More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_3241 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_3241  regulatory protein LuxR  100 
 
 		 263 aa  546  1e-155  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.685317  normal  0.0480343 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3243  regulatory protein LuxR  61.98 
 
 		 263 aa  357  8e-98  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0432907 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1045  regulatory protein LuxR  35.45 
 
 		 267 aa  144  1e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1723  DNA-binding transcriptional activator SdiA  26.79 
 
 		 240 aa  62.8  0.000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00781439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2015  DNA-binding transcriptional activator SdiA  26.79 
 
 		 240 aa  62.8  0.000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000284169  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2150  DNA-binding transcriptional activator SdiA  27.68 
 
 		 240 aa  62.4  0.000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000560081  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2962  response regulator receiver  53.23 
 
 		 206 aa  62.4  0.000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.117851  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1044  DNA-binding transcriptional activator SdiA  27.68 
 
 		 240 aa  62.4  0.000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000369866  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1730  transcriptional regulator, LuxR family  26.79 
 
 		 240 aa  61.6  0.00000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000557622  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5845  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.42 
 
 		 219 aa  61.6  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.715181 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1266  DNA-binding transcriptional activator SdiA  26.79 
 
 		 240 aa  62  0.00000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00315864  hitchhiker  0.00193945 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2690  DNA-binding transcriptional activator SdiA  27.23 
 
 		 240 aa  62  0.00000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0029365  normal  0.0383701 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2103  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.26 
 
 		 210 aa  60.5  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2963  two component transcriptional regulator, LuxR family  50.82 
 
 		 219 aa  58.2  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1237  LuxR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 199 aa  57.4  0.0000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1170  DNA-binding transcriptional activator SdiA  49.18 
 
 		 240 aa  57.4  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0141324  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4137  regulatory protein LuxR  25.38 
 
 		 252 aa  57.8  0.0000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.272227 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2112  DNA-binding transcriptional activator SdiA  49.18 
 
 		 240 aa  57.4  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.722664  hitchhiker  0.0000000000000595752 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2165  DNA-binding transcriptional activator SdiA  49.18 
 
 		 240 aa  57.4  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0921825  hitchhiker  0.00000020452 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1293  DNA-binding transcriptional activator SdiA  49.18 
 
 		 240 aa  57.4  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.746399  hitchhiker  0.0000202879 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2106  DNA-binding transcriptional activator SdiA  49.18 
 
 		 240 aa  57.4  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.010871 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2033  LuxR family DNA-binding response regulator  43.75 
 
 		 208 aa  57  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1987  two component LuxR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 213 aa  56.6  0.0000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.429674  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1026  response regulator protein  29.67 
 
 		 217 aa  56.6  0.0000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2735  response regulator receiver  47.27 
 
 		 224 aa  56.2  0.0000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0572845  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2503  DNA-binding transcriptional activator SdiA  47.54 
 
 		 240 aa  56.2  0.0000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000339648  normal  0.514976 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1021  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.18 
 
 		 216 aa  55.8  0.0000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.794365 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0516  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.33 
 
 		 231 aa  54.3  0.000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6489  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.42 
 
 		 219 aa  54.3  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.324114  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1732  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.66 
 
 		 211 aa  54.3  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1698  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.34 
 
 		 207 aa  54.7  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.126193 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3357  two component LuxR family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 238 aa  54.3  0.000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.1255  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5079  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.31 
 
 		 217 aa  53.9  0.000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.525358 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0844  transcriptional regulator, LuxR family  37.5 
 
 		 234 aa  53.1  0.000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0670  two component LuxR family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 216 aa  53.5  0.000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.267154  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2295  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.26 
 
 		 222 aa  53.1  0.000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.031577  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0700  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.62 
 
 		 218 aa  52.8  0.000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00980919  normal  0.316207 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4502  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.26 
 
 		 205 aa  52.8  0.000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.438194 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2655  regulatory protein LuxR  45 
 
 		 251 aa  52.4  0.000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.083757  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0659  fimbrial Z protein; signal transducer  32.61 
 
 		 212 aa  52.4  0.000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.379451 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4664  two component LuxR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 219 aa  52.4  0.000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0559  two component LuxR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 211 aa  52  0.000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0841173  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2446  transcriptional regulator, LuxR family  31.18 
 
 		 188 aa  52  0.000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0287  LuxR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 92 aa  52  0.00001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1997  two component LuxR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 218 aa  51.6  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1966  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.26 
 
 		 218 aa  51.6  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0293  transcriptional regulator, LuxR family  43.28 
 
