More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_5271 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_5271  transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 
267 aa  550  1e-155  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1136  transcriptional regulator, LuxR family  39.02 
 
 
218 aa  103  2e-21  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0844  transcriptional regulator, LuxR family  34.2 
 
 
234 aa  101  1e-20  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0173  response regulator receiver protein  29.47 
 
 
256 aa  87.4  2e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0098  transcriptional regulator, LuxR family  34.78 
 
 
253 aa  81.3  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00697344  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4220  response regulator receiver protein  33.52 
 
 
251 aa  72  0.00000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5158  transcriptional regulator, LuxR family  25.99 
 
 
255 aa  65.5  0.0000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00149525  decreased coverage  0.000111139 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1223  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  43.94 
 
 
239 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1345  N-acyl homoserine lactone transcriptional regulator  43.94 
 
 
239 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0329  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  43.94 
 
 
239 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0607  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  43.94 
 
 
239 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.83559  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2485  BpsR  43.94 
 
 
239 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0962  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  43.94 
 
 
239 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1510  ATP-dependent transcription regulator LuxR  43.94 
 
 
239 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.08907  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1295  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  43.94 
 
 
239 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312538  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1052  LuxR family transcriptional regulator  45.31 
 
 
239 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000445716  normal  0.182523 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2014  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.15 
 
 
212 aa  58.2  0.0000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.172206  hitchhiker  0.00394331 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1664  transcriptional regulator, LuxR family  38.46 
 
 
237 aa  58.2  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.888844 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5576  LuxR family transcriptional regulator  45.31 
 
 
239 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000012464  normal  0.015154 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1997  autoinducer-binding transcriptional regulator, LuxR family  38.46 
 
 
237 aa  58.2  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.448669  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3643  LuxR family transcriptional regulator  45.31 
 
 
239 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00106494  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4724  LuxR family transcriptional regulator  45.31 
 
 
239 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000522863  hitchhiker  0.00659366 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1062  transcriptional regulator, LuxR family  26.5 
 
 
234 aa  56.6  0.0000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4581  LuxR family transcriptional regulator  44.44 
 
 
239 aa  55.8  0.0000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000141763  hitchhiker  0.0000089809 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1231  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.03 
 
 
234 aa  55.5  0.0000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.681253  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3971  LuxR family transcriptional regulator  44.44 
 
 
239 aa  55.5  0.0000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000126265  normal  0.0321799 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4126  transcriptional regulator, LuxR family  31.03 
 
 
210 aa  55.1  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000353041 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3287  transcriptional activator SOLR transcription regulator protein  45.9 
 
 
236 aa  55.1  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.840181  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0142  N-acyl-homoserine lactone dependent regulatory protein  40.28 
 
 
234 aa  55.1  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0163426  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0859  two component LuxR family transcriptional regulator  31.03 
 
 
210 aa  54.7  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.883984  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1570  ATP-dependent transcription regulator LuxR  40.28 
 
 
236 aa  55.1  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.778317  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0655  two component LuxR family transcriptional regulator  44.44 
 
 
194 aa  55.1  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4116  LuxR family transcriptional regulator  44.44 
 
 
239 aa  55.1  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0201758  hitchhiker  0.00877352 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1652  ATP-dependent transcription regulator LuxR  40.28 
 
 
234 aa  55.1  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.643432  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3002  LuxR family transcriptional regulator  31.03 
 
 
210 aa  54.7  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000242381  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3175  LuxR family transcriptional regulator  31.03 
 
 
148 aa  55.1  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0896  LuxR family transcriptional regulator  45.95 
 
 
216 aa  54.3  0.000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0641  ATP-dependent transcription regulator LuxR  46.27 
 
 
241 aa  54.3  0.000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0312274  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2798  ATP-dependent transcription regulator LuxR  46.27 
 
 
237 aa  54.3  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.675669  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2672  ATP-dependent transcription regulator LuxR  46.27 
 
 
241 aa  54.3  0.000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1817  ATP-dependent transcription regulator LuxR  46.27 
 
 
241 aa  54.3  0.000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.985291  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2915  ATP-dependent transcription regulator LuxR  46.27 
 
 
237 aa  54.3  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.454836  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1686  ATP-dependent transcription regulator LuxR  46.27 
 
 
237 aa  54.3  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0643903  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2729  ATP-dependent transcription regulator LuxR  46.27 
 
 
241 aa  54.3  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0930619  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2371  ATP-dependent transcription regulator LuxR  46.27 
 
 
241 aa  54.3  0.000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.440892  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1698  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.55 
 
 
207 aa  53.9  0.000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.126193 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2335  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.69 
 
 
209 aa  53.5  0.000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.938318  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0190  LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 
235 aa  53.5  0.000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.195449  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0198  autoinducer-binding domain-containing protein  42.86 
 
 
235 aa  53.1  0.000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00000129067  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2151  DNA-binding response regulator  47.37 
 
 
214 aa  53.1  0.000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.639034  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0183  LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 
235 aa  53.1  0.000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0816251  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1518.1  DNA-binding response regulator  47.37 
 
 
223 aa  52.8  0.000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000399536  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0560  DNA-binding response regulator  47.37 
 
 
223 aa  52.8  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0224831  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0851  DNA-binding response regulator  41.79 
 
 
223 aa  53.1  0.000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0464733  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2085  DNA-binding response regulator  47.37 
 
 
264 aa  53.1  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.844485  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2062  LuxR family DNA-binding response regulator  47.37 
 
 
214 aa  53.1  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0947149  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0766  DNA-binding response regulator  47.37 
 
 
214 aa  53.1  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.261512  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5810  LuxR family transcriptional regulator  39.34 
 
 
228 aa  52.8  0.000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.809704  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6040  LuxR family transcriptional regulator  39.34 
 
 
228 aa  52.8  0.000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.917081 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0376  two component LuxR family transcriptional regulator  40.91 
 
 
240 aa  53.1  0.000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2112  DNA-binding transcriptional activator SdiA  37.31 
 
 
240 aa  52.4  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.722664  hitchhiker  0.0000000000000595752 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1170  DNA-binding transcriptional activator SdiA  37.31 
 
 
240 aa  52.4  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0141324  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4163  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.42 
 
 
208 aa  52.4  0.000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.296115  normal  0.698078 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1888  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.39 
 
 
212 aa  52.4  0.000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.265772 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1293  DNA-binding transcriptional activator SdiA  37.31 
 
 
240 aa  52.4  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.746399  hitchhiker  0.0000202879 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2165  DNA-binding transcriptional activator SdiA  37.31 
 
 
240 aa  52.4  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0921825  hitchhiker  0.00000020452 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2106  DNA-binding transcriptional activator SdiA  37.31 
 
 
240 aa  52.4  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.010871 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1389  transcriptional regulator, LuxR family  44.07 
 
 
320 aa  52.4  0.000008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3282  LuxR family transcriptional regulator  36.49 
 
 
202 aa  52.4  0.000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1266  DNA-binding transcriptional activator SdiA  37.31 
 
 
240 aa  52  0.000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00315864  hitchhiker  0.00193945 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2846  two component LuxR family transcriptional regulator  46.97 
 
 
209 aa  52.4  0.000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1730  transcriptional regulator, LuxR family  37.31 
 
 
240 aa  51.6  0.00001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000557622  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06170  response regulator  48.39 
 
 
210 aa  52  0.00001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.624626  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2317  hypothetical protein  33 
 
 
267 aa  51.6  0.00001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00996  response regulator  48.39 
 
 
210 aa  52  0.00001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0885199  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2503  DNA-binding transcriptional activator SdiA  35.53 
 
 
240 aa  51.6  0.00001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000339648  normal  0.514976 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2179  LuxR family transcriptional regulator  40.28 
 
 
239 aa  51.6  0.00001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3102  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.96 
 
 
222 aa  52  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.774177  normal  0.15342 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1389  LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 
181 aa  51.6  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.261896  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1044  DNA-binding transcriptional activator SdiA  37.31 
 
 
240 aa  52  0.00001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000369866  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2690  DNA-binding transcriptional activator SdiA  37.31 
 
 
240 aa  52  0.00001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0029365  normal  0.0383701 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2150  DNA-binding transcriptional activator SdiA  37.31 
 
 
240 aa  52  0.00001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000560081  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7606  response regulator receiver protein  43.08 
 
 
214 aa  52  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4502  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.03 
 
 
205 aa  51.6  0.00001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.438194 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1785  LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 
228 aa  51.6  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0982  LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 
228 aa  51.6  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1349  LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 
181 aa  51.6  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1464  LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 
228 aa  51.6  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2015  DNA-binding transcriptional activator SdiA  37.31 
 
 
240 aa  52  0.00001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000284169  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3192  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.17 
 
 
212 aa  51.6  0.00001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.513085  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1723  DNA-binding transcriptional activator SdiA  37.31 
 
 
240 aa  52  0.00001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00781439  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3380  two component LuxR family transcriptional regulator  30.15 
 
 
259 aa  50.8  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.277634 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0502  regulatory protein, LuxR  37.97 
 
 
861 aa  50.8  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0169233  normal  0.80601 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1442  LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 
181 aa  51.2  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1284  two component LuxR family transcriptional regulator  45.16 
 
 
209 aa  50.8  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.479266  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1810  two component LuxR family transcriptional regulator  37.88 
 
 
218 aa  51.2  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1634  two component LuxR family transcriptional regulator  40.51 
 
 
236 aa  50.8  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0598487 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5910  LuxR family transcriptional regulator  44.44 
 
 
237 aa  51.2  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0531603  decreased coverage  0.00148471 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2693  regulatory protein, LuxR  38.67 
 
 
891 aa  50.8  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.602772  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1815  putative transcriptional regulator  32.63 
 
 
265 aa  51.2  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.319475  normal  0.33301 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>