More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_1249 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_1249  diguanylate cyclase  100 
 
 
383 aa  778    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000156996 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2783  diguanylate cyclase  55.56 
 
 
378 aa  420  1e-116  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0017  diguanylate cyclase  29.43 
 
 
376 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.156955  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1481  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.71 
 
 
949 aa  91.7  2e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02711  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.36 
 
 
605 aa  90.1  6e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.407326  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0530  diguanylate cyclase  37.01 
 
 
558 aa  89  1e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000155935  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4205  sensor diguanylate cyclase  41.6 
 
 
642 aa  87  5e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.952942 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3486  diguanylate cyclase  37.82 
 
 
449 aa  86.7  6e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.121522  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2154  GGDEF  34.76 
 
 
411 aa  86.3  8e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3313  diguanylate cyclase  34.36 
 
 
481 aa  86.3  9e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.64418  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.36 
 
 
568 aa  86.3  9e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.179735  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4421  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and MHYT sensor(s)  38.75 
 
 
779 aa  85.9  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.920702  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0638  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.91 
 
 
800 aa  85.5  0.000000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.290877  decreased coverage  0.000110777 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4101  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.61 
 
 
794 aa  85.9  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4722  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.82 
 
 
323 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6017  diguanylate cyclase  38.22 
 
 
487 aa  84.7  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.817208  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0544  diguanylate cyclase  37.09 
 
 
414 aa  84.7  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3083  diguanylate cyclase  36.42 
 
 
406 aa  84.3  0.000000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.072436 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2586  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  38.69 
 
 
1365 aa  84.3  0.000000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  39.22 
 
 
614 aa  84.3  0.000000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4730  diguanylate cyclase  40.59 
 
 
572 aa  84.3  0.000000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1656  sensory box/response regulator  31.87 
 
 
420 aa  84  0.000000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3459  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.41 
 
 
503 aa  84  0.000000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.66 
 
 
689 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.528175  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  39.07 
 
 
1301 aa  84  0.000000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0114339  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3629  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.47 
 
 
850 aa  84.3  0.000000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.739626 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2011  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.25 
 
 
321 aa  84  0.000000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0323841  normal  0.0375273 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2151  diguanylate cyclase  35.45 
 
 
275 aa  83.6  0.000000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0517711 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0493  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.74 
 
 
431 aa  83.6  0.000000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000431095 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1745  diguanylate cyclase  34.42 
 
 
495 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0113833  normal  0.32782 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4819  diguanylate cyclase  34.02 
 
 
360 aa  83.6  0.000000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00140541  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0476  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.74 
 
 
431 aa  83.6  0.000000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2102  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.91 
 
 
689 aa  83.2  0.000000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.762889  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2858  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.26 
 
 
368 aa  83.6  0.000000000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0640037  hitchhiker  0.00351788 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3263  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.26 
 
 
368 aa  83.6  0.000000000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0036  diguanylate cyclase  37.09 
 
 
407 aa  83.2  0.000000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000170685  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3660  hypothetical protein  31.31 
 
 
491 aa  83.2  0.000000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.165778 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0469  diguanylate cyclase  37.91 
 
 
601 aa  83.2  0.000000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.912167  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.1 
 
 
319 aa  83.2  0.000000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1899  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.54 
 
 
616 aa  83.2  0.000000000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.764058  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  37.58 
 
 
307 aa  83.2  0.000000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  0.0000866239 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2736  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.06 
 
 
748 aa  82.4  0.00000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4345  diguanylate cyclase  41.83 
 
 
613 aa  82.8  0.00000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.609147  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2364  diguanylate cyclase  36.13 
 
 
351 aa  82  0.00000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000850784  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6880  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.67 
 
 
777 aa  82  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.296113  decreased coverage  0.00757929 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1338  diguanylate cyclase  34.84 
 
 
469 aa  82  0.00000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0898942  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2367  diguanylate cyclase  34.23 
 
 
923 aa  82.8  0.00000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.457753  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4405  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.26 
 
 
332 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.382822 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0504  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.99 
 
 
577 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3820  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.99 
 
 
577 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3046  diguanylate cyclase  36.36 
 
 
562 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.641394  normal  0.406701 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3946  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.99 
 
