More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_1136 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013162  Coch_1136  transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 		 218 aa  445  1.0000000000000001e-124  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0844  transcriptional regulator, LuxR family  43.81 
 
 		 234 aa  184  1.0000000000000001e-45  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5271  transcriptional regulator, LuxR family  39.02 
 
 		 267 aa  103  2e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0173  response regulator receiver protein  33.54 
 
 		 256 aa  77.8  0.0000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5158  transcriptional regulator, LuxR family  26.58 
 
 		 255 aa  65.5  0.0000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00149525  decreased coverage  0.000111139 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0098  transcriptional regulator, LuxR family  30 
 
 		 253 aa  65.5  0.0000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00697344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4220  response regulator receiver protein  29.7 
 
 		 251 aa  62.4  0.000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1955  response regulator  47.17 
 
 		 206 aa  60.1  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00159918 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1784  response regulator  47.17 
 
 		 206 aa  60.1  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3390  LuxR family two component transcriptional regulator  51.67 
 
 		 228 aa  60.5  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.269937  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1500  response regulator  47.17 
 
 		 212 aa  60.1  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000401264 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1521  response regulator  47.17 
 
 		 212 aa  60.1  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000410508 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4229  two component LuxR family transcriptional regulator  51.72 
 
 		 219 aa  60.1  0.00000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.720334  normal  0.28913 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1484  response regulator  47.17 
 
 		 212 aa  59.3  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.923295  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4502  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.44 
 
 		 205 aa  57.8  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.438194 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6032  response regulator receiver protein  56 
 
 		 218 aa  57  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.53611  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4137  regulatory protein LuxR  27.27 
 
 		 252 aa  57.4  0.0000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.272227 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0154  two component transcriptional regulator, LuxR family  56.36 
 
 		 244 aa  57  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0902  two component transcriptional regulator, LuxR family  53.85 
 
 		 208 aa  56.6  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.154451  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1148  regulatory protein LuxR  43.28 
 
 		 921 aa  56.2  0.0000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.108504  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0906  transcriptional regulator, LuxR family  53.85 
 
 		 208 aa  56.2  0.0000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000244022  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0857  two component LuxR family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 211 aa  56.2  0.0000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00237341  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0590  two component LuxR family transcriptional regulator  54.17 
 
 		 215 aa  56.2  0.0000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0603  two component LuxR family transcriptional regulator  54.17 
 
 		 215 aa  56.2  0.0000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0581  two component LuxR family transcriptional regulator  54.17 
 
 		 215 aa  56.2  0.0000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0700  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.06 
 
 		 218 aa  55.1  0.0000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00980919  normal  0.316207 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2311  LuxR family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 265 aa  55.1  0.0000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3229  LuxR family DNA-binding response regulator  43.64 
 
 		 229 aa  54.7  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2523  regulatory protein, LuxR  48.39 
 
 		 879 aa  54.7  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3732  response regulator receiver protein  48 
 
 		 206 aa  54.3  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0211  two component LuxR family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 228 aa  54.3  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.664514  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3675  two component transcriptional regulator, LuxR family  48 
 
 		 206 aa  54.3  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.241682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3858  two component LuxR family transcriptional regulator  48 
 
 		 206 aa  54.3  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0335499 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0666  response regulator receiver protein  46.3 
 
 		 203 aa  54.3  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1950  hypothetical protein  44.26 
 
 		 212 aa  53.5  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0094858 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1504  hypothetical protein  44.26 
 
 		 212 aa  53.5  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000918459 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4216  regulatory protein, LuxR  41.67 
 
 		 254 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1780  EsrB  44.26 
 
 		 212 aa  53.9  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.111024  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1526  two-component response regulator EsrB  44.26 
 
 		 212 aa  53.5  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.577557  hitchhiker  0.00169027 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0504  transcriptional regulator, LuxR family  46.3 
 
 		 217 aa  53.9  0.000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0705101 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0612  LuxR family transcriptional regulator  50.98 
 
 		 252 aa  53.9  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4796  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.77 
 
 		 206 aa  53.5  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00878953 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0637  two component LuxR family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 203 aa  53.9  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000059529 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0409  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.43 
 
 		 191 aa  53.9  0.000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1125  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.07 
 
 		 225 aa  53.9  0.000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0593  response regulator receiver protein  48 
 
 		 206 aa  54.3  0.000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.858162  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1489  EsrB  44.26 
 
 		 212 aa  53.5  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.121116  normal  0.320198 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3186  two component LuxR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 215 aa  53.1  0.000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0678517  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3548  transcriptional regulator  47.17 
 
 		 924 aa  53.1  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41810  putative transcriptional regulator  47.17 
 
