More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4603 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_4603  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 
783 aa  1595    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6615  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.74 
 
 
660 aa  434  1e-120  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0224174  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0364  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.13 
 
 
1013 aa  426  1e-117  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1904  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.4 
 
 
651 aa  420  1e-116  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.326262  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.54 
 
 
721 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0115994  normal  0.0775846 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2043  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.25 
 
 
691 aa  419  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.10086  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7140  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.34 
 
 
642 aa  415  1e-114  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.750197  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6354  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.26 
 
 
699 aa  410  1e-113  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3362  PAS sensor protein  40.49 
 
 
678 aa  412  1e-113  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2474  histidine kinase  56.11 
 
 
559 aa  411  1e-113  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.369133 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5991  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.1 
 
 
642 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0272  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.03 
 
 
766 aa  406  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2057  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.72 
 
 
774 aa  405  1e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.906607  hitchhiker  0.00133985 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5170  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.15 
 
 
688 aa  405  1e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0500187 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5110  histidine kinase  54.81 
 
 
558 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.967716  normal  0.0814675 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3668  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.39 
 
 
653 aa  402  9.999999999999999e-111  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0873112  normal  0.0648404 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5394  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  55.06 
 
 
558 aa  399  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0211479 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3591  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.3 
 
 
650 aa  393  1e-108  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36420  putative sensor/response regulator hybrid  38.15 
 
 
699 aa  382  1e-104  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.426849  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3125  putative sensor/response regulator hybrid  38.59 
 
 
650 aa  381  1e-104  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.70953  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48160  putative sensor/response regulator hybrid  43.66 
 
 
858 aa  374  1e-102  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00217947 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2588  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.78 
 
 
766 aa  367  1e-100  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2026  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.84 
 
 
964 aa  367  1e-100  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5576  histidine kinase  47.96 
 
 
529 aa  365  1e-99  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.44664  normal  0.0252292 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3272  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.8 
 
 
1011 aa  364  4e-99  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0655  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.97 
 
 
864 aa  363  7.0000000000000005e-99  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1809  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.19 
 
 
927 aa  360  5e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.295908 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2691  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.36 
 
 
639 aa  359  9e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00727931 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5545  two component sensor kinase/response regulator hybrid  32.8 
 
 
1036 aa  351  3e-95  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2967  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.28 
 
 
949 aa  350  5e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.291071  normal  0.350737 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1053  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.83 
 
 
1059 aa  350  7e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.111783  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1306  PAS sensor Signal tranduction histidine kinase  38.38 
 
 
949 aa  347  4e-94  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.124542  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2740  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.28 
 
 
943 aa  347  4e-94  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4307  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.42 
 
 
806 aa  346  7e-94  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.767019  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1530  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.75 
 
 
1164 aa  346  1e-93  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1329  PAS sensor protein  45.75 
 
 
1164 aa  343  5e-93  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.488954 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3491  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.48 
 
 
966 aa  343  8e-93  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.691252 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4151  sensor histidine kinase/response regulator hybrid  47.79 
 
 
571 aa  342  2e-92  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.579562  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3692  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.88 
 
 
951 aa  336  1e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.408416  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2523  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.84 
 
 
1194 aa  334  3e-90  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2251  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.13 
 
 
721 aa  330  7e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0770498  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2956  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.26 
 
 
650 aa  328  3e-88  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.753222  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3087  ATP-binding region, ATPase-like  34.52 
 
 
847 aa  324  3e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373882  normal  0.0754896 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.77 
 
 
686 aa  323  7e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2717  sensory box histidine kinase/response regulator  37.52 
 
 
676 aa  320  9e-86  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.230475  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3083  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.79 
 
 
845 aa  313  5.999999999999999e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3507  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.88 
 
 
662 aa  313  9e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.83 
 
 
858 aa  309  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6445  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.59 
 
 
830 aa  306  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0224728  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2450  PAS  39.43 
 
 
676 aa  305  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00154072 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4889  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.22 
 
 
720 aa  303  9e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0712  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.69 
 
 
827 aa  302  1e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2373  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.62 
 
 
769 aa  301  4e-80  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3132  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.17 
 
 
743 aa  300  8e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.583735  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.48 
 
 
812 aa  299  1e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3795  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.22 
 
 
807 aa  299  1e-79  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.750808 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1701  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.02 
 
 
571 aa  299  1e-79  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0239416  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.68 
 
 
814 aa  298  3e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486726  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2189  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.44 
 
 
628 aa  297  4e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0671838  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2810  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.19 
 
 
998 aa  297  6e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2181  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  45.56 
 
 
712 aa  297  6e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.113069  normal  0.344517 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4430  GAF sensor hybrid histidine kinase  43.58 
 
 
571 aa  296  9e-79  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2521  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.39 
 
 
571 aa  296  1e-78  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0595753 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0540  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.77 
 
 
1089 aa  295  2e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0225  PAS  38.07 
 
 
673 aa  295  3e-78  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1870  sensory box histidine kinase/response regulator  37.84 
 
 
691 aa  294  5e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6183  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.31 
 
 
916 aa  293  9e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.24256 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4625  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.49 
 
 
1092 aa  292  1e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.35 
 
 
689 aa  293  1e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.800994 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6162  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.32 
 
 
673 aa  293  1e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.30079  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3111  sensory box histidine kinase  40.05 
 
 
423 aa  291  2e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.019274  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3140  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.23 
 
 
703 aa  292  2e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3335  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.89 
 
 
942 aa  291  3e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  37.99 
 
 
1065 aa  291  3e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34 
 
 
630 aa  291  3e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.21488  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4259  PAS sensor protein  36.33 
 
 
1086 aa  291  3e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.127746 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5251  histidine kinase  41.67 
 
 
571 aa  291  3e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.782087 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3532  PAS  36.62 
 
 
691 aa  291  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.804686  normal  0.0772354 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3336  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.16 
 
 
1065 aa  290  5.0000000000000004e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.115718  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5329  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.58 
 
 
936 aa  290  7e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.180092  normal  0.501472 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3208  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.39 
 
 
622 aa  290  8e-77  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0750823 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6212  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.87 
 
 
999 aa  290  9e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3068  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.55 
 
 
622 aa  289  1e-76  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.231547  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2842  PAS sensor protein  40.55 
 
 
622 aa  289  1e-76  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.174863  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4776  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.51 
 
 
1086 aa  289  1e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108623  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.47 
 
 
695 aa  288  2e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.02065  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3298  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.87 
 
 
922 aa  288  2.9999999999999996e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.25103 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0149  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.28 
 
 
957 aa  288  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.324886  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4732  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.36 
 
 
728 aa  288  2.9999999999999996e-76  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2665  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.16 
 
 
637 aa  287  5e-76  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.266574  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1031  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.08 
 
 
689 aa  287  7e-76  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2152  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.93 
 
 
670 aa  286  8e-76  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.381885  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3584  sensory box histidine kinase/response regulator  34.76 
 
 
646 aa  286  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3039  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.34 
 
 
1067 aa  286  1.0000000000000001e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.635771  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2978  PAS  40.3 
 
 
424 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.317341  normal  0.6882 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5456  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.39 
 
 
641 aa  285  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0579502  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2204  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  42.06 
 
 
588 aa  285  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0313534  normal  0.331001 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4268  histidine kinase  42.42 
 
 
575 aa  285  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.396925 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3567  histidine kinase  39.33 
 
 
539 aa  284  4.0000000000000003e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.464366  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1778  PAS  35.95 
 
 
956 aa  284  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.584017  normal  0.493951 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>