More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_1062 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_1062  transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 		 234 aa  488  1e-137  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0844  transcriptional regulator, LuxR family  52.54 
 
 		 234 aa  63.5  0.000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5189  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.48 
 
 		 213 aa  62.4  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.814448  normal  0.223105 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3181  two component LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 214 aa  62.4  0.000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.246114  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5186  two component LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 214 aa  62.4  0.000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0233056 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5090  two component LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 214 aa  62.4  0.000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.159727  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1977  regulatory protein LuxR  44.62 
 
 		 235 aa  61.2  0.00000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.215897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3643  two component LuxR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 215 aa  61.6  0.00000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.516516  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6399  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.76 
 
 		 214 aa  60.8  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.139442 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1317  response regulator  57.14 
 
 		 220 aa  60.5  0.00000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.500574  normal  0.0503905 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3372  two component LuxR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 212 aa  60.1  0.00000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.383896 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5458  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.54 
 
 		 213 aa  60.1  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0682828  normal  0.0164406 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3592  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.15 
 
 		 235 aa  60.1  0.00000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.356082  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2254  transcriptional regulator, LuxR family  44.62 
 
 		 235 aa  59.7  0.00000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4527  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.76 
 
 		 223 aa  59.7  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.658241 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0447  two component LuxR family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 244 aa  59.7  0.00000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.013193  normal  0.6128 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1698  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.16 
 
 		 207 aa  59.7  0.00000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.126193 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3729  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.77 
 
 		 214 aa  59.7  0.00000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5257  LuxR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 201 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.272579  normal  0.17702 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3365  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.74 
 
 		 216 aa  59.7  0.00000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.7758  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2356  response regulator receiver protein  26.37 
 
 		 215 aa  59.3  0.00000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504321 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3436  LuxR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 190 aa  59.3  0.00000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5044  LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 230 aa  58.9  0.00000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.263575  hitchhiker  0.00837426 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3406  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.77 
 
 		 214 aa  58.9  0.00000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.588591  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1932  transcriptional regulator, LuxR family  43.75 
 
 		 241 aa  58.9  0.00000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0592371 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0857  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.65 
 
 		 219 aa  58.9  0.00000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0762303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30580  LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 268 aa  58.9  0.00000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.706127 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0760  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.46 
 
 		 1404 aa  58.5  0.00000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.231921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3747  two component LuxR family transcriptional regulator  50.91 
 
 		 206 aa  58.5  0.00000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3104  LuxR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 163 aa  58.5  0.00000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.218126  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5165  two component LuxR family transcriptional regulator  51.67 
 
 		 231 aa  58.5  0.00000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.162111 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4015  response regulator receiver protein  38.46 
 
 		 216 aa  58.5  0.00000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4937  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.55 
 
 		 224 aa  57.8  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.570807  normal  0.210467 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0373  response regulator receiver  30 
 
 		 220 aa  57.8  0.0000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4577  response regulator receiver protein  26.32 
 
 		 223 aa  58.2  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.172592 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0026  two component LuxR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 214 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2656  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.29 
 
 		 226 aa  58.2  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.161573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7267  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.61 
 
 		 217 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4220  response regulator receiver protein  34.86 
 
 		 251 aa  57.8  0.0000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4563  two component LuxR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 214 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0560765 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5187  two component LuxR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 214 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6469  two component LuxR family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 213 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.53826 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5498  two component LuxR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 214 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00509748 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4946  two component LuxR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 214 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0203352 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5672  two component LuxR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 214 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00685344 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0443  two component LuxR family transcriptional regulator  45.71 
 
 		 213 aa  57.8  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0756  LuxR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 228 aa  58.2  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.826443 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1846  LuxR family two component transcriptional regulator  40.58 
 
 		 226 aa  57.4  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.699471  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3833  putative DNA-binding response regulator EsrB  49.15 
 
 		 210 aa  57  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0342  LuxR family DNA-binding response regulator  42.86 
 
 		 213 aa  57.4  0.0000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0601944  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8900  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.94 
 
 		 221 aa  57.4  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.967084  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3919  two component LuxR family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 210 aa  57  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5644  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.42 
 
