299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_1855 on replicon NC_010622
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010622  Bphy_1855  ATP dependent DNA ligase  100 
 
 		 205 aa  422  1e-117  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  unclonable  0.000000000084113  hitchhiker  0.0000000000000191097 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  36.18 
 
 		 847 aa  120  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  35.5 
 
 		 871 aa  112  3e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7782  putative ATP-dependent DNA ligase  35.64 
 
 		 351 aa  107  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.089551  normal  0.119022 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  34 
 
 		 872 aa  102  5e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  35 
 
 		 896 aa  100  2e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  34.39 
 
 		 845 aa  100  2e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1488  ATP dependent DNA ligase, central  36.22 
 
 		 320 aa  99.4  3e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  35.59 
 
 		 813 aa  97.4  1e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  38.07 
 
 		 825 aa  97.8  1e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  33.16 
 
 		 882 aa  97.1  2e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  34.54 
 
 		 896 aa  95.9  4e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0932  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  34.41 
 
 		 737 aa  95.1  6e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.819515  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  35.11 
 
 		 883 aa  94.4  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  33.68 
 
 		 861 aa  94.4  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8017  ATP-dependent DNA ligase  34.78 
 
 		 893 aa  92.8  3e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  35.6 
 
 		 954 aa  91.7  6e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  32.45 
 
 		 818 aa  91.3  8e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  32.5 
 
 		 534 aa  91.3  9e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5341  ATP-dependent DNA ligase  32.45 
 
 		 881 aa  90.5  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0581605 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  34.57 
 
 		 833 aa  89.4  4e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1769  ATP-dependent DNA ligase  34.81 
 
 		 918 aa  89  5e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.242945 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  31.5 
 
 		 832 aa  88.6  6e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  33.51 
 
 		 833 aa  88.6  6e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  34.54 
 
 		 822 aa  88.2  7e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  34.76 
 
 		 684 aa  86.7  2e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3103  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  31.89 
 
 		 336 aa  86.7  2e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  31.69 
 
 		 882 aa  86.7  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  33.7 
 
 		 939 aa  87  2e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3685  ATP-dependent DNA ligase  31.18 
 
 		 911 aa  85.9  4e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.865038  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0653  ATP-dependent DNA ligase  35.98 
 
 		 353 aa  85.9  4e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.192766 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0935  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  34.41 
 
 		 789 aa  85.5  5e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0727399  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5730  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  31.25 
 
 		 350 aa  85.1  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.996793  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0353  ATP-dependent DNA ligase  31.18 
 
 		 913 aa  85.1  7e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.344654 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  32.98 
 
 		 833 aa  84.7  9e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0779  ATP dependent DNA ligase  29.63 
 
 		 608 aa  84.7  9e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.991922  normal  0.120219 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07831  ATP-dependent DNA ligase  30.1 
 
 		 546 aa  84  0.000000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.555428  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  30.1 
 
 		 855 aa  84  0.000000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  31.87 
 
 		 853 aa  84  0.000000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  35.11 
 
 		 856 aa  82.8  0.000000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  30.73 
 
 		 863 aa  82.8  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  34.2 
 
 		 877 aa  82.8  0.000000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0733  ATP-dependent DNA ligase  30.61 
 
 		 546 aa  82.4  0.000000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.12622  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1123  DNA ligase, putative  29.79 
 
 		 309 aa  82.4  0.000000000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.91674  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07831  ATP-dependent DNA ligase  29.59 
 
 		 546 aa  82.8  0.000000000000004  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  32.45 
 
 		 866 aa  82.4  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  31.18 
 
 		 901 aa  82  0.000000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  33.69 
 
 		 658 aa  82.4  0.000000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3852  ATP dependent DNA ligase  31.53 
 
 		 315 aa  82.4  0.000000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  31.49 
 
 		 1001 aa  81.6  0.000000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  34.22 
 
 		 683 aa  81.3  0.000000000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3907  ATP-dependent DNA ligase  30.89 
 
 		 900 aa  81.3  0.000000000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.989644  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0448  ATP-dependent DNA ligase  29.03 
 
