More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1701 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_1701  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 
571 aa  1177    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0239416  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2521  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  89.32 
 
 
571 aa  1064    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0595753 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1396  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.58 
 
 
721 aa  375  1e-102  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.814379  normal  0.333041 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2943  multi-sensor hybrid histidine kinase  50.63 
 
 
981 aa  366  1e-100  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.677183 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3741  putative PAS/PAC sensor protein  50.9 
 
 
1268 aa  364  2e-99  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1192  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.98 
 
 
912 aa  358  1.9999999999999998e-97  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.444 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2401  multi-sensor hybrid histidine kinase  50.53 
 
 
991 aa  353  5e-96  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.986059 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2707  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.59 
 
 
776 aa  352  1e-95  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2379  multi-sensor hybrid histidine kinase  49.35 
 
 
1509 aa  351  2e-95  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3150  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.42 
 
 
1309 aa  345  2e-93  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2523  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.81 
 
 
1194 aa  337  5e-91  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3740  putative PAS/PAC sensor protein  50.27 
 
 
1109 aa  336  9e-91  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0685  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.36 
 
 
770 aa  335  1e-90  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000495863 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0672  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.36 
 
 
770 aa  334  3e-90  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3272  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.35 
 
 
1011 aa  329  8e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0842  sensory box histidine kinase/response regulator  44.44 
 
 
787 aa  328  2.0000000000000001e-88  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.220519  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2011  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.46 
 
 
814 aa  327  3e-88  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.866808 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0655  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.54 
 
 
864 aa  325  2e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1053  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.87 
 
 
1059 aa  324  3e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.111783  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2967  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.73 
 
 
949 aa  322  9.000000000000001e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.291071  normal  0.350737 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1306  PAS sensor Signal tranduction histidine kinase  35.55 
 
 
949 aa  318  1e-85  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.124542  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2740  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.46 
 
 
943 aa  317  3e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0700  multi-sensor hybrid histidine kinase  35 
 
 
1419 aa  309  1.0000000000000001e-82  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.81616  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2731  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.38 
 
 
1007 aa  306  6e-82  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0364  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.86 
 
 
1013 aa  306  1.0000000000000001e-81  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5814  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.49 
 
 
583 aa  305  2.0000000000000002e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.552615  normal  0.0161436 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2026  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.49 
 
 
964 aa  302  9e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2764  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.6 
 
 
1275 aa  301  3e-80  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0647988  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1796  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.19 
 
 
871 aa  300  5e-80  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000183002  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2370  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.93 
 
 
795 aa  296  5e-79  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0114838  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1102  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  44.17 
 
 
823 aa  296  6e-79  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.813916  normal  0.354207 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1261  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  42.01 
 
 
654 aa  288  2e-76  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0777  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.59 
 
 
1019 aa  287  2.9999999999999996e-76  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0386  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.36 
 
 
1342 aa  283  5.000000000000001e-75  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1787  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.02 
 
 
931 aa  280  7e-74  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5545  two component sensor kinase/response regulator hybrid  32.2 
 
 
1036 aa  279  9e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1337  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.9 
 
 
822 aa  277  3e-73  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.121372 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4603  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.02 
 
 
783 aa  274  4.0000000000000004e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0114  Signal transduction histidine kinase  32.84 
 
 
939 aa  273  5.000000000000001e-72  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.153209 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1041  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  41.16 
 
 
1121 aa  273  6e-72  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.700011  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2766  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.35 
 
 
717 aa  271  2.9999999999999997e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.947572  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3233  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.67 
 
 
1151 aa  269  1e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.885558  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2639  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.83 
 
 
817 aa  266  1e-69  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0350  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.71 
 
 
1140 aa  265  2e-69  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1655  sensory box histidine kinase/response regulator  40.91 
 
 
824 aa  264  3e-69  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0366  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  32.96 
 
 
1081 aa  264  4e-69  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1858  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.34 
 
 
1191 aa  261  3e-68  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.27 
 
 
721 aa  260  4e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0115994  normal  0.0775846 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3111  sensory box histidine kinase  36.47 
 
