More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5714 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5714  two component LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 210 aa  425  1e-118  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4470  two component LuxR family transcriptional regulator  67.63 
 
 		 232 aa  281  6.000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.370568  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5940  LuxR family response regulator  59.05 
 
 		 220 aa  272  2.0000000000000002e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000781929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2928  two component LuxR family transcriptional regulator  63.33 
 
 		 213 aa  271  4.0000000000000004e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6883  two component transcriptional regulator, LuxR family  63.03 
 
 		 213 aa  268  5.9999999999999995e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.239531  normal  0.170628 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4331  two component LuxR family transcriptional regulator  61.24 
 
 		 212 aa  264  8e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.748519  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5536  LuxR response regulator receiver  58.85 
 
 		 209 aa  248  4e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.882777  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12780  putative two-component response regulator  45.19 
 
 		 209 aa  195  3e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000436161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1160  putative two-component response regulator  45.19 
 
 		 209 aa  193  2e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0122525  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1119  two component LuxR family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 208 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4322  two component LuxR family transcriptional regulator  42.93 
 
 		 207 aa  187  1e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0036  putative two-component response regulator  48.06 
 
 		 207 aa  185  3e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.035019  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1131  two component LuxR family transcriptional regulator  42.44 
 
 		 236 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.796271  normal  0.799889 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00430  putative two-component response regulator  48.06 
 
 		 207 aa  185  3e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.247974 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1090  LuxR family DNA-binding response regulator  42.44 
 
 		 207 aa  185  4e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1620  two component LuxR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 206 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0222153 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2114  LuxR response regulator receiver  41.15 
 
 		 212 aa  182  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.22828 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2101  LuxR family DNA-binding response regulator  40.19 
 
 		 207 aa  181  7e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00862279  normal  0.220235 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3638  two component LuxR family transcriptional regulator  40.19 
 
 		 205 aa  181  7e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.489861 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1643  two component LuxR family transcriptional regulator  40.67 
 
 		 205 aa  181  8.000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.003137  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2093  putative two-component response regulator  44.71 
 
 		 207 aa  181  9.000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24710  putative two-component response regulator  44.08 
 
 		 207 aa  180  1e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3974  two component LuxR family transcriptional regulator  40.49 
 
 		 208 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4151  DNA-binding response regulator, LuxR family  41.46 
 
 		 208 aa  178  4e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.35782  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3890  LuxR response regulator receiver  41.46 
 
 		 208 aa  178  4e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.330128 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4515  two component LuxR family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 208 aa  177  1e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00786387 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0595  transcriptional regulator FimZ  37.56 
 
 		 210 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.447967  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0598  transcriptional regulator FimZ  37.56 
 
 		 210 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.110504 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0659  transcriptional regulator FimZ  38.24 
 
 		 210 aa  163  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.611229  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0594  transcriptional regulator FimZ  38.24 
 
 		 210 aa  163  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.627077  hitchhiker  0.00790766 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0602  transcriptional regulator FimZ  38.24 
 
 		 210 aa  163  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.379869  normal  0.0923244 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2160  LuxR family DNA-binding response regulator  37.38 
 
 		 210 aa  162  3e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2269  two component LuxR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 210 aa  162  3e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00485  predicted DNA-binding transcriptional regulator  39.11 
 
 		 210 aa  161  6e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00490  hypothetical protein  39.11 
 
 		 210 aa  161  6e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0610  transcriptional regulator FimZ  39.11 
 
 		 210 aa  161  6e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3087  transcriptional regulator FimZ  39.11 
 
 		 210 aa  161  6e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3078  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.11 
 
 		 210 aa  161  8.000000000000001e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0636  transcriptional regulator FimZ  39.11 
 
 		 210 aa  161  8.000000000000001e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.931873  normal  0.250092 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0577  transcriptional regulator FimZ  39.11 
 
 		 210 aa  161  8.000000000000001e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0580  transcriptional regulator FimZ  39.11 
 
 		 210 aa  161  8.000000000000001e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0304  two component LuxR family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 207 aa  160  1e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0174  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.12 
 
 		 208 aa  159  2e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2113  LuxR family DNA-binding response regulator  36.89 
 
