More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_2783 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008751  Dvul_2783  diguanylate cyclase  100 
 
 
378 aa  775    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1249  diguanylate cyclase  55.56 
 
 
383 aa  405  1.0000000000000001e-112  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000156996 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0017  diguanylate cyclase  29.53 
 
 
376 aa  124  2e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.156955  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4722  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.23 
 
 
323 aa  94.4  3e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1857  diguanylate cyclase  31.96 
 
 
490 aa  89  1e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4523  diguanylate cyclase  36.42 
 
 
399 aa  86.7  7e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.114375  normal  0.753522 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3263  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.36 
 
 
368 aa  86.3  8e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1357  diguanylate cyclase  38.96 
 
 
508 aa  86.3  8e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.255633 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2858  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.36 
 
 
368 aa  86.3  8e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0640037  hitchhiker  0.00351788 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4297  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.33 
 
 
734 aa  85.5  0.000000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.92876  hitchhiker  0.00384983 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1356  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.04 
 
 
399 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.305567 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2154  GGDEF  37.11 
 
 
411 aa  84.7  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1583  GGDEF domain-containing protein  37.66 
 
 
472 aa  84.3  0.000000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3260  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.26 
 
 
327 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0525  diguanylate cyclase  37.66 
 
 
585 aa  84  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4515  diguanylate cyclase  38.46 
 
 
363 aa  83.6  0.000000000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3602  diguanylate cyclase  34.69 
 
 
490 aa  83.6  0.000000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.926489  normal  0.921669 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4679  diguanylate cyclase  34.69 
 
 
490 aa  83.6  0.000000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.882516  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0437  diguanylate cyclase  37.82 
 
 
494 aa  83.6  0.000000000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.781691  normal  0.313669 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4442  diguanylate cyclase  35.14 
 
 
361 aa  83.2  0.000000000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4529  diguanylate cyclase  35.14 
 
 
361 aa  83.2  0.000000000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.532301 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3313  diguanylate cyclase  34.9 
 
 
481 aa  82.8  0.000000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.64418  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000284  putative two-component response regulator and GGDEF family protein YeaJ  34.67 
 
 
453 aa  82.8  0.000000000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.46829  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44470  transmembrane sensor cyclic di-GMP signal transduction protein  37.09 
 
 
513 aa  82.4  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2220  GGDEF  39.74 
 
 
226 aa  82.4  0.00000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.244171 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2867  diguanylate cyclase  34.78 
 
 
402 aa  82.8  0.00000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4823  diguanylate cyclase  35.14 
 
 
286 aa  82.4  0.00000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.486218 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0530  diguanylate cyclase  38.85 
 
 
558 aa  82.4  0.00000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000155935  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2011  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.04 
 
 
321 aa  82.4  0.00000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0323841  normal  0.0375273 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0538  diguanylate cyclase  36.36 
 
 
585 aa  81.6  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  37.43 
 
 
474 aa  81.6  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  38.99 
 
 
614 aa  81.3  0.00000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1290  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.65 
 
 
414 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0190271 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2547  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.75 
 
 
974 aa  81.6  0.00000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.366093  normal  0.924823 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0896  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.48 
 
 
397 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.225893  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  37.97 
 
 
307 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  0.0000866239 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1378  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.48 
 
 
397 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.696057  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2668  diguanylate cyclase  38.71 
 
 
390 aa  81.6  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6273  GGDEF family protein  37.84 
 
 
629 aa  81.6  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1163  diguanylate cyclase  30 
 
 
363 aa  80.9  0.00000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.562644  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3010  diguanylate cyclase  37.28 
 
 
382 aa  81.3  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0493  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.21 
 
 
431 aa  81.3  0.00000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000431095 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2544  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.49 
 
 
376 aa  81.3  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.374361  normal  0.108185 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0389  GGDEF family protein  30.19 
 
 
303 aa  81.3  0.00000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0476  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.11 
 
 
431 aa  80.9  0.00000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1544  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.51 
 
 
762 aa  80.9  0.00000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1036  diguanylate cyclase  30.43 
 
 
363 aa  80.5  0.00000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.19224 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.08 
 
 
319 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1061  membrane associated GGDEF protein  27.93 
 