 
423 aa  260  6e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.019274  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4889  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.71 
 
 
720 aa  259  7e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.25 
 
 
686 aa  258  2e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3268  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.46 
 
 
1079 aa  257  4e-67  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3600  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  37.64 
 
 
766 aa  257  5e-67  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.35244  normal  0.024803 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1934  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  37.47 
 
 
720 aa  256  7e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.668168  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1737  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  37.23 
 
 
720 aa  256  8e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.166788  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0119  PAS sensor protein  38.5 
 
 
1561 aa  255  2.0000000000000002e-66  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1139  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.24 
 
 
643 aa  255  2.0000000000000002e-66  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.535539  normal  0.0122943 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2717  sensory box histidine kinase/response regulator  33.67 
 
 
676 aa  254  3e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.230475  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1555  sensory box histidine kinase/response regulator  38.3 
 
 
1112 aa  253  6e-66  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2816  sensory box histidine kinase/response regulator  38.31 
 
 
882 aa  253  6e-66  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.1 
 
 
858 aa  253  8.000000000000001e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6445  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.65 
 
 
830 aa  253  8.000000000000001e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0224728  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0320  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.37 
 
 
838 aa  253  9.000000000000001e-66  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.88782 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4481  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.57 
 
 
737 aa  253  9.000000000000001e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.913087  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1648  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.13 
 
 
1176 aa  252  1e-65  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.883005  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2408  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.53 
 
 
647 aa  252  1e-65  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.385618  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4307  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.62 
 
 
806 aa  251  2e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.767019  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4419  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.2 
 
 
654 aa  251  2e-65  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.386835 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3014  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.89 
 
 
1132 aa  251  2e-65  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.829917  hitchhiker  0.00701741 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3579  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.68 
 
 
1432 aa  251  2e-65  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.133683  normal  0.981214 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3580  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.26 
 
 
1428 aa  251  4e-65  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.506123  normal  0.532587 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2043  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.46 
 
 
691 aa  249  8e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.10086  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2852  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.6 
 
 
1338 aa  249  1e-64  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.216357  normal  0.0407933 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3140  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.42 
 
 
703 aa  248  2e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2598  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.12 
 
 
661 aa  248  2e-64  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1486  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.91 
 
 
886 aa  247  4.9999999999999997e-64  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2810  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.54 
 
 
998 aa  246  6e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1138  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.4 
 
 
983 aa  246  8e-64  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.36 
 
 
812 aa  246  9.999999999999999e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3272  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.24 
 
 
962 aa  246  9.999999999999999e-64  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2450  PAS  32.72 
 
 
676 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00154072 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2137  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.72 
 
 
1260 aa  244  1.9999999999999999e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1918  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.56 
 
 
650 aa  244  3e-63  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.204421 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0272  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.09 
 
 
1113 aa  244  3.9999999999999997e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
1180 aa  243  5e-63  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1335  histidine kinase  39.96 
 
 
1278 aa  243  7e-63  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.820531 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4329  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.36 
 
 
749 aa  243  7.999999999999999e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.116264 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2537  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.93 
 
 
1222 aa  242  1e-62  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0936  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.67 
 
 
803 aa  243  1e-62  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.0173561 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3335  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.4 
 
 
942 aa  242  1e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3087  ATP-binding region, ATPase-like  31.3 
 
 
847 aa  242  1e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373882  normal  0.0754896 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0801  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.72 
 
 
953 aa  242  2e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.220837  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2747  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.48 
 
 
886 aa  241  2e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1723  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.64 
 
 
664 aa  241  2.9999999999999997e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1007  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.12 
 
 
557 aa  241  2.9999999999999997e-62  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.607179  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1139  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.67 
 
 
645 aa  241  2.9999999999999997e-62  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3457  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.66 
 
 
1070 aa  241  2.9999999999999997e-62  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2978  PAS  36.71 
 
 
424 aa  240  4e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.317341  normal  0.6882 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0513  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.65 
 
 
803 aa  241  4e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.883754  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0435  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.59 
 
 
703 aa  240  4e-62  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>