 		 210 aa  159  3e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.616678 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0993  transcriptional regulator FimZ  35.92 
 
 		 210 aa  154  1e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000287084 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0462  transcriptional regulator FimZ  38.46 
 
 		 199 aa  149  3e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.739138  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1808  two component LuxR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 207 aa  145  5e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000516369  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4334  two component LuxR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 209 aa  142  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.255025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0522  LuxR response regulator receiver  37.98 
 
 		 212 aa  142  5e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000276468  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2781  two component LuxR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 204 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6866  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.95 
 
 		 202 aa  137  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.140006  normal  0.169631 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2350  two component LuxR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 204 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3412  LuxR family DNA-binding response regulator  34.91 
 
 		 204 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.338288 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02279  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with EvgS  34.74 
 
 		 204 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1288  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.74 
 
 		 204 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2506  DNA-binding transcriptional activator EvgA  34.74 
 
 		 204 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00265649  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02240  hypothetical protein  34.74 
 
 		 204 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2519  DNA-binding transcriptional activator EvgA  34.74 
 
 		 204 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2655  DNA-binding transcriptional activator EvgA  34.74 
 
 		 204 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1300  DNA-binding transcriptional activator EvgA  34.74 
 
 		 204 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3600  DNA-binding transcriptional activator EvgA  34.74 
 
 		 204 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0441797 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2738  DNA-binding transcriptional activator EvgA  34.74 
 
 		 204 aa  133  1.9999999999999998e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2528  two component LuxR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 204 aa  132  5e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0522002 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1863  two component LuxR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 209 aa  129  3e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207146  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2571  transmission activator LetA  33.81 
 
 		 219 aa  129  4.0000000000000003e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2699  transmission activator LetA  33.81 
 
 		 219 aa  128  6e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3271  response regulator  31.25 
 
 		 214 aa  127  1.0000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0222898  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0896  LuxR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 214 aa  127  1.0000000000000001e-28  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0459  two component LuxR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 207 aa  127  1.0000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.957088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0998  response regulator  32.02 
 
 		 214 aa  127  2.0000000000000002e-28  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1700  two component LuxR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 213 aa  125  4.0000000000000003e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.226192 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1194  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 217 aa  123  2e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.272513  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4250  two component LuxR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 246 aa  122  3e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.59923 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0516  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.71 
 
 		 231 aa  122  4e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2227  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.48 
 
 		 217 aa  122  5e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.632961  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1191  two component LuxR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 219 aa  122  5e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.259161  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2613  response regulator GacA  33.5 
 
 		 214 aa  121  6e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.466832  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30650  response regulator GacA  33.5 
 
 		 214 aa  121  6e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00700013 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5126  two component LuxR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 209 aa  121  7e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.135043  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1400  two component signal transduction response regulator  30.43 
 
 		 214 aa  121  7e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1168  LuxR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 216 aa  121  9e-27  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2906  two component LuxR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 203 aa  121  9e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0828  response regulator  32.37 
 
 		 216 aa  120  9.999999999999999e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0183204  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4976  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.18 
 
 		 218 aa  120  1.9999999999999998e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.289575  normal  0.034027 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7764  two component LuxR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 210 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.527093  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1846  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.2 
 
 		 212 aa  119  3.9999999999999996e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.349565  normal  0.2019 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2450  two component LuxR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 214 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00539256  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1216  two component LuxR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 215 aa  118  4.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6558  two component LuxR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 210 aa  118  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.458284 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1600  two component LuxR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 207 aa  117  9e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0986  LuxR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 217 aa  117  9.999999999999999e-26  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1267  two component LuxR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 216 aa  117  9.999999999999999e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1093  response regulator  32.51 
 
 		 217 aa  117  9.999999999999999e-26  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.120555  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3375  two component LuxR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 212 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2141  response regulator  31.25 
 
 		 214 aa  117  1.9999999999999998e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.126922  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3091  two component LuxR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 212 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3314  putative two-component response regulator  33.17 
 
 		 225 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2132  two component LuxR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 214 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0449794  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2649  response regulator  29.81 
 
 		 214 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0703  LuxR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 211 aa  115  3e-25  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000151408  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>