 
577 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1857  diguanylate cyclase  35.76 
 
 
490 aa  81.6  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3895  diguanylate cyclase  33.33 
 
 
355 aa  81.6  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1569  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.9 
 
 
643 aa  81.6  0.00000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1635  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.9 
 
 
643 aa  81.6  0.00000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3764  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.99 
 
 
577 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1062  GGDEF domain-containing protein  36.84 
 
 
438 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0389  GGDEF family protein  31.55 
 
 
303 aa  81.3  0.00000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4515  diguanylate cyclase  37.01 
 
 
363 aa  80.9  0.00000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2668  diguanylate cyclase  35.76 
 
 
390 aa  80.9  0.00000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4938  diguanylate cyclase  35.06 
 
 
492 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0911189  normal  0.262265 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2984  GGDEF domain-containing protein  34.95 
 
 
483 aa  80.9  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.301535 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  33.99 
 
 
623 aa  81.3  0.00000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3260  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.87 
 
 
327 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  36.84 
 
 
342 aa  80.9  0.00000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3603  GGDEF domain-containing protein  33.54 
 
 
641 aa  81.3  0.00000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1694  diguanylate cyclase  32.65 
 
 
431 aa  81.3  0.00000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.06 
 
 
676 aa  80.9  0.00000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.990746 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2220  GGDEF  34.81 
 
 
226 aa  80.9  0.00000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.244171 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0210  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  31.54 
 
 
465 aa  80.5  0.00000000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.74546  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2624  diguanylate cyclase  29.34 
 
 
296 aa  80.9  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00868311 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2822  PAS/PAC sensor domain-containing diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.06 
 
 
895 aa  80.9  0.00000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  36.05 
 
 
373 aa  80.9  0.00000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6413  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.68 
 
 
508 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.905746 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1699  fused adenylate cyclase and hybrid sensor diguanylate cyclase and response regulator  32.45 
 
 
316 aa  80.5  0.00000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.481687 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0386  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.18 
 
 
685 aa  80.5  0.00000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0133  diguanylate cyclase  29.29 
 
 
294 aa  80.5  0.00000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.469919 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1325  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.44 
 
 
843 aa  80.5  0.00000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000657328  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1923  diguanylate cyclase  32.98 
 
 
356 aa  80.1  0.00000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0213654 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1888  diguanylate cyclase  30.57 
 
 
369 aa  80.5  0.00000000000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2300  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.35 
 
 
936 aa  80.5  0.00000000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  36.84 
 
 
382 aa  80.5  0.00000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0437  diguanylate cyclase  38.89 
 
 
494 aa  80.1  0.00000000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.781691  normal  0.313669 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4178  response regulator receiver protein  34.94 
 
 
1477 aa  80.1  0.00000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.450705 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7031  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.71 
 
 
1327 aa  80.1  0.00000000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.153977  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2798  diguanylate cyclase  29.34 
 
 
296 aa  80.1  0.00000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.400651 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1391  diguanylate cyclase  33.33 
 
 
353 aa  79.7  0.00000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.723857  hitchhiker  0.0000000000000157902 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1652  diguanylate cyclase  32.45 
 
 
490 aa  80.1  0.00000000000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.749875  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5027  diguanylate cyclase  34.84 
 
 
511 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00146461  normal  0.392171 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3602  diguanylate cyclase  33.55 
 
 
490 aa  79.7  0.00000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.926489  normal  0.921669 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1983  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.09 
 
 
1353 aa  80.1  0.00000000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.103002  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2245  diguanylate cyclase  39.63 
 
 
426 aa  79.7  0.00000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.310334 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4679  diguanylate cyclase  33.55 
 
 
490 aa  79.7  0.00000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.882516  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.36 
 
 
572 aa  79.7  0.00000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2547  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.14 
 
 
974 aa  79.7  0.00000000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.366093  normal  0.924823 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5270  diguanylate cyclase  33.88 
 
 
360 aa  79.3  0.00000000000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1682  diguanylate cyclase  33.96 
 
 
560 aa  79.7  0.00000000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0206  GGDEF domain-containing protein  30.05 
 
 
396 aa  79.7  0.00000000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5359  diguanylate cyclase  33.88 
 
 
360 aa  79.3  0.00000000000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>