160 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_2999 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_4453  RND efflux transporter  58.61 
 
 		 889 aa  910    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0113  MMPL domain-containing protein  59.37 
 
 		 865 aa  910    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.382745  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2964  hypothetical protein  65.52 
 
 		 687 aa  795    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2999  MMPL domain-containing protein  100 
 
 		 821 aa  1618    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4897  hypothetical protein  25.73 
 
 		 864 aa  249  2e-64  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2275  hydrophobe/amphiphile efflux-3 HAE3  24.31 
 
 		 812 aa  244  3.9999999999999997e-63  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0590834  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1269  RND superfamily protein  24.42 
 
 		 748 aa  238  5.0000000000000005e-61  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0456  HAE1 family efflux transporter  29.93 
 
 		 752 aa  226  1e-57  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.857513  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1056  efflux transporter, , hydrophobe/amphiphile efflux-3 (HAE3) family  28.08 
 
 		 756 aa  216  9e-55  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0557741  normal  0.21545 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3150  RND superfamily protein  23.71 
 
 		 755 aa  205  3e-51  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0817693  normal  0.0240782 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0768  hydrophobe/amphiphile efflux-3 HAE3  25.45 
 
 		 747 aa  201  6e-50  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.53096  normal  0.282667 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1059  HAE1 family efflux transporter  24.64 
 
 		 777 aa  201  6e-50  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.101015 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0867  HAE1 family efflux transporter  24.03 
 
 		 778 aa  198  4.0000000000000005e-49  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1701  HAE1 family efflux transporter  26.48 
 
 		 777 aa  197  9e-49  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.271028  normal  0.950997 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0222  efflux transporter, , hydrophobe/amphiphile efflux-3 (HAE3) family  26.48 
 
 		 746 aa  192  2e-47  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1961  hydrophobe/amphiphile efflux-3 HAE3  24.46 
 
 		 758 aa  178  3e-43  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0901  HAE1 family efflux transporter  25.7 
 
 		 752 aa  176  1.9999999999999998e-42  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.395656  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08450  efflux transporter, putative, hydrophobe/amphiphile efflux-3 (HAE3) family  19.87 
 
 		 764 aa  102  2e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1637  hypothetical protein  25.07 
 
 		 385 aa  95.1  5e-18  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1628  RND superfamily protein-like exporter  28.31 
 
 		 921 aa  94  9e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.221009 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0572  hypothetical protein  25.69 
 
 		 385 aa  93.6  1e-17  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.67085  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1669  hypothetical protein  26.59 
 
 		 388 aa  94  1e-17  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0264  MMPL domain-containing protein  25.08 
 
 		 385 aa  91.7  5e-17  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00700265 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1194  hypothetical protein  32.37 
 
 		 832 aa  89  3e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  unclonable  0.0000134903  hitchhiker  0.0000145799 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1297  hypothetical protein  22.99 
 
 		 380 aa  82.8  0.00000000000003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2918  exporter of the RND superfamily protein  24.19 
 
 		 1204 aa  81.6  0.00000000000006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0248285  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2375  transport protein, putative  20.38 
 
 		 825 aa  74.7  0.000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1317  RND efflux transporter  19.02 
 
 		 778 aa  73.6  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00469095  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2986  RND efflux transporter  22.36 
 
 		 1051 aa  72  0.00000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.594238  normal  0.491222 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1350  RND efflux transporter  21.63 
 
 		 790 aa  70.5  0.0000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000832069  decreased coverage  0.00000222062 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0943  RND efflux transporter  24.09 
 
 		 791 aa  70.5  0.0000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05360  predicted exporters of the RND superfamily  20.88 
 
 		 727 aa  69.7  0.0000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000165826  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3164  hypothetical protein  21.1 
 
 		 784 aa  68.9  0.0000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.330305  normal  0.727475 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3221  hypothetical protein  38.61 
 
 		 874 aa  67  0.000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0788  Patched family protein  30.17 
 
 		 923 aa  67  0.000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0610  exporter of the RND superfamily protein-like protein  20.86 
 
 		 807 aa  67.4  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0297  hypothetical protein  23.17 
 
 		 387 aa  66.2  0.000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.981573  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1238  hypothetical protein  30.83 
 
 		 855 aa  66.2  0.000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.409284  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1668  Patched family protein  36.11 
 
 		 842 aa  64.3  0.000000008  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2467  RND efflux transporter  24.71 
 
 		 792 aa  64.3  0.000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.022945  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4691  putative transport protein  21.21 
 
 		 797 aa  63.2  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.628482  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0548  MMPL domain protein  28.95 
 
 		 684 aa  63.5  0.00000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0413  conserved hypothetical protein, membrane  19.33 
 
 		 773 aa  62.8  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0655355  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4151  hypothetical protein  22.05 
 
 		 807 aa  62.4  0.00000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.735313  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0258  hypothetical protein  22.83 
 
 		 767 aa  61.2  0.00000007  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.467137  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0460  putative exporter of the RND superfamily protein  19.71 
 
 		 806 aa  61.2  0.00000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2865  Patched family protein  30.34 
 
 		 1011 aa  59.3  0.0000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4341  Patched family protein  27.86 
 
