More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_3117 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008554  Sfum_3117  putative rRNA methylase  100 
 
 		 972 aa  1959    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0109517  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3175  SecD/SecF family protein export membrane protein  58.38 
 
 		 910 aa  1032    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1021  RND efflux transporter  31.68 
 
 		 920 aa  348  4e-94  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000753999  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2819  putative rRNA methylase  30.49 
 
 		 1128 aa  336  1e-90  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000245096  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2575  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  29.73 
 
 		 886 aa  323  9.999999999999999e-87  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000305046  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1642  putative rRNA methylase  29.58 
 
 		 892 aa  323  9.999999999999999e-87  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0106541  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3359  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  30.74 
 
 		 883 aa  315  2.9999999999999996e-84  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000128558  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0689  SecD/SecF family protein export membrane protein  31.52 
 
 		 899 aa  314  4.999999999999999e-84  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0944468  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0886  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  29.67 
 
 		 883 aa  312  2e-83  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.34494e-16 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2082  RND superfamily exporter  30.87 
 
 		 893 aa  307  6e-82  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3348  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  28.52 
 
 		 1045 aa  274  7e-72  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0810  hypothetical protein  28.22 
 
 		 884 aa  261  5.0000000000000005e-68  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.059286  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2758  hypothetical protein  26.89 
 
 		 901 aa  246  1.9999999999999999e-63  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.829629  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1747  hypothetical protein  27.25 
 
 		 901 aa  237  1.0000000000000001e-60  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.162879  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2558  hypothetical protein  26.27 
 
 		 890 aa  232  2e-59  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.808467  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7156  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  27.9 
 
 		 882 aa  233  2e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3159  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  27.39 
 
 		 887 aa  228  3e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.457417  normal  0.706665 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3767  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  27.35 
 
 		 882 aa  226  1e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.919255  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6341  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  28.23 
 
 		 882 aa  223  9.999999999999999e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.432737  decreased coverage  0.00194577 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1862  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  26.03 
 
 		 864 aa  221  6e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2118  hypothetical protein  31.17 
 
 		 879 aa  221  6e-56  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1777  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  31.17 
 
 		 900 aa  221  7e-56  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0970  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  26.73 
 
 		 895 aa  216  9.999999999999999e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3458  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  29.57 
 
 		 669 aa  215  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.677236  normal  0.520256 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3657  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  26.03 
 
 		 882 aa  214  5.999999999999999e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.605941  normal  0.0965293 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0057  hypothetical protein  27.49 
 
 		 889 aa  213  2e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2678  hypothetical protein  26.93 
 
 		 872 aa  212  3e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2973  putative protein export membrane protein  26.56 
 
 		 862 aa  211  5e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.228418  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4254  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  25.83 
 
 		 868 aa  204  6e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0797101  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3246  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  28.23 
 
 		 882 aa  202  3e-50  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.689074 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2265  hypothetical protein  27.14 
 
 		 887 aa  201  6e-50  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.192256 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4559  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  27.27 
 
 		 877 aa  200  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.151597 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0015  hypothetical protein  25.81 
 
 		 871 aa  199  3e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.676074 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4133  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  25.54 
 
 		 870 aa  198  5.000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5183  RND efflux transporter  27.24 
 
 		 877 aa  198  5.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5676  RND efflux transporter  27.24 
 
 		 877 aa  198  5.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00293298 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3184  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  26.82 
 
 		 877 aa  195  3e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.621272  normal  0.134423 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7033  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  25.54 
 
 		 871 aa  194  6e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.642403  decreased coverage  0.0000000105164 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5501  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  26.85 
 
 		 877 aa  189  2e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.921684  normal  0.0209878 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4905  hypothetical protein  27.58 
 
 		 877 aa  189  3e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.35717  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1652  hypothetical protein  26 
 
 		 767 aa  187  1.0000000000000001e-45  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.485028  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4948  RND efflux transporter  26.52 
 
 		 877 aa  187  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0737697 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4166  putative transporter  26.25 
 
 		 908 aa  186  2.0000000000000003e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.90663  normal  0.139004 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1013  hypothetical protein  25.64 
 
 		 906 aa  184  9.000000000000001e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1479  hypothetical protein  26.79 
 
 		 969 aa  177  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.756433  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3151  hypothetical protein  26.51 
 
 		 877 aa  176  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2091  hypothetical protein  26.57 
 
 		 1079 aa  175  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0109662  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3264  hypothetical protein  26.4 
 
 		 877 aa  174  5.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1119  hypothetical protein  26.57 
 
 		 1083 aa  174  5.999999999999999e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.143143  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2383  hypothetical protein  26.29 
 
 		 877 aa  174  9e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1399  hypothetical protein  26.29 
 
 		 877 aa  174  9e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.604121  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1727  hypothetical protein  25.21 
 
