298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_3243 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_3243  regulatory protein LuxR  100 
 
 		 263 aa  549  1e-155  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0432907 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3241  regulatory protein LuxR  61.98 
 
 		 263 aa  357  8e-98  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.685317  normal  0.0480343 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1045  regulatory protein LuxR  33.79 
 
 		 267 aa  137  2e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2103  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.62 
 
 		 210 aa  61.2  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1730  transcriptional regulator, LuxR family  47.54 
 
 		 240 aa  60.5  0.00000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000557622  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2150  DNA-binding transcriptional activator SdiA  47.54 
 
 		 240 aa  60.5  0.00000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000560081  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2690  DNA-binding transcriptional activator SdiA  47.54 
 
 		 240 aa  60.5  0.00000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0029365  normal  0.0383701 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2015  DNA-binding transcriptional activator SdiA  47.54 
 
 		 240 aa  60.5  0.00000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000284169  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1723  DNA-binding transcriptional activator SdiA  47.54 
 
 		 240 aa  60.5  0.00000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00781439  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1266  DNA-binding transcriptional activator SdiA  47.54 
 
 		 240 aa  60.5  0.00000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00315864  hitchhiker  0.00193945 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1044  DNA-binding transcriptional activator SdiA  47.54 
 
 		 240 aa  60.5  0.00000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000369866  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0659  fimbrial Z protein; signal transducer  37.8 
 
 		 212 aa  59.7  0.00000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.379451 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5845  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.94 
 
 		 219 aa  59.7  0.00000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.715181 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2165  DNA-binding transcriptional activator SdiA  47.54 
 
 		 240 aa  59.3  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0921825  hitchhiker  0.00000020452 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1170  DNA-binding transcriptional activator SdiA  47.54 
 
 		 240 aa  59.3  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0141324  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2106  DNA-binding transcriptional activator SdiA  47.54 
 
 		 240 aa  59.3  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.010871 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1293  DNA-binding transcriptional activator SdiA  47.54 
 
 		 240 aa  59.3  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.746399  hitchhiker  0.0000202879 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2112  DNA-binding transcriptional activator SdiA  47.54 
 
 		 240 aa  59.3  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.722664  hitchhiker  0.0000000000000595752 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2962  response regulator receiver  45.16 
 
 		 206 aa  58.2  0.0000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.117851  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2503  DNA-binding transcriptional activator SdiA  47.54 
 
 		 240 aa  58.5  0.0000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000339648  normal  0.514976 
 
 
-
 
NC_002950  PG1237  LuxR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 199 aa  57.8  0.0000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4502  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.55 
 
 		 205 aa  57  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.438194 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2735  response regulator receiver  40.98 
 
 		 224 aa  56.2  0.0000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0572845  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2963  two component transcriptional regulator, LuxR family  36 
 
 		 219 aa  54.7  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1810  two component LuxR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 218 aa  54.3  0.000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2387  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.18 
 
 		 207 aa  54.3  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.132486  normal  0.384012 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1698  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.36 
 
 		 207 aa  53.9  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.126193 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2340  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.08 
 
 		 217 aa  53.9  0.000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.273151  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4551  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.45 
 
 		 208 aa  54.7  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000124934  normal  0.0275678 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2033  LuxR family DNA-binding response regulator  39.06 
 
 		 208 aa  53.5  0.000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0844  transcriptional regulator, LuxR family  39.06 
 
 		 234 aa  53.9  0.000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1987  two component LuxR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 213 aa  52.8  0.000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.429674  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5158  transcriptional regulator, LuxR family  25.11 
 
 		 255 aa  52.4  0.000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00149525  decreased coverage  0.000111139 
 
 
-
 
NC_002936  DET1063  LuxR family DNA-binding response regulator  43.1 
 
 		 232 aa  51.2  0.00001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.815436  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1981  transcriptional regulatory protein DegU, putative  39.68 
 
 		 218 aa  51.6  0.00001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0105  two component LuxR family transcriptional regulator  40.24 
 
 		 215 aa  51.6  0.00001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0303042  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_934  DNA-binding response regulator, LuxR family  40.98 
 
 		 232 aa  51.6  0.00001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.717523  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0945  two component LuxR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 232 aa  51.6  0.00001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4664  two component LuxR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 219 aa  51.2  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1997  two component LuxR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 218 aa  50.8  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1881  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.34 
 
 		 218 aa  50.8  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0160211  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3175  response regulator receiver protein  41.79 
 
 		 250 aa  50.4  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000721008  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1966  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.34 
 
 		 218 aa  50.8  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0700  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.7 
 
 		 218 aa  50.4  0.00003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00980919  normal  0.316207 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21820  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.7 
 
 		 211 aa  50.1  0.00003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4137  regulatory protein LuxR  28.25 
 