 		 895 aa  59.3  0.0000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.354864  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4418  transport protein  26.7 
 
 		 948 aa  59.3  0.0000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.063936  normal  0.179465 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003709  predicted exporter of the RND superfamily  21.22 
 
 		 792 aa  59.3  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1936  transport protein  25.83 
 
 		 941 aa  58.9  0.0000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1161  Patched family protein  24.1 
 
 		 831 aa  58.2  0.0000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0691  hypothetical protein  27.24 
 
 		 805 aa  58.2  0.0000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0020  Patched family protein  21.9 
 
 		 1359 aa  57.8  0.0000008  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.637086  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4241  MMPL domain protein  27.46 
 
 		 709 aa  57.4  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.682094  normal  0.157718 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3339  MmpL domain-containing protein  30.57 
 
 		 732 aa  57  0.000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0617981 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3322  exporter of the RND superfamily protein-like protein  32.96 
 
 		 872 aa  57.4  0.000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0860  Patched family protein  30.99 
 
 		 1131 aa  57.4  0.000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4865  RND efflux transporter  22.22 
 
 		 786 aa  57.4  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.743305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10456  transmembrane transport protein mmpL4  24.04 
 
 		 967 aa  56.2  0.000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0403  transport protein  29.9 
 
 		 1001 aa  55.8  0.000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2739  hypothetical protein  28.8 
 
 		 845 aa  56.2  0.000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2959  MMPL domain protein  26.86 
 
 		 1011 aa  55.5  0.000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.301766  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3117  putative rRNA methylase  26.7 
 
 		 972 aa  54.7  0.000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0109517  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3078  exporter of the RND superfamily protein-like protein  33.64 
 
 		 1109 aa  55.1  0.000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2278  transport protein, putative  20.1 
 
 		 835 aa  54.7  0.000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2330  MMPL domain protein  29.94 
 
 		 730 aa  54.7  0.000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.949575  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3175  SecD/SecF family protein export membrane protein  34.15 
 
 		 910 aa  53.5  0.00001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2681  hypothetical protein  30.77 
 
 		 879 aa  53.9  0.00001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.43238 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1239  hypothetical protein  29.53 
 
 		 862 aa  53.9  0.00001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3392  MMPL domain-containing protein  33.6 
 
 		 734 aa  53.5  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0160817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3729  MMPL domain-containing protein  33.6 
 
 		 793 aa  53.9  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.980503  normal  0.431791 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2704  hypothetical protein  21.57 
 
 		 898 aa  53.1  0.00002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0562  hypothetical protein  22.85 
 
 		 800 aa  53.1  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.593707  normal  0.20774 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4242  MMPL domain-containing protein  29.85 
 
 		 842 aa  52.8  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.348233  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2200  hypothetical protein  20.65 
 
 		 816 aa  53.1  0.00002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0819  antibiotic ABC transporter, permease protein  20.46 
 
 		 695 aa  52.8  0.00003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.23648  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15720  predicted RND superfamily drug exporter  25.52 
 
 		 920 aa  52.4  0.00003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.448336  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0367  putative integral membrane protein  18.23 
 
 		 821 aa  52  0.00004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.1024  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7115  MMPL domain-containing protein  28.7 
 
 		 699 aa  52  0.00004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.910736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4286  RND efflux transporter  28.57 
 
 		 845 aa  51.6  0.00005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0225  MMPL domain-containing protein  37.29 
 
 		 745 aa  52  0.00005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.196903  normal  0.86442 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3348  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  19.72 
 
 		 1045 aa  51.6  0.00006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1652  hypothetical protein  25.57 
 
 		 767 aa  51.6  0.00006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.485028  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0356  hypothetical protein  25.29 
 
 		 685 aa  51.2  0.00007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0236  transport protein  25.49 
 
 		 998 aa  51.2  0.00007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.414899  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0246  transport protein  25.49 
 
 		 998 aa  51.2  0.00008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.792517  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0256  transport protein  25.49 
 
 		 998 aa  51.2  0.00008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.321706  decreased coverage  0.00659163 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2575  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  23.83 
 
 		 886 aa  51.2  0.00008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000305046  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2006  hypothetical protein  24.16 
 
 		 789 aa  50.4  0.0001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000691446  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2842  drug exporter of the RND superfamily-like protein  29.73 
 
 		 740 aa  50.8  0.0001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8716  MMPL domain protein  28.72 
 
 		 745 aa  50.4  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.14053  decreased coverage  0.00441671 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0048  integral membrane protein  21.35 
 
 		 788 aa  50.1  0.0002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4841  MMPL  28.1 
 
 		 1022 aa  49.7  0.0002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0784394  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0154  RND efflux transporter  29.31 
 
 		 751 aa  49.7  0.0002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4929  MMPL domain-containing protein  28.1 
 
 		 1022 aa  49.7  0.0002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.559096  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0967  MMPL domain protein  35.43 
 
 		 576 aa  49.7  0.0002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.100325 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0271  transport protein  27.81 
 
 		 1000 aa  50.1  0.0002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.26507 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0905  MMPL domain protein  31 
 
 		 713 aa  50.1  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0308  MMPL domain protein  23.96 
 
 		 717 aa  50.1  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.123677 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>