More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_4139 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010571  Oter_4139  ATP-dependent DNA ligase  100 
 
 		 345 aa  688    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.141782  normal  0.306207 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0092  ATP-dependent DNA ligase  63.05 
 
 		 337 aa  409  1e-113  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.70122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3905  ATP-dependent DNA ligase  61.68 
 
 		 341 aa  409  1e-113  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.603635  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2700  ATP-dependent DNA ligase  57.53 
 
 		 365 aa  391  1e-107  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.219093  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5212  ATP-dependent DNA ligase  58.98 
 
 		 339 aa  386  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.240793 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3429  ATP-dependent DNA ligase  58.38 
 
 		 374 aa  385  1e-106  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4122  ATP-dependent DNA ligase  58.86 
 
 		 355 aa  382  1e-105  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.582664  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3719  ATP-dependent DNA ligase  57.78 
 
 		 341 aa  375  1e-103  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0581582 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0816  ATP-dependent DNA ligase  56.76 
 
 		 341 aa  326  4.0000000000000003e-88  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0864  ATP-dependent DNA ligase  56.67 
 
 		 341 aa  322  9.000000000000001e-87  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.237895  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0868  ATP-dependent DNA ligase  56.06 
 
 		 341 aa  316  3e-85  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4038  ATP-dependent DNA ligase  47.74 
 
 		 365 aa  290  2e-77  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1947  ATP dependent DNA ligase  45.33 
 
 		 359 aa  285  8e-76  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.314114  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1579  ATP-dependent DNA ligase  47.08 
 
 		 358 aa  272  8.000000000000001e-72  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1546  ATP-dependent DNA ligase  47.16 
 
 		 369 aa  271  1e-71  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.290467 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5820  ATP-dependent DNA ligase  46.55 
 
 		 358 aa  270  2e-71  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.846497  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1489  ATP-dependent DNA ligase  47.16 
 
 		 369 aa  269  4e-71  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000199621 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6710  ATP-dependent DNA ligase  45.82 
 
 		 346 aa  267  2e-70  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00369161  normal  0.292979 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1585  ATP-dependent DNA ligase  49.56 
 
 		 350 aa  266  4e-70  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.143721  normal  0.0720309 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5549  ATP-dependent DNA ligase  45.92 
 
 		 360 aa  266  5e-70  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.480302  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1254  ATP-dependent DNA ligase  45.51 
 
 		 366 aa  265  7e-70  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.351593  hitchhiker  0.000397091 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5554  ATP dependent DNA ligase  46.87 
 
 		 314 aa  265  1e-69  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.71197  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0826  ATP-dependent DNA ligase  45.94 
 
 		 354 aa  264  2e-69  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4939  ATP-dependent DNA ligase  44.76 
 
 		 353 aa  263  4.999999999999999e-69  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5027  ATP-dependent DNA ligase  44.76 
 
 		 353 aa  263  4.999999999999999e-69  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.792567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5320  ATP-dependent DNA ligase  44.76 
 
 		 353 aa  262  6.999999999999999e-69  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1252  ATP dependent DNA ligase  46.84 
 
 		 348 aa  261  8.999999999999999e-69  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.804327  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1376  ATP-dependent DNA ligase  45.58 
 
 		 360 aa  261  1e-68  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.165882  normal  0.400562 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13763  ATP-dependent DNA ligase  44.69 
 
 		 358 aa  261  2e-68  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3859  ATP-dependent DNA ligase  45.63 
 
 		 357 aa  257  2e-67  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0415  ATP dependent DNA ligase  45.67 
 
 		 346 aa  256  3e-67  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4083  ATP-dependent DNA ligase  43.96 
 
 		 363 aa  256  6e-67  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0480  ATP-dependent DNA ligase  43.13 
 
 		 371 aa  253  3e-66  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6355  ATP dependent DNA ligase  44.86 
 
 		 361 aa  249  5e-65  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.915888  normal  0.696639 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1674  ATP dependent DNA ligase  42.54 
 
 		 390 aa  249  6e-65  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2256  ATP dependent DNA ligase  47.32 
 
 		 352 aa  246  4e-64  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.209492 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0653  ATP-dependent DNA ligase  44.73 
 
 		 353 aa  241  2e-62  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.192766 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5169  ATP-dependent DNA ligase  43.15 
 
 		 408 aa  239  4e-62  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00454515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4916  ATP-dependent DNA ligase  42.49 
 
 		 353 aa  236  5.0000000000000005e-61  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0422666  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5005  ATP-dependent DNA ligase  42.49 
 
 		 353 aa  236  5.0000000000000005e-61  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.142668  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0907  ATP-dependent DNA ligase  41.96 
 