 		 901 aa  53.1  0.000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4735  two component LuxR family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 209 aa  53.5  0.000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.545478  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1810  two component LuxR family transcriptional regulator  49.06 
 
 		 218 aa  53.5  0.000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1293  LuxR family DNA-binding response regulator  45.61 
 
 		 216 aa  52.8  0.000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3602  LuxR response regulator receiver  49.06 
 
 		 206 aa  52.8  0.000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.66617  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1052  LuxR family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 239 aa  52.8  0.000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000445716  normal  0.182523 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0907  LuxR family two component transcriptional regulator  32.08 
 
 		 197 aa  52.8  0.000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.365102  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2881  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.37 
 
 		 212 aa  52.8  0.000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3609  transcriptional regulator, LuxR family  51.06 
 
 		 818 aa  52.8  0.000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03553  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system wtih UhpB  33.98 
 
 		 196 aa  52.4  0.000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0034  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.98 
 
 		 196 aa  52.4  0.000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5099  DNA-binding transcriptional activator UhpA  33.98 
 
 		 196 aa  52.4  0.000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0828785 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5576  LuxR family transcriptional regulator  45 
 
 		 239 aa  52.8  0.000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000012464  normal  0.015154 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4034  DNA-binding transcriptional activator UhpA  33.98 
 
 		 196 aa  52.4  0.000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.383338 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4664  two component LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 219 aa  52.4  0.000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03495  hypothetical protein  33.98 
 
 		 196 aa  52.4  0.000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3643  LuxR family transcriptional regulator  45 
 
 		 239 aa  52.8  0.000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00106494  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0354  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.17 
 
 		 222 aa  52.4  0.000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4724  LuxR family transcriptional regulator  45 
 
 		 239 aa  52.8  0.000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000522863  hitchhiker  0.00659366 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2635  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.17 
 
 		 217 aa  52.4  0.000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000528497  hitchhiker  0.00476816 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4250  DNA-binding transcriptional activator UhpA  33.98 
 
 		 196 aa  52.4  0.000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3882  DNA-binding transcriptional activator UhpA  33.98 
 
 		 196 aa  52.4  0.000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0030  DNA-binding transcriptional activator UhpA  33.98 
 
 		 196 aa  52.4  0.000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4178  DNA-binding transcriptional activator UhpA  33.98 
 
 		 196 aa  52.4  0.000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1103  two component transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 		 216 aa  52.4  0.000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4000  DNA-binding transcriptional activator UhpA  35 
 
 		 196 aa  52.4  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.348805  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4016  DNA-binding transcriptional activator UhpA  35 
 
 		 196 aa  52.4  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4551  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.17 
 
 		 208 aa  52.4  0.000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000124934  normal  0.0275678 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0894  two component LuxR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 217 aa  52  0.000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4179  DNA-binding transcriptional activator UhpA  35 
 
 		 196 aa  52.4  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2539  regulatory protein, LuxR  47.17 
 
 		 904 aa  52  0.000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.50873  hitchhiker  0.00362349 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4071  DNA-binding transcriptional activator UhpA  35 
 
 		 196 aa  52.4  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2962  response regulator receiver  47.27 
 
 		 206 aa  52.4  0.000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.117851  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4121  DNA-binding transcriptional activator UhpA  35 
 
 		 196 aa  52  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.97066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2996  LuxR response regulator receiver  46.15 
 
 		 198 aa  52  0.000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.437807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0637  two component LuxR family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 203 aa  52  0.000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000207768 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1026  response regulator protein  46.55 
 
 		 217 aa  52  0.000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1062  transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 		 234 aa  52  0.000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0977  two component LuxR family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 223 aa  51.6  0.000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00800748  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0686  two component LuxR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 203 aa  51.6  0.000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1561  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.07 
 
 		 199 aa  51.6  0.000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1317  response regulator  43.4 
 
 		 220 aa  51.6  0.000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.500574  normal  0.0503905 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1369  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.06 
 
 		 218 aa  51.6  0.000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.380225  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1883  two component transcriptional regulator, LuxR family  56.25 
 
 		 222 aa  51.6  0.000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1311  two component transcriptional regulator, LuxR family  48 
 
 		 226 aa  51.6  0.000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.165019  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2482  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.86 
 
 		 211 aa  51.6  0.000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.46622  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3551  LuxR family DNA-binding response regulator  40.38 
 
 		 210 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.178316  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1775  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.06 
 
 		 209 aa  51.2  0.00001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.814588  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7761  two component LuxR family transcriptional regulator  47.17 
 
 		 213 aa  51.6  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1045  regulatory protein LuxR  27.33 
 
 		 267 aa  50.8  0.00001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1440  two component transcriptional regulator, LuxR family  50.94 
 
 		 208 aa  51.2  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>