 		 862 aa  172  3e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0492721 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1730  hypothetical protein  28.21 
 
 		 868 aa  169  2e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.047499 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0022  RND efflux transporter  29.59 
 
 		 877 aa  168  5.9999999999999996e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1044  RND efflux transporter  26.48 
 
 		 858 aa  167  1.0000000000000001e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2350  hypothetical protein  25.68 
 
 		 877 aa  165  3e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20740  hypothetical protein  28.12 
 
 		 864 aa  166  3e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.751381  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3569  hypothetical protein  27.38 
 
 		 868 aa  147  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4296  exporters of the RND superfamily  25.31 
 
 		 840 aa  122  3e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.720482  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4274  exporters of the RND superfamily  25.95 
 
 		 846 aa  122  3e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4143  RND efflux transporter  25.4 
 
 		 840 aa  115  4.0000000000000004e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2739  hypothetical protein  31.16 
 
 		 845 aa  95.1  6e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1637  hypothetical protein  27.84 
 
 		 385 aa  86.7  0.000000000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0264  MMPL domain-containing protein  27.32 
 
 		 385 aa  84.7  0.000000000000008  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00700265 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0823  exporter of the RND superfamily protein-like protein  19.66 
 
 		 798 aa  84  0.00000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.526995  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0572  hypothetical protein  28.57 
 
 		 385 aa  81.6  0.00000000000006  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.67085  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0456  hypothetical protein  33.77 
 
 		 849 aa  81.3  0.00000000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.897508  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1078  phospholipid/glycerol acyltransferase  18.91 
 
 		 1226 aa  80.5  0.0000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1669  hypothetical protein  25.42 
 
 		 388 aa  79.7  0.0000000000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2188  hypothetical protein  28.39 
 
 		 839 aa  75.9  0.000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1297  hypothetical protein  29.89 
 
 		 380 aa  74.7  0.000000000007  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1018  MMPL domain-containing protein  27.45 
 
 		 861 aa  73.6  0.00000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00165976  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3595  RND efflux transporter  30 
 
 		 843 aa  73.6  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4897  hypothetical protein  26.62 
 
 		 864 aa  72.8  0.00000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0588  hypothetical protein  25 
 
 		 815 aa  71.6  0.00000000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2657  exporter  34.58 
 
 		 782 aa  70.5  0.0000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0383  phospholipid/glycerol acyltransferase  28 
 
 		 1172 aa  70.9  0.0000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1056  efflux transporter, , hydrophobe/amphiphile efflux-3 (HAE3) family  24.14 
 
 		 756 aa  69.7  0.0000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0557741  normal  0.21545 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1873  phospholipid/glycerol acyltransferase  27.82 
 
 		 1291 aa  69.3  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0768  hydrophobe/amphiphile efflux-3 HAE3  28.57 
 
 		 747 aa  67.4  0.000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.53096  normal  0.282667 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0581  RND efflux transporter  27.65 
 
 		 788 aa  67.8  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.843516  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1269  RND superfamily protein  25.27 
 
 		 748 aa  67  0.000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0020  Patched family protein  29.71 
 
 		 1359 aa  66.6  0.000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.637086  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0367  putative integral membrane protein  24.62 
 
 		 821 aa  66.6  0.000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.1024  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1699  hypothetical protein  28.16 
 
 		 847 aa  66.2  0.000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0923287  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0591  MmpL family membrane protein  28.95 
 
 		 1109 aa  66.2  0.000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2278  transport protein, putative  25.43 
 
 		 835 aa  65.9  0.000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004073  membrane protein inferred for ABFAE pathway  24.18 
 
 		 780 aa  66.2  0.000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2275  hydrophobe/amphiphile efflux-3 HAE3  27.78 
 
 		 812 aa  65.5  0.000000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0590834  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2200  hypothetical protein  24.6 
 
 		 816 aa  65.5  0.000000004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4286  RND efflux transporter  31.03 
 
 		 845 aa  65.5  0.000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0245  transporter, putative  28.1 
 
 		 893 aa  65.1  0.000000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0297  hypothetical protein  24.7 
 
 		 387 aa  65.1  0.000000006  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.981573  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0867  HAE1 family efflux transporter  25.81 
 
 		 778 aa  65.1  0.000000006  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2986  RND efflux transporter  29.33 
 
 		 1051 aa  64.7  0.000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.594238  normal  0.491222 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04040  hypothetical protein  20.89 
 
 		 803 aa  64.7  0.000000008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0469  hypothetical protein  23.83 
 
 		 905 aa  63.9  0.00000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1961  hydrophobe/amphiphile efflux-3 HAE3  20.53 
 
 		 758 aa  64.3  0.00000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0580  putative transporter  28.42 
 
 		 1109 aa  64.3  0.00000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0665985  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0456  HAE1 family efflux transporter  25.37 
 
 		 752 aa  64.3  0.00000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.857513  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>