 		 366 aa  231  1e-59  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1273  ATP-dependent DNA ligase  40.82 
 
 		 351 aa  225  7e-58  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.22692 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5543  ATP-dependent DNA ligase  41.08 
 
 		 359 aa  222  7e-57  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5866  ATP-dependent DNA ligase  41.14 
 
 		 369 aa  219  3.9999999999999997e-56  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.884257  normal  0.301201 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15600  ATP-dependent DNA ligase  44.51 
 
 		 366 aa  218  1e-55  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.138561  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5292  ATP-dependent DNA ligase  43.08 
 
 		 374 aa  210  2e-53  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4039  ATP dependent DNA ligase  42.09 
 
 		 342 aa  206  5e-52  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5284  ATP-dependent DNA ligase  42.16 
 
 		 311 aa  203  4e-51  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4500  ATP dependent DNA ligase  34.45 
 
 		 344 aa  140  3e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0779  ATP dependent DNA ligase  31.95 
 
 		 608 aa  125  9e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.991922  normal  0.120219 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  32.84 
 
 		 902 aa  125  1e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5248  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  31.56 
 
 		 495 aa  113  5e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.19885  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2120  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  33.75 
 
 		 436 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0836628  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20210  DNA polymerase LigD-like ligase domain-containing protein  33.04 
 
 		 376 aa  111  1.0000000000000001e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0459497  normal  0.30843 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  39.41 
 
 		 603 aa  109  8.000000000000001e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  34.63 
 
 		 828 aa  109  9.000000000000001e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  33.13 
 
 		 863 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  32.93 
 
 		 867 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0119  ATP dependent DNA ligase  37.91 
 
 		 337 aa  108  1e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.262895  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  29.85 
 
 		 813 aa  107  3e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7582  DNA ligase D  34.07 
 
 		 651 aa  106  5e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.373122 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4283  ATP dependent DNA ligase  33.88 
 
 		 337 aa  106  6e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.46921 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  31.63 
 
 		 646 aa  106  6e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0952  ATP dependent DNA ligase  25.99 
 
 		 307 aa  105  1e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  29.38 
 
 		 861 aa  104  3e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  30 
 
 		 940 aa  104  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  33.64 
 
 		 822 aa  103  4e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  30.7 
 
 		 954 aa  103  5e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  30.3 
 
 		 865 aa  102  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  29.43 
 
 		 1001 aa  102  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  31.76 
 
 		 877 aa  102  1e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  33.13 
 
 		 656 aa  101  2e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1488  ATP dependent DNA ligase, central  29.97 
 
 		 320 aa  100  2e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  32.72 
 
 		 847 aa  101  2e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  34.1 
 
 		 684 aa  101  2e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2002  ATP dependent DNA ligase  28.75 
 
 		 316 aa  100  4e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  30.35 
 
 		 853 aa  98.6  1e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1828  ATP-dependent DNA ligase  30.36 
 
 		 766 aa  99  1e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6253  DNA polymerase LigD ligase subunit  32.49 
 
 		 343 aa  97.8  2e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0234052  normal  0.998306 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  32.08 
 
 		 901 aa  97.4  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7782  putative ATP-dependent DNA ligase  29.45 
 
 		 351 aa  97.4  3e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.089551  normal  0.119022 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2271  ATP dependent DNA ligase  33.01 
 
 		 318 aa  97.8  3e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  31.46 
 
 		 321 aa  97.1  5e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  32.93 
 
 		 872 aa  96.3  6e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  31.52 
 
 		 848 aa  96.3  7e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  27.91 
 
 		 818 aa  95.9  8e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4352  DNA polymerase LigD ligase region  32.19 
 
 		 313 aa  95.9  8e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  33.44 
 
 		 658 aa  95.9  9e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  32.18 
 
 		 864 aa  95.9  9e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  32.54 
 
 		 871 aa  95.1  1e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  32.79 
 
 		 846 aa  94.4  3e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  30.63 
 
 		 847 aa  94.4  3e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  29.61 
 
 		 658 aa  93.6  4e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1235  ATP dependent DNA ligase  31.44 
 
 		 311 aa  94  4e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.898519  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0864  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  25.22 
 
 		 562 aa  93.6  4e-18  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0735643  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0290  ATP-dependent DNA ligase  31.03 
 
 		 550 aa  93.2  5e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  30.82 
 
 		 939 aa  93.2  5e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  35.05 
 
 		 845 aa  93.2  6e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  35.2 
 
 		 825 aa  93.2  7e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  27.93 
 
 		 896 aa  92.4  1e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>