 		 225 aa  57  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.114252 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0211  two component LuxR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 228 aa  57.8  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.664514  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1294  LuxR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 252 aa  57.8  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3186  two component LuxR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 214 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.10411 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2608  LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 269 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.237341  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2373  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.44 
 
 		 192 aa  57.4  0.0000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7761  two component LuxR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 213 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5542  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.15 
 
 		 212 aa  57.8  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.448293 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0358  LuxR family DNA-binding response regulator  42.86 
 
 		 213 aa  57.4  0.0000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.363  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3945  putative DNA-binding response regulator EsrB  49.15 
 
 		 210 aa  57  0.0000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0480381  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3606  LuxR transcriptional regulator  39.68 
 
 		 947 aa  56.6  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.156001  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7812  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.94 
 
 		 227 aa  56.6  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1717  two component LuxR family transcriptional regulator  46.48 
 
 		 205 aa  56.6  0.0000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5242  motility regulator  27.78 
 
 		 1410 aa  57  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.435118  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3238  regulatory protein LuxR  35 
 
 		 228 aa  56.6  0.0000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4551  two component transcriptional regulator, LuxR family  26.74 
 
 		 208 aa  56.6  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000124934  normal  0.0275678 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2497  two component LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 229 aa  56.6  0.0000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000315398  normal  0.0281112 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5351  transcriptional regulator, LuxR family  45.76 
 
 		 229 aa  57  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.649636  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4502  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.46 
 
 		 205 aa  57  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.438194 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2085  DNA-binding response regulator  42.86 
 
 		 264 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.844485  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2062  LuxR family DNA-binding response regulator  42.86 
 
 		 214 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0947149  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1782  two component LuxR family transcriptional regulator  51.92 
 
 		 214 aa  56.6  0.0000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000360675 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0766  DNA-binding response regulator  42.86 
 
 		 214 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.261512  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0851  DNA-binding response regulator  42.86 
 
 		 223 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0464733  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2375  DNA-binding response regulator, LuxR family  40.74 
 
 		 209 aa  56.2  0.0000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.248491  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1698  two component LuxR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 191 aa  56.2  0.0000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000145996  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1828  two component transcriptional regulator, LuxR family protein  45.16 
 
 		 216 aa  56.2  0.0000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3002  LuxR family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 210 aa  56.6  0.0000004  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000242381  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0859  two component LuxR family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 210 aa  56.6  0.0000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.883984  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2387  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.65 
 
 		 207 aa  56.6  0.0000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.132486  normal  0.384012 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4126  transcriptional regulator, LuxR family  53.33 
 
 		 210 aa  56.6  0.0000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000353041 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5271  transcriptional regulator, LuxR family  26.5 
 
 		 267 aa  56.6  0.0000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2048  transcriptional regulator, LuxR family  53.7 
 
 		 280 aa  56.2  0.0000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2151  DNA-binding response regulator  42.86 
 
 		 214 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.639034  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2499  two component LuxR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 209 aa  55.8  0.0000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.449467  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2109  LuxR family DNA-binding response regulator  40.74 
 
 		 209 aa  55.8  0.0000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2048  response regulator  40.74 
 
 		 209 aa  55.8  0.0000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.102554  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2046  response regulator  40.74 
 
 		 209 aa  55.8  0.0000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1518.1  DNA-binding response regulator  42.86 
 
 		 223 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000399536  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5343  LuxR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 361 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0342945 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4476  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.55 
 
 		 215 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2402  LuxR family DNA-binding response regulator  46.55 
 
 		 209 aa  55.8  0.0000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000137953  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3175  LuxR family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 148 aa  55.8  0.0000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0560  DNA-binding response regulator  42.86 
 
 		 223 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0224831  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2265  LuxR family DNA-binding response regulator  40.74 
 
 		 209 aa  55.8  0.0000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.201191  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0872  two component LuxR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 210 aa  55.8  0.0000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2486  two component LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 208 aa  55.8  0.0000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2079  two component transcriptional regulator, LuxR family  40 
 
 		 212 aa  55.8  0.0000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>