More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_0844 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013162  Coch_0844  transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 		 234 aa  480  1e-134  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1136  transcriptional regulator, LuxR family  45.13 
 
 		 218 aa  197  2.0000000000000003e-49  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5271  transcriptional regulator, LuxR family  34.2 
 
 		 267 aa  105  4e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5158  transcriptional regulator, LuxR family  25.55 
 
 		 255 aa  67.8  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00149525  decreased coverage  0.000111139 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0098  transcriptional regulator, LuxR family  35.12 
 
 		 253 aa  66.6  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00697344  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4551  two component transcriptional regulator, LuxR family  54.1 
 
 		 208 aa  66.2  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000124934  normal  0.0275678 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3277  transcriptional regulator, LuxR family  49.18 
 
 		 970 aa  66.2  0.0000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.737282  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0173  response regulator receiver protein  29.55 
 
 		 256 aa  65.9  0.0000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4382  regulatory protein, LuxR  46.48 
 
 		 1006 aa  65.1  0.0000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.172901  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1698  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.54 
 
 		 207 aa  64.7  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.126193 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1062  transcriptional regulator, LuxR family  47.14 
 
 		 234 aa  63.9  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3390  LuxR family two component transcriptional regulator  46.67 
 
 		 228 aa  63.9  0.000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.269937  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0154  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.25 
 
 		 244 aa  64.3  0.000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4502  two component transcriptional regulator, LuxR family  50.82 
 
 		 205 aa  62.8  0.000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.438194 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4137  regulatory protein LuxR  27.62 
 
 		 252 aa  62  0.000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.272227 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2387  two component transcriptional regulator, LuxR family  50.91 
 
 		 207 aa  62  0.000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.132486  normal  0.384012 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4220  response regulator receiver protein  28.04 
 
 		 251 aa  61.6  0.000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0447  two component LuxR family transcriptional regulator  49.18 
 
 		 244 aa  61.2  0.00000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.013193  normal  0.6128 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3592  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.21 
 
 		 235 aa  60.8  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.356082  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2437  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.16 
 
 		 218 aa  60.8  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0977  two component LuxR family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 223 aa  60.5  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00800748  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6489  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.97 
 
 		 219 aa  60.1  0.00000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.324114  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5165  two component LuxR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 231 aa  60.1  0.00000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.162111 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2962  response regulator receiver  44.62 
 
 		 206 aa  60.1  0.00000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.117851  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5044  LuxR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 230 aa  59.7  0.00000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.263575  hitchhiker  0.00837426 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0590  two component LuxR family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 215 aa  59.7  0.00000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0603  two component LuxR family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 215 aa  59.7  0.00000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0581  two component LuxR family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 215 aa  59.7  0.00000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6032  response regulator receiver protein  37.65 
 
 		 218 aa  59.3  0.00000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.53611  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1772  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.29 
 
 		 262 aa  59.3  0.00000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3241  regulatory protein LuxR  24.85 
 
 		 263 aa  59.3  0.00000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.685317  normal  0.0480343 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3243  regulatory protein LuxR  41.18 
 
 		 263 aa  58.9  0.00000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0432907 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0756  LuxR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 228 aa  59.3  0.00000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.826443 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1272  transcriptional regulator, LuxR family  42.42 
 
 		 967 aa  58.9  0.00000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.47802  normal  0.275164 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0409  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.51 
 
 		 191 aa  58.9  0.00000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1688  LuxR family DNA-binding response regulator  48.39 
 
 		 209 aa  58.5  0.00000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000202542  normal  0.0533619 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3199  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.36 
 
 		 262 aa  58.9  0.00000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2402  LuxR family DNA-binding response regulator  48.39 
 
 		 209 aa  58.5  0.00000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000137953  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2499  two component LuxR family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 209 aa  58.5  0.00000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.449467  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4664  two component LuxR family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 219 aa  58.5  0.00000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5351  transcriptional regulator, LuxR family  46.67 
 
 		 229 aa  58.5  0.00000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.649636  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2928  two component LuxR family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 213 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5714  two component LuxR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 210 aa  57.8  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2523  regulatory protein, LuxR  49.15 
 
 		 879 aa  57.8  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2946  LuxR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 781 aa  57.8  0.0000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1148  regulatory protein LuxR  43.24 
 
 		 921 aa  57.8  0.0000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.108504  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2254  transcriptional regulator, LuxR family  43.94 
 
 		 235 aa  58.2  0.0000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1932  transcriptional regulator, LuxR family  41.43 
 
 		 241 aa  57.8  0.0000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0592371 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1249  response regulator  49.18 
 
 		 245 aa  57.8  0.0000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0947405  normal  0.0892263 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1700  two component LuxR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 213 aa  57.4  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.226192 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1977  regulatory protein LuxR  46.67 
 
