.541627  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2248  multicopper oxidase, type 2  26.49 
 
 		 872 aa  73.9  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4099  multicopper oxidase type 2  29.8 
 
 		 779 aa  73.6  0.00000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1405  Bilirubin oxidase  30.66 
 
 		 677 aa  73.2  0.00000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000104359 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2202  fibronectin type III domain-containing protein  35.58 
 
 		 841 aa  71.6  0.00000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.536559 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2658  Bilirubin oxidase  31.71 
 
 		 676 aa  71.2  0.0000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.42805  normal  0.0908171 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0156  Bilirubin oxidase  26.74 
 
 		 528 aa  70.1  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0334  Fibronectin type III domain protein  31.31 
 
 		 861 aa  69.7  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.00000091275  normal  0.913538 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3891  Bilirubin oxidase  34.64 
 
 		 698 aa  69.3  0.0000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.362142  normal  0.172229 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2657  spore coat protein A  34.3 
 
 		 840 aa  68.9  0.0000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1607  multicopper oxidase, type 2  30.3 
 
 		 687 aa  68.9  0.0000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.121138  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0274  S-layer domain protein  27.97 
 
 		 779 aa  68.9  0.0000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.430281  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4007  multicopper oxidase type 2  29.34 
 
 		 779 aa  68.9  0.0000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.916825  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2454  fibronectin, type III  31.67 
 
 		 1042 aa  67.8  0.000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2165  Integrins alpha chain:multicopper oxidase, type 2  34.71 
 
 		 1094 aa  67.4  0.000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000701868 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0740  fibronectin, type III domain-containing protein  42.59 
 
 		 409 aa  67.4  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.128234  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1241  multicopper oxidase type 2  31.76 
 
 		 643 aa  65.9  0.000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.584214  hitchhiker  0.00926159 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0532  Bilirubin oxidase  34.75 
 
 		 536 aa  64.7  0.00000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1072  hypothetical protein  27.64 
 
 		 706 aa  64.7  0.00000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3704  PA14 domain protein  34.46 
 
 		 2334 aa  60.5  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.205023 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1438  cell division protein SufI  29.45 
 
 		 486 aa  57.8  0.000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.458618 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2628  fibronectin, type III domain-containing protein  32.09 
 
 		 999 aa  57.8  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.627323  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2535  hypothetical protein  27.62 
 
 		 670 aa  57.4  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.406731  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4659  Bilirubin oxidase  33.06 
 
 		 515 aa  56.2  0.000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.010266  hitchhiker  0.00471634 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3111  peptidase M12B, ADAM/reprolysin  27.74 
 
 		 715 aa  56.2  0.000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.894939  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4207  Bilirubin oxidase  31.93 
 
 		 508 aa  55.5  0.000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.954402  hitchhiker  0.00146599 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0432  Fibronectin type III domain protein  48.39 
 
 		 340 aa  55.5  0.000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2898  Bilirubin oxidase  36.67 
 
 		 506 aa  55.1  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0431  Pectate lyase/Amb allergen  25.38 
 
 		 527 aa  54.7  0.00001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.471187  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3289  PKD repeat-containing protein  35.96 
 
 		 995 aa  52.8  0.00004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.745526  hitchhiker  0.000000829414 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0370  Galactose oxidase  29.06 
 
 		 918 aa  52.4  0.00005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2036  fibronectin, type III domain-containing protein  28.83 
 
 		 2068 aa  52  0.00007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.573808  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4005  Bilirubin oxidase  31.16 
 
 		 505 aa  52  0.00008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0198  YD repeat-containing protein  28.21 
 
 		 3333 aa  52  0.00008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00448474 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1073  fibronectin type III domain-containing protein  29.1 
 
 		 9585 aa  51.6  0.0001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6866  Bilirubin oxidase  29.41 
 
 		 496 aa  51.6  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.8651 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0642  Fibronectin type III domain protein  34.8 
 
 		 692 aa  50.8  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.022056  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0818  Bilirubin oxidase  29.75 
 
 		 487 aa  51.2  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4308  Fibronectin type III domain protein  35.8 
 
 		 1377 aa  50.4  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0936224  hitchhiker  0.00620072 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4816  Bilirubin oxidase  26.22 
 
 		 512 aa  50.8  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.237697  normal  0.101949 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1047  fibronectin type III domain-containing protein  30.51 
 
 		 903 aa  49.7  0.0003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2270  Bilirubin oxidase  26.53 
 
 		 502 aa  50.1  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.432018  normal  0.115126 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0948  multicopper oxidase type 3  37.5 
 
 		 490 aa  50.1  0.0003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000126918 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4880  Bilirubin oxidase  26.53 
 
 		 502 aa  50.1  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.297239 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1683  serine/threonine protein kinase  35.45 
 
 		 776 aa  49.3  0.0004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0275  Bilirubin oxidase  29.23 
 
 		 569 aa  48.9  0.0006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.140932  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1503  ATPase  24.33 
 
 		 674 aa  48.9  0.0007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000259399  hitchhiker  0.000359173 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2321  Fibronectin type III domain protein  27.92 
 
 		 701 aa  48.9  0.0007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6341  Bilirubin oxidase  25.48 
 
 		 760 aa  48.1  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3156  Fibronectin type III domain protein  27.59 
 
 		 741 aa  48.1  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4257  repressor protein for FtsI  25.97 
 
 		 471 aa  48.1  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00391434 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3381  multicopper oxidase type 2  29.14 
 
 		 628 aa  47.4  0.002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2863  Bilirubin oxidase  35.8 
 
 		 536 aa  47  0.002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4482  putative cell wall binding repeat 2-containing protein  28.96 
 
 		 795 aa  46.6  0.003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000203992  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1101  Fibronectin type III domain protein  34.83 
 
 		 1462 aa  47  0.003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0583  repressor protein for FtsI  25.32 
 
 		 474 aa  46.6  0.003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3509  multicopper oxidase type 3  26.01 
 
 		 516 aa  47  0.003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0274  repressor protein for FtsI  25.32 
 
 		 474 aa  46.2  0.004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0665  repressor protein for FtsI  25.32 
 
 		 474 aa  46.2  0.004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0009  putative multicopper oxidase  26.84 
 
 		 488 aa  46.2  0.004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00619677  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1569  helix-turn-helix, AraC type  30.43 
 
 		 1113 aa  45.8  0.006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A31  putative multicopper oxidase  23.63 
 
 		 510 aa  45.8  0.006  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.517552  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1101  multicopper oxidase family protein  26.09 
 
 		 476 aa  45.8  0.006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1040  fibronectin type III domain-containing protein  27.46 
 
 		 771 aa  45.4  0.007  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0184  multicopper oxidase  30.46 
 
 		 536 aa  45.4  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5811  Bilirubin oxidase  28.14 
 
 		 532 aa  45.1  0.008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.125312  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0200  multicopper oxidase  30.46 
 
 		 536 aa  45.4  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0192  multicopper oxidase  30.46 
 
 		 536 aa  45.4  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.105119  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>