 		 866 aa  80.5  0.00000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2413  ATP-dependent DNA ligase  32.8 
 
 		 533 aa  80.1  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1876  ATP-dependent DNA ligase  32.46 
 
 		 914 aa  80.1  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.907588  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7582  DNA ligase D  30.89 
 
 		 651 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.373122 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6989  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  30.32 
 
 		 354 aa  80.1  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5331  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  29.53 
 
 		 346 aa  79.7  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.51032 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20210  DNA polymerase LigD-like ligase domain-containing protein  31.43 
 
 		 376 aa  79.7  0.00000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0459497  normal  0.30843 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  31.61 
 
 		 864 aa  79.7  0.00000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  29.57 
 
 		 895 aa  79.3  0.00000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4500  ATP dependent DNA ligase  32.2 
 
 		 344 aa  79  0.00000000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1400  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.07 
 
 		 583 aa  79.3  0.00000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2002  ATP dependent DNA ligase  33.33 
 
 		 316 aa  79  0.00000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  29.55 
 
 		 865 aa  78.6  0.00000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  30.98 
 
 		 797 aa  78.6  0.00000000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  29.69 
 
 		 867 aa  78.2  0.00000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2256  ATP dependent DNA ligase  34.39 
 
 		 352 aa  78.2  0.00000000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.209492 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2120  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  34.02 
 
 		 436 aa  78.2  0.00000000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0836628  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4038  ATP-dependent DNA ligase  34.21 
 
 		 365 aa  77.8  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7010  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  28.57 
 
 		 350 aa  77.8  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.926095  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  28.57 
 
 		 847 aa  77.8  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03420  ATP dependent DNA ligase  28.21 
 
 		 285 aa  77.4  0.0000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1569  ATP-dependent DNA ligase  33.33 
 
 		 532 aa  77.8  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.583345 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  31.07 
 
 		 851 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  33.68 
 
 		 846 aa  77  0.0000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1736  ATP-dependent DNA ligase  31.35 
 
 		 888 aa  76.6  0.0000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.946456 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2161  ATP dependent DNA ligase  33.17 
 
 		 313 aa  77  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.379865  normal  0.199532 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  31.64 
 
 		 603 aa  77  0.0000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4365  ATP-dependent DNA ligase  31.69 
 
 		 886 aa  77  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1076  ATP-dependent DNA ligase  32.8 
 
 		 533 aa  77  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2316  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  33.17 
 
 		 313 aa  77  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3490  ATP-dependent DNA ligase  30.53 
 
 		 930 aa  76.3  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505494  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4139  ATP-dependent DNA ligase  34.41 
 
 		 345 aa  75.9  0.0000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.141782  normal  0.306207 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  30.85 
 
 		 902 aa  75.1  0.0000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1462  ATP-dependent DNA ligase  29.38 
 
 		 551 aa  74.7  0.0000000000008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0685513 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4772  DNA ligase D  31.38 
 
 		 651 aa  74.7  0.0000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3242  DNA ligase D  27.89 
 
 		 657 aa  74.7  0.0000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.99209  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  37.08 
 
 		 845 aa  74.7  0.000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6253  DNA polymerase LigD ligase subunit  29.26 
 
 		 343 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0234052  normal  0.998306 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1335  ATP-dependent DNA ligase  31.25 
 
 		 980 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  31.05 
 
 		 644 aa  73.9  0.000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2814  ATP dependent DNA ligase  31.79 
 
 		 358 aa  73.6  0.000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1611  ATP dependent DNA ligase  35.56 
 
 		 522 aa  73.2  0.000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4039  ATP dependent DNA ligase  32.98 
 
 		 342 aa  72.8  0.000000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2988  DNA ligase, ATP-dependent  31.25 
 
 		 1163 aa  72.4  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1903  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  32.57 
 
 		 311 aa  72.8  0.000000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  29.28 
 
 		 940 aa  72.4  0.000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  29 
 
 		 646 aa  72.8  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5476  DNA ligase D  31.77 
 
 		 927 aa  72.4  0.000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388357 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>