 		 235 aa  57.8  0.0000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.215897  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4443  transcriptional regulator, LuxR family  41.38 
 
 		 91 aa  57.4  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.000136242  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0978  two component signal transduction response regulator  44.93 
 
 		 223 aa  57.8  0.0000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0402933  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2103  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.9 
 
 		 210 aa  57.4  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6883  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.28 
 
 		 213 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.239531  normal  0.170628 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2941  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.95 
 
 		 219 aa  57.4  0.0000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.911135  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5436  LuxR family LuxR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 904 aa  57.4  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2290  two component LuxR family transcriptional regulator  52.46 
 
 		 215 aa  57.4  0.0000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2577  transcriptional regulator, LuxR family  27.63 
 
 		 372 aa  57.4  0.0000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0769027  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2014  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.66 
 
 		 212 aa  57.8  0.0000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.172206  hitchhiker  0.00394331 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0306  two component LuxR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 215 aa  57.4  0.0000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.000000000161342  hitchhiker  0.00000159266 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1369  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.45 
 
 		 218 aa  56.6  0.0000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.380225  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11580  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  50.91 
 
 		 515 aa  57  0.0000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.937657  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1775  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.45 
 
 		 209 aa  56.6  0.0000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.814588  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13150  putative transcriptional regulator  43.55 
 
 		 906 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.697366  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3437  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.55 
 
 		 248 aa  56.6  0.0000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.39912  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1186  transcriptional regulator  43.55 
 
 		 906 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1228  LuxR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 204 aa  56.2  0.0000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.118696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3606  LuxR transcriptional regulator  35.53 
 
 		 947 aa  56.2  0.0000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.156001  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1936  response regulator receiver protein  44.26 
 
 		 205 aa  56.2  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4823  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.75 
 
 		 214 aa  56.2  0.0000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.103693  normal  0.11387 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4229  two component LuxR family transcriptional regulator  52.83 
 
 		 219 aa  56.2  0.0000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.720334  normal  0.28913 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1385  two component LuxR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 212 aa  56.2  0.0000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0945  two component LuxR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 232 aa  56.2  0.0000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_934  DNA-binding response regulator, LuxR family  44.26 
 
 		 232 aa  55.8  0.0000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.717523  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4331  two component LuxR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 212 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.748519  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0848  transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 		 954 aa  55.8  0.0000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1237  LuxR family transcriptional regulator  51.92 
 
 		 199 aa  55.5  0.0000006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3102  two component transcriptional regulator, LuxR family  55.56 
 
 		 222 aa  55.8  0.0000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.774177  normal  0.15342 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03540  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  42.62 
 
 		 226 aa  55.5  0.0000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5428  two component transcriptional regulator, LuxR family  45 
 
 		 201 aa  55.5  0.0000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.358603 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21820  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.62 
 
 		 211 aa  55.5  0.0000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2609  transcriptional regulator, LuxR family  41.67 
 
 		 562 aa  55.1  0.0000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000030036  hitchhiker  0.00837555 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2543  two component LuxR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 230 aa  55.1  0.0000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.149636  normal  0.0443917 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4258  two component LuxR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 216 aa  55.1  0.0000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4704  DNA-binding response regulator CorR  39.44 
 
 		 199 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2317  hypothetical protein  44.26 
 
 		 267 aa  55.1  0.000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0757  TPR repeat-containing regulatory protein LuxR  48.15 
 
 		 799 aa  55.1  0.000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0799  response regulator receiver protein  44.26 
 
 		 204 aa  54.3  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.403434 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2635  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.62 
 
 		 217 aa  55.1  0.000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000528497  hitchhiker  0.00476816 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0594  transcriptional regulator FimZ  39.44 
 
 		 210 aa  54.3  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.627077  hitchhiker  0.00790766 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2613  two component LuxR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 207 aa  54.7  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2446  transcriptional regulator, LuxR family  41.43 
 
 		 188 aa  54.7  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0659  transcriptional regulator FimZ  39.44 
 
 		 210 aa  54.3  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.611229  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1851  two component LuxR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 262 aa  54.3  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.467917  normal  0.53175 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0602  transcriptional regulator FimZ  39.44 
 
 		 210 aa  54.3  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.379869  normal  0.0923244 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5079  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.84 
 
 		 217 aa  54.7  0.000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.525358 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0993  transcriptional regulator FimZ  40.62 
 
 		 210 aa  54.7  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000287084 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0504  transcriptional regulator, LuxR family  49.06 
 
 		 217 aa  54.7  0.000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0705101 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3589  two component LuxR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 210 aa  54.7  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.993543  normal  0.0443312 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>