 		 252 aa  50.1  0.00003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.272227 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1026  response regulator protein  29.21 
 
 		 217 aa  50.4  0.00003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1431  LuxR family DNA-binding response regulator  39.34 
 
 		 227 aa  50.1  0.00004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.338793 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2055  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.5 
 
 		 220 aa  50.1  0.00004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2463  response regulator receiver  38.1 
 
 		 217 aa  50.1  0.00004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2415  two component LuxR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 217 aa  50.1  0.00004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6753  ATP-dependent transcription regulator LuxR  39.62 
 
 		 932 aa  49.7  0.00005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.449288 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1021  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.66 
 
 		 216 aa  49.7  0.00005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.794365 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0293  transcriptional regulator, LuxR family  38.1 
 
 		 100 aa  49.7  0.00005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0499337  normal  0.0433315 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1384  LuxR family DNA-binding response regulator  33.33 
 
 		 207 aa  49.3  0.00006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000639089  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1440  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.7 
 
 		 208 aa  49.3  0.00006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0670  two component LuxR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 216 aa  49.3  0.00006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.267154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0983  two component LuxR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 213 aa  49.3  0.00007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3760  response regulator receiver protein  36.59 
 
 		 245 aa  49.3  0.00007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.358522  normal  0.345814 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1902  two component LuxR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 207 aa  48.9  0.00009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00000041006  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1936  response regulator receiver  34.88 
 
 		 207 aa  48.9  0.00009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000150819  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6489  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.85 
 
 		 219 aa  48.9  0.00009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.324114  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2311  LuxR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 265 aa  48.9  0.00009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0559  two component LuxR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 211 aa  48.9  0.00009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0841173  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2686  two component LuxR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 203 aa  48.9  0.00009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1700  two component LuxR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 213 aa  48.9  0.00009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.226192 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1406  DNA-binding response regulator  40.3 
 
 		 215 aa  48.5  0.0001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.253896  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2437  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.79 
 
 		 218 aa  48.1  0.0001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0440  transcriptional regulator, LuxR family  48.84 
 
 		 526 aa  48.1  0.0001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2548  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.58 
 
 		 218 aa  48.5  0.0001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4976  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.07 
 
 		 218 aa  48.5  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.289575  normal  0.034027 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1664  two component LuxR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 218 aa  48.1  0.0001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.49018  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2402  LuxR family DNA-binding response regulator  24.76 
 
 		 209 aa  47.4  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000137953  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1782  two component LuxR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 214 aa  47.8  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000360675 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1743  two component LuxR family transcriptional regulator  25.12 
 
 		 209 aa  47.8  0.0002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.518394 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2907  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.79 
 
 		 222 aa  47.8  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0590247  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1688  LuxR family DNA-binding response regulator  24.76 
 
 		 209 aa  47.4  0.0002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000202542  normal  0.0533619 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1136  transcriptional regulator, LuxR family  22.61 
 
 		 218 aa  47.4  0.0002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3747  two component LuxR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 206 aa  47.4  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2499  two component LuxR family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 209 aa  47.4  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.449467  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7761  two component LuxR family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 213 aa  48.1  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1520  LuxR transcriptional regulator  39.29 
 
 		 91 aa  47  0.0003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1651  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.1 
 
 		 218 aa  47  0.0003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000163278  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1205  two component transcriptional regulator, LuxR family  31 
 
 		 212 aa  47  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0679  two component LuxR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 213 aa  46.6  0.0004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3357  two component LuxR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 238 aa  46.6  0.0004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.1255  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3186  two component LuxR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 214 aa  46.6  0.0004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.10411 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4220  response regulator receiver protein  37.93 
 
 		 251 aa  46.6  0.0004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0445  transcriptional regulator, LuxR family  42.86 
 
 		 534 aa  46.6  0.0004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6040  LuxR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 228 aa  46.6  0.0004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.917081 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5810  LuxR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 228 aa  46.6  0.0004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.809704  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1766  transcriptional regulator, LuxR family  37.7 
 
 		 244 aa  46.6  0.0004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.182775  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0342  LuxR family DNA-binding response regulator  35.09 
 
 		 213 aa  46.2  0.0005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0601944  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5462  LuxR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 245 aa  46.2  0.0005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0358  LuxR family DNA-binding response regulator  35.09 
 
 		 213 aa  46.2  0.0005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.363  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01701  LuxR family regulatory protein  34.38 
 
 		 90 aa  46.2  0.0006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0483  LuxR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 87 aa  45.8  0.0006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.299787 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1186  transcriptional regulator  40 
 
 		 906 aa  46.2  0.0006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0724  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.18 
 
 		 210 aa  46.2  0.0006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.836709 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26831  LuxR transcriptional regulator  39.29 
 
 		 92 aa  46.2  0.0006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>