 
413 aa  80.9  0.00000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.648754  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1656  sensory box/response regulator  34 
 
 
420 aa  80.5  0.00000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2102  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.47 
 
 
689 aa  80.5  0.00000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.762889  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  32.91 
 
 
611 aa  80.5  0.00000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6017  diguanylate cyclase  36.36 
 
 
487 aa  80.5  0.00000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.817208  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05442  hypothetical protein  35.58 
 
 
539 aa  80.1  0.00000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1782  putative diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor  29.68 
 
 
1359 aa  80.1  0.00000000000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2538  GGDEF domain-containing protein  37.18 
 
 
648 aa  80.1  0.00000000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000110944  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.36 
 
 
715 aa  79.7  0.00000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  34.97 
 
 
753 aa  79.7  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2715  diguanylate cyclase  38.01 
 
 
508 aa  79.7  0.00000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.271597  normal  0.533444 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1123  diguanylate cyclase  27.49 
 
 
357 aa  79.7  0.00000000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0998424  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0401  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  35.22 
 
 
687 aa  79.7  0.00000000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.465852 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3459  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.11 
 
 
503 aa  79  0.0000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7687  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.59 
 
 
1047 aa  78.6  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0327995  normal  0.497822 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1917  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  32.45 
 
 
419 aa  79  0.0000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0589316 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1569  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.85 
 
 
643 aa  79  0.0000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  34.97 
 
 
378 aa  79  0.0000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1635  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.85 
 
 
643 aa  79  0.0000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0094  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.9 
 
 
602 aa  79.3  0.0000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.666294  normal  0.206481 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4735  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.98 
 
 
689 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0595206  normal  0.234911 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  37.34 
 
 
306 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5649  diguanylate cyclase  32.79 
 
 
360 aa  78.6  0.0000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.222886  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.64 
 
 
438 aa  78.2  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000169909  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5270  diguanylate cyclase  32.79 
 
 
360 aa  78.6  0.0000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02711  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.21 
 
 
605 aa  78.6  0.0000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.407326  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1481  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.97 
 
 
949 aa  78.6  0.0000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1084  GGDEF domain-containing protein  30.57 
 
 
562 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.287669 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5359  diguanylate cyclase  32.79 
 
 
360 aa  78.6  0.0000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6413  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.48 
 
 
508 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.905746 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3046  diguanylate cyclase  33.99 
 
 
562 aa  78.6  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.641394  normal  0.406701 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0386  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.59 
 
 
685 aa  77.8  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5313  diguanylate cyclase  36.54 
 
 
361 aa  77.8  0.0000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1526  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.78 
 
 
504 aa  77.4  0.0000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2288  diguanylate cyclase  34.42 
 
 
358 aa  77.8  0.0000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2469  diguanylate cyclase  33.97 
 
 
351 aa  77.8  0.0000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  38.95 
 
 
525 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3140  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.62 
 
 
754 aa  77.8  0.0000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3603  GGDEF domain-containing protein  34.36 
 
 
641 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3822  diguanylate cyclase  29.52 
 
 
358 aa  77.8  0.0000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.36093 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2581  hypothetical protein  29.94 
 
 
371 aa  77.4  0.0000000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0351  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.22 
 
 
731 aa  77.4  0.0000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.213037  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0169  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  31.05 
 
 
681 aa  77.4  0.0000000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0658  diguanylate cyclase  34.59 
 
 
547 aa  77.4  0.0000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5658  putative diguanylate cyclase  36.13 
 
 
395 aa  77.4  0.0000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0922182 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1899  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.26 
 
 
616 aa  77  0.0000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.764058  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4161  diguanylate cyclase  30.86 
 
 
366 aa  77.4  0.0000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.61051  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2822  PAS/PAC sensor domain-containing diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.76 
 
 
895 aa  77.4  0.0000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4101  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.5 
 
 
794 aa  77.4  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2140  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.19 
 
 
318 aa  77  0.0000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6915  diguanylate cyclase  36.76 
 
 
202 aa  77  0.0000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.322303  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1182  GGDEF domain/EAL domain-containing protein  34.98 
 
 
688 aa  77  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>