 		 100 aa  51.6  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0499337  normal  0.0433315 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1881  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.26 
 
 		 218 aa  51.6  0.00001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0160211  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39510  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  46.67 
 
 		 216 aa  51.6  0.00001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.657091 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0154  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.79 
 
 		 244 aa  51.6  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2055  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.37 
 
 		 220 aa  50.8  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0287  transcriptional regulator, LuxR family  35.9 
 
 		 234 aa  51.2  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2406  LuxR family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 92 aa  51.2  0.00002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2387  two component transcriptional regulator, LuxR family  40 
 
 		 207 aa  51.2  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.132486  normal  0.384012 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2311  LuxR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 265 aa  50.8  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3239  two component LuxR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 274 aa  51.2  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4278  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.9 
 
 		 213 aa  51.2  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0894003 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0370  two component LuxR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 214 aa  51.2  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.273913 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0318  transcriptional regulator, LuxR family  35.9 
 
 		 234 aa  50.1  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1440  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.98 
 
 		 208 aa  50.1  0.00003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0105  two component LuxR family transcriptional regulator  51.92 
 
 		 215 aa  50.4  0.00003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0303042  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1664  two component LuxR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 218 aa  50.1  0.00003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.49018  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2686  two component LuxR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 203 aa  50.4  0.00003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01711  LuxR family regulatory protein  45.9 
 
 		 92 aa  50.1  0.00003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0644  response regulator receiver domain protein  45.9 
 
 		 261 aa  50.4  0.00003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.520039 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01731  LuxR family regulatory protein  45.9 
 
 		 92 aa  50.1  0.00003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2437  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.07 
 
 		 218 aa  49.7  0.00004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1520  LuxR transcriptional regulator  44.26 
 
 		 91 aa  50.1  0.00004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0445  transcriptional regulator, LuxR family  41.07 
 
 		 534 aa  50.1  0.00004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0156  LuxR family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 92 aa  50.1  0.00004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.749313  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1039  two component LuxR family transcriptional regulator  45 
 
 		 238 aa  50.1  0.00004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.135118 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4551  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.34 
 
 		 208 aa  49.7  0.00004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000124934  normal  0.0275678 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5512  two component LuxR family transcriptional regulator  45 
 
 		 250 aa  50.1  0.00004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.631776 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21820  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.26 
 
 		 211 aa  49.7  0.00005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1406  DNA-binding response regulator  43.28 
 
 		 215 aa  49.3  0.00006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.253896  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0671  putative response regulator  45.9 
 
 		 248 aa  49.3  0.00006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.248332  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1810  two component LuxR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 218 aa  49.3  0.00006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0590  two component LuxR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 215 aa  49.3  0.00006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6057  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.67 
 
 		 217 aa  49.3  0.00006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0603  two component LuxR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 215 aa  49.3  0.00006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4374  transcriptional regulator LuxR family  32.48 
 
 		 246 aa  49.3  0.00006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.307061  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5462  LuxR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 245 aa  49.3  0.00006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0581  two component LuxR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 215 aa  49.3  0.00006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0330  LuxR response regulator receiver  41.56 
 
 		 219 aa  49.3  0.00007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.673991  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2907  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.67 
 
 		 222 aa  48.9  0.00007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0590247  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0354  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.29 
 
 		 222 aa  49.3  0.00007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02261  LuxR family regulatory protein  42.62 
 
 		 90 aa  48.9  0.00008  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0250136  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26831  LuxR transcriptional regulator  44.26 
 
 		 92 aa  48.9  0.00008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1431  LuxR family DNA-binding response regulator  37.7 
 
 		 227 aa  48.9  0.00009  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.338793 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0440  transcriptional regulator, LuxR family  51.16 
 
 		 526 aa  48.9  0.00009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3175  response regulator receiver protein  33.6 
 
 		 250 aa  48.9  0.00009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000721008  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1981  transcriptional regulatory protein DegU, putative  41.27 
 
 		 218 aa  48.1  0.0001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0409  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.32 
 
 		 191 aa  48.1  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0385  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.34 
 
 		 224 aa  48.5  0.0001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3747  two component LuxR family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 206 aa  48.5  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0483  LuxR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 87 aa  48.1  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.299787 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4304  response regulator receiver  37.84 
 
 		 216 aa  48.1  0.0001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.894661  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2340  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.54 
 
 		 217 aa  48.1  0.0001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.273151  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1602  two component transcriptional regulator, LuxR family  40 
 
 		 226 aa  48.1  0.0001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01701  LuxR family regulatory protein  42.62 
 
 		 90 aa  